1801年3月19日，老奥希金斯去世，奥希金斯获得了遗产继承权。他获知消息后启程回国继承遗产。1802年4月19日抵达瓦尔帕莱索港，后前往圣地亚哥。在圣地亚哥，他受到表兄托马斯·奥希金斯的欢迎。之后他在表兄家暂住，后将母亲和同母异父的妹妹等亲人接到圣地亚哥定居。

奥希金斯整理父亲的遗产，他先是在获得了父亲在奇廉的庄园。后又获得4300头牛、540匹马和16689块土地，同时他开始使用父姓，名字也由此变为“贝尔纳多·奥希金斯·里克尔梅”。整理完父亲的遗产后，他将老奥希金斯的遗产与家人平分，并和家人共同经营产业。他引入外国农作物和先进农业技术，收获颇丰。到1810年，奥希金斯家中已经拥有10228头牛，还有了葡萄园和葡萄酒庄，并雇佣了大约400个佃农耕地，种植土豆和小麦等农作物。他们和当地的马普切人保持着良好的关系，并与马普切人的酋长有友好往来。

奥希金斯在经营产业的同时还积极投入政治活动。他后来在智利南部康塞普西翁省当了一名低级官吏。1804年担任奇廉市市长；1806年被任命为拉哈市市政厅代表。奥希金斯在这期间把主要精力放在革命的宣传活动上，他与康塞普西翁省的革命领袖胡安·马丁内斯·德·罗萨斯一起成立“文艺”俱乐部，团结了一大批有革命思想的爱国志士，为智利的独立积聚了力量。

19世纪初期，拿破仑战争动摇了伊比利亚半岛上两个国家君主政体的基础。1809年，法国占领西班牙并派代表接管西班牙拉丁美洲殖民地；到1810年，西班牙本土大部分已被拿破仑军队占领。由于国王被囚禁，西班牙出现了政治真空，中断了与拉丁美洲的联系。各殖民地人民受到极大鼓舞，西属美洲的独立运动就此拉开帷幕。智利人民也乘宗主国混乱，殖民力量削弱的机会，掀起了独立运动。

1810年，阿根廷的布宜诺斯艾利斯人民发动起义（五月革命）。解除当地总督的职务，成立中央政府“洪达（执政委员会）”的消息，传到了圣地亚哥，激发了智利爱国者的斗争热忱。奥希金斯等革命者四处奔走，不知疲倦地进行爱国宣传活动。7月11日，圣地亚哥市民集会游行，抗议总督的镇压，并和爱国者一起要求建立智利的“洪达”。这迫使加西亚·卡拉斯科取消放逐令。7月16日，加西亚·卡拉斯科辞职，将总督职位交给已经83岁的智利土生白人军官马特奥·托罗·德·桑布拉诺。而此时奥希金斯认为争取智利独立的时机已经到来，开始在康塞普西翁一带组织民兵，他组织了两个骑兵团的兵力。

在智利人民的压力之下，智利总督同意召开公开的市政会议。1810年9月18日，在圣地亚哥中心商业法庭大厦，召开了由400多位市民代表组成的市政会议。市政会议在“我们要洪达”的呼声中成立了由9人组成的第一届智利洪达政府，前总督马特奥·托罗·德·桑布拉诺成为智利第一届洪达政府主席。其余8名成员是：何塞·安东尼奥·马丁内斯·德·阿拉杜纳特（圣地亚哥大主教，洪达副主席）、加斯帕尔·马林（秘书）、何塞·格雷戈里奥·阿戈梅多（秘书）、胡安·马丁内斯·德·罗萨斯、费尔南多·马尔克斯·德·拉普拉塔、伊格纳西奥·德·拉·卡雷拉、弗朗西斯科·哈维尔·德·拉纳、胡安·恩里克·罗萨莱斯。这标志着第一个由智利人选出的政府机构的诞生。智利人民为了纪念这个伟大的日子，把9月18日定为智利的国庆日。

当奥希金斯得知智利第一届洪达政府成立后，立即离开康塞普西翁前往圣地亚哥，与自己的朋友、身为洪达成员的罗萨斯会面，奥希金斯提议实行自由贸易制度、召开国民大会、预备军队以应对西班牙保王派的入侵。

