《钦定二十九条章程》第一条就立下了金瓶掣签制度。

“一、关于寻找活佛及呼图克图灵童的问题。依照藏人旧例，确认灵童必问卜于四大护法，如此难免发生弊端。大皇帝为求黄教得到兴隆，特赐一金瓶，今后遇到寻认灵童时，邀集四大护法将灵童的名字及出生年月，用满、汉、藏三种文字写于签牌上，放进瓶内，选派真正有学问之活佛，祈祷七日，然后由各呼图克图和驻藏大臣在大昭寺释迦牟尼像前正式认定。假若找到的灵童仅只一名，亦须将一个有灵童的名字的签牌，和一个没有名字的签牌，共同放置瓶内，假若抽出没有名字的签牌，就不能认定已寻得的儿童，而要另外寻找。达赖和班禅额尔德尼像父子一样，认定他们的灵童时，亦须将他们的名字用满、汉、藏三种文字写在签牌上，同样进行。这些都是大皇帝为了黄教的兴隆，和不使护法弄假作弊。这个金瓶常放在宗喀巴佛像前，需要保护净洁，并进行供养。”

中华民国蒙藏委员会1936年颁布《喇嘛转世办法》，承袭清制（第四条）。

1949年中华人民共和国成立后，第一个用金瓶掣签认定的大活佛是第十一世班禅额尔德尼·确吉杰布。而后又制定有《藏传佛教活佛转世管理办法》明确承袭金瓶掣签制度（第八条）。

金瓶又称为“金奔巴”或“金本巴”（“奔巴”藏语意为“瓶”）。金瓶掣签制度特别设立了两个金瓶，一个放在北京雍和宫，专供蒙古地区大活佛转世灵童掣签用。另一个置放在拉萨大昭寺，专门供西藏、青海等地掣签定大活佛转世灵童。凡蒙藏大活佛如章嘉、哲布尊丹巴、达赖、班禅等转世时，均须经金瓶掣签认定。

藏传佛教金瓶掣签使用的金瓶和玉签在西藏博物馆展出。每次举行金瓶掣签仪式，把金瓶和玉签从西藏博物馆护送到大昭寺，在释迦牟尼12岁等身像前举行仪式。

在清朝皇帝任命的摄政活佛或总管扎什伦布寺事务的扎萨克喇嘛主持寻访灵童后，由摄政召集僧俗官员会议，确定三名（或两名、四名）呼毕勒罕候选人，将详细情形向驻藏大臣禀报，请求转奏皇帝批准举行金瓶掣签。

在皇帝御批同意后，将确定的呼毕勒罕候选人及其亲属和师傅等接到拉萨，并经驻藏大臣和摄政、各大呼图克图看验，认为确有灵异后，方能举行掣签。

在掣签前将金本巴瓶从大昭寺迎到布达拉宫供有乾隆皇帝的僧装画像（圣容）和皇帝万岁牌位的萨松南杰殿，由大呼图克图率三大寺及布达拉宫南杰扎仓僧众（确定班禅转世呼毕勒罕时还有扎什伦布寺僧人）诵经祈祷七天或九天。

掣签之日，驻藏大臣和各大呼图克图、僧俗官员集会，用满文和藏文书写名签，核对无误后，由一名驻藏大臣封签（用黄纸包裹），放入金瓶中。

由在场的呼图克图及高僧等诵咒祈祷，由另一名驻藏大臣摇动金瓶，然后掣出一签，当众宣读掣中者名字，并交给在场藏汉官员传阅，然后还要取出未掣中的名签传阅，以示书写及掣出的名签真实无欺。掣签后即派人去呼毕勒罕住处报信祝贺。

