1863年希门尼斯在总统竞选中获胜，当选为哥斯达黎加总统，希门尼斯上台后，为因国内战争而流亡的萨尔瓦多总统格拉尔多·巴里奥斯提供避难场所。并与哥伦比亚签订了边界条约，在1864年还进行了哥斯达黎加国内第一次人口普查。1866年，希门尼斯在总统竞选中败选，何塞·玛丽亚·卡斯特罗·马德里斯当选总统。1868年希门尼斯发动政变再次担任总统，执政期间哥斯达黎加利用强大的咖啡出口收入成为世界上首个实行义务教育的国家，1869年还颁布法令，规定无论是男孩还是女孩，一律接受义务教育。