藤野因生活关系，认为可以搞一搞耳鼻喉的工作，到东京三井公司的慈善医院就业，后失业。第一任妻子在此时去世。藤野后投奔二哥藤野明二郎，在二哥的诊所中工作。其实，从仙台回到家乡后，北京医科大学曾邀请他担任教授，但严九郎回绝了这一提议，选择了在家乡小镇行医的道路。

藤野严九郎就读于爱知医学校期间，结识了在名古屋一间小餐馆中弹三味线的加藤，她父母早亡，根据《医师 藤野严九郎》记载，“严九郎知道了她的经历后，甚是同情，并向她求婚”，之后两人结为连理。然而，1917年12月30日，加藤夫人因病去世，享年43岁。刚回到故乡便痛失爱妻，这使得严九郎失魂落魄。不过，在周围人的劝说下，1918年，严九郎同井田文再婚，1919年回故乡自立诊所并于当年和1923年，生下长子藤野恒弥和次子藤野龙弥（其于1958年为藤野严九郎立碑纪念）。

不久藤野明二郎猝死，幼子难以维持诊所，藤野遂在两个诊所间两头跑，支撑起两个家庭。藤野先生的孙子藤野幸弥在2022年接受新华社记者采访时曾回忆，祖母出生于商人家庭，藤野先生出身医学世家，两人的三观很多时候并不一致。“祖母告诉我，有一年地震，她丢下孩子一个人从房子里跑了出去，这件事被祖父说了一辈子。另外，祖母有时候有点大小姐脾气，花钱大手大脚，于是有时候会嫌祖父小气。”

藤野幸弥在初中时，从祖母的口中听说了鲁迅和祖父交往的经历，祖母还说，丈夫亲口告诉她，中国一定会发展起来的。“祖父告诉祖母，日本的文化来自中国，日本应该对中国抱有敬意，对中国的侵略应该立刻停止。他还说，再过100年，中国会变得非常强大”。

藤野严九郎教书多年，脾气直而且死板，不擅长接待病人。好在他行医认真，两个诊所能够勉强开下去。山村居民贫穷，藤野严九郎收费很低。病人没钱的时候，他就干脆免费治疗了。虽然他的日子过得捉襟见肘，但他在当地颇受人尊重。贫苦的人来看病时，会带一些种得比较好的蔬菜水果作为酬谢，以至于家中的浴缸塞满了西瓜。从坪田忠兵卫所著的《故乡的藤野严九郎》（藤野严九郎表彰会出版）的一些片段中，可以一窥开诊行医时期，严九郎的人品秉性。“总是板着脸，尤其在他心情不好的时候，很难打交道”“戴着一副椭圆形的金边眼镜”“对于穷人，不付诊疗费他也给看病，就算等到盂兰盆节或是年末，他也不会催债。”藤野性情固执倔犟，对衣着也不甚讲究，但“作为医生，他一直践行‘医为仁术’，十分讨厌欺瞒糊弄，甚至像是个认真严肃过头的怪人。”可以看出，他的严谨耿直，受到了患者的尊敬。

1931年，中国文学研究者增田涉来到上海，在鲁迅的寓所，每天与鲁迅促膝长谈3小时，接受鲁迅一对一的悉心教导。1934年，鲁迅就岩波文库出版《鲁迅选集》一事，向已经回国的增田涉表达了唯一的希望，就是将《藤野先生》加入选集。次年，《鲁迅选集》出版，严九郎得知自己曾经的学生已经成为了著名的作家。

1935年，当时藤野的长子藤野恒弥在读高中，老师菅好春老先生发现了鲁迅新出版的文章《藤野先生》中的主人公与藤野恒弥的父亲重名，请藤野恒弥回家确认，时年61岁的藤野严九郎表示肯定，但要求儿子“不要声张”。藤野恒弥很听话，这么荣耀的事，也没跟别人说。但菅老师又问起他时，他也不好撒谎，便如实告诉了老师。菅老师过来拜访藤野严九郎，二人聊了好久。菅老师离开之后，再没跟别人提起此事。于是，虽然藤野严九郎的大名在中日两国被读书人津津乐道，却没人知道真正的藤野严九郎仍然在偏僻的山村勉强谋生。