掣签的情形和结果由驻藏大臣上奏皇帝，得到皇帝批准后，向呼毕勒罕宣读圣旨，才算完成金瓶掣签的全部程序。

经皇帝批准并派大员主持，举行坐床典礼（达赖喇嘛在布达拉宫、班禅额尔德尼在扎什伦布寺），活佛转世灵童的寻访、认定、继位事务才最后结束。

清朝中央政府制定和实施金瓶掣签制度，对当时的西藏、蒙古地区社会和佛教界产生了巨大的影响，意义深远。

在政治上，金瓶掣签是对活佛转世制度的进一步完善，通过制定颁布法律文书和采取一系列措施，将活佛转世呼毕勒罕由吹忠降神来指定，改变为由金瓶掣签来决定。究其实质是清朝中央政府以此维护和保持对认定大喇嘛转世呼毕勒罕的权力，这就进一步体现并强调了在达赖喇嘛、班禅额尔德尼等大活佛转世问题上中央的权威。此外，达赖喇嘛、班禅额尔德尼等大活佛示寂后，从转世灵童寻认、掣签乃至坐床都是遵照国家法定制度按部就班进行的，由驻藏大臣亲自照料，按照程序逐一报经皇帝批准，这就履行了法律和行政手续。

宗教上，由于金瓶掣签制度的实施完全按照藏传佛教仪轨来进行，在宗教上符合藏传佛教的基本教义，这就确定了金瓶掣签在宗教上的合法性，顺利地解决了宗教首领的地位和政治、经济权力的传承、延续问题。因此被佛教界、上层贵族世家和信教群众所接受。

实施金瓶掣签，把认定达赖喇嘛、班禅额尔德尼和大呼图克图、大活佛等转世呼毕勒罕的权力，从西藏地方集中到清朝中央，以防止蒙藏上层贵族夺取宗教权力，造成地方势力的膨胀，避免了历史上教派内部、教派与世俗贵族势力之间争夺转世呼毕勒罕的矛盾斗争乃至战乱的发生，有利于蒙藏社会的长期相对稳定。

金瓶掣签制度是清朝中央政府整饬、改革西藏行政管理体制，确立系统治藏法规中的一项重要内容，是管理大活佛的一项关键措施。它既符合政治手续、法律手续，也符合宗教手续；既体现了中央政府的权威，又体现了西藏地方隶属于中央政府管辖的历史事实；有利于维护和稳定蒙藏地区的社会局势，安定边疆，团结宗教上层人物和广大僧俗群众。金瓶掣签制度的设置和实施，它的立法思想是正确的，具体操作是可行的。经过百余年的实践证明，它是一个创造，积累了丰富经验，给后人以启迪。

嘉庆九年（1804年）十月廿日八世达赖喇嘛圆寂，首次遇到应以金瓶掣签确定达赖喇嘛转世的问题。三年后西藏摄政济咙呼图克图向驻藏大臣玉宁、文弼报告，在各地所报灵异幼童中以德格甸麻地方出生的春科土司之子最为灵异。玉宁、文弼接报后与七世班禅、济咙呼图克图、第穆呼图克图及噶伦、代本等前去验看，又召集僧俗官员集会商议后，向嘉庆帝奏报验看灵童的情形，并转奏七世班禅、济咙呼图克图领衔的请求将德格甸麻出生的灵童免予金瓶掣签作为达赖喇嘛的呼毕勒罕的奏折。由于济咙呼图克图等以全藏僧俗名义恳请，嘉庆帝对此考虑不周，轻信所奏，作为特例予以批准。嘉庆十三年（1808年）藏历九月廿二日，九世达赖喇嘛在布达拉宫坐床。

嘉庆二十年（1815年）九世达赖喇嘛圆寂。嘉庆二十三年(1818年)底，摄政第穆呼图克图等面见驻藏大臣玉麟、珂实克称，里塘出生一灵异幼孩，十分聪慧福相，应验卜兆无疑，各处再查不出可作呼毕勒罕之人，请求驻藏大臣代奏，将里塘幼童免予掣签作为九世达赖喇嘛的呼毕勒罕。次年2月，玉麟、珂实克将此情形奏报。但是这一次嘉庆帝不再允许免予掣签，并严加斥责，称：前次八世达赖喇嘛转世时允准免予掣签，是“朕一时轻信，犹以为悔。今里塘所报幼孩，其所述灵异，只出该处僧俗人等之口，何足征信？若遽听其言，定为达赖喇嘛之呼毕勒罕，此与从前指定一人者何异？该喇嘛狃以为常，将从前皇考圣断设瓶掣签之训岂不日久渐废。倘各处所报呼毕勒罕亦俱援此例，又将何以应之。此事殊有关系，玉麟等于第穆呼图克图率众呈请时不严行驳饬，辄代为陈奏办理，实为错误。玉麟、珂实克均着传旨申饬。此次里塘所报幼孩亦不必驳退，即作为入瓶签掣之一。仍饬该呼图克图等再行上紧寻访，俟其有具报者，总须再得其二，方可将三人之名一同缄封入瓶，遵照定制，对众诵经。