1811年2月28日，洪达政府授予奥希金斯中校军衔，将他在康塞普西翁组织的民兵正式编入洪达政府军队当中，同时任命奥希金斯为这支军团的指挥官。4月5日，奥希金斯当选为洛斯安戈斯市国民大会代表，前往圣地亚哥，筹备将要召开的智利第一届国民大会，但筹备工作在地方代表人选问题上产生了争议。4月30日，各省代表参加表决，一致抗议圣地亚哥市将参加国民会议的代表由6人增加至12人。这一争议差点中断了国民大会的筹备进程，最后各方达成妥协，筹备进程才得以继续。

1811年7月4日，第一届国民大会在圣地亚哥召开，在国民大会中保守派和温和派占大多数，爱国派仅13名代表，奥希金斯作为爱国派的代表，成为激进派的领导人之一。在大会上，奥希金斯等爱国派激烈反对从国库中拿出资金资助西班牙抵御法国皇帝拿破仑。会后洪达与国民大会合为一体，至此洪达政府的使命已经完成。

智利革命的消息传到了西班牙后，在西班牙服过役的何塞·米格尔·卡雷拉认为这是在政治舞台攫取权力的好时机。他不顾受伤未愈，赶回智利参加革命。

1811年9月4日，卡雷拉利用他所掌握的军队，发动兵变，强迫国民大会进行改组，成立了新的执政委员会，使爱国派在国民大会中占多数，同时任命他的兄弟为军事指挥官，奥希金斯成为执政委员会成员之一。当年11月15日和12月2日，卡雷拉又连续发动两次兵变，达到独掌政府权力的目的。奥希金斯、加斯帕尔·马林和罗萨斯等人对卡雷拉表示不满，辞去执政委员会职务。12月14日，奥希金斯离开圣地亚哥，前往康塞普西翁，与卡雷拉分庭抗礼。奥希金斯等人领导的康塞普西翁省反对卡雷拉的独裁统治。1812年3月，双方调动军队至毛莱河前线准备交战。4月，奥希金斯提议攻打圣地亚哥，但遭到了罗萨斯的反对。最终，罗萨斯选择了妥协，从毛莱河前线撤军。而康塞普西翁省的军队不满罗萨斯的退让，举行暴动，推翻了罗萨斯的领导。之后一部分人归附卡雷拉，一部分人继续在康塞普西翁省坚持斗争，而奥希金斯在4月底选择了隐退，回到了他在洛斯安戈斯的庄园。

1813年初，西属秘鲁总督辖区的殖民当局向智利人民反扑，派遣安东尼奥·帕雷哈将军镇压智利革命。帕雷哈从奇洛埃岛登陆，不久就占领了瓦尔迪维亚，攻下了塔尔卡瓦诺。3月末，帕雷哈已经率西班牙军占领了康塞普西翁省至毛莱河一带的许多城市。而执政官卡雷拉在军事上却镇压保王党不力，节节败退。

1813年3月底，当奥希金斯得知帕雷哈已率军占领多座城镇后，立即离开庄园，重新集结旧部，前往塔尔卡增援爱国军。4月5日，奥希金斯抵达塔尔卡，而卡雷拉也同时抵达，卡雷拉此时担任爱国军总司令。在西班牙军的进攻面前，奥希金斯不计较个人恩怨，带领军队支持卡雷拉。当天晚上，奥希金斯率军侦察保王党在利纳雷斯的驻军，这是他在智利独立战争中参加的第一场战役。而后奥希金斯率军骚扰毛莱河以南的保王党军队，并在利纳雷斯和帕纳尔招募成年男性参加爱国军。不久，他获得了洪达政府授予的上校军衔。5月中旬，他继续率军进攻盘踞在圣卡洛斯的保王党军队。而后继续向南进攻，与此同时，何塞·米格尔·卡雷拉在人民的支持下，在同西班牙军队作战时也取得了一些胜利，收复了康塞普西翁、塔尔卡瓦诺等城市，西班牙军龟缩到奇廉城。5月27日，奥希金斯前往洛斯安戈斯，招募了1400余人，为进攻奇廉做准备。

