正德六年（1511年），马卿担任会试的同考官。在会试结果尚未公布之际，礼部向内帘发出文书，指出主考官靳贵的家奴泄露了试题给常州的一名举人，该举人为此付出了千金的代价。主考官刘忠经过查验，决定将涉及此事的考生取消资格，只保留其一人中式的名额，并在公布榜单时将其黜落，以此作为对贪污受贿行为的警戒。然而，在会试结束后，马卿上疏请求彻查此事，并说：“即使此事不完全属实，也应避免让大臣在四方受辱。”最终，家奴被定罪。有一名考生，原本想通过贿赂靳贵成为其属吏，却因靳贵的大愧恨而未能如愿。

正德七年（1512年），吏部任命马卿为大名府知府。当时，蓟州一带的盗匪在中原地区大肆作乱，大名府作为交通枢纽，军事行动频繁，加之又遇到荒年，形势严峻。马卿到任后，立即着手修缮城墙、疏浚护城河、磨砺兵器、招募士兵，并任命陈智、陈悃为总领，亲自考察他们的能力，严格赏罚，激励人们奋力抗敌。东明县虽小，但盗匪围攻了十二天都没有攻下，于是放弃并相互告诫不要进入大名府。盗匪还请求留下若干斛粮食救济饥荒，得到允许后自行散去，没有留下余粮。当时，户部侍郎王琼负责赈济事务，原本对马卿专权的行为感到愤怒，但进入大名府后，看到道路两旁的树木未被砍伐，百姓安定没有流离失所，便转而称赞他的才能。

刘瑾专权时期，曾对大名府加征赋税，这些税款已经上缴官府。马卿于是请求将这些税款作为下一年的正额之数。辽东的宁杲从御史升任为佥都御史，但已被除名，他暗中居住在京师，通过贿赂宦官张永，请求复官并擒拿盗匪。张永便暗示谏官推荐他。当初，马卿在工科任职，同僚中有人提及此事，他愤然起身说道：“如果世上真的无人可用，宁可任用像你这样平庸的人，但也不能让畿内再次遭受他的破坏！”不久，传来旨意，恢复宁杲的佥都御史职位，并让他巡抚真定，同时讨伐群盗。宁杲企图用危险的罪名陷害马卿，到达大名府后，便吹毛求疵，威胁恐吓，但他毫不动摇，宁杲也找不到可乘之机。宁杲便命令他提供二千金的军需物资，他坚持要求必须有印信的公文才能上交，最终宁杲只得按他的要求行事。

御史张某与马卿是同年进士，来大名府巡视，多次暗示马卿索贿，马卿却不为所动，反而多次怒斥张某的索贿行为。有人传言张某其实是靳贵的人，借此机会陷害他以报复旧怨。不久，张某的两个儿子都因事败露，真定知府以下的官员都被罢免，马卿也因此更加出名，并受到了朝廷的重视。此外，他还处理了锦衣卫侦事指挥桑洪假冒官员的案件，并成功阻止了桑洪企图在登州、莱州发动叛乱的阴谋。他还亲自堵塞了黄河决口，以防妨碍漕运。众人认为澶州是黄河故道，水流容易冲刷侵蚀，建议请大臣主持工程，并分担过错。但他担心这会增加百姓的负担，便迅速上奏功绩，并毁坏了官庄寺庙中的铜佛像以铸造军器。在政务之余，他还教授学生，纠正文风，如刘珂、董进第等人，后来都在士大夫中享有盛名。

正德十年（1515年）九月，马卿升为浙江按察司副使，负责温州和处州的军事防务。当时，孝丰县的汤氏家族作乱，无人能够平定。马卿到达后，上奏说：“汤氏家族自知罪大恶极，不可赦免，因此一日也不忘死亡，其防备必然十分严密。在孝丰县任职的官员都与他们勾结，我们稍有行动，他们就能知晓。现在，孝丰县没有承担足够的粮食和差役，这都是汤氏家族在作祟。那些所谓的豪强虽然表面上与汤家为敌，实则想保存他们以便自己从中渔利。更何况现在法令松弛，纲纪不振，百姓畏惧汤家如虎，而轻视官府如羊。如果我们千里奔袭，情况很容易泄露，而且山路险峻狭窄，如同老鼠在洞穴中争斗，林木茂密，容易设伏。汤家将安然居守，等待我们前来进攻，而我们则要竭尽全力，若遇到连绵阴雨，则攻势难以持久，这些都是我们应该忌讳的。然而，根据我对汤家形势的判断，他们也有很多弱点。如果他们依靠险要地形固守，聚而不散，那么我们就可以设计对付他们；如果他们抗拒命令，苟延残喘，多疑少决，那么我们就可以进行胁迫；他们虽然平时桀骜不驯，但从未遭遇过大敌，因此我们可以用武力威慑他们；我们可以招揽豪杰，联合与汤家有仇的家族，明确告诉他们利害关系，公正地实施刑罚和奖赏，那么这些人就可以为我们所用；我们还可以发布榜文，进行间谍活动，宣扬投降可以赦免，顽抗必然遭诛的政策，当我们的声威振作起来后，汤家的人就会想要自保脱身，这时我们就可以离间他们，这些都是汤家所忌讳的。用兵之道，不在于用自己的短处去攻击敌人的长处，而在于用自己的长处去攻击敌人的短处，这样，两军尚未交锋，胜负就已经决定了。”然而，当时他的建议并未被采纳。