彼时玉麟、珂实克二人，一人封名，一人掣签，不令该喇嘛等经手，其掣出者方系达赖喇嘛真呼毕勒罕，必能住世长久，为众信奉。着将此旨明白传谕第穆呼图克图，毋许再行渎请”。接此圣旨后，策墨林诺们罕向前后藏、阿里等地各宗溪头人发出通知，要他们访查，将所有灵异幼童据实呈报。结果在工布、仁蚌、昌都阿塘乃仲、昌都萨岗各访得一名。经过详细考查后，直到道光元年（1821年）正月，策墨林活佛与僧俗官员商议后一致同意，以里塘幼童和昌都两名幼童上报，请驻藏大臣文干转奏，请求准予掣签。当年九月，道光帝降旨准奏。道光二年（1822年）正月十五日，举行了确定达赖喇嘛转世的首次金瓶掣签。当年四月底，道光帝批准金瓶掣签的结果。当年八月八日上午，由掣签确定的呼毕勒罕、里塘藏民罗桑年扎之子在布达拉宫坐床。此即十世达赖喇嘛楚臣嘉措。

道光十七年（1837年）十世达赖喇嘛圆寂。道光二十年底驻藏大臣孟保、海朴据西藏摄政策墨林诺们罕的报告，向道光帝奏称，已访得西藏所属之桑昂曲宗及四川打箭炉所属之孔萨土司等处出生幼童四名，拟令幼童家属和师傅将幼童带来拉萨，由班禅额尔德尼和策墨林诺们罕面加试验。翌年五月，四名幼童陆续到拉萨东面的桑阿林寺后，二十一日由驻藏大臣和七世班禅、策墨林诺们罕等前往看验，认为均有灵异，乃决定将四人名字入瓶掣签。经各寺呼图克图等在布达拉宫对金本巴瓶诵经七日后，于农历五月二十五日（藏历为二十四日）举行掣签。这次掣出的呼毕勒罕出自平素卖柴贫苦藏民之家，于道光二十二年（1842年）四月十六日在布达拉宫坐床，道光帝派章嘉呼图克图等入藏“看视”达赖喇嘛坐床，并向达赖喇嘛颁赐金册金印及御赐礼品。此即十一世达赖喇嘛克珠嘉措。

十一世达赖喇嘛圆寂后，咸丰七年（1857年），西藏摄政热振活佛向驻藏大臣满庆禀告，由西藏各地呈报灵异幼童并经初步考察，摄政和噶伦及各呼图克图僧俗官员商议，认为在桑日、沃喀、达布出生的三个幼童最为灵异，请求以他们入瓶掣签。咸丰帝批准了所奏事项。藏历土马年（1858年）正月初二日，金本巴瓶从大昭寺被迎请到布达拉宫供有皇帝圣容唐卡的萨松南杰殿，由经师普布觉活佛等高僧和南杰扎仓僧众一起对金本巴瓶举行十一天的供养诵经仪轨。当月十三日举行金瓶掣签，从金本巴瓶中掣出一个签牌，由呼图克图和驻藏大臣等人共同查看，随即向众人宣读沃喀洛桑丹增居美的名字。当时众人由于抑制不住的兴奋，齐声呼喊“拉嘉洛（神胜利了）！”驻藏大臣即向沃喀灵童之父道喜，灵童之父向皇帝圣容磕头谢恩，向驻藏大臣和各大呼图克图献了哈达。掣签结果奏报咸丰帝批准，咸丰八年（1858年）三月初一日咸丰颁布上谕准奏。咸丰十年（1860年）七月三日呼毕勒罕在布达拉宫坐床，此即十二世达赖喇嘛赤列嘉措。