1813年7月初，爱国军在卡雷拉的领导下进攻奇廉城。奇廉城在保王派军官胡安·弗朗西斯科·桑切斯的控制之下，城防坚固，爱国军发动了多次进攻但均以失败告终。由于军事失利，军队士气不断低落，使卡雷拉的声誉下降。当年10月16日，保王军进攻驻扎在伊塔河附近的何塞·米格尔·卡雷拉的军队，卡雷拉的军队一片混乱，爱国军遭到惨败，卡雷拉被包围，被迫跳到了河里以求自救。而此时，奥希金斯率领爱国军前来增援。他手持步枪，高呼：“跟我来！勇敢的人们，无论是生存还是死亡，荣誉属于你们！”奥希金斯的士兵高呼：“万岁！”之后奥希金斯的军队击退了保王军，营救了身陷困境的卡雷拉。卡雷拉在事后承认奥希金斯的举动是英雄的举动。

1813年10月21日，由于卡雷拉镇压保王党不力，加上他专横跋扈，执政委员会以革命的名义剥夺他的军事指挥权，同时任命奥希金斯为爱国军总司令。

1814年1月，西班牙的援军由加维诺·盖恩萨将军率领，向智利发动新的军事进攻。盖恩萨的军队在阿劳科登陆，奥希金斯的母亲和同母异父的妹妹被保王党抓获。3月，奥希金斯同意与保王派互换战俘，母亲和妹妹得以被释放。与此同时何塞·米格尔·卡雷拉和他的兄弟路易斯·卡雷拉在彭科港兵败被俘，并于当年3月押往奇廉城。而后奥希金斯率领军队向北方挺进，他在伊塔河成功阻击保王党军队，在紧急关头保卫了首都圣地亚哥，还赶在西班牙主力军之前，在克拉罗河右岸的克切雷瓜斯截住西班牙军。由于奥希金斯在战斗中表现了非凡的机智和勇敢，被人们誉为“能干的将军”。

经过一年多奋战，爱国军和西班牙军双方相持不下。经英国海军上校詹姆斯·希利尔的调停，洪达政府与西班牙军于1814年5月3日签订了《利尔卡伊条约》，双方实行停战。奥希金斯对这一协议表示支持，认为协议可使智利人有时间整顿内部事务。

这次停战只是权宜之计，爱国军和西班牙双方都想以退为进，重整旗鼓，来消灭对方。奥希金斯准备继续战斗。西班牙军则阴谋利用革命队伍内部的矛盾，故意从奇廉城放走何塞·米格尔·卡雷拉和他的兄弟路易斯·卡雷拉。卡雷拉兄弟回到圣地亚哥纠集旧部，7月23日发动政变，重新夺取了领导权。奥希金斯拒绝承认卡雷拉为领导，准备与卡雷拉兵戎相见。此时，秘鲁总督何塞·费尔南多·阿瓦斯卡尔撕毁停战协议，派遣马里亚诺·奥索里奥率5000大军再次镇压智利的革命。9月，奥索里奥的大军攻陷圣费尔南多。奥希金斯为顾全大局，与卡雷拉重新合作，共同对敌。

1814年9月底，西班牙殖民军以3倍于爱国军的兵力进攻兰卡瓜要塞。10月1日到2日，奥希金斯率军在卡查波亚尔河畔的兰卡瓜镇广场与西班牙军激战，而卡雷拉却临阵脱逃。爱国军惨遭失败，奥希金斯在弹尽粮绝的情况下率200人突出重围，爱国军主力丧失殆尽，兰卡瓜沦陷，这为西班牙殖民者打开了通往圣地亚哥的大门，爱国军此时也无力守卫首都圣地亚哥。10月2日，卡雷拉辞去执政官一职，逃往阿根廷。

卡雷拉辞职后，奥希金斯率爱国军余部及其家人也向安第斯山转移，撤往阿根廷。10月8日抵达阿根廷库约省的门多萨，投入何塞·德·圣马丁（这时他任库约省省长）军中。几日后，卡雷拉抵达阿根廷，而后由于卡雷拉不服圣马丁指挥，与其兄弟取道布宜诺斯艾利斯到美国求援。

兰卡瓜战役后，西班牙军占领整个智利，恢复了殖民统治。智利人民在曼努埃尔·罗德里格斯的领导下进行游击战争。奥希金斯在阿根廷受到圣马丁的重用。圣马丁早就制定了解放智利，从海路进攻西班牙在美洲的殖民老巢——秘鲁的远征计划。他任命奥希金斯为远征军副司令，在门多萨厉兵秣马，积极准备，用两年多的时间积聚力量，编练举世闻名的“安第斯山军”，为解放智利和秘鲁作准备。

