乾隆四十一年（1776年，英祖五十二年）三月，英祖去世，世孙李祘继位，是为正祖，正祖即位第二天即任命蔡济恭为礼曹判书，此后历任兵、刑、礼曹判书及汉城府判尹、奎章阁提学等职，并在乾隆四十三年（1778年，正祖二年）作为谢恩兼陈奏使出使清朝。他任都承旨时曾阻止过英祖废黜思悼世子，其后倾向为思悼世子翻案，所以得到正祖的青睐，但也受到许多朝臣的敌视。正祖即位之初，李德师、赵载翰等少论请求为思悼世子翻案而遭处死，蔡济恭卷入其中，但正祖特命不予追究。蔡济恭起初与权臣洪国荣关系不错，但后来洪国荣之妹元嫔洪氏入宫，与中宫殿一起接受问安，蔡济恭以“天无二日”斥责拟定这项规定的左议政徐命善。元嫔死后，洪国荣同党宋德相上疏开头就是“元嫔薨逝，宗社无托”八字，蔡济恭批评其用语过当，洪国荣听说后记恨在心，在正祖面前诽谤蔡济恭。随后，蔡济恭奉命给元嫔写哀册文，用的是“逝”字，被徐命善改为“薨”。蔡济恭的这些举动使他更加得到正祖的信任，乾隆四十七、四十八年（1782、1783年，正祖五、六年），徐命善主导了对蔡济恭的攻击，称他曾勾结洪国荣欲为思悼世子翻案，推翻英祖定下的“壬午义理”。正祖则称此为“道听途说”，保护了蔡济恭，并称赞蔡济恭为“义理主人”。不过由于朝中气氛对蔡济恭不利，所以蔡济恭蛰居汉城郊外数年，即使正祖多次任命也不赴任。