1936年10月，文豪鲁迅的死讯在日本见报。根据藤野先生的侄子后来描述，当时藤野看着报纸上鲁迅的照片（可能是沙飞拍摄的），把报纸举过头顶，拜了几拜。年底，鲁迅的朋友小林茂雄找到藤野先生。藤野这才知道，鲁迅不只把他的照片挂在墙上，把他写进散文里，这些年还一直在找他，想见他一面，哪怕能见他的后人一面。藤野先生追悔莫及。然后，日本记者向藤野先生约稿，他写了一篇短文《谨忆周树人君》，发表在日本的进步刊物上，在那个军国主义蔓延的日本，这是很有风险的，这可能也是他不想让儿子跟别人说这件事的原因。

1937年中国抗战爆发后，日本药商到藤野家高价收购药品供应日军，藤野对中国抱有同情，推脱村民需要，拒不售卖。药商走后，藤野叮嘱两个儿子：中国，乃是将文化教给日本之先生。严九郎开诊行医期间，继续反对日本发动的战争。根据《医师 藤野严九郎》记载，他曾在患者面前批判军队“不应与中国进行战争”。依照当时的治安维持法，那是有可能被举报的言行。

或许是造化弄人，长子恒弥考入东北帝国大学医学部，并成了一名军医。1945年1月1日，年仅25岁的恒弥在从军过程中于广岛陆军医院病故，稍后，藤野长子高中时期的友人、时年14岁的竹内美年子在火车上遇见了出诊回家的藤野：“那天正赶上下雨，我看见他披着蓑笠。那个年代披蓑笠的人已经不多，我印象里过去的武士才穿戴蓑笠，所以先生给我的印象非常独特。”

受于生活所迫，藤野仍然要在诊所工作。当年8月10日，藤野严九郎在出诊过程中倒在路上。

藤野的邻居、时年17岁的土田岩男回忆道：“那是1945年8月10日，他像往常一样出诊后准备回位于三国町的住处，忽然感觉到身体不适，走到一处叫小锅桥的地方，身体不支。有位老奶奶让他到她家住下，严九郎先生坚持要到我家。人们把他背到我家后，我们准备收拾榻榻米的房间给他住，他拒绝了。我们就在卧室兼厨房铺上褥子，我想为他搭上蚊帐，先生也说不需要。”

“第二天大概在11点左右，先生安详地离去了。当时邻居家来了几个大人。我当时在大阪上大学，因为营养不足，需要回家调剂就正好赶上先生去世。于是我和3位大人一起，送先生最后一程。”当时几乎所有家庭的年轻人都当兵打仗去了，村里只剩下老人和孩子，葬礼举办得非常简单。

4天之后，日本宣布无条件投降。

图册：

藤野严九郎在战后被认为是对中日友好作出了贡献。

1961年在福井市建立了纪念碑。

1983年5月18日，鲁迅的故乡绍兴市和藤野的故乡芦原町（现芦原市）结成友好城市。

1984年7月，他的故居被改造成藤野严九郎纪念馆。他生前任教的日本东北大学（原名东北帝国大学）设立了“东北大学藤野先生奖”。《藤野先生》作为中日两国的语文课课文，他的名字也广为人知。

2006年，北京的鲁迅博物馆和藤野的出生地福井县芦原市分别向东北大学赠送了鲁迅和藤野的胸像。

2024年，日本大阪举办了纪念藤野严九郎的展览，纪念藤野严九郎诞辰150周年。

1904年7月6日，即大约鲁迅到仙台前两个月，藤野由讲师升为教授。藤野生活朴素，当时教授上课，来回都坐人力车，而藤野则是步行，他住在空堀町，离仙台医专有步行三五分钟的距离。鲁迅离开仙台前曾到他家去过，他送给鲁迅一张照片，背面写上：“惜别藤野谨呈周君。”鲁迅为了安慰藤野，曾故意说：“我想去学生物学，先生教给我的学问，也还是有用的。”据说后来藤野跟侄子藤野恒三郎说过：“周君是个好学生……但不是当医生的人。看来是为研究生物学才学生理学和解剖学的。”恒三郎说，听藤野先生的口气，他是相信了鲁迅分别时为安慰他而说的想学生物学的话。