1817年1月，在奥希金斯的协助下，圣马丁指挥4000人的安第斯大军翻越安第斯山同奥希金斯一起进军智利。2月12日，奥希金斯指挥军队在查卡布科打败西班牙军，次日占领首都圣地亚哥。2月14日，圣马丁与奥希金斯在圣地亚哥胜利会师。首都人民涌上街头，欣喜若狂地欢迎祖国的解放者。接着，由圣马丁提议，奥希金斯当了智利的最高执政官。奥希金斯执政后继续扫荡智利国土上的西班牙势力，解放了智利广大地区。西班牙军的残兵败将龟缩在塔尔卡瓦诺苟延残喘。1818年2月12日，即查卡布科战役一周年之际，奥希金斯在塔尔卡签署宣布智利共和国正式成立的法令，正式宣布智利独立，成立共和国。

1817年2月17日，奥希金斯正式就任智利执政官，成为智利独立后首位执政官，不久后将自己晋升为大元帅。他执政后努力扫清保王党残余势力，规划解放秘鲁，制定了一系列改革措施。

智利共和国宣布成立之后，西班牙殖民者并不甘心，不久便派马里亚诺·奥索里奥率军前来镇压智利革命。3月19日，由圣马丁担任总指挥的革命军与西班牙殖民军在塔尔卡城东北面的坎查拉亚达平原会战。革命军遭到失败，奥希金斯本人右臂负伤，被迫退回圣地亚哥。在圣地亚哥，圣马丁对民众发表了简短有力、激动人心的演说。他说：“我们4000多全副武装的士兵仍然存在，我们的祖国仍然存在，而且必将取得胜利。我以自己的名誉保证，南美光荣的日子很快就要到来！”为了抗击殖民军的进攻，奥希金斯和圣马丁及时整顿了爱国军。在圣地亚哥市民的支持下，再一次战胜了殖民军。4月5日，爱国军和殖民军又在圣地亚哥南部的迈普平原展开决战，即历史上著名的迈普战役。这场战斗进行的异常激烈，圣马丁亲临前线指挥爱国军英勇奋战，打退了西班牙军的多次进攻。而奥希金斯一面在首都圣地亚哥养伤，一面组织后勤与预备队支援前线。当时，尽管奥希金斯发着高烧，还是架着负伤的右臂率领1000余人，在群众的欢呼声中离开圣地亚哥城奔赴战场。据说他在离开首都之前说过这样的话：“我虽然只有一只手臂，但我将用这一只手臂来决定国家的命运。”当革命军与西班牙军战斗正酣之时，奥希金斯率援军与圣马丁会合，一举打败了西班牙军，取得了决定性胜利，当殖民军被击败的时刻，奥希金斯到达了圣马丁的指挥所，他拥抱着圣马丁喊道：“光荣属于智利的救星！”圣马丁回答说：智利将永远不会忘记今天亲自来到战场的那位卓越的负伤战士的名字。“迈普战役宣告胜利结束，它在拉美独立史上具有重大意义。

奥希金斯执政后，释放了在胡安·费尔南德斯群岛上被西班牙殖民者囚禁的爱国者，同时他支持圣马丁解放秘鲁的战争。1819年，奥希金斯开始封锁秘鲁港口，禁止西班牙商船的活动，并通过军舰将圣马丁的部队运至秘鲁南部地区。圣马丁的军队从南部开始进攻，最终解放秘鲁。奥希金斯虽然没有直接参与解放秘鲁的行动，但在人力及财力上对这次胜利做出了巨大贡献。

