随着当时的清朝政府与大英帝国签订《南京条约》后，香港岛被割让给后者。英国炮兵和皇家海军将足球带到了香港，当时只限于外国人参加。

1886年，由英国商行的员工成立全亚洲成立最久而又继续运作的足球会──香港足球会，于1896年创办香港足球高级银牌赛，亦是全亚洲第一项足球锦标赛，由一艘驻港英国军舰山多伦舰的水兵夺得首届冠军，亚军则为九龙会。

到了1908年，香港甲组足球联赛正式筹办成立，首届联赛共有8队参加，分别是巴付陆军、海军船坞、炮兵、工程与军医5支英军球队，以及青年会、萄葡牙会及Boy's Own Club三个外国人组织，全部都是外籍球员，并无华人参与。首场联赛于同年12月5日下午2时于快活谷陆军球场举行，由巴付陆军对工程，结果两队赛和1－1。首届联赛冠军为巴付陆军。

早年香港足球联赛只有外国球员参与，头15届香港甲组足球联赛冠军均由英军及外国人垄断，直至1923-24年度，南华才成为首支夺得甲组联赛冠军的华人球队。

由南华主力球员出走组成的中华，于1927-28至1929-30年度更连夺三届甲组联赛冠军，成为香港足球史上首支联赛“三连冠”球队。

经过二次大战停顿后，香港甲组足球联赛于1946年初复办，首届赛事只得10队参加，由空军夺得冠军，第44营金冕多获得亚军，东方得到季军。

战后初期有7支华人球队角逐香港甲组足球联赛，分别是南华、东方、光华、杰志、星岛、中华及九巴，合称为“七华会”。

1950年代至1980年代初期，是香港甲组足球联赛的全盛时期，足球比赛疯靡全港，其中“南巴大战”更是脍炙人口，球迷为了轮候门票不惜通宵达旦轮候。南华、九巴、杰志、星岛、愉园、东华，以致后期出现的精工、宝路华，都是深受球迷欢迎的劲旅。

由于球队滥用外援，球队亏损严重，加上面对其他娱乐竞争，香港球市于1980年中期开始由盛转衰，三年“全华班”更是将球市推向衰落。由1979﹣1980年度球季开始，警察会不再租用花墟球场予足总作甲组赛事。1984年6月8日，宝路华宣布退出球坛。1986年，精工宣布退出球坛。1990年代初期的“东方王朝”，加上商业球队依波路、快译通，虽然曾经令球市出现过小阳春，但1998年揭发假波丑闻，球员陈子江、刘志远、韦君龙、陈志强及陆嘉荣被判处入狱及被罚终身停赛，令球市再次进入寒冬。

有多项改善香港足球联赛的发展建议，如：引入香港足球博彩、与中国足球协会超级联赛合并、引入内地球队（如南城地产、联华红牛、谢菲联）等。近年来，不少球队亦开始拥有自己所属的主场，以加强主场作赛的感染力，以吸引地区球迷，如：大埔足球会、天水围飞马等。香港足球总会亦曾多次邀请外国著名球队访港，以强队的吸引力增加入场观看球赛人数。此外，香港球队亦曾邀得著名前中国国家足球队成员加盟，如：吴群立、宫磊、范志毅、张恩华、李海强等。

2004年3月，发生甲组联赛30年来最严重的打斗事件，多达15名球员被罚停赛。2009年3月发生屯门普高足球会假波疑云和2010年5月，愉园多名国援涉及假波丑闻，廉政公署介入调查，国援球员于洋最终被判入狱。

2008年7月中旬，香港足球总会决定成立四人小组以研究成立职业足球联赛会，成员包括南华足球部主委罗杰承、杰志总领队伍健、愉园足球部主任兼总监陈文俊和四海足主陈天佑，负责撰写建议书小组参考东亚几个先进足球国家的足球联赛系统、制度和运作模式，与相关足球协会之间的关系、合作模式和文件/合约。计划书中亦针对香港足球联赛多年来的问题，包括场地分配及升降制度等问题。在甲组球会会议上，计划获得9间全部有派出代表出席的甲组球会一致支持，草拟好港职联计划书，提交香港足球总会董事局研究。2009年5月25日，香港足球总会在董事局会议上宣布成立一个工作小组，成员包括港职联筹委会代表南华足主罗杰承、杰志总领队伍健，足球总会代表主席梁孔德、副总干事林诚驹和法律顾问黄国基。然而该计划最终遭到同人大会否决，只是采纳了当中主客制建议。

