2004年12月21日，名铁西口检票新设。

2004年12月22日，JR、名铁联络检票新设。

名古屋铁道、名古屋本线、东海旅客铁道、东海道本线、中央本线、名古屋市营地下铁名城线－车站编号为M01。名港线－车站编号为E01。

地面一层的南门至北门间为公共步道，步道的两侧为各交通机构检票口，西侧为JR检票口、东侧是名铁检票口、站内北口两侧为地下铁入口。地下一层（注：此层站台与地面为水渠式结构，不能严格地称之为地下，但同位于此层水平线上的地下铁检票口则是地下。）为JR、名铁站台，JR与名铁站台互相穿插共4列岛式站台组成，由北开始分别是JR中央本线、名铁神宫前方向、名铁名古屋方向、JR东海道本线。地下铁检票口位于同层北侧地下位置。地下二层为地下铁站台，由双岛式四线构成。名铁右回旋、名铁左回旋、名港线这三个方向构成。

地上二层为JR连接通道、公共设施，其间由邮局、小型店铺以及饮食店构成。公共设施部分亦设有通道连接至“Asunal”（一家日本小型商店，其名称为日式英语，原意为“明日なる，意为“明天会更好”）。

过去、JR金山站是东海道线所使用，名铁只能停在JR金山站与金山桥(注：由于水渠式结构的原因，铁道与公路交叉的地方地势被抬高并建桥连接公路在铁道之上。金山站南口前面的公路桥被叫作金山桥。)之间的金山桥站，各个线路之间的换乘非常不便。在1989年的世界设计博览会开幕的时候，修建起可以连接南北的步道、新增地下铁出入口（手扶电梯）、新增JR东海道本线的站台、与名铁金山桥站合并成现在的金山站。此后在雨天不会弄湿衣服，也能短时间内在各个站之间进行转乘。而且车站南面的方便性被大幅提高。使得经营管理者、使用者、周边居民机构受益匪浅。

在2004年，名古屋站因为需要当担起2005年日本世界博览会和中部国际机场之间转乘的重要环节（注:2005年爱知地球博览会时，许多外国游客从中部国际机场到爱知地球博览会会场时需要在该站转乘。）而对站内进行过改进，在3月名铁的东出入口、12月在西出入口增加了JR和名铁间的换乘检票口。在地下铁方向增设了介绍看版、线路图的金山站到中部国际机场的飞机时刻表。名古屋站JR中央塔大楼也建起来，站前巴士发车站也进行了改良。

该站站台是岛式，2岛4线式。名铁线从金山站到神宫前站根据方向不同有几条线，常滑线的列车在内侧行驶、名古屋本线的列车在外侧行驶。同时，为了利用名古屋站方向已有的2个的电轨线，以及分散从金山站到名古屋站的客流量而增设了从金山站到名古屋站之间的往返列车。又同时在神宫前方向增设跨越两条线路的道岔，来进行对丰桥站出发和到达中部国际机场的乘入列车的折返。以此来避开人流量较大、换车不太方便的名古屋站的压力，使得在金山站和神宫前站进行换车的乘客增加了起来。金山站被公共步道分为东栋和西栋，在东栋的检票口是东检票口（金山桥侧）和中央检票口，在西栋的是西检票口和JR的换乘检票口，一共四个检票口。在西栋大厅里设置有通往站台的直升电梯和全日空公司的机票搭乘手续自动受理机。

西栋的Mu票售票机是为了中部国际机场站而增设的Mu票售票机，设置后仅仅数个月后被中部国际机场站移到别的地方,不过，2005年9月JR乘换口有的东西移到别的地方。同时东栋Concourse也被安置。一部分的向导表示牌从以前的日语、英语之外又加上韩语、中文和葡萄牙语等，月台设置冷气和暖气完善的等候室，发车向导表示器和快速特快、特快的班车向导表示器也有了英语表示的LED表示器，(还有增加了英语广播，有时候在前往中部国际机场抵达时车站工作人员会用人声去播报站名等此列车相关信息)。