《藤野先生》（选自鲁迅《朝花夕拾》）

东京也无非是这样。上野的樱花烂熳的时节，望去确也像绯红的轻云，但花下也缺不了成群结队的“清国留学生”的速成班，头顶上盘着大辫子，顶得学生制帽的顶上高高耸起，形成一座富士山。也有解散辫子，盘得平的，除下帽来，油光可鉴，宛如小姑娘的发髻一般，还要将脖子扭几扭。实在标致极了。

中国留学生会馆的门房里有几本书买，有时还值得去一转；倘在上午，里面的几间洋房里倒也还可以坐坐的。但到傍晚，有一间的地板便常不免要咚咚咚地响得震天，兼以满房烟尘斗乱；问问精通时事的人，答道，“那是在学跳舞。”

到别的地方去看看，如何呢？

我就往仙台的医学专门学校去。从东京出发，不久便到一处驿站，写道：日暮里。不知怎地，我到还记得这名目。其次却只记得水户了，这是明的遗民朱舜水先生客死的地方。仙台是一个市镇，并不大；冬天冷得利害；还没有中国的学生。

大概是物以希为贵罢。北京的白菜运往浙江，便用红头绳系住菜根，倒挂在水果店头，尊为“胶菜”；福建野生着的芦荟，一到北京就请进温室，且美其名曰“龙舌兰”。我到仙台也颇受了这样的优待，不但学校不收学费，几个职员还为我的食宿操心。我先是住在监狱旁边一个客店里的，初冬已经颇冷，蚊子却还多，后来用被盖了全身，用衣服包了头脸，只留两个鼻孔出气。在这呼吸不息的地方，蚊子竟无从插嘴，居然睡安稳了。饭食也不坏。但一位先生却以为这客店也包办囚人的饭食，我住在那里不相宜，几次三番，几次三番地说。我虽然觉得客店兼办囚人的饭食和我不相干，然而好意难却，也只得别寻相宜的住处了。于是搬到别一家，离监狱也很远，可惜每天总要喝难以下咽的芋梗汤。

从此就看见许多陌生的先生，听到许多新鲜的讲义。解剖学是两个教授分任的。最初是骨学。其时进来的是一个黑瘦的先生，八字须，戴着眼镜，挟着一叠大大小小的书。一将书放在讲台上，便用了缓慢而很有顿挫的声调，向学生介绍自己道：“我就是叫作藤野严九郎的……。”后面有几个人笑起来了。他接着便讲述解剖学在日本发达的历史，那些大大小小的书，便是从最初到现今关于这一门学问的著作。起初有几本是线装的；还有翻刻中国译本的，他们的翻译和研究新的医学，并不比中国早。那坐在后面发笑的是上学年不及格的留级学生，在校已经一年，掌故颇为熟悉的了。他们便给新生讲演每个教授的历史。这藤野先生，据说是穿衣服太模胡了，有时竟会忘记带领结；冬天是一件旧外套，寒颤颤的，有一回上火车去，致使管车的疑心他是扒手，叫车里的客人大家小心些。

他们的话大概是真的，我就亲见他有一次上讲堂没有带领结。

过了一星期，大约是星期六，他使助手来叫我了。到得研究室，见他坐在人骨和许多单独的头骨中间，——他其时正在研究着头骨，后来有一篇论文在本校的杂志上发表出来。

“我的讲义，你能抄下来么？”他问。

“可以抄一点。”

“拿来我看！”