2011年8月18日，香港足球总会董事及南华足主罗杰承于其网志上公布与Now宽带电视取得共识，将634频道改为香港足球频道，用于制作有关香港甲组联赛、乙组丙组联赛、青年赛事和学界赛事的节目。频道制作费部分由Now宽带电视赞助，另外部分由球会及足总负责，至于电视台的广告收入在扣除有关开支后，交由给足总分账。新频道将于9月3日直播球季首战杰志对晨曦的赛事。

2013年3月3日，应届高级组银牌冠军大埔足球会秘书长陈平指出，该队与南区足球队及屯门足球队三支地区球会同样具有财政困难。他透露三队已经联署发表公开信予民政事务局局长曾德成，期望可以提早商量及讨论增加资助，由目前每球季的60万港元增加至一半班费，以大埔为例即约300万港元。如果下季仍然没有合理资助，三队可能同时申请退出联赛。

2013年12月22日，香港甲组足球联赛发生了一个离奇的乌龙球事件，被称为“屯门事件”。

事情经过：2013年12月22日，在屯门对横滨FC（香港）的比赛中，替补出战的屯门后卫李明补时第3分钟用一记诡异的头球自摆乌龙绝杀己队，屯门1比2不敌对手。赛后香港足总发表声明，称已经掌握足够证据，将对这一乌龙事件进行调查，而屯门也在12月25日宣布与李明终止合同。2013年12月27日，屯门队领队李润华及助理教练甄力健双双提出请辞。其后，屯门体育会主席陶锡源发出声明，收回曌景然有限公司的球队管理权，取消所有屯门球员和职员在香港足球总会的注册，此事件被称为“屯门事件”。就在同一轮比赛，愉园1比5惨败给杰志，门将梁文礼成为比赛焦点，球队丢掉一个球后，他瘫坐草坪埋怨队友：“现在你们是不是不想踢，对不对？如果你们不踢，那我也不踢了。”

2014年1月5日傍晚，香港青衣运动场；在愉园同日之泉JC晨曦的比赛结束后，事先已坐在看台的廉政公署执法人员随即高调步入场内，带走巢鹏飞（前国青队员）、樊伟军等愉园球员协助调查。随后，愉园俱乐部技术总监和助理教练在一个小时后抵达廉署总部，并在相关人员的陪同下进入大楼协助调查。直到午夜时分，被问话的球员才陆续离开廉署总部，他们并没有回答媒体的提问。而愉园俱乐部主席兼香港足总副主席贝钧奇当晚表示：“事件与假球有关，希望执法部门消灭足坛坏分子。” 愉园将士被廉署带走，与当天的比赛关系不大，而是牵涉2013年12月22日的“屯门事件”。

2014年，香港超级足球联赛成立，甲级联赛因此被降至第二级别。

战前

球季 冠军

1908至09年 - The Buffs

1909至10年 - 炮兵

1910至11年 - The Buffs

1911至12年 - 京士陆军

1912至13年 - 炮兵

1913至14年 - D.C.L.I.

