当时，尚宝司司丞诸杰写信给薛方山，要求罢免南京吏科给事中王烨。因为王烨在严嵩入阁之初，曾弹劾严嵩父子贪污脏贿，所以严嵩恨王烨。诸杰乃严嵩同党，故受严嵩指使，私下给薛方山写信。薛方山很生气，当即撕毁来信、驱逐来使，并将此事报告本部尚书张润。张让他少安毋躁，不必理睬，该如何就如何。随即会同南京九卿堂上官，从公考察评议，应该罢黜降调者，共一百二十八人。诸杰原系南京兵部主事，因行为不谨，被罢黜。同时被罢黜的严嵩党羽还有常州南御史守符融。王烨因贤能素著，难以别议，留用。

屡遭迫害，仕途艰险

严嵩与子世藩恨薛方山不黜王烨、而黜褚杰等，视薛方山为异党，务必除之。指使通卿御史桂荣弹劾薛方山考察不公、肆意行事，票旨将他降调。又放话说，要置其死狱。此时，吏部尚书熊浃与掌詹事府事、吏部左侍郎张治等人登门劝说严嵩：方山考察甚公，处置他恐怕舆论不好。严嵩无奈，遂将薛方山降调江西建昌府通判。期间，并讲学于道一书院。

嘉靖二十五年，南京部科等科给事中游震等，集体上奏说方山“考察去留官员甚当”，应当恢复薛方山原职，“照例升擢，庶将来任事任怨之臣有所劝勉”，不宜外补。皇帝下令吏部尚书唐龙覆题：方山“性过自执，学不徇人，疾恶如仇，去奸如脱，诚所谓任事任怨之臣也，宜复京秩”。皇帝批准复职，嘉靖二十五年五月十五日有诰敕一道褒奖薛方山，称其“廉以律己、慎以莅官、惟明惟允、不吐不茹、时论雅重焉”（见《五牧薛氏宗谱》卷一20页），并授其为“承德郎”、封夫人冯氏为安人。

吏部随即升薛方山任刑部陕西司员外郎。嘉靖二十六年丁继母忧、二十八年丁父忧。二十九年补礼部祠祭司员外郎，再升精膳司郎中。期间，翰林李春芳、主事王之诰等经常请薛方山到灵济宫讲学。十月，吏部提议升他为南京五品堂官。因严嵩恨薛方山，不愿他在京城当堂官。当时，浙江按察司缺副使提学，吏部原已提议将佥事范惟一赴任，就改让薛方山补浙江副使员缺。

薛方山到浙江提学副使任上，矢心竭力，巡历岁考、科举各一次，学子们对他评价颇高。在方山就任该职前，嘉靖二十九年十一月十二日有敕谕一道，强调学风的重要性，鼓励他努力工作，云云（见《五牧薛氏宗谱》卷一22页）。

严嵩一伙迫害薛方山的活动始终未断，嘉靖三十二年考察官员时，严世藩到吏部向冢宰万治斋诬告薛方山：在浙江时，打死一童生，是寡妇之子，使那家绝嗣。又重责生员四十，登时致死。而陈文德事先写信给金华等县的童生十二名，让他们上书说因为不让入学，所以恨之甚深，要求严责，云云。万治斋不信，但是吏侍却坚持严世蕃所说，并且讲：虽革去冠带，难申死者之冤。万治斋犹豫，因没有事实根据，只得将其放入不及格之列。将其休官在家。

整饬兵备，不忘座馆

嘉靖三十四年，因陕西盗匪猖獗，又起用薛方山，将其调任陕西鄜州（即当今的‘富县’）兵备副使、陕西按察司副使，整饬延绥兵备兼分巡河西道。巡抚王孝泉钦佩薛方山的学识，在榆林设立学馆，专请薛方山主持，薛推辞说不敢。王孝泉说：边远地方子弟，不懂师范，特委屈先生给他们示范教化。就集合诸生讲学。总制贾樵村得悉后，又在固原设学馆，力邀薛方山讲学，说“非先生不可”。讲学授课成了薛方山在陕西的重要工作。