我交出所抄的讲义去，他收下了，第二三天便还我，并且说，此后每一星期要送给他看一回。我拿下来打开看时，很吃了一惊，同时也感到一种不安和感激。原来我的讲义已经从头到末，都用红笔添改过了，不但增加了许多脱漏的地方，连文法的错误，也都一一订正。这样一直继续到教完了他所担任的功课：骨学，血管学，神经学。

可惜我那时太不用功，有时也很任性。还记得有一回藤野先生将我叫到他的研究室里去，翻出我那讲义上的一个图来，是下臂的血管，指着，向我和蔼的说道：

“你看，你将这条血管移了一点位置了。——自然，这样一移，的确比较的好看些，然而解剖图不是美术，实物是那么样的，我们没法改换它。我给你改好了，以后你要全照着黑板上那样的画。”

但是我还不服气，口头答应着，心里却想道：

“图还是我画的不错；至于实在的情形，我心里自然记得的。”

学年试验完毕之后，我便到东京玩了一夏天，秋初再回学校，成绩早已发表了，同学一百余人之中，我在中间，不过是没有落第。这回藤野先生所担任的功课，是解剖实习和局部解剖学。

解剖实习了大概一星期，他又叫我去了，很高兴地，仍用了极有抑扬的声调对我说道：

“我因为听说中国人是很敬重鬼的，所以很担心，怕你不肯解剖尸体。现在总算放心了，没有这回事。”

但他也偶有使我很为难的时候。他听说中国的女人是裹脚的，但不知道详细，所以要问我怎么裹法，足骨变成怎样的畸形，还叹息道，“总要看一看才知道。究竟是怎么一回事呢？”

有一天，本级的学生会干事到我寓里来了，要借我的讲义看。我捡出来交给他们，却只翻检了一通，并没有带走。但他们一走，邮差就送到一封很厚的信，拆开看时，第一句是：

“你改悔罢！”

这是《新约》上的句子罢，但经托尔斯泰新近引用过的。其时正值日俄战争，托老先生便写了一封给俄国和日本的皇帝的信，开首便是这一句。日本报纸上很斥责他的不逊，爱国青年也愤然，然而暗地里却早受了他的影响了。其次的话，大略是说上年解剖学试验的题目，是藤野先生在讲义上做了记号，我预先知道的，所以能有这样的成绩。末尾是匿名。

我这才回忆到前几天的一件事。因为要开同级会，干事便在黑板上写广告，末一句是“请全数到会勿漏为要”，而且在“漏”字旁边加了一个圈。我当时虽然觉到圈得可笑，但是毫不介意，这回才悟出那字也在讥刺我了，犹言我得了教员漏泄出来的题目。

我便将这事告知了藤野先生；有几个和我熟识的同学也很不平，一同去诘责干事托辞检查的无礼，并且要求他们将检查的结果，发表出来。终于这流言消灭了，干事却又竭力运动，要收回那一封匿名信去。结末是我便将这托尔斯泰式的信退还了他们。

中国是弱国，所以中国人当然是低能儿，分数在六十分以上，便不是自己的能力了：也无怪他们疑惑。但我接着便有参观枪毙中国人的命运了。第二年添教霉菌学，细菌的形状是全用电影来显示的，一段落已完而还没有到下课的时候，便影几片时事的片子，自然都是日本战胜俄国的情形。但偏有中国人夹在里边：给俄国人做侦探，被日本军捕获，要枪毙了，围着看的也是一群中国人；在讲堂里的还有一个我。“万岁！”他们都拍掌欢呼起来。

这种欢呼，是每看一片都有的，但在我，这一声却特别听得刺耳。此后回到中国来，我看见那些闲看枪毙犯人的人们，他们也何尝不酒醉似的喝彩，——呜呼，无法可想！但在那时那地，我的意见却变化了。