1914至15年 - 炮兵

1915至16年 - 炮兵

1916至17年 - 工程

1917至18年 - 炮兵

1918至19年 - 海军

1919至20年 - 香港会

1920至21年 - 威路沙陆军

1921至22年 - 居了舰队

1922至23年 - 京士陆军

1923至24年 - 南华

1924至25年 - 东沙利陆军

1925至26年 - 九龙

1926至27年 - 西洋会

1927至28年 - 中华

1928至29年 - 中华

1929至30年 - 中华

1930至31年 - 南华

1931至32年 - 海军

1932至33年 - 南华

1933至34年 - 威尔殊

1934至35年 - 南华A

1935至36年 - 南华A

1936至37年 - 奥斯德

1937至38年 - 南华B

1938至39年 - 南华A

1939至40年 - 南华A

1940至41年 - 南华

战后

球季 冠军 亚军

1945年-46年 空军 44 Commandos

1946年-47年 星岛 南华

1947年-48年 杰志 星岛

1948年-49年 南华 九巴

1949年-50年 杰志 九巴

1950年-51年 南华 九巴

1951年-52年 南华 Army Force

1952年-53年 南华 杰志

1953年-54年 九巴 南华

1954年-55年 南华 杰志

1955年-56年 东方 南华

1956年-57年 南华 杰志

1957年-58年 南华 九巴

1958年-59年 南华 九巴

1959年-60年 南华 愉园

1960年-61年 南华 愉园

1961年-62年 南华 愉园

1962年-63年 元朗 东华

1963年-64年 杰志 愉园

1964年-65年 愉园 南华

1965年-66年 南华 愉园

1966年-67年 九巴 南华

1967年-68年 南华 星岛

1968年-69年 南华 星岛

1969年-70年 怡和 星岛

1970年-71年 流浪 怡和

1971年-72年 南华 加山

1972年-73年 精工 南华

1973年-74年 南华 精工

1974年-75年 精工 愉园

1975年-76年 南华 精工

1976年-77年 南华 精工

1977年-78年 南华 愉园

1978年-79年 精工 愉园

1979年-80年 精工 愉园

1980年-81年 精工 南华

1981年-82年 精工 愉园

1982年-83年 精工 宝路华

1983年-84年 精工 宝路华

1984年-85年 精工 南华

1985年-86年 南华 愉园

1986年-87年 南华 东方

1987年-88年 南华 愉园

1988年-89年 愉园 南华

1989年-90年 南华 东方

1990年-91年 南华 愉园

1991年-92年 南华 东方

1992年-93年 东方 南华

1993年-94年 东方 南华

1994年-95年 东方 南华

1995年-96年 快译通 南华

1996年-97年 南华 快译通

1997年-98年 快译通 南华

1998年-99年 愉园 南华

1999年-00年 南华 愉园

2000年-01年 愉园 快译通

2001年-02年 晨曦 愉园

2002年-03年 愉园 晨曦

2003年-04年 晨曦 杰志

2004年-05年 晨曦 愉园

2005年-06年 愉园 香雪晨曦

2006年-07年 南华 杰志

2007年-08年 南华 公民

2008年-09年 南华 杰志

2009年-10年 南华 飞马

2010年-11年 杰志 南华

2011年-12年 杰志 飞马

2012年-13年 南华 杰志

2013年-14年 杰志 太阳飞马

2014年-15年 天旭 香港FC

2015年-16年 大埔 香港足球会

注：只计算1945年战后的联赛成绩。

球会 夺冠次数 夺冠年份

南华 32次 1948至49年，1950至51年，1951至52年，1952至53年，1954至55年，1956至57年，1957至58年，1958至59年，1959至60年，1960至61年，1961至62年，1965至66年，1967至68年，1968至69年，1971至72年，1973至74年，1975至76年，1976至77年，1977至78年，1985至86年，1986至87年，1987至88年，1989至90年，1990至91年，1991至92年，1996至97年，1999至00年，2006至07年，2007至08年，2008至09年，2009至10年，2012至13年

精工 9次 1972至73年，1974至75年，1978至79年，1979至80年，1980至81年，1981至82年，1982至83年，1983至84年，1984至85年