慧眼识玉，取邹应龙

八月秋考，预科场事。巡抚郭浦北主考，考虑到薛方山的才华，遂与王孝泉、贾樵村二公商议，发帖诚邀薛方山入场作试录、策题序文，实际上是让他代行主考事务。薛方山阅通场选出之卷，认为所选之易经四十五卷，没有一卷可用。又重新将落选的八百余卷，全部重新审阅，取中一十五卷。其中就有邹应龙。邹应龙，字云卿，陕西西安人（又一说是甘肃皋兰人）。邹应龙于翌年、嘉靖三十五年（1556年）中进士，后授行人，又擢为御史，督两江。邹应龙任御史职掌弹劾纠察之权的过程，也是与权奸严嵩父子周旋斗争的过程。最终，他上疏参劾严嵩父子，“遂勒嵩致仕，下世蕃诏狱”。也算为恩师薛方山解了恨，此为后话。

薛方山无论在考察官员、选拔儒生方面，都是以才、人品论事。在清黄宗羲（1609-1695年）撰写的明代学术思想史专著《明儒学案》第六十二卷，有一段关于薛方山的生动描述：

其鋻识甚精，试慈溪，得向程卷曰：“今科元也”。及试余姚，得诸大圭卷，谓向程曰：“子非元矣，有大圭在”。已果，如其言。先生为考功时，寘（同‘置’）龙溪於察典，论者以为逢迎贵溪。其实龙溪言行不掩，先生盖借龙溪以正学术也。

难逃诬告，革职罢归

嘉靖三十五年，南京科道御史张师载、屠仲律，又提当年严世蕃和程文德一伙的诬告，劾疏薛方山在浙江的事情很严重。吏部考功司郎中万寀，密受严嵩之意，“以为不谨”，将薛方山“闲住”罢归。致使薛方山因“出处不明，身名俱败”而“切痛心”。

仕途失落，桃李芬芳

薛方山从政二十一年，虽然学识和能力俱佳，但终未能在仕途上有所彰显。用现代话说，官阶不过“司局级”。其原因是多方面的，得罪严嵩，是一方面；另一方面也有其为人处事的原因。正如当年吏部尚书唐龙的对薛方山评价，十分确切：方山“性过自执，学不徇人，疾恶如仇，去奸如脱，诚所谓任事任怨之臣也”。他遇事不冷静、处事不圆滑，得罪人多。其“疾恶如仇”的典型例子是他见到褚杰来信时，“臣时裂其书而叱其使”。当时的上司、本部尚书张谕就劝导他：“当居贞，莅事惩忿，俟时不必与校”。

但薛方山爱才，提拔、扶持大批后起之秀。受到广大儒学生员和正直官员的好评和爱戴。他慧眼提拔的人才中，最出名的是邹应龙。他教出的学生中，著名的有顾宪成、允成俩兄弟和方山自己的两个孙子敷成、敷教。他们四人同时就学于方山先生，后来均中进士。同为东林学派的领头人。

老骥伏枥，蒙恩昭恤

嘉靖己巳（1569年）方山年七十，严嵩父子已倒台多年，于是就疏奏陈情乞恩俯赐昭恤，以明出处。后蒙恩诏改为“致仕”。时年，身为两江督抚的门生邹应龙过江南，特上府拜谒。后又为薛方山请旨敕建牌楼，以旌表恩师功绩。建牌楼时，薛方山正受邀赴白鹿书院讲课，得悉后即“贻书却之”，但已经开工。但该牌楼终“未告竣”。雍正三年时，飓风雷电将东西两侧石柱刮倒，只剩中央两石柱。此牌楼一直矗立在余巷村薛家前，牌楼上额为“清廉峻节”。因用紫石建造，当地人俗称“紫石大牌楼”。直至1956年，因修水利需用石料，才被拆除。

