此百字明咒包含了新旧密宗一切如海寂静、愤怒本尊心咒之精华，所以强力猛烈地祈祷金刚萨垛，念诵百字明咒，等于祈祷一切本尊，念诵一切本尊心咒。而金刚萨垛心咒是百字明咒之精华，因此，无论念百字明还是念心咒，只要修法相应，具足无伪的信心，毫无疑问可以净除一切破密乘戒、菩萨戒、别解脱戒所犯根本罪及支分罪，更何况其他一般罪障。忏除罪障的关键是行者一定要生起信心来认真修持。《普贤上师言教》云：“如果如此一心专注，并不掺杂庸俗之语，而一次性地（在同一段时间中）念诵一百零八遍百字明，则往昔所造的一切罪障及失戒必定全部得以清净，这是上师金刚萨垛亲口允诺的。《无垢忏续》中也说：‘百字明中一切善逝的智慧精华，能够净除所有的失戒与分别念的罪障，称为一切忏悔之王。若一次性念诵一百零八遍，则可酬补一切所失之戒，将从三恶趣中获得解脱。任何一个修行者如果能发誓念诵，则不但此人今生会被三世佛视为胜妙长子而加以救护，而且后世也无疑将成为诸佛之长子。’此外进入密宗金刚乘之门后，无论失毁了根本誓言还是支分誓言，如果每天观修金刚萨垛并念诵二十一遍百字明，则称为加持堕罪，即堕罪所产生的异熟果不会越来越增长。如果念诵十万遍百字明，则可彻底清净一切堕罪。如《庄严藏续》云：‘妙观白莲月垫上，上师金刚萨垛尊，依照百字明仪轨，倘若念诵二十一，即将加持堕罪故，使其不复得增长，诸成就者所宣说，恒时精进当修持。倘若已诵十万遍，必将清净诸堕罪。’”