在东海道本线与中央本线上，分别各设有1面岛式月台，共2面4线之地面车站。本站是将中央本线之号志站（旧名：古渡号志站）迁移升级后而设置的车站。于1989年时建置了东海道本线的月台。并且在当初也未设置尾头桥车站，所以在当时东海道本线之热田车站至名古屋站之间并未设站。在东海道本线与中央本线彼此转乘时，需通过长度约50米之名铁名古屋本线上方之通路。剪票口则设于中央本线月台侧与通路中央之转搭名铁的剪票口共2处。

另外，在JR北海道根室本线中，也有同名之金山车站。

在名古屋地下铁之各站中，本站是唯一一座拥有2面4线之岛式月台。外侧2线轨道为名城线，内侧2线轨道为名港线。而在靠近东别院方向中，留有一条于正月初一之白天、清晨和深夜，往返于名古屋港方向之专用轨道。

剪票口设有南、中、北口共3处。出入口分别设置于通往公用通道之手扶梯及电梯以外，与通往地面之出入口共有6处。此外，本站也设置有通往中京大学文化市民会馆（旧名：名古屋市民会馆）之地下通路。

根据爱知县的统计，平成14年(2002年)在金山站的名铁的使用人数为日平均56947人。这是在所有名铁站中使用人数第二多的车站。

金山站前的开发事业，在1999年4月临近车站的一幢地下4层地上31层的金山南大楼竣工。在金山南出口还有有全日空饭店、名古屋波士顿美术馆等也在此建起。在金山站的北面建起金山巴士终点站、还有复合型的商业设施Asunal金山、还有Daiei百货公司等。

LOOP金山LOOP金山邮局Asunal金山（アスナル金山）名古屋市民会馆大荣（ダイエー,Daiei）金山店三菱东京日联银行金山分行三井住友银行金山分行金山南大楼名古屋波士顿美术馆名古屋都市中心名古屋全日空皇冠假日酒店永旺（イオン,AEON）热田购物中心佳世客（ジャスコ,JUSCO）热田店永旺热田购物中心店街金山商店街金山桥联合商店街金山神社

名古屋市营巴士、“金山”巴士总站荣21　荣～金山～泉乐通四丁目（经过神宫东门）金山11　金山～池下金山12　金山（经过樱山左回旋）～妙见町金山14　金山～瑞穂运动场东（经过樱山,瑞穂区政府）金山15　金山～瑞穂运动场东（经过热田泳池）金山16　金山～瑞穂运动场东（经过樱山,市大药学系）金山18　金山～要丁（经过地下铁堀田站）金山19　金山～野生花园（经过神宫东门）金山19　金山～泉乐通四丁目金山20　金山～权野（经过野立小学校）金山21　金山～中川车库前、地下铁高畑（经过长良桥）金山22　金山～中川车库前、地下铁高畑、戸田（经过筱原桥）金山23　金山～戸田荘、岩冢本通四丁目（经过尾头桥）金山25　金山～野迹站、港区役所（经过劳灾医院前）金山26　金山（右回旋）～金山（左回旋）中巡回线　金山～荣昭和巡回线　名古屋大学～金山～御器所名铁巴士（免费Shuttle巴士）金山综合站前（“南口”出发/到达）～永旺热田购物中心

名古屋铁道（名铁）名古屋本线μSKY特快车、快速特急车、特快车、□快速急行车、■普快车、■准快车神宫前站 - 金山站 - （部分之急行车停靠山王站） - 名铁名古屋站区间车神宫前站 - 金山站 - 山王站东海旅客铁道东海道本线特快车刈谷站 - 金山站 - 名古屋站返家直达（Home Liner）”、新快速大府站 - 金山站 - 名古屋站快车、区间快车共和站 - 金山站 - 名古屋站区间车热田站 - 金山站 - 尾头桥站中央本线部分特急列车“信浓号”之停靠站返家直达（Home Liner）”千种站 - （部分列车停靠鹤舞站） - 金山站 - 名古屋站中央直达（Central Liner）”千种站 - 金山站 - 名古屋站快车、区间车鹤舞站 - 金山站 - （山王号志站） - 名古屋站名古屋市营地下铁名城线西高藏站（M28） / 日比野站（名港线・E02） - 金山站（M01） - 东别院站（M02）名港线日比野站（E02） - 金山站（E01） - 东别院站（名城线・M02）