十一月三十日（12月22日），邹应龙升任大理寺左少卿左寺丞。

隆庆元年正月四日（1567年2月12日），邹应龙升任太仆寺卿。正月十八日（2月26日），京察自陈，邹应龙得到保留。三月二十八日（5月6日），明穆宗升邹应龙为太常寺卿。七月十八日（8月22日），邹应龙上言说：“祭祀洪恩灵济宫，一年有三十多次，比较繁琐，应依照国朝的功臣，只在春秋期间祭祀就行了。”明穆宗未听从他的意见，仍施行旧制。八月十五日（9月17日），邹应龙和刑部的官员弹劾太常少卿师宗纪曾盗出库银二百两钱三千万文。十一月十九日（12月19日），明穆宗升邹应龙为大理寺卿。

隆庆二年二月十日（1568年3月8日），户部尚书马森等人推荐邹应龙为治理边疆的人才。二月二十三日（3月21日），明穆宗升邹应龙为都察院左副都御史，总理两浙、福建盐屯。四月四日（4月30日），太子朱翊钧恩荫邹应龙之子邹绍芳入国子监读书。九月八日（9月28日），给事魏时亮、御史王嘉宾各自上疏，请求召还清理屯盐都御史，明穆宗于是把邹应龙召回京城。十一月十二日（11月30日），邹应龙条上盐法四事。

隆庆四年十月二十六日（1570年11月23日），邹应龙担任工部右侍郎。

隆庆五年四月二十五日（1571年5月18日），大驾卤簿（皇帝大驾出行的车马仪仗制度）结束，邹应龙受到明穆宗的银币赏赐。七月八日（7月29日），北安门等处的修理工程开工，明穆宗派遣侍应龙祭告后土司工之神。九月一日（9月19日），朝廷铸造朝钟，明穆宗派遣邹应龙行祭告礼。十一月四日（11月20日），邹应龙担任兵部左侍郎兼都察院右佥都御史，巡抚云南，赞理军务。当时黔国公沐朝弼骄横称霸，对抗朝廷，邹应龙以兵部左侍郎兼右佥都御史的身份巡视云南，查证并核实沐朝弼罪状，并送往京城处决斩首。

隆庆六年十一月十三日（1572年12月17日），邹应龙请求罢免自己，明神宗不同意。

万历元年四月一日（1573年5月1日），邹应龙上疏推荐严清、万文彩、邵惟中、张烈文四人。

万历二年四月二十二日（1574年5月12日），铁索箐贼叛乱，邹应龙将他讨平。十月十七日（10月31日），番人栂犭发造反，邹应龙和沐昌祚合土汉之兵进军讨伐，斩歼俘获敌人各一千多人。

万历三年二月十九日（1575年3月30日），云南御史郭廷梧上奏战功，邹应龙和沐昌祚被赏银三十两、纻丝二表里。二月二十九日（4月9日），邹应龙请求致仕，明神宗同意。

万历九年八月二十日（1581年9月17日），邹应龙的嫡母陈氏去世，邹应龙为其守孝。

万历十一年（1583年），邹应龙将嫡母陈氏安葬于淳化县（今属陕西），并请应天府知府王鹤撰写墓志铭。

万历十三年（1585年），邹应龙约于此年去世。

万历十六年四月六日（1588年4月30日），陕西巡抚王璇说邹应龙死后，遗田不到数亩，遗址不过数楹，恤典未能泽及，为朝野所遗憾。明神宗下令恢复邹应龙官职，对他予以祭葬。

崇祯元年九月三十日（1628年10月26日），陈献策请求给邹应龙赠谥号。

严嵩在位期间无恶不作，残害忠良，他受到的抨击也最多，而且都有真凭实据，但他不仅没有被扳倒，反而白白断送了许多仁人志士的性命。邹应龙发现，这些前赴者们都没有掌握世宗极其护短、易被激怒的弱点，才被严嵩利用，把疏攻的矛头引向了世宗，从而激起他的盛怒，遭致杀身之祸。而欲刻倒严嵩，既不可谈皇上受欺蒙，也不可说那些被害人的冤案。于是，就在杨继盛被害的第二年，邹应龙便冒死递上了他的弹章，把主攻的矛头转向了严世蕃，并成功把严党推翻。

