1652年，发生了汉人起义抗荷的郭怀一事件，荷兰人为巩固其殖民统治，又在普罗民遮街北方建造了普罗民遮城。当时台江潮水可直达城下，闽人称水涯高处为“墈”，讹做“崁”，加上城楼砖瓦皆赤色，在阳光映照下一片火红，因此又称“赤崁楼”。又因它是长满红色头发的荷兰人修建并驻防，所以汉人又称该城为红毛楼。普罗民遮城是用糖水、糯米汁，搅拌蚝壳灰，叠砖建造而成。周围约一百四十一公尺，楼高十公尺半，南北角有瞭望台，还有古井与地窖两所，储存粮食预留水源，作为战时的准备。

承天府

1661年4月，郑成功在任职荷兰通事之汉人何斌的引导下，通过鹿耳门港道，越渡台江内海，首先攻下普城。之后，郑氏立刻改普罗民遮城为东都明京，设承天府，并颁布谕告：“东都明京，开国立家，可为万世不拔基业”，设一府二县。在东都暂居9个月以后，郑成功再攻下热兰遮城，结束了荷兰在台湾38年的经营。

稍后，郑成功改热兰遮城为安平镇，做为郑氏府第；已改名为原普罗民遮城则是做为全岛最高行政机构。然而不到半年，郑成功即因病逝世。世子郑经即位之后不久，在1664年废东都，改称东宁。承天府裁废后，赤崁楼便成为储藏火药的场所。

清代

1721年，朱一贵起义反清，赤崁楼的铁铸门额被拆去镕铸武器。以后再加上人为的残损，风雨飘蚀、地震颠摇，到后来，赤崁楼只余下四周的颓兀城墙，呈现一片凄清荒凉的景象。

1788年乾隆晚年平定林爽文事件，清朝将福康安将军平定过程刻成八块长方形石碑碑文，以汉文、满文撰写，立置放于赤崁楼（邻近清治时代台湾知府衙门），供人阅览瞻仰。

19世纪后半叶，大士殿、海神庙、蓬壶书院、文昌阁、五子祠等建筑，先后盖在赤崁楼的原址上。这五座建筑物，巍峨高耸，为破落的赤崁城址平添了壮伟气派。

日本对台殖民统治以后

日本对台湾殖民时期，日本人则以海神庙和文昌阁、五子祠当做医院和学生宿舍。

1921年，日本人在拆除大士殿重整该址时，又重新发现了普罗民遮城的旧堡门，然后又发掘到东北角的荷兰炮台残迹，以及通到堡垒地下室的门户，因此将之为历史馆。

战后，重加修缮，成为台南市立历史博物馆。1974年又重修一次，而成今貌。

赤崁楼在1983年被宣布为国家一级古迹。

如今的赤崁楼已完全看不出当年荷兰人所建的普罗民遮城的模样，文昌阁与海神庙两座红瓦飞檐的中国传统建筑是赤崁楼的标记，海神庙位于南面，文昌阁位于北面，二者屋顶均是重檐歇山的表现，重檐之间实即为二楼部分，绕以绿釉花瓶栏杆；文昌阁前的石马后方有一个门洞，就是当年普罗民遮城的大门；目前赤崁楼分三层，楼上以砖石砌成，有曲折的通道；楼上飞檐雕栏，赤崁城楼下有九只大石龟各负丈余的石碑，是乾隆亲撰旌表平定林爽文之乱的御碑。此外还有别处迁来 的断足石马、郑公墓道碑等古物，颇为特别。

另外，赤崁楼还拥有广阔的庭园，除了可供游人散步以外，庭园中也摆设了多项历史文物，其中最引人注目的就是一字排开的御龟碑，驮着碑的其实并非龟，而是龙九个儿子之一，名为赑屃，传说中善駄重物，因此常被用来做为碑的底座。

走进赤崁楼，首先看到的楼前广阔的庭园。

庭园东南角，有一座雕塑——郑成功议和图。据说，这座雕塑原名郑成功受降图，当时的荷兰人是跪着的，后来荷兰领导向台湾当局提意见，说给荷兰人一点面子，才让荷兰人站起来了。

大理石基座上，刻有郑成功生平简介。为建立稳固的抗清基地，1661年3月23日，郑成功率大军2.5万人，战舰350余艘，从金门料罗湾出师东征台湾。4月初一日，郑成功舰队进入鹿耳门水道，登陆台湾，先克赤嵌，继围热兰遮城。12月13日（公历1662年2月1日），荷兰总督揆一在孤立无援、大势已去的情况下向郑成功乞降，离开占领达38年的台湾。郑成功改台湾为东都，置赤嵌为承天府，设天兴、万年二县，奠定台湾政权建设的基础。