奥希金斯担任国家元首之后，滋长了宗派主义情绪。在他的默许下，革命军1818年4月8日在门多萨省逮捕和枪决了卡雷拉的两个兄弟胡安·何塞·卡雷拉和路易斯·卡雷拉。这一行动遭到在智利国内很有威望的曼努埃尔·罗德里格斯的反对，奥希金斯也就逮捕和杀害了他。1821年，奥希金斯又在门多萨杀害了卡雷拉。1822年，举行制宪会议，奥希金斯主持会议，通过了智利共和国成立后的第二部宪法，规定将奥希金斯的集权统治再延长10年。这种排除异己和加强集权的行为，在智利内部引起了严重的宗派斗争。同时，奥希金斯的改革措施，并没有从根本上动摇智利的封建制度，却引起了大庄园主、军队和天主教会等保守势力的不满和反对。从而导致了内乱保守派乘机在各地组织军事暴动，蓄谋推翻奥希金斯的政府。1822年11月，拉蒙·弗雷拉·塞拉诺将军在康塞普西翁首先起事。不久全国骚动，奥希金斯处于四面楚歌之中。

1823年2月28日，圣地亚哥发生骚乱。军队不服从奥希金斯的指挥（奥希金斯在当年2月21日失去对陆军的控制权）。市民代表要求他引咎辞职，奥希金斯曾试图说服反对他的正在集会的人们。面对喧闹声，奥希金斯喊道：”煽动的叫喊也罢，威胁也罢，都吓不倒我。我今天藐视死亡，就像我曾经在战场上藐视过它一样。“但是，当他发现形势已不可逆转时，不得不交出权力，遂发表了一个庄重的、富有爱国激情的隐退声明。他说：“我感到遗憾，我必须辞职而没有使那些制度成为永久的，那些制度对于这个国家来说一直被认为是适当的，并且是我曾宣誓要加以保护的。但是我感到安慰的是，至少智利从一切外国的统治下获得了独立，使它受到了外国的尊敬，并使它以其战功而享受荣誉······我现在是一个普通公民了。”此后新政府对他进行了长达几个月的“公众审判”。在宣布无罪后，奥希金斯和他的家人流亡秘鲁。

1823年7月28日，奥希金斯和他的家人抵达秘鲁卡亚俄港，不久后移居利马。秘鲁政府授予奥希金斯荣誉和地产，奥希金斯和他的家人居住在秘鲁首都利马的庄园。他在秘鲁期间过着类似流亡者的生活，他盼望能被重新召回智利。

奥希金斯侨居秘鲁期间，他支持西蒙·玻利瓦尔的爱国军解放其他南美国家，他曾和玻利瓦尔共同庆祝阿亚库乔战役的胜利。1836年，安德烈斯·圣克鲁斯攻占秘鲁后建立秘鲁-玻利维亚邦联，奥希金斯表示反对成立邦联。之后他支持了智利针对秘鲁-玻利维亚邦联的战争，向智利政府通报敌情。而后调解两国的冲突，但没有成功。

1841年3月智利总统选举时，奥希金斯被一位议员提名为总统候选人，但他在选举中只获得了1票，且当时他远在秘鲁，智利议会于1842年恢复了奥希金斯的荣誉，并允许奥希金斯回国。但奥希金斯的身体状况已极其糟糕，无法进行长远的旅行，况且他已决心隐退，安度晚年。奥希金斯人生最后的时光在利马度过，1842年10月24日，奥希金斯因病在秘鲁首都利马逝世，享年64岁。1869年他的遗体被送回智利，安葬在圣地亚哥大公墓的中心。

奥希金斯成为最高执政官后，毫不留情的清除了革命营垒中某些觊觎国家最高权力的对手，逐步平定了南方保王党的军队，于是国内局势趋于稳定。同时颁布了1818年宪法，规定建立一个由5人组成的、具有立法权的参议院，与奥希金斯共同行使行政统治权；同时设立一个掌管高级司法权的最高审判法庭，并将圣地亚哥定为智利首都。这部宪法使奥希金斯为自己保留了极大的权力，对国家实行集权统治。

奥希金斯执政后，为了整顿市容，政府组织人民在圣地亚哥修建林荫大道，开辟新市场，清理垃圾及污物，铺砌了一些街道，改进了街道的照明，开辟了公共墓地，使圣地亚哥的市容大为改观。奥希金斯为了整顿社会风尚，对一些不良的社会传统风尚采取了一些措施。禁止斗牛、斗鸡、斗殴、酗酒和赌博，设立城市警察，严惩匪盗，处死歹徒。