七十五岁卒，赐子爵衔。有万历三十四年五月初三日的诰命一道（见《五牧薛氏宗谱》卷一22页），因儿子中宪大夫近兖贵，赠薛方山为中宪大夫、夫人冯氏为恭人。

位于无锡、武进两县交界处的五牧，明清时期曾是个街镇，相传上塘一条街，下塘一条街，盛极一时。镇上有一座横跨运河的大桥，建于唐乾丰二年（667年），成为南北交通要道。据说明嘉靖年间，行人登上五牧大桥，举目可望见附近余巷（属武进县）薛方山家楼台闺阁中千全小姐的梳妆打扮，以及琴棋书画活动等情景。薛方山，名应旂，是当地很有名声的官宦（嘉靖进士，任浙江提学副使）。他认为这座五牧大桥有碍自家风水，便上奏朝廷，把洛社至横林运河之上的“廿里三桥”（即洛社、五牧、横林3座大桥），减少里程，说成“十里三桥”，申述百姓运漕粮进京实在不便，须拆除一座五牧桥，以利漕运。五牧大桥就此被拆迁至戚墅堰。

文章所说的五牧桥，正式的名称是“观文桥”。薛方山自浙江回家后，因要实现其年少时代夙愿：南宋末年，宋将尹玉、麻士龙抗击元兵，与五百勇士一起英勇战死在五牧，数百年来无人祭奠，立志要为尹、麻二将建祠祭奠。居家后，即选址五牧上塘（注：当地称古运河为塘河，上塘即运河北岸）建“二忠祠以祀之，仍造桥于祠右，而疏河以通舟楫”，施工中“得石刻于土中”，记录南宋时，薛方山先祖、观文殿大学士和国公薛极在此建有“观文桥”，因年久失修原桥已没有了踪影。方山深感惊奇，决定将此桥仍命名为“观文桥”，当地人俗称“薛家桥”。并在“二忠祠”北，建薛极祠。此事经过，在《五牧薛氏宗谱》收录之薛方山撰写的《重建始祖宋观文殿大学士和国公祠堂碑》（宗谱卷三39页）有详细记载。

明朝，余巷薛方山，在朝为官，会看风水。一天，经过张家谢家村，一看是块蟹地，风水很好，要出大官，而余巷是块金鸡地，怕今后在朝做官要受到影响。因此，他骗谢家村的人说，你村风水虽好，只可惜村的团转缺条河，如果马上开条河，村上肯定要有大官做。谢家村人听后，立即叫齐村民，连夜把河开好，谁知河刚开好，河里的水就变得通红，村民都不知为什么。薛方山的学生邹应龙也会看风水，有一日路过谢家，只见风水宝地被破坏了，问过村民，才知事情经过，方知是薛方山所为。邹应龙说，这村是蟹地，把河一开，斩断了蟹脚，寸步难行，你们如要报复，只要天亮前在余巷金鸡头上建座牌楼，可压刹金鸡。谢家村人听后，连夜建造了这座牌楼，直到1956年才被拆除。

薛方山在浙江提学副使任上“士论颇协”，后入杭州“七贤祠”崇祀。“七贤祠”位于浙江杭州府钱塘县涌金门外孤山。杭州府为了崇祀为浙江地方做出贡献的官员和文人所建。最初，崇祀的是李泌、白居易、苏轼和林靖逋四人，称“四贤祠”。后增浙江皋司周新、尚书王世贞，又改称“六贤祠”。又后来，杭州等十一府各属儒学生员给杭州府呈书，要求把他请进杭州“六贤祠”崇祀，称为“七贤祠”（见《五牧薛氏宗谱》2011年版，卷二9页《方山公崇祀六贤祠纪略》）。崇祯十五年（1642年）杭州府知府刘梦谦撰写的《西湖七贤祠祭文》和康熙六年（1667年）的《募修孤山七贤祠疏》等文件，都给予薛方山极高的评价。《祭文》说方山先生：“惟公千秋正气、一代伟人，风节媲乎六贤，师模垂于两浙。”