到第二学年的终结，我便去寻藤野先生，告诉他我将不学医学，并且离开这仙台。他的脸色仿佛有些悲哀，似乎想说话，但竟没有说。

“我想去学生物学，先生教给我的学问，也还有用的。”其实我并没有决意要学生物学，因为看得他有些凄然，便说了一个慰安他的谎话。

“为医学而教的解剖学之类，怕于生物学也没有什么大帮助。”他叹息说。

将走的前几天，他叫我到他家里去，交给我一张照相，后面写着两个字道：“惜别”，还说希望将我的也送他。但我这时适值没有照相了；他便叮嘱我将来照了寄给他，并且时时通信告诉他此后的状况。

我离开仙台之后，就多年没有照过相，又因为状况也无聊，说起来无非使他失望，便连信也怕敢写了。经过的年月一多，话更无从说起，所以虽然有时想写信，却又难以下笔，这样的，竟没有寄过一封信和一张照片。从他那一面看起来，是一去之后，杳无音迅了。

但不知怎地，我总还时时记起他，在我所认为我师的之中，他是最使我感激，给我鼓励的一个。有时我常常想：他的对于我的热心的希望，不倦的教诲，小而言之，是为中国，就是希望中国有新的医学；大而言之，是为学术，就是希望新的医学传到中国去。他的性格，在我的眼里和心里是伟大的，虽然他的姓名并不为许多人所知道。

他所改正的讲义，我曾经订成三厚本，收藏着的，将作为永久的纪念。不幸七年前迁居的时候，中途毁坏了一口书箱，失去半箱书，恰巧这讲义也遗失在内了。责成运送局去找寻，寂无回信。只有他的照相挂在我北京寓居的东墙上，书桌对面。每当夜间疲倦，正想偷懒时，仰面在灯光中瞥见他黑瘦的面貌，似乎正要说出抑扬顿挫的话来，便使我忽又良心发现，而且增加勇气了，于是点上一枝烟，再继续写些为“正人君子”之流所深恶痛疾的文字。

十月十二日

藤野严九郎给鲁迅批改的讲义，实际上并没有丢失，但发现过程不明，一说一直保存在绍兴。

鲁迅的笔记本为A5大小，6本，共计1801页，为1904年9月到1906年3月间所记。记有藤野先生上课讲义的“脉管学笔记”（第334页）也是大约2个月后开始出现藤野先生用红笔作出的修改。据悉，修改的内容大部分是关于日语的用法，改得非常详细，甚至“感觉有点多余”。

关于这批讲义，可确定的捐赠信息是：鲁迅博物馆建馆前的1956年6月，许广平女士向北京鲁迅博物馆捐赠第一批文物时捐赠，被定为国家一级文物，全部六册笔记被完整、妥善保管。2005年，北京鲁迅博物馆将复制本提供给日本东北大学。

绯红：中国传统色彩名称，红色的一种，艳丽的深红。鲜红；通红。深红色。

标致：外表、风度等接近完美或理想境界，唤起美感上的极大享受.（在本文意是：漂亮，这里是反语，用来讽刺）

明的遗民朱舜水：即朱之瑜（1600-1682），号舜水，余姚（今属浙江）人。明末清初思想家。明亡后曾进行反清复明活动，失败后长往日本讲学。他忠于明朝，所以说是“明的遗民”。

落第：原指科举时代应试不中。这里指考试不及格。

斗乱：飞腾杂乱。斗，同“抖”。

精通时事：这是讽刺的说法。所谓“时事”，其实是一些无聊的事。

（藤野先生的侄子藤野恒三郎说）40年前，也就是鲁迅逝世的那一年，有一位记者拿来了一张鲁迅逝世时的照片给我叔父严九郎看。这时，我叔父才知道鲁迅逝世的消息，当时，严九郎正襟而坐，把那张照片举过头顶，然后提笔写了“谨忆周树人君”。

（摘自《心随东棹忆华年》，1976年11月7日《人民日报》）

《谨忆周树人君》全文内容

因为是多年前的旧事了，所以记忆不是很清楚。但我可以确定我从爱知医学专门学校转职到仙台医学专门学校是明治三十四年（1901年）末的事。在那之后两年或三年，周树人君作为第一个从中国来的留学生进入了仙台医学专门学校学习。因为是留学生，不需要参加入学考试，周树人君和一百人左右的新入校生以及三十多人的留级生一起听课。

