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马仙琕为扶风郡郿县人，他的父亲马伯鸾，在刘宋时官拜冠军将军司马。马仙琕年轻时果敢而闻名，父亲去世时，他“毁瘠过礼”，背着土为父亲建坟，亲手在墓前种植松柏。
马仙琕起家任郢州主簿，后来升迁为武骑常侍。又跟随南齐安陆王萧缅麾下，为小将。永明九年（491年），萧缅在雍州刺史任上逝世，马仙琕转而随从西昌侯萧鸾（即后来的齐明帝）。
东昏侯永元元年（499年）至永元二年（500年）间，始安王萧遥光及平西将军崔慧景相继发动叛乱，马仙琕在平叛过程中屡立战功，因功升迁至前将军。后出任龙骧将军兼南汝阴、谯二郡太守。
永元二年（500年），徐州刺史裴叔业据寿阳投降北魏，北魏车骑将军王肃犯边，马仙琕奋勇力战，屡次以少胜多，魏军对他颇为畏惧。
永元二年（500年）底，行荆州府事萧颖胄、雍州刺史萧衍等奉南康王萧宝融（后称帝，即齐和帝）起兵，反对东昏侯的统治，建立西朝。西台军（指南康王萧宝融麾下的萧颖胄、萧衍等西军）兵锋直指都城建康（今江苏南京），各州郡颇有响应者。次年九月，东昏侯部署诸将，以马仙琕为宁朔将军、豫州刺史。
为招抚马仙琕，收取豫州，萧衍派他的旧交姚仲宾劝其投降。姚仲宾到来后，马仙琕先摆下酒宴招待，之后将他在军门前斩首，以向众人宣示决不投附西军的决心。萧衍又派马仙琕的族叔马怀远去游说他，马仙琕对以“大义灭亲”之由，又要斩马怀远，军中都替马怀远求情，才使其得以幸免。西军抵达都城建康（今江苏南京）附近的新林时，马仙琕仍在长江西边每日抄截西军漕运的粮米。
中兴元年（501年）十二月，建康城陷落，马仙琕哭着对将士们说：“我受朝廷委命，义不容降，而你们皆有父母，不可不顾及。所以，我来做忠臣，你们做孝子，这样不也是可以的吗？”于是，他命令城内之兵全部出降，只留下壮士几十人，闭门而独守。不一会儿，外兵进来了，前后把他围了数十重，马仙琕命令壮士们都拉开弓箭，围兵们谁也不敢近前。如此对峙到天黑时，马仙琕才投下手中之弓，说道：“各位只管来抓捕我，我义不投降。”随后，他被关在囚车中，押送到建康石头城。萧衍释放了马仙琕，让他等吴郡太守袁昂到后，一同入内（一说是马仙琕整夜号哭后，便解散部队前往建康请罪）。萧衍对他们二人说：“二位的行为，让天下人见到了两位义士。”萧衍又对马仙琕说：“小白（齐桓公）不记管仲旧仇，重耳（晋文公）亦不记寺人旧怨，而为过去的人所赞道美。您不要因杀了我派去的使者和阻断我的粮运的道路而自己见外。”马仙琕答谢道：“我就像失掉了主人的一条狗，后来的主人喂养我，便又为他所用。”高祖笑着称赞他，予以宽赦。不久后，马仙琕的母亲去世，萧衍知道马仙琕家中清贫，便送给他许多助丧的财物。马仙琕大哭，对他的弟弟马仲艾说：“承蒙陛下赦免的大恩，没有可以报答的。现在又承受陛下特殊的恩惠，应当与你全身心地报效陛下。”
天监三年（504年），北魏听闻坚守义阳的司州刺史蔡道恭病逝，于是急攻义阳。奉命赴援的大将曹景宗等驻凿岘（今河南信阳南），整日耀武游猎，却不进军。萧衍为救义阳，又派马仙琕出兵。