在余巷的原薛氏祠堂中，有少司冠秦瀛书写的一副对联

风节表孤山人品尊六贤后劲，

德音蟠故里簪缨开百世先声。

其上联就是指薛方山崇祀杭州“七贤祠”一事，说他的人品可以和前“六贤”相提并论。评价可谓高矣。

常州府对薛方山十分尊重。在常州城东门外夹城图文成里内坝的国安寺内，常州府为薛方山和都御史唐荆川专设“二贤祠”，春秋二季官祭，由常州府知府主祭。每祭费用、祭祀规格、祭文格式等等，都有具体规定。有乾隆四十二年十一月和道光二年二月的两份“告示”，记录了“二贤祠”的经历（见《五牧薛氏宗谱》卷一203-204页）。该祠于咸丰庚申（1860年）毁于兵燹，后又重修。民国十三年（1924年）的“清理常州东门文成坝二贤祠基地议据”一文（见“宗谱”卷一140页）说明该祠在民国年间尚存。一同崇祀的唐荆川，是明代著名儒学家，方山与之齐名。常州著名学者、前进士钱振瑝曾评论薛方山：“荆川未达时，尝问业于方山，方山不以师自居。世之谈古文者，盛称荆川而不及方山”。他为方山不平，但方山先生从不争个人名利的品行，可见一斑。

无锡张夏菰川氏纂的《雒闽源流录》（“宗谱”卷一56页）关于薛应旂的记载：“家居垂二十年未尝释卷，专勤著述。每一书成，凡几易稿，皆手自钞誊点窜，未尝借力于人”。

《阳湖县志·儒林条》（“宗谱”卷一100页）：“家居二十年，手不释卷。凡一书成，皆数易稿，丹铅狼藉，皆手自点窜”。

据《五牧薛氏宗谱》记载，薛方山的主要著作：《宋元资治通鉴》157卷、《考亭渊源录》24卷、《甲子会记》5卷和《附续甲子会纪》、《四书人物考》40卷、《高士传》、《薛子庸语》6卷、《薛方山纪述》、《宪章录》46卷、《方山文录》、《浙江通志》72卷、《宋方文语》（按：‘宋’为宋濂，‘方’为方孝孺）、《孙子说》、《方山记述》1卷、《方山致义》3卷等。另有其后裔为其刻印的《方山薛先生全集》68卷，收录其诗文等。

气者所以运乎天地万物者也。有清则有浊，有厚则有薄，穷则变，变则通，故一治一乱，皆非一日之积也。

圣人制命，贤者安焉，不肖者逆焉。

古者谏无官，以天下之公议，寄之天下之人，使天下之人言之，此其为盛也。

古之学者，知即为行，事即为学。今之学者，离行言知，外事言学。一念不敢自恕，斯可谓之修；一语不敢苟徇，斯可谓之直；一介不敢自污，斯可谓之廉。

万物皆备於我，不可以物为非我也，然而有我则私矣。万物皆具於心，不可以心为无物也，然而有物则滞矣。

阴阳之气，凝者为石，流者为水。凝者无变，信也；流者无滞，智也。孔恶其硜窒也，孟非其激逆也。信立而通则不窒矣，智运而正则不逆矣。

画者象也，值其画者变也。潜龙勿用者辞也，用其辞者占也。斯义不明，附会无不至矣。

时之污隆，民之休戚，其几安在哉？存乎士风之直与佞耳。

改过则长善矣，甘贫则足用矣。

治世之教也，上主之，故德一而俗同。季世之教也，下主之，故德二三而俗异。

义协则礼皆可以经世，不必出於先王；理达则言皆可以喻物，不必授之故典。