周君身材不高，脸圆圆的，看上去人很聪明。记得那时周君的身材就不太好，脸色不是健康的血色。当时我主讲人体解剖学。周君上课时虽然非常认真地记笔记，可是从他入学时还不能充分地听、说日语的情况来看，学习上大概很吃力。于是我讲完课后就留下来，看看周君的笔记，把周君漏记、记错的地方添改过来。如果是在东京，周君大概会有很多留学生同胞，可是在仙台，因为只有周君一个中国人，想必他一定很寂寞。可是周君并没有让人感到他寂寞，只记得他上课时非常努力。

如果留下当时的纪录的话，就会知道周君的成绩，可惜什么纪录也没留下来。在我的记忆中不是非常优秀的学生。

那时我在仙台的空崛街买了房子，周君也到我家里来玩过，但也没有什么特别的印象了。如果我过世的妻子还在世的话，或许还可以回忆起一些事情。前年，我的长子藤野达也在福井中学时，主讲汉文的菅先生说：“这本书上写了你父亲的事，你拿去看看。如果真是那么回事，给我们也讲一讲那些事情。”于是长子达也借回了周君写的书让我看，这些作品似乎都是佐藤翻译的。

这以后大概过了半年，菅先生来和我会面，也谈到了书中所讲的那些事情。从菅先生那里，我知道周君回国之后成了优秀的文学家。菅先生去世了。听说在姬路师范当老师的前田先生也说过周君的一些事情。

让我再回到前面的话题。周君在仙台医学专门学校总共只学习了一年，以后就看不到他了，回忆起来好像当初周君学医就不是他内心的真正目标。周君临别时来我家道别，不过我忘记这次最后会面的具体时间了。据说周君直到去世一直把我的照片挂在寓所的墙上，我感到很高兴。可是我已经记不清是在什么时候、以什么样的形式把这张照片赠送给周君的了。

如果是毕业生的话，我会和他们一起拍纪念照，可是一次也没有和周君一起照过相。周君是怎样得到我这张照片的呢？说不定是妻子赠送给他的。周君文中写了我照片的事情，被他一写，我也很想看看自己当时的样子。我虽然被周君尊为唯一的恩师，但我所做的只不过是给他添改了一些笔记。因此被周君尊为唯一的恩师，我自己也觉得有些不可思议。

少年时代我向福井藩校毕业的野坂先生学习过汉文，所以我很尊敬中国人的先贤，同时也感到要爱惜来自这个国家的人们。这大概就是我让周君感到特别亲切、特别感激的缘故吧。周君在小说里、或是对他的朋友，都把我称为恩师，如果我能早些读到他的这些作品就好了。听说周君直到逝世前都想知道我的消息，如果我能早些和周君联系上的话，周君会该有多么欢喜啊。

可是什么也无济于事了，真是遗憾。我退休后居住在偏僻的农村里，对外面的世界无甚了解，尤其对文学是个完全不懂的门外汉。前些天从报纸上得知周君鲁迅去世的消息，让我回忆起上面所说的那些事情。不知周君的家人如何生活？周君有没有孩子？深切吊唁把我这些微不足道的亲切当作莫大恩情加以感激的周君之灵，同时祈祷周君家人健康安泰。

自20世纪50年代，《藤野先生》选入中国大陆初中语文教科书中的必读内容。20世纪70年代以来，竹内好翻译的《藤野先生》先后被筑摩书房、三省堂选为“高中国语教科书”的现代文课文。藤野严九郎作为鲁迅的恩师“藤野先生”而闻名中日两国。