愉园 6次 1964至65年，1988至89年，1998至99年，2000至01年，2002至03年，2005至06年

杰志 6次 1947至48年，1949至50年，1963至64年，2010至11年，2011至12年，2013至14年

东方 4次 1955至56年，1992至93年，1993至94年，1994至95年

晨曦 3次 2001至02年，2003至04年，2004至05年

九巴 2次 1953至54年，1966至67年

快译通 2次 1995至96年，1997至98年

空军 1次 1945至46年

星岛 1次 1946至47年

元朗 1次 1962至63年

怡和 1次 1969至70年

流浪 1次 1970至71年

天旭 1次 2014至15年

大埔 1次 2015至16年

1969-70年

12队：怡和、星岛、元朗、消防、九巴、东升、电话、东方、南华、警察、流浪、港会。

资料来源：大公报，1970年3月23日第三版

1970-71年

14队：怡和、星岛、元朗、消防、九巴、东升、电话、东方、南华、警察、流浪、港会、愉园、陆军。

资料来源：大公报，1971年1月23日第五版

1971-72年

14队：星岛、元朗、消防、九巴、东升、电话、东方、南华、警察、流浪、愉园、陆军、嘉山、荃湾。

资料来源：大公报，1972年1月24日第五版

1972-73年

14队：星岛、元朗、消防、九巴、东升、电话、东方、南华、警察、流浪、愉园、嘉山、精工、铁行。

资料来源：大公报，1973年1月23日第三版

1973-74年

14队：元朗、消防、东升、电话、东方、南华、警察、流浪、愉园、嘉山、精工、铁行、光华、港会。

资料来源：大公报，1974年1月12日第八版

1974-75年

13队：元朗、东升、电话、东方、南华、流浪、愉园、嘉山、精工、铁行、光华、怡和、市政。

资料来源：大公报，1975年2月28日第八版

1975-76年

12队：东升、东方、南华、流浪、愉园、嘉山、精工、铁行、光华、市政、警察、港会。

资料来源：大公报，1976年1月28日第十二版

1976-77年

12队：东升、东方、南华、流浪、愉园、嘉山、精工、铁行、光华、市政、海蜂、九巴。

资料来源：大公报，1977年1月8日第十二版

1977-78年

12队：南华、东升、愉园、精工、元朗、东方、嘉山、流浪、市政、卜公、海蜂、港会。

资料来源：大公报，1978年1月22日第十二版

1978-79年

12队：精工、愉园、东升、东方、南华、驹腾、嘉山、海蜂、元朗、市政、卜公、警察。

资料来源：大公报，1979年2月21日第十二版

1979-80年

12队：精工、愉园、宝路华、东升、东方、南华、驹腾、嘉山、海蜂、港会、元朗、市政。

资料来源：大公报，1980年2月13日第十六版

1980-81年

11队：南华、愉园、海蜂、精工、宝路华、东方、东升、荃湾、嘉山、警察、港会。

资料来源：大公报，1981年1月18日第八版

1981-82年

11队：精工、愉园、宝路华、东方、流浪、嘉山、南华、海蜂、荃湾、东升、保济丸。

资料来源：大公报，1982年1月24日第八版

1982-83年

10队：精工、宝路华、流浪、愉园、东方、东升、菱电、海蜂、荃湾、南华。

资料来源：大公报，1983年1月28日第八版

1983-84年

9队：精工、宝路华、愉园、南华、流浪、东方、先特霸、东升、海蜂。

资料来源：工商日报，1984年2月24日第三版

1984-85年

9队：精工、南华、海蜂、愉园、侠士、东升、东方、流浪、荃湾

1985-86年

10队：精工、南华、愉园、海峰、花花、荃湾、东方、侠士、流浪、东升

1986-87年

8队：南华、东方、海峰、愉园、荃湾、花花、警察、港会

1987-88年

9队：南华、愉园、星岛、海峰、东方、荃湾、花花、保济、美青

1988-89年《温拿联赛》

10队：愉园、南华、丽新花花、星岛、天天、东方、荃湾、海峰、警察、港会

1989-90年

9队：南华、丽新、愉园、花花、东方、星岛、警察、海蜂、港会。

资料来源：大公报，1984年1月3日第十版

1990-91年

10队：南华、愉园、丽新、依波路、花花、驹腾、东方、港会、星岛、马天尼

1991-92年

10队：南华、东方、愉园、星岛、依波路、快译通、驹腾、米芝路、港会、警察

1992-93年

10队：东方、南华、快译通、米芝路、星岛、杰志、依波路、愉园、驹腾、英军

1993-94年

10队：东方、快译通、南华、星岛、杰志、愉园、驹腾、声控通、流浪、港会

1994-95年

10队：东方、南华、好易通、发景、流浪、愉园、星岛、快译通、驹腾、杰志