为了扫除封建旧习，奥希金斯下令取缔贵族爵位，禁止出卖官职并废除长子继承制，将平民中功勋卓著者组成“功臣会”与贵族抗衡，借以打击封建贵族的势力。奥希金斯对教会神职人员采取区别对待的政策：凡是顽固维护西班牙殖民统治、反对独立运动者，一律撤职或驱逐，凡是支持独立运动者，政府则委派他们继续从事教会事务。同时，奥希金斯允许新教的存在，以此削弱天主教会的势力。

奥希金斯执政后，改革国家的税制，以增加国家的财政收入。他将总海关从圣地亚哥迁到瓦尔帕莱索，使这一城市成为西海岸的销售中心；同时制定了严厉的反走私措施，关闭了政府的货栈。1822年修改了基本贸易法，并重建了遭地震毁坏的科波亚城。为了发展农业，奥希金斯修建了拉美最大的水利工程之一——迈普运河。

奥希金斯执政后，重视发展国民教育，恢复了曾经关闭的智利国家学院，建立拉塞莱纳中学及瓦尔帕来索和圣地亚哥的采用兰开斯特教学法（英国教育学家约瑟夫·兰开斯特的教育法教育学生，即学校中成绩优良的学生应该辅导学习不好的学生）的公立学校，并由各地市政会和修道院负责大力发展初等教育事业。

1818年，奥希金斯在圣地亚哥市建立智利国家剧院；建立公共图书馆，赞助印刷业的发展，鼓励外国书籍和杂志进口；免去图书、期刊和报纸的税收，出版书报；健康的文化生活取代各种愚昧落后的社会陋习。以提高国民的文化水平。

在军事上，奥希金斯组建了一支拥有4500人的陆军军队，并从1819年开始担任陆军总司令。他把缴获的西班牙船只及从英国、美国买来的船舰组成了一支有23艘战舰和1600名海军的国家舰队，成为拉丁美洲历史上第一支革命派的海军。奥希金斯利用它们，有力地保卫了智利的海防，清除了国土上西班牙保王分子的残余势力。在1817年3月和1818年8月分别创办了陆军学校和海军学校。

在外交上，奥希金斯与各国政府修好。他继续维持与阿根廷的友好关系，与独立后的秘鲁和大哥伦比亚结成反西班牙同盟，并取得了美国的承认和英国的借款。

奥希金斯是一位资产阶级革命家，在智利的解放战争中作出了重要的贡献，被誉为智利的“解放者”。他虽然在革命后期居功自傲，不善于治国安民，但他在智利独立运动中的功劳是不可磨灭的，奥希金斯是智利的国父，是智利历史上当之无愧的民族英雄。奥希金斯一生忠诚于智利和南美的独立事业。人们概括他的一生是：1810年的爱国者，1813年的将军，1823年的独裁者，1823年以后的一位“伟大公民”。

贝尔纳多·奥希金斯·里克尔梅是爱尔兰移民的后裔。

奥希金斯一生并没有正式结婚，但他和一个叫罗萨里奥·普加的女人有一个私生子：佩德罗·梅特罗奥·德·奥希金斯（1817年—1868年），而根据2001年智利一部关于奥希金斯的纪录片显示，奥希金斯还有一个出生于1809年的女儿。目前，奥希金斯的后裔在居住在秘鲁的利马、卡涅特等地。

奥希金斯在智利被人民广泛的纪念，他被尊称为智利的“国父”，智利国旗是由奥希金斯所设计。首都圣地亚哥有以奥希金斯命名的大街、公园，在总统府莫内达宫前的宪法广场上，树立着奥希金斯的铜雕像，基座下写着“祖国祭坛”字样的大理石棺柩中，安放着将军的遗骨。奥希金斯在智利历史上占有重要地位并深为智利人民所敬仰。每逢11月2日智利亡人节和8月20日他的诞辰纪念日，许多人来到他的雕像前并献上用鲜花和智利国花科皮乌埃编成的花圈。1956年创立的贝尔纳多·奥希金斯勋章用来授予对智利做出贡献的人。

奥希金斯所建立的军事学校最后以他的名字命名，奥希金斯的头像曾被印在智利货币上。智利海军的一些军舰以奥希金斯的名字命名。智利的第六大区解放者贝尔纳多·奥希金斯将军大区是为了纪念他而命名的。在爱尔兰首都都柏林的梅林广场和哥伦比亚首都圣菲波哥大智利大街（72号大街）也竖立着奥希金斯的雕像。