藤野严九郎在乡下行医时，很多农民生活艰苦，看病交不起医药费。即使病人没钱，藤野严九郎也会好好看病，因此贫苦的人来看病时，就会带一些种得比较好的蔬菜水果作为酬谢，因此藤野严九郎家里常常到处是蔬菜。有时候家里的西瓜太多了，只能放在浴缸里。藤野严九郎在家乡行医十余年，广受当地居民认可。

鲁迅去世后不久，日本侵华战争全面爆发。期间，军方曾向藤野严九郎索要他诊所囤有的药品，但都被他以诊治乡民为由拒绝。藤野严九郎曾告诉妻子，日本的文化来自中国，日本应该对中国抱有敬意，对中国的侵略应该立刻停止。他还说，再过100年，中国会变得非常强大，到时候日本会发现侵略中国是个错误，可到那时候已经晚了，因为已经给中国造成了巨大的伤痛。

鲁迅（1881年9月25日—1936年10月19日），原名周树人，字豫才，浙江绍兴人，是中国文学家、思想家、革命家和教育家。鲁迅一生在文学创作、文学批评、思想研究、文学史研究、翻译、美术理论引进、基础科学介绍和古籍校勘与研究等多个领域具有重大贡献。他对于五四运动以后的中国社会思想文化发展具有重大影响，蜚声世界文坛，尤其在韩国、日本思想文化领域有极其重要的地位和影响。

父亲：藤野升八郎（亦有译名为“藤野昇八郎”）

藤野升八郎（？—1882年），曾先后在京都小石元瑞开办的私塾堂和大阪有名的西洋医学堂学习西洋医学。藤野严九郎是他的第三个儿子。在藤野升八郎和其父辈时代，日本社会普遍重视乡村医学。当时在首都学习西洋医学的人们，有一部分毕业后回到各自的家乡，为当地人民的幸福贡献自己的医学新知识。藤野严九郎的家就是一个典型的乡村医学家庭。

祖父：藤野勤所

藤野勤所师从的是西洋医学研究专家宇田川玄真和宇田榕庵。宇田川玄真是日本实用临床解剖学的名著《医学提纲》的作者，发明过很多解剖学用语。藤野严九郎的祖父藤野勤所作为宇田川玄真的门徒，还和后来成为日本著名的西洋医学专家的坪井信道是同窗及亲友。

妻子：梨花夫人

梨花夫人，生年不详，为藤野严九郎原配夫人，痴迷日本传统音乐。于大正五年(1916年，即民国五年)，旧病复发住进金泽医专附属医院,不久病亡。按照藤野严九郎先生的意愿,梨花夫人遗体捐给医院用作解剖。

妻子：文子

文子（？—2021年），为藤野严九郎的二婚妻子，文子有过一次婚姻,后因夫君亡故回到娘家。结婚时先生 45 岁,文子夫人 25 岁。文子是当时三国町首富的长女，其娘家在三国镇从事海运业。有这样的家庭援助，藤野严九郎在三国镇开办了一家耳鼻咽喉科医院。文子与藤野严九郎育有2子。

长子：藤野恒弥

藤野恒弥（1919年—1945年1月1日），在福井中学学习四年,毕业后考入金泽的第四高等学校(理科甲类)，最终考进东北帝国大学医学部。东北帝国大学医学部毕业后，应征入伍做军医。后转战腊包尔一带,却因胸部罹疾，于昭和二十年（1945年）1月1日在广岛陆军医院去世。

次子：藤野龙弥

藤野龙弥（1923年—？），毕业于海军士官学校，后在海上保安厅工作，育有两子，其中一人早亡。

孙子：藤野幸弥

藤野幸弥，藤野龙弥之子。大学毕业后，藤野幸弥一直在横滨从事农业方面的工作，他一直没有结婚，更没有子女。他至今还保留着一本《高等汉文》，里面他最喜欢的篇章是《史记》名篇《鸿门宴》，那是他弟弟读中学使用过的课本。他唯一的弟弟，在40多岁时就已因病去世。2021年，藤野幸弥的唯一的亲人母亲离世。

