核心区由4段河段构成：金沙江下游的横江口至南溪镇；长江上游江阳区的弥陀镇至永川的松溉镇；赤水河云南的鱼洞河至白车村、贵州仁怀市的五马河口至赤水市的大同河口；以及赤水河河口区。核心区面积10803.48公顷。

缓冲区由20段河段构成：金沙江下游横江出口至三块石以上500米；长江上游南溪镇至沙沱子、沱江口至弥陀镇、松灌镇至珞璜镇；赤水河支流扎西河港沟至马家呦、班鸠井村至何家寨、倒流河老盘地至渡口、倒流河河口至巴茅镇、妥泥河雨河至大湾镇、妥泥河牛滚逑至妥泥、铜车河中寨至打蕨坝、铜车河文笔山至天生桥、铜车河湖家寨至湾沟；赤水河河源段一碗水坪子至鱼洞；赤水河湾潭至五马河口、大同河口至习水河口；岷江新房子至岷江河口、支流越溪河码头上至新房子；南广河落角星至南广镇；长宁河古河镇至江安县。缓冲区面积15804公顷。

实验区由7段河段构成:金沙江下游向家坝至横江出口，长江上游沙沱子至沱江河口、珞璜镇至马桑溪大桥，赤水河水潦至湾潭，岷江月波至新房子，沱江胡市镇至沱江河口、永宁河渠坝至永宁河口。实验区面积6566.11公顷。

保护区水域分布有鱼类189种，9目21科99属，浮游植物6门53属，浮游动物51属87种，维管束植物24属33种，底栖动物40属50种。有国家一级保护水生野生动物白鲟、达氏鲟等，国家二级保护水生野生动物胭脂鱼、大鲵等，省重点保护水生野生动物岩原鲤、鲈鲤等，有岩原鲤、圆口铜鱼、长鳍吻鮈、四川白甲、异鳔鳅鮀、长薄鳅、四川华吸鳅、宜宾鲴、壮体鮡等38种长江上游特有鱼类。其中常见鱼类有50余种，主要经济鱼类有20余种（岩原鲤、圆口铜鱼、长吻鮠、中华倒刺鲃、南方鲇、长薄鳅、四川白甲、鳜、华鲮、长鳍吻鮈、黑尾近红鲌、异鳔鳅鮀、瓦氏黄颡鱼、鲤、鲫、鲢、鳙、草鱼等）。是中国重要的淡水鱼类种质基因库。

为维护长江上游鱼类种群多样性和长江上游自然生态环境，合理持续利用渔业资源，补救因水电工程建设和经济建设等人为因素对自然生态系统造成的影响，及时拯救长江上游濒危鱼类。

四川省、贵州省、云南省、重庆市及有关市、县都已设立了保护区管理局（处、站），在农业部统一领导协调下开展了大量的保护管理工作。法律法规制定、管护设施建设、渔民转产专业、珍稀特有鱼类增殖放流、保护区资源环境监测、社会经济调查、科学研究等工作正全面有效开展。

宜宾市在保护区范围的区、县有二区四县，分别是翠屏区、南溪区、屏山县、宜宾县、江安县、长宁县，宜宾市水产渔政局同时增挂国家级自然保护区管理处，全面管理辖区内保护区工作。

重庆段保护区机构设“一局、三处、两站”。重庆保护区管理局依托重庆市渔政渔港监督管理处建立。在长江巴南区渔洞江段设置“巴南管理处”，在长江江津区几江江段设置“江津管理处”，并分别在朱扬镇、白沙镇设置保护站，在长江永川区松溉镇江段设置“永川管理处”。管理机构人员编制共计32人。采用和当地渔政部门合署管理方式，实行“一套人马，两块牌子”。