十四年三月，风霾求言。焕请恢圣度，纳忠言，谨?频笑，信政令，时召大臣商榷治理，次第举行实政，弊在内府者一切报罢，而饬戒督抚有司务求民瘼。帝嘉纳焉。寻迁工部右侍郎。改吏部，进左。乞假去。起南京右都御史，以亲老辞。时焕兄辽东巡抚佥都御史燿亦乞归养。吏部言二人情同，燿为长子，且任封疆久，可听其归。乃趣焕就职。寻召为刑部尚书。议日本贡事，力言非策。男子诸龙光讦奏李如松通倭下吏，并及其党陈仲登枷赤日中，期满戍瘴乡。焕以盛暑必毙，而二人罪不当死，两疏力争。忤旨，诘责。复以议浙江巡按彭应参狱失帝意，遂引疾归。再起南京右都御史，就改吏部尚书，皆不赴。家居十六年。召拜刑部尚书，寻兼署兵部。

四十年二月，孙丕扬去，改署吏部。时神宗怠于于事，曹署多空。内阁惟叶向高，杜门者已三月。六卿止一焕在，又兼署吏部，吏部无复堂上官。兵部尚书李化龙卒，召王象乾未至，亦不除侍郎。户、礼、工三部各止一侍郎而已。都察院自温纯罢去，八年无正官。故事，给事中五十人，御史一百十人，至是皆不过十人。焕累疏乞除补。帝皆不报。其年八月，遂用焕为吏部尚书，诸部亦除侍郎四人。既而考选命下，补给事中十七人，御史五十人，言路称盛。

然是时朋党已成，中朝议论角立。焕素有清望，骤起田间，于朝臣本无所左右，顾雅不善东林。诸攻东林者乘间入之。所举措往往不协清议，先后为御史李若星、给事中孙振基所劾。帝皆优诏慰留之。已，兵部主事卜履吉为署部事都御史孙玮所论。焕以履吉罪轻，拟夺俸三月。给事中赵兴邦劾焕徇私。焕疏辨，再乞罢。向高言：“今国事艰难，人才日寡。在野者既赐环无期，在朝者复晨星无几，乃大小臣工，日寻水火，甚非国家福也。臣愿自今已后共捐成心，忧国事，议论听之言官，主张听之当事。使大臣得展布而毋苦言官之掣肘，言官得发舒而毋患当事之摧残，天下事尚可为也。”因请谕焕起视事，焕乃出。

以年例出振基及御史王时熙、魏云中于外。三人尝力攻汤宾尹、熊廷弼者，又不移咨都察院，于是御史汤兆京守故事争，且诋焕。焕屡疏讦辩，杜门不出，诏慰起之。兆京以争不得，投劾径归。其同官李邦华、周起元、孙居相，及户部郎中贺烺交章劾焕擅权，请还振基等于言路。帝为夺诸臣俸，贬烺官以慰焕。焕请去益力。九月，遂叩首阙前，出城待命。帝犹遣谕留。给事中李成名复劾焕伐异党同，焕遂称疾笃，坚不起。逾月，乃许乘传归。

四十六年，吏部尚书郑继之去国。时党人势成，清流斥逐已尽。齐党亓诗教挚尤张。以焕为乡人老而易制，力引焕代继之，年七十有七矣。比至，一听诗教指挥，不敢异同，由是素望益损。帝终以焕清操，委信之。七月，辽东告警，焕率廷臣诣文华门固请帝临朝议政。抵暮，始遣中官谕之退，而诸军机要务废阁如故。焕等复具疏趣之，且作危语曰：“他日蓟门蹂躏，敌人叩阍，陛下能高枕深宫，称疾谢却之乎？”帝由是嗛焉。考满当增秩，寝不报。焕寻卒，恤典不及。光宗立，始赐如制。熹宗初，赠太子太保。