马仙琕领兵转战，直抵义阳附近，兵锋颇锐。北魏中山王元英伏兵示弱，引诱马仙琕进入埋伏圈，致使梁军大败而退。此战中，马仙琕的一个儿子战死。稍作休整后，他又率一万余人进击元英所部，再次失败，将军陈秀之战死。马仙琕心知义阳情势危急，于是集结精锐，与魏军展开决战，一日中间三次大战，都大败而还。元人胡三省感叹，若是马仙琕力战时，曹景宗以大军支援，则“魏必败退，义阳全矣”。
同年八月，义阳守将蔡灵恩力竭投降，义阳三关（武胜关、九里关、平靖关）守将闻讯，亦弃城而逃，其地尽归于北魏。
天监四年（505年），萧衍命临川王萧宏为帅，统军大举北伐。马仙琕每逢作战，在三军之中表现最为英勇，凡是他首当其冲时，没有不被摧破的。然其具体战绩，史册则未有详细记载。
萧宏等进驻洛口（今安徽怀远境）。至天监五年（506年）下半年，梁军前锋已攻克梁城，诸将都想乘胜深入敌境。但萧宏怯懦愚劣，尤其是在得知北魏援军已至，即将与元英合攻南梁的消息后，甚为恐惧，立即召开军事会议。会上，大将吕僧珍认为应知难而退，萧宏赞同，马仙琕与诸将主张继续进兵，并说：“大王您怎么能说出这样的亡国之言呢？天子将大军交付给大王您，应该向前一尺死，而不可退后一寸生！”同年九月，洛口“暴风雨，军中惊”，萧宏趁势抛下众军逃跑，致使梁军损失惨重。
梁军撤回后，马仙琕被授为辅国将军，兼领宋安、安蛮二郡太守，后又改任南义阳郡太守。马仙琕多次攻破山蛮，使郡境清静安宁。因功获封浛洭县伯，食邑四百户。
经多次升迁，马仙琕累官至都督司州诸军事、司州刺史，仍带辅国将军号。不久后，晋号贞威将军。
天监七年（508年）十月，北魏悬瓠军主白皁生等杀豫州刺史司马悦，自称平北将军，推举乡人胡逊为刺史，向马仙琕求援。马仙琕以典签求安成王萧秀允准赴援（萧秀以荆州刺史都督司州在内的各州），萧秀破例同意。萧衍闻讯后，亦下诏命马仙琕赴援，又派直阁将军武会超、云骑将军马广率兵作为其后援。
马仙琕进顿楚王城，派副将齐苟儿以两千兵力协助守卫悬瓠，又派马广进驻长薄、军主胡文超进驻松岘。北魏以尚书邢峦、中山王元英率大军数万攻悬瓠。十二月，齐苟儿开城降魏，白早生等被斩杀。元英转而进攻义阳，收复楚王城，杀宁朔将军张道凝。进而攻克长薄、武阳关，连擒马广及梁军将士七千余人，奉命救援武阳关的冠军将军彭瓮生、骠骑将军徐元季二人也被擒获。广岘、平靖关亦陷落，马仙琕弃城逃走，义阳三关重新陷没。元英穷追马仙琕，企图一雪钟离之战大败的耻辱，但听闻南郡太守韦睿筑城于安陆，这才撤退。
回朝后，马仙琕因罪被改授为云骑将军，后出任仁威将军、豫章王萧综的司马。天监十年（511年），因府主萧综转号为云麾将军，所以又改为云麾将军司马，加号振远将军。
天监十年（511年）三月，朐山（今江苏连云港）民众王万寿杀死东莞、琅邪二郡太守刘砜，献朐山降于北魏。北魏徐州刺史卢昶遣郯城戍副张天惠、琅邪戍主傅文骥相继赶赴朐山，青、冀二州刺史张稷企图阻拦，但失败。四月，萧衍授马仙琕假节，命其督诸军救援。同时，北魏方面又派安南将军萧宝寅、平东将军赵遐领兵增援。马仙琕一面围攻朐山，一面与赵遐以及之后率大军前来的卢昶交战，互有胜败。