正德十二年（1517年）正月，马卿调任山西提学副使。他致力于弘扬理学，注重考察士人的品行和学识，编纂了《文章正宗》一书，以纠正当时文风浮华的弊病，从而激发了士人的向学之风，使得当地的文学水平显著提升，超过了以往。当时，王琼的弟弟在科举考试中落榜，他自恃门第高贵，竟对判决结果不满，最终受到了应有的刑罚。王琼当时权势正盛，但他素来恩怨分明，对这件事并未偏袒。

正德十四年（1519年）七月，马卿升为山西右参政。他亲自招募民兵，平定了陕西回族贼寇的侵扰和掠夺。他原本打算在黄河边上设伏，一举歼灭这些贼寇，但由于同僚们的畏惧而未能实施。后来，晋王发生了一件大事，需要发丧并举行葬礼。此时，妖民张钺企图趁虚而入，攻占会城。张钺暗中举起了反叛的信号，但他事先得知了这一阴谋，并做好了充分准备，使得张钺的阴谋未能得逞。然而，有御史对此事持不同看法，并在后来巡视地方时，遭到了张钺党羽的攻击，几乎遭遇不测。为了平息事态，朝廷进行了大规模的搜捕。张钺的党羽因愤怒而欲多杀无辜，但马卿再次从容不迫地开释了那些没有罪行的人，展现了他的公正与仁慈。

嘉靖二年（1523年）二月，马卿升为浙江右布政使。当时，宦官张志聪、吴勋在杭州私自铸造钱币，擅自专权，并且纵容手下以次充好，不仅不符合标准，还通过多收黄金来逃避责任，这一行为持续了十年之久，工程却未能完成。他上任后，与御史欧珠协同合作，对此进行了裁抑，使得铸造钱币所需的色料全部通过商业渠道采购，并由杭州知府查仲道负责平抑价格，其他官员不得插手。然而，宦官们却上奏称他与查仲道抗拒新命，蔑视钦差，结果明世宗下诏将他与查仲道逮捕入狱治罪。在审讯过程中，马卿与查仲道各自承担罪名，而御史欧珠也上疏为他们求情。

嘉靖四年（1525年），马卿被贬为云南鹤庆府知府，查仲道和欧珠也都被外调。马卿先回到家乡，省亲会友，过着闲适的生活。在他即将赴任时，父亲笑着对他说：“大丈夫志在四方，像云南这样的地方，就如同步入厅堂一样轻松。”到达云南后，马卿见到宦官，并未按礼数行礼。他坦然地说：“我不过是再次被囚禁罢了。”宦官听后，神色大变，向他道歉。鹤庆的民风淳朴，但士人文化水平较低。他推心置腹，教化百姓，废除繁重的苛捐杂税，均摊徭役，平定赋税，同时疏通河道，兴修水利，开挖丰利渠和龙潭，引水灌溉。他成功地将水分流至漾江西岸的登和地区，那里地势高亢，急需水源灌溉，而传统的桔槔灌溉方式效果不佳。他向当地人询问后得知，丽江的水可以引来灌溉。然而，由于丽江与鹤庆之间存在矛盾，丽江人私自堵塞水流。他于是致函丽江，委托官员修建漾江堰，堰高和宽均达一丈多。沿江开凿渠道，深宽数丈，仅用了十天时间就完工了。马卿还亲自教授学生讲解《大学》和《中庸》，推行乡约制度，并建造了“无陋轩”，种植花竹，经常在其中饮酒作诗。

不久，土官凤朝文和安铨叛乱，有人建议马卿通过秘密通道逃走，但马卿严厉地说：“大丈夫怎能因家而忘国，选择逃亡呢？”丽江土官木公的妻子是凤朝文的姐姐，众人因畏惧丽江兵的强悍，都看她是否顺从朝廷。他召集会议后，对木公说：“你的士兵虽然精锐，但这是依仗历代朝廷的恩宠。你背叛朝廷，难道士兵们就不会背叛你吗？你受朝廷厚恩却忘恩负义，而士兵们受你的恩惠与受朝廷的恩惠相比，厚薄不言而喻。一旦他们反戈一击，你怎能抵挡？丽江有多少人想取代你的位置，只是畏惧朝廷的威严而不敢行动。再说凤朝文连自己的君主和兄长都不顾，怎会顾及你这个亲戚？即使你成功了，他又怎会容得下你？你还是应该北面称臣，效忠朝廷才是正道。”木公听后感动落泪，出兵三千前往救援会城。云南人都说：“丽江的兵向来难以调动。”由于木公的出兵援助，凤朝文和安铨失去了援助，叛乱最终被瓦解。