大哥：敏太郎

敏太郎，早亡，相关资料不详。

二哥：明次郎（亦称为“明二郎”）

明次郎，相关资料不详。

侄子：藤野恒三郎

藤野恒三郎（1907年—1992年），藤野严九郎的二哥明次郎的三儿子，日本基础医学研究专家，曾任大阪医科大学副教授、大阪（帝国）大学微生物病研究所教授等职务。1950年在调查研究大阪地区发生的集团食物中毒事件中，成功发现并分离出肠炎弧菌（副溶血弧菌）。曾以肠炎弧菌研究荣获“朝日文化奖和“日本细菌学会浅川奖”。在藤野严九郎的后辈亲属中，恒三郎与叔父藤野严九郎接触较多关系最好，也几乎唯有他留下了为数不少的回忆文字，如《观赏新国剧〈藤野先生〉》《藤野先生与鲁迅》《惜别碑》《叔父藤野严九郎》等。

汉语老师：野坂源三郎

野坂源三郎是藤野严九郎的汉语教师。他原任福井领地的中坚武士。明治维新以后，由下番迁居邻近的中番地区，开办了私塾学堂，对本地的子弟施行教育。野坂源三郎作为福井领地的军事技术专家，却非常热心教育事业，他的弟子们也评价他是一位好先生。藤野严九郎在野坂源三郎那里学习汉语，这对他以后关心和尊敬中国文化以及对鲁迅先生在日本仙台学医给予深切关怀，可能有一定影响。

文学作品：《谨忆周树人君》

民国二十五年（1936年）10月19日，鲁迅先生逝世。得知鲁迅逝世的消息时，藤野严九郎“正襟而坐，把（报纸上）那张照片举过头顶”，然后接受记者访谈作了《谨忆周树人君》（又译名《怀念周树人先生》）。这篇文章刊登于《文学案内》杂志三月号。

藤野严九郎墓地位于日本芦原市福元寺内，有两块墓碑，左边一块是严九郎的次子藤野龙弥在昭和三十三年（1958年）单独为藤野严九郎修建竖立的，黑色的大理石墓碑较为光亮，背面刻有碑文。

1983年，绍兴市和芦原市缔结友好城市，藤野严九郎之子藤野龙弥同意将房子捐给市政府，用做纪念馆。老屋两易其址，2011年搬迁到芦原温泉火车站对面，乘客一出站就能看到纪念馆。

1964年，藤野先生故乡福井市的足羽山公园设立了藤野严九郎“惜别之碑”，揭幕仪式聚集近百人。纪念碑上面镌刻着藤野先生的头像和“惜别”两字，字体来自藤野先生在送给鲁迅照片背面的亲笔题字。“惜别”，从此成为这段交往的主题词，也成为芦原市展示给中国的一张名片。

1980年，在藤野先生出生地，建立了周海婴题写的“藤野严九郎碑”。出生地与墓地所在的福元寺只隔着一条两车道的马路，现在马路旁边还多了一块小小的石碑，上面刻着汉字：“藤野严九郎生诞之地。”

1990年，在藤野先生纪念馆前树立藤野严九郎与鲁迅先生的雕像，雕像落成的时候，藤野幸弥（藤野严九郎之孙）和鲁迅先生的儿子周海婴都出席了揭幕仪式。

2007年，一座藤野先生的铜像被运到中国，安放在北京鲁迅博物馆。

日本东北大学至今仍保留着鲁迅使用过的桌椅和教室，并设立“东北大学藤野先生奖”“东北大学藤野先生纪念奖”，用以表彰优秀的中国留学生。

2018年开始，芦原市开始在藤野严九郎的祭日（8月11日）于藤野家祠堂所在的福元寺举行“惜别祭”。来自福井县内外的人们聚在一起，诵读《藤野先生》，感怀百年前师生之间的拳拳情谊。

2024年4月至6月，大阪大学待兼山会馆举办“三位藤野先生”展。展览围绕藤野家三代人在医学、文学方面的贡献与交流展开，第二部分介绍的便是鲁迅和藤野严九郎这对师生。