赤崁楼南面墙下，最引人注目的就是一字排开的九座御龟碑。清朝乾隆51年,天地会的林爽文在台湾举兵起乱，清朝赶紧命令陕甘总督福康安率军到台平定乱事。乾隆五十三年（1788年），战乱平定，乾隆皇帝很高兴，亲自写了五篇诗文纪念这件事，并制作十座碑石与龟座，其中四座全刻满文四座全刻汉文二座满汉文合刻，其中一座在嘉义的公园(真碑假龟)，另外九座最早放在台南南门路附近纪念福康安的生祠里，日据时期生祠毁坏，于1935年移到大南门的外城，1950年才被搬到现在的位置，成为赤崁楼受人注意的焦点。

这些碑的名称是“御制剿灭台湾逆贼生擒林爽文记事语之满（汉）文碑”，这些驮着碑的其实并非乌龟，而是赑屃（bìxì），他是龙的九个儿子之一，因此，这些碑也称赑屃御碑。

今日的赤崁楼已完全看不出当年荷兰人所建的“普罗民遮城”的模样，今天所说的赤崁楼主要包括海神庙和文昌阁两座红瓦飞檐的中国传统建筑，它们是赤崁楼的标记。这两座阁楼建造在高高的台基之上，海神庙位于南面，文昌阁位于北面，二者屋顶均是重檐歇山式，重檐之间实即为二楼部分，绕以绿釉花瓶栏杆。

现在悬挂“赤崁楼”门匾的阁楼，其实是海神庙，周长为45丈3尺，高3丈6尺，共分三层，雕栏凌空，轩豁四达。

同治13年（1874年）,日本人藉牡丹社事件（日方称征台之役，当时日本曾进兵至屏东县牡丹乡）想扩大用武力侵台,当时清朝廷大臣沈葆桢（林则徐女婿）奉旨来台阻止日本人侵犯，当年的5月1日沈葆桢由大陆马尾乘船来台,当时天气状况本来应该会有大风大浪，可是沈葆桢的船队却一路平安，沈葆桢觉得是海神保佑，所以请光绪皇帝准建海神庙。

跨进门厅，迎面是郑成功画像，只是有些模糊。现在的海神庙是台南市文物陈列馆，内部陈列赤崁楼相关文史资料。

因为是海神庙，所以特别在海神庙二楼陈列了许多古时候的船的模型与潘丽水先生所画的四海龙王图像，还有沈葆桢《安平海神请加封号折》。

海神庙的后门是两个像花瓶形状的门洞,代表著“平安”的意思。门楣上有一只兔子趴在芭蕉叶上的图案，代表著“玉兔东升”的吉祥意义。

海神庙与文昌阁之间，有一座半月形水井，称为红毛井,相传是荷兰人建普罗民遮城时就存在了。据说红毛井下面有地道通到四公里远外的安平热兰遮城(安平古堡),当年郑成功入城围攻时，荷兰人便利用此密道逃往安平。但当时两城之间隔著台江内海,所以虽然传说不断，至今仍未勘探成功。

文昌阁是清朝光绪年间台湾知县沈受谦为了振兴文教而修建的，当时他在赤崁楼北侧修建了蓬壶书院、文昌阁、五子祠等，以崇祀五文昌、魁星帝君及宋代大儒周敦颐五子。

现在文昌阁一楼除供有文昌帝君外，还有清代科举考试制度介绍，当时台湾的童试都选在台南府城当考场，想要考上秀才,可都要来府城观光一下。

台湾人信奉的五文昌包括文昌帝君（张亚子）、文衡帝君（关羽）、孚佑帝君（吕洞宾）、魁星星君和朱衣星君（或说是朱熹）。

文昌阁二楼供奉五文昌之一的魁星爷，他是我国神话中主宰文章兴衰的神，也是科举时代的考试神，据说这尊原供书院师生参拜以求金榜题名的魁星爷极为灵验，每届考季，神案上便排满了各色准考证、学生证，祈求神灵护佑。