1995-96年

10队：快译通、南华、好易通、流浪、星岛、愉园、东方、民信、发景、港会

1996-97年

7队：南华、快译通、好易通、愉园、星岛、流浪、东方

1997-98年

8队：快译通、南华、愉园、星岛、流浪、二合、好易通、五一七

1998-99年

8队：愉园、南华、二合、好易通、快译通、星岛、西贡朋友、流浪

1999-2000年

8队：南华、愉园、东联二合、晨曦、快译通、杰志、西贡、流浪

2000-01年

8队：愉园、南华、快译通、流浪、保济、杰志、晨曦、二合

2001-02年

7队：晨曦、愉园、南华、流浪、花花、香雪制药、港会

2002-03年

8队：愉园、福建、流浪、南华、晨曦、香雪制药、港会、花花

2003-04年

10队：晨曦、杰志、福建、流浪、南华、愉园、消防、日之泉、香雪制药、南城地产。

2004-05年

9队：晨曦、杰志、福建、澎马流浪、南华、愉园、公民、日之泉、香雪制药。

2005-06年

8队：公民、愉园、香港08、杰志、联华、澎马流浪、南华、香雪晨曦。

2006-07年

10队：公民、愉园、香港08、港会、杰志、联华红牛、流浪、南华、和富大埔、香雪晨曦。

2007-08年

10队：南华、公民、和福大埔、愉园、香雪晨曦、杰志、东方、联华红牛、华家堡、流浪

2008-09年

13队：南华、公民、和福大埔、愉园、香雪晨曦、杰志、东方、四海、谢菲联、屯门普高、金源、香雪上清饮

2009-10年

11队：南华、太阳飞马、杰志、公民、晨曦、和福大埔、四海、大中、沙田、愉园、屯门普高

2010-11年

10队：杰志、南华、太阳飞马、晨曦、和福大埔、公民、四海、屯门、大中、港会

2011-12年

10队：杰志、太阳飞马、南华、日之泉晨曦、公民、屯门、流浪、和福大埔、港菁、涉水埗

2012-13年

10队：南华、杰志、屯门、南区、太阳飞马、流浪、公民、香港横滨FC、和福大埔

2013-14年

12队：杰志、太阳飞马、南华、南区、流浪、东方、元朗、日之泉晨曦、公民、香港横滨FC、愉园、屯门

2014-15年（降为第二级别联赛）

15队：天旭、港会、南区、油尖旺、公民、浩运、葵青区、晨曦、沙田、观塘区、花花、湾仔、愉园、屯门

2015-16年

14队：大埔、港会、晨曦、永羲、油尖旺、公民、沙田、花花、湾仔、大中、葵青区、观塘区、骏其天旭、浩运

因为香港奥运足球代表队2009年12月在2009年东亚运动会夺得金牌后，引起香港社会对香港足球发展的关心，在2010年3月11日的立法会上，香港政府公布凤凰──推动本地足球发展顾问报告，民政事务局将会成立足球专责小组，并且逐步落实顾问的建议。民政事务局局长曾德成表示目标是在5年内提升香港足球水平。建议包括鼓励教育及职业训练机构，提供足球奖学金和开办以足球为主的教育课程，让有足球潜质的学生就读；改善职业足球员地位，足总亦应该协助成立职业足球员协会，推广足球员的形象和权利。香港足球总会亦应该多安排国际赛事、成立新的职业足球联赛，并且为球会订立新的准则，又同意让有潜质球队，参加国内联赛，以及帮助香港足球代表队，参加中国足球超级联赛。又建议为每个球队安排一个固定场地训练，同时要求球会，为16至19岁的年青球员提供培训，并且与大学商讨成立基金，培训有潜质的球员。

民政事务局副秘书长麦敬年表示，香港足球总会仍然是领导足球发展的机构，但是需要改善管治。康乐及文化事务署将会争取在5年内将香港新式人造草球场数量增加3倍，与香港赛马会商讨在2012年前在将军澳建立新的足球训练场地。香港足球总会根据凤凰计划聘请足球顾问团草拟改革报告，于2011年2月11日举行的董事局会议上，通过原则上同意并支持足球顾问团所建议之报告。当中的33项建议列出：

成立一个全新特许营运的职业联赛，首度赛季定订于2013年。预计目标队伍达12队，并提供主场之地予每一队伍，及引进新隽商业及传播界合作伙伴，以合力推广并赞助一个财政稳健联赛。

开拓新财政来源以资助本港代表队，不论是男子或女子球员，也让他们认识领悟自己的运动潜能，以致推高本港在国际足协上的世界排名。

新的基层发展计划也会应运而生，以培育更多的男子或女子年青球员，并与各球会、各区队伍及学校紧密合作。建议报告中，也致力发展培训高水平及更多的教练及裁判等等。

香港足球总会将遂步改革内部架构，包括在董事局中委派独立及非执行的董事，一位行政总裁及资深管理阶层，并引进一个较阔层面的会员制度，以兹改善。

改革报告期盼香港足球总会，在未来十年将成为国际级的世界一流组织。

2011年4月14日，香港足球总会召开特别会员大会，以全票通过修改宪章，正式落实凤凰计划改革香港足球，将会于2012年成立全新的香港超级足球联赛。然而因为种种原因，当中的核心──成立新联赛系统计划一直延误至今。