隆庆年间，镇守云南黔国公沐朝弼骄横恣肆，廷议派遣有威望的大臣镇住他，于是改任邹应龙为兵部侍郎兼右佥都御史巡抚云南。邹应龙到达后揭发沐朝弼的罪状，沐朝弼终被逮捕。

万历二年（1574年）初春，邹应龙与同僚数人纵马至宾居大王庙，看到大王庙下终年喷涌不止的地下伏流，即所谓通洱溪的源头，利用率太低，只灌溉了附近村寨的一部分田地。当看到镇东南面离此不远山下，却有一大片沃土荒芜，于是巡视周边，目测估量，发现大王庙水即可以引来此地，灌溉垦殖这片荒地。遂于此地筑一水塘蓄水，解决荒地的灌溉问题。

史载，山塘的建设经费为官助民办，耗银495两，大部由大罗卫以公租、马料开支，不足部分由官府补助，劳役3000工，则由得利之户负担。修塘征用农户土地共156亩6分。这部分土地上当年的收成，摊派给塘外各受益农户赔偿。丈量了被征用各农户的土地，亦按征用面积如数偿还。水塘建成，蓄水灌溉的民屯军屯之田地达千亩，皆大欢喜。原来因缺水无法耕种的土地，从此变成良田。

张槚：应龙以旌其直一时，无不翕然称快。（《明世宗实录》引）

李元阳：百年积寇，一旦削平，公虽不自以为功，民则不能忘其德。（《铁索川平贼记》）

龚仲庆：即如邹应龙疏斥严嵩，岂不伟烈？（《明神宗实录》引）

李廷机：严嵩父与子，一任肆贪嗔。 曾铣受其毒，继盛祸相仍。 赖有邹应龙，弹劾正典刑。（《五字鉴》）

余象斗：惟有理刑邹应龙即刻奏严嵩者，此人刚正。（《续廉明公案传》）

许容等：为人刚正敢为。（《甘肃通志》）

范承勋等：历官以才望推，纠弹不避权贵，至滇毅然以恢廓自任。（《云南通志》）

张廷玉等：世蕃之诛，发于邹应龙，成于林润。二人之忠，非过于杨继盛，其言之切直，非过于沈炼、徐学诗等，而大憝由之授首。（《明史》）

徐杞：先生关中之伟人，王杨骨鲠堪侪伦。碧梧凤啸奸胆落，煌煌简册书名臣。共推国宝赖正直，岂惟家乘夸奇珍。披图再拜一凭吊，当年懋范如躬亲。分宜柄国堕纲纪，毒痛海内衔悲辛。父子济恶声炬赫，沈杨踵戮谁更论。先生嫉邪本素性，要将忠悃酬枫宸。撼山非易征梦兆，鹰鹋逐雀无逡巡。前车既覆甘蹈辙，国重不惜轻其身。朱衣象笏掭白简，浩然之气忘批鳞。精诚格天遂得靖，剪除羽翼元凶摈。臣民愤雪朝野肃，廓清功业起埋轮。迄今二百有余载，凛凛气节常如新。仪表自足型百世，屹然华岳高三秦。（《题邹兰谷画像》）

倪蜕：（邹应龙）直声震滇。（《滇云历年传·卷八》）

李百川：为人颇有些刚直，同在翰林院内两三月，从未见他奔走权门。（《绿野仙踪》）

吴镇：云阁蛇虫傍逆鳞，沈杨死后少言臣。东楼射中高山倒，梦里弯弓也快人。绣斧南行日又西，滇黔一路鹧鸪啼。沐家乳臭惊亡胆，尚有威风在碧鸡。（《题邹兰谷先生遗像册后》）

赵翼：严嵩当国，又杀杨继盛、沈炼等，而御史桑乔、谢瑜、何维柏、喻时、童汉臣、陈绍、叶经、邹应龙、林润等，给事中王韬孟、陈岂、沈良才、厉汝进等，犹先后疏劾，廷杖谪戍，至死而不悔。（《廿二史札记》）