魁星是北斗七星的自然崇拜，也许你觉得主管功名科举的魁星一定是一位文质彬彬的白面书生，其实大谬不然，他不仅相貌丑陋，而且面目狰狞。他的面貌取自于魁字象形,他的脸像鬼,右手拿着沾红墨的朱笔，左手拿墨斗,右脚踏的是龙头鱼身的鳌的头,左脚翘起来踢星斗,他的模样与造型,都代表“独占鳌头”、“状元及第”的意思。

文昌阁后面，有普城稜堡残迹。最早荷兰人建造的普罗民遮城，东北西南各有一座稜堡，上有瞭望亭，用作军事用途。荷式城堡颓毁后，原迹不见，清人于故垒上建闽南式建筑——五子祠，供奉宋明理学五子：程颐、程颢、周敦颐、朱熹、张载。日据时期，五子祠于风灾中倾毁，当年荷兰人砖砌东北稜堡之残垣断壁与圆拱遂得见天日，这是今天赤崁楼中最具史料价值的遗存。

文昌阁前方，有蓬壶书院遗迹。光绪十二年（1886年），台湾知县沈受谦购买民地，将原来在开山路吕祖庙内的“引心书院”迁到赤崁楼的北端重建,改名“蓬壶书院”，最初的建筑包括有门厅、讲堂、文昌阁与五子祠等，是府城最大的书院，与海东、崇文两书院合称“府城三大书院”。1906年台南大地震，讲堂毁坏，五子祠也毁于台风，只留现在看到的闽南式建筑风格的门厅，这是台南市清代所建书院中留存至今的遗迹。“蓬壶书院”的门匾是沈受谦所题。

文昌阁与海神庙西面楼基的墙壁下，有大大小小总计二十多块碑石,因为规模比南门赑屃御碑小,所以称为“小碑林”。这些石刻的内容包括有营造图、禁令、造桥、修庙、旌表等，非常丰富。

文昌阁楼基下，有一个门洞，这是当年荷兰人修筑的普罗民遮城的原始入口。1652年荷兰人修建此城堡时，入口向西，与四公里外的热兰遮城（今安平古堡）互为犄角，守护台江内海。1942年日本人维修赤崁楼时，拆除楼前大士殿，人们得以重见普罗民遮城的原始入口。为安全起见，所发现深度仅及顶上文昌阁尾椽，但门内曲折之台阶痕迹隐约可见。

普罗民遮城原始入口前，右边是一匹断足石马。这匹石马在乾隆末年本是放在盐行洲仔尾郑其仁坟前的石刻，日据时期才移到这里。郑其仁是在剿灭林爽文起事的过程中阵亡的，据说这匹石马常在半夜骚扰百姓，践踏农作物，所以被打断了腿，变成了断足石马，现在它的断腿已经被补好了。

原始入口左前方的这块石碑，是双面石碑，正面是光绪19年（1893年）的中文碑，内容是大士殿捐题修理建醮芳名；背面则是昭和19年（1944年）当时日据时期的台南市长羽岛又男立的日文碑，内容是用日文刻的“赤崁楼修复记”。据说，昭和19年，赤崁楼修复工程赶工时，将大士殿拆除，这块碑也被拆除，当时太平洋战争十分激烈，日本面临材料与资金缺乏的情况，为了立“赤崁楼修复记”碑，所以用“大士殿捐题修理建醮芳名”碑的另一面来使用。

赤崁楼，在台湾开拓史上具有重要的历史文化价值，它曾经是全台湾的号令中心，见证过台湾政权的更迭和历史沧桑，感受过东方与西方文明的碰撞，这里的一砖一瓦，都有说不完的故事，都凝聚着民族的兴衰荣辱。据说，因为它重大的历史文化价值，《华盛顿邮报》曾将赤崁楼列为世界十大景点之一。

赤崁楼是赤崁文化园区的一部分，周边还有祀典武庙、大天后宫等一级古迹，结合起来就像一座古城博物馆。

台南市内还拥有许多历史的热门旅游地点，而且邻近的景点也相当受到民众的欢迎，例如亿载金城、安平古堡等，而台南旅游观光潮流，也正蓬勃发展，当地业者也花招百出，让台南旅游、台南观光内容能吸引更多的游客。

赤嵌楼位于民族路、赤嵌街交叉口。

自台南火车站前搭17路市公车，于赤嵌楼下车即抵。

至台南火车站前方巴士站，南站搭程88，88区间车，北站搭程99，99区间车，购买台湾好行88、99一日好行套票80元、当日搭程不限次数可游历台南市各大观光景点。

台南美味的鳝鱼意面、棺材板等传统小吃，让国内外游客能彻底体验台南地道的人文风情！