由肉足鞭毛亚门动鞭毛虫纲所属原虫寄生所引起的疾病。中国主要有寄生于马、牛、骆驼血液的伊氏锥虫、寄生于马生殖器官的媾疫锥虫(见锥虫病)、寄生于犬的皮肤和内脏的杜氏利什曼虫、寄生于牛生殖器官的牛胎毛滴虫和寄生于禽类盲肠和肝脏的鞭毛组织滴虫等，对畜牧业生产为害严重。鞭毛虫的共同形态特征是具有 1～8条或更多的鞭毛作为运动器官,以鞭毛游离端的圆圈状振动而运动。虫体由原生质、若干个核以及其他构造物如轴柱、胞口、波动膜等组成。行纵分裂增殖。除媾疫锥虫、牛胎毛滴虫是由病畜与健畜之间交配时感染外，其他各种鞭毛虫都由吸血昆虫或蠕虫作媒介而传播。主要采取综合措施防治，包括早期发现病畜、及时隔离、应用药物防治以及消灭媒介昆虫等。