王曜南：一疏肃瞻观，贼臣心已寒。触邪含义胆，指佞露忠肝。威等熊罴士，光增獬豸冠。雄文千古在，碑刻重皋兰。（《城隍行宫读御史邹兰谷先生谏诛严嵩稿》）

刘尔炘：邹兰谷飚言而后开忠义先声，人皆侧耳，韵何远，情何深，廊庙为忧，万古河山留绝调。（《刘尔炘集》）

冯国瑞：黄廷臣谏，以鼎甲而称名儒，段容思坚，以理学而绍河东之绪，邹云卿应龙之风节，与夫彭济物泽之扬历中外，彪炳文武，充称四贤。（《麦积山石窟志》）

郭扶正：岂容豺虎久横行，一击雷霆倍有声。铸就铁肩担道义，教人长忆邹云卿。（《清官咏·咏邹应龙》）

袁志学：邹应龙秉公执法，不询私情。（《兰州地域文化》）

（美）富路特、房兆楹原：邹应龙是目光敏锐的观察者。（《明代名人传》）

嘉靖四十一年（1562年），邹应龙梦到自己背着弓箭骑着马外出打猎。前面有一座高山挡住去路，东边还有一栋两层楼房。他向高山射了一箭，没有任何动静。他又向楼房放了一箭，楼房应声塌下。邹应龙醒后思索梦中奇异的景象，猛然间他领悟到“高山”一定是指严嵩，因为“嵩”字是由“高”和“山”组成；“东边的两层楼房”肯定是指严嵩之子，因为东楼是严世蕃的号。邹意识到攻击严嵩是没有用的，但如果把量集中到严世蕃身上，他的谋略也许会起作用，于是，邹应龙上疏只劾奏严世蕃，结果是最终把严党推翻了。

邹应龙起初以弹劾严嵩得名，骤然达到通官显贵。等到任太常时，省察北郊牲祭，东厂太监冯保传呼而至，有专人将其引入，邹应龙看见冯保正面燃香，俨然像天子一样。邹应龙大为惊骇，弹劾冯保僭越放肆，冯保非常怀恨他。到这时，京察自己述职，冯保为了报复，令邹应龙辞职。临安土官普崇明、普崇新兄弟构争。普崇明引借广南侬兵作为援助，普崇新则召交州兵。之后，交州兵退去，而侬兵还留在当地，邹应龙命令部将杨守廉前往剿歼。杨守廉抢掠村落，杀人。被侬贼所乘，再次打败官军，人们将罪归咎到邹应龙身上。邹应龙听说自己已被罢官，不等代替的人到达就径直回家乡。代替他的人王凝想自以为功，力排邹应龙。给事中裴应章于是弹劾邹应龙误事。巡按御史郭廷梧向来不喜欢邹应龙，调查结果如王凝所说的一样。邹应龙于是被削去官籍，死在家中。

邹应龙著有《邹中丞集》，但早已散失，仅有《弹劾严世蕃父子疏》传世。

长安说的主要依据是明朝的官方史料和清朝编修的《明史》，《嘉靖丙辰同年世讲录》《嘉靖三十五年进士登科录》等原始史料上面明确写了邹应龙是长安人，并从小在长安读书，还凭借此籍贯参加了科举考试。

皋兰说的主要依据是清朝的地方方志和野史。如《甘肃人物志》中记载，邹应龙的祖籍在兰州，然此处未提及是皋兰。《甘肃历代名人传》中称邹应龙“出身皋兰世家”，《皋兰县志》中记载，邹应龙“世为兰人，字云卿，号兰谷”。

有现代资料称邹应龙的生卒年为1520年—1580年，然此说无论在《明史》还是《皋兰县志》等资料均不见，唯有《嘉靖丙辰同年世讲录》和《嘉靖三十五年进士登科录》提及邹应龙的生年为嘉靖四年二月一日（1525年2月22日）。据《明诰封太淑人邹母陈氏墓志铭》记载可知，邹应龙在嫡母陈氏死后守孝，并且墓志铭也是邹应龙请人写的，据墓志铭可知陈氏去世于万历九年（1581年），于万历十一年（1583年）下葬，而前文的现代资料显示邹应龙在万历八年（1580年）去世，该说法显然不靠谱，可以推翻；据美国历史学家富路特、房兆楹原所著的《明代名人传》推测，邹应龙当去世于万历十三年（1585年）左右。

王曲城隍庙位于陕西省西安市长安区王曲镇，明世宗曾钦封邹应龙为十三省总城隍，以监督天下不法与奸邪之徒，予以惩罚。

邹应龙纪念馆位于甘肃省兰州市皋兰县。

张廷玉等《明史·卷二百十·列传第九十八》