嘉靖七年（1528年）正月，马卿升为云南布政司左参政。五月，又升为云南按察使。马卿被委派去审查平定蛮族叛乱的功过，并需如实上报。他的公正和才能得到了当权者的器重。御史刘臬推荐马卿应迅速被召回朝廷，担任六部中的副职，以辅佐国家大政方针的制定。同时，巡抚大同的蔡天佑也推荐他接替自己的职位，说：“马卿的气度足以平息反复无常的局势，才略足以处理纷繁复杂的政务。”随后，马卿晋升为福建右布政使。

嘉靖八年（1529年）五月，马卿升为南京太仆寺卿。不久，父亲去世，马卿回家丁忧守制。

嘉靖十一年（1532年）四月，服丧期满，马卿被起用为光禄寺卿。十月，又升为右副都御史，负责总督漕运并巡抚凤阳地区。他回到相台，拜访崔铣于少石山斋，那时他显得非常忧虑憔悴。崔铣问道：“如今在官场中，以漕运总督之职为外官中最荣耀的职位，您为何还如此忧虑呢？”马卿回答说：“水流和天运一样，都是自然变化的机制，河流改道，但久而久之又会恢复原状，所以黄河的治理是我所担忧的。再者，船只老旧，资金匮乏，工程进展缓慢且质量不佳，这也是我忧虑的。军队没有固定的休息时间，疲惫不堪且消耗巨大，还常常私自携带货物，禁止他们则可能引发骚乱，军队的问题也令我担忧。还有，由于贿赂和权势的勾结，一些不合格的官员无法被罢免，人心各异，谁真正能担当起责任，面对利害，这也是我忧虑的。另外，私盐贩子横行，他们获取巨额利润，而官盐却滞销，国家税收不足，且江河广阔，便于走私，加之地势险要，官府难以管理，像王仙芝、黄巢这样的起义，谁能保证不会再次发生呢？地方治安也是我所忧虑的。国家面临如此多的隐忧，而君子们却以为可以高枕无忧，这就是我自从接受任命以来，忧虑至极的原因。”崔铣回答道：“只要您存有实心实意，就必然能巩固政务。先预知忧患，才能后享安逸。弊病的形成不是一朝一夕的，因此也不能期望一朝一夕就能解决。您知道治疗脓疮的方法吗？应该首先顾全大局，而不是急于求成，贪图一时的痛快。”

马卿到达淮安后，果然漕运受阻。议论纷纷，有人建议恢复海运，有人主张开通济汶。马卿认为如果六月没有漕粮运到京师，京城将会陷入困境，因此决定先缓解眼前的危机。他与刘天和一起上疏请求疏通黄河故道，并加固堤防以防止决堤。不久之后，漕运恢复畅通，明世宗赐予他白银和绸缎作为奖赏，并上奏免除了淮扬地区无田军户的田赋若干两。他还上疏请求将多余的盐税和钞关税银用于赈济灾民。

嘉靖十五年二月九日（1536年2月29日），漕运事务刚刚处理完毕，马卿就去世了，享年五十八岁。

马卿历仕三十余年，其著有政绩如下：

蔡天佑：卿气量可以消反覆，才略可以理繁剧。（《通议大夫都察院右副都御史马公行状》引）

崔铣：公姿貌丰厚，性度宏博，接人包涵和易，中有畛域，处事安详平妥，内严绳墨。自幼敏而知学，父母所特爱公，慕敬之心常一为吉士。（《通议大夫都察院右副都御史马公行状》）

吕柟：林虑马敬臣，某之畏友也。弘而正，益之以信，斯可与穷理；温而恭，益之以义，斯可与尽性；明而审，益之以果，斯可与知命。（《云槐精舍语》）

徐阶、张居正等：卿吏干甚优，每遇艰剧，辄著声绩。（《明世宗实录》）

马卿在学术上立志以古人为榜样，致力于经世致用。除了六经之外，他还精通卜筮、历算以及仙佛之术。他曾说韩愈的《原道》和胡瑗的《崇正辩》主要是用来驳斥那些俗僧狂道的，而非直接针对老子、庄子等道家本原的学说。在翰林院时，他与穆孔晖及崔铣是同学，每当翻开书卷，崔铣和穆孔晖还在疑惑思考时，他就能迅速指出文章的大义，并领悟到言外之意。穆孔晖曾笑他说：“你就像奔马看花一样，怎么能品味到其中的香色呢？但等到我们两人有所领悟时，发现都不出他所见，可惜他历任官职的时间太长，没能把这些见解都记录下来。”

马卿著有《马氏家藏集》。

马卿墓位于河南省安阳市林州市河顺镇马家坟村北。坐北朝南，墓前原有嘉靖二十一年（1542年）所建石坊1座，上题“明都副御史马公莹”。石坊之后是马卿之父马图墓，稍向南为马卿墓，西侧是马卿之弟马与墓。墓冢在修安阳至林州的铁路时被拆毁。现墓前尚有明世宗御祭马卿的碑刻等。为林州市文物保护单位。