当时，张稷亲自出屯六里，以督责梁军粮运；萧衍亦数度发兵援助，以支持马仙琕对朐山的攻势。双方在朐山城外相持至十二月，城内的傅文骥粮尽力竭，献城投降。卢昶闻讯，弃节传而逃，北魏“众军大崩”，相继溃逃，马仙琕乘势追击，大获全胜。时值寒冬，自朐山至郯城，沿途二百里间都是被冻死的魏军的尸体，得以幸免仅有十分之一、二，梁军缴获物资不计其数。《魏书·卢昶传》称“自国家经略江左，唯有中山王英败于钟离，昶于朐山失利，最为甚焉”。马仙琕凯旋后，升迁为太子右卫率，因功进封浛洭县侯，增加食邑至六百户。
天监十一年（512年），萧衍改授马仙琕为持节、信威将军、豫州刺史，兼领南汝阴郡太守，并督豫、北豫、霍三州诸军事。
天监十五年（516年），马仙琕在豫州去世。萧衍下诏他为追赠左卫将军，谥号“刚”。
马仙琕为将能与士卒同甘苦，又每战争先，所以所向克捷。自他为将到在州郡任职，都能与士兵同辛劳、共安逸。马仙琕身上穿的不过是粗布衣衫，居住的地方没有蚊帐被子遮挡，行军吃喝与最下层的厮役一样。
马仙琕在边境时，常常只身一人潜入敌军间，侦察得知军营的围墙、村落的险要所在，因而作战多能取胜，士兵也心甘情愿为他所任用，萧衍平素也喜爱并倚仗他。
姚察：王珍国、申胄、徐元瑜、李居士，齐末咸为列将，拥强兵，或面缚请罪，或斩关献捷；其能后服，马仙琕而已。仁义何常，蹈之则为君子，信哉！及其临边抚众，虽李牧无以加矣。（《梁书》引）
李延寿：初，（袁）昂之归梁，有马仙琕者亦以义烈称。（《南史》引）
孙元晏：齐朝太守不甘降，忠节当时动四方。义士要教天下见，且留君住待袁昂。（《梁·马仙埤》）
司马光：马仙琕为将，能与士卒同劳逸，所衣不过布帛，所居无帏幕衾屏，饮食与厮养最下者同。其在边境，常单身潜入敌境，伺知壁垒村落险要处，所攻战多捷，士卒亦乐为之用。
綦崇礼：名者，实之宾。苟有其实，则名不约而自至。故徐晃无用私誉、马仙琕进不求名，然人到于今称之。
王夫之：齐、梁之际，天下始有志节之士。马仙琕之不降也，何胤、何点之召而不赴也，颜见远之死也，梁武能容之，而诸君子者，森森自立于人伦，晋、宋以来顽懦之风，渐衰止矣，非待梁武之奖劝之也。
王士俊：齐梁迄陈，刺史皆掌军事，如崔慧景、蔡道恭、曹景宗、韦叡、马仙琕之属，皆着有战功。
杜纲：东昏待臣下，无情无礼，可谓极矣。而袁昂、马仙琕二人，死守勿贰，真所难得，宜雍州之敬而礼之也。
马仙琕骁勇善战，但每到诸将争论功勋大小时，却绝口不提自己的功劳。有人向他询问原因，马仙琕答道：“大丈夫为时势所知遇，应该‘进不求名，退不逃罪’，这是我平生的夙愿。有什么功劳好说的呢！”
马仙琕幼时名“仙婢”，等到他长大，认为“婢”字不雅，于是便用“王”字旁代替“女”字旁，改名“仙琕”（琕古同“鞞”，意为刀剑鞘）。
表格参考资料：
《梁书·卷十七·列传第十一》
《南史·卷二十六·列传第十六》
《资治通鉴·卷第一百四十四·齐纪十》
《资治通鉴·卷第一百四十五·梁纪一》
《资治通鉴·卷第一百四十六·梁纪二》
《资治通鉴·卷第一百四十七·梁纪三》