光绪元年（1875年）十二世达赖喇嘛圆寂。两年后摄政济咙呼图克图向驻藏大臣松溎禀告 ，经请班禅大师等占卜授记，护法降神，明示灵童出生在东方或东南方，各地所报灵异儿童中经班禅大师等考查，认为达布朗敦出生的灵童征兆殊异，举止非凡，为众人所瞩望，故祈请转奏皇上恩准免予金瓶掣签，予以认定。此后又由各呼图克图、噶伦、三大寺堪布等僧俗大众盖印画押，向驻藏大臣呈递公禀，恳求免予掣签。经松溎转奏，光绪帝批准，决定将达布朗敦出生的灵童免予掣签，作为达赖喇嘛的呼毕勒罕，此即十三世达赖喇嘛土登嘉措。

咸丰三年（1853年）七世班禅丹贝尼玛圆寂，咸丰五年（1855年）十一世达赖喇嘛克珠嘉措圆寂，这样出现了西藏历史上罕见的差不多同时寻访达赖喇嘛和班禅大师的转世呼毕勒罕的情形。咸丰六年（1856年）驻藏大臣赫特贺据扎什伦布寺索本堪布扎萨克喇嘛郎结曲批的禀报，向咸丰帝奏报在后藏坠仓和前藏霞克巴地方各寻访到灵异幼童一名，请求准许以此入瓶掣签认定。八月间将幼童及其亲丁师傅接到拉萨，住在功德林拉让，经驻藏大臣及各呼图克图看验。

当年九月，咸丰帝颁布上谕批准掣签。接此上谕后，于十一月二十三日在布达拉宫萨松南杰殿皇帝圣容前举行金瓶掣签。掣定后藏坠仓出生的幼童为呼毕勒罕。即由扎什伦布的一名卓尼尔到功德林拉让向灵童及其父母报喜。掣签结果奏报咸丰帝批准后，咸丰十年（1860年）十月初二由驻藏大臣恩庆主持呼毕勒罕在扎什伦布寺举行坐床，是即八世班禅丹贝旺秋。这次掣签是以金瓶掣签确定班禅额尔德尼的转世的首例。

光绪七年（1881年）八世班禅圆寂。光绪十三年（1887年）总管扎什伦布寺事务的扎萨克喇嘛苏堃诺们罕罗布藏顿柱向驻藏大臣文硕禀报，经寻访和考察，找到在后藏托布加、前藏达布、墨竹工卡出生的灵异儿童三名。其中的托布加出生的幼童，经驻藏大臣指令确切复查据实申报后，仍以委实吉祥有兆上报，请求以此三名幼童入瓶掣签。经文硕向光绪帝奏准后，即将三名幼童及其亲属接到拉萨。次年正月十五日在布达拉宫萨松南杰殿皇帝圣容唐卡前举行金瓶掣签。先由摄政第穆呼图克图、甘丹赤巴、扎什伦布寺扎萨克喇嘛等人诵经，然后由文硕将三名幼童之名抄写于签上，放入金瓶中摇动，再用象牙筷子从中拣出一只，是塔布地区出生的仑珠嘉措。文硕即向光绪帝奏报了此次掣签的情形。光绪帝批准后，班禅呼毕勒罕于光绪十八年（1892年）正月初三日在扎什伦布坐床，是即九世班禅曲吉尼玛。

用金瓶掣签的办法来认定班禅转世灵童，是第十世班禅大师的遗愿，也是藏族代表人物和藏传佛教界活佛、高僧的一致愿望和要求。第十世班禅大师圆寂后，全国政协副主席阿沛·阿旺晋美和第十世班禅大师的经师嘉雅活佛，曾分别于1989年2月、1990年8月提出，要通过金瓶掣签的办法来认定大师转世灵童真身，最后在大昭寺释迦牟尼像前金瓶掣签认定。1995年3月，全国人民代表大会和全国政治协商会议召开期间，参加两会的藏传佛教界高僧活佛也都表示，采取金瓶掣签的办法认定第十世班禅转世灵童，是最合情合理、最公正的办法。

1995年11月29日，藏历木猪年十月八日，是藏传佛教一个大吉大利的日子。这一日，认定第十世班禅大师转世灵童的金瓶掣签仪式，在拉萨大昭寺释迦牟尼像前，按照藏传佛教仪轨隆重举行。

最终，经金瓶掣签认定，1990年2月13日（藏历第十七绕迥土蛇年十二月十九日）出生的西藏自治区嘉黎县坚赞诺布为第十世班禅额尔德尼转世灵童，继任为第十一世班禅额尔德尼。