明万历四十一年（公元1613年）春，鹿善继会试赐进士出身，观使兵部。后授户部山东司主事，职盐法，以国家边饷取足于此故，而究心盐法，向专家学习，作《粤闽盐法议》。明万历四十七年（公元1619年），发生了著名的“金花银”事件。他时任户部河南司主事，署广东司事，据《明史·鹿善继传》中记载：“辽左饷中绝，廷臣数请发帑，不报。会广东进金花银，善继稽旧制，金花贮库，备各边应用。乃奏记尚书李汝华曰：‘与其请不发之帑，何如留未进之金？’汝华然之，帝怒，夺善继俸一年，趣补进。善继持不可，以死争。乃夺汝华俸二月，降善继一级，调外。”当时，在著名的萨尔浒战役中，明军丧师三路，遭受了重大失败。努尔哈赤乘势率后金兵攻陷了大明重镇开原、铁岭，进逼辽沈，窥伺中原，形势十分危急。而在“辽左饷中绝”且“廷臣数请发帑，不报”的情况下，鹿善继依据旧制，建议采取扣留“金花银”的办法解决辽东战事的紧急需要，完全出于公忠体国之心，且于法于理于情皆合，故而征得了户部尚书李汝华的同意。但他们的这一举动，却严重地触动了明皇室的私利。因为所谓“金华银”，乃是“国初以备各边之缓急，俱解太仓，其后改解内府，宫中视为私钱矣”。尽管鹿善继“以死争”，还是受到了降级、调外的处理。当其决计归里时，掾吏“环泣曰：‘非专责，何苦认真！独烦一推署符尔’。”所谓“非专责”，是因为此事并非鹿善继职内必管之事。且由于此事极大触犯皇室利益，故户部尚书李汝华最终同意这种甚具“政治风险”的做法，除为事亟无法所迫外，更多的是因为鹿善继的慨然担当。因为他在提出这个方案时，明确向李汝华表示：“如干上怒，愿以身任”。

方向瑛在《鹿忠节公传》中记载：“善继言于户部尚书李汝华曰：与其请不出之帑，何如留未进之银，如干上怒，愿以身任。汝华如其言，疏请。上怒，夺善继俸一年，汝华欲补进，善继奋曰：司官以死生争，堂官以去就争。上意即坚未必不可回也。廷谢日，阉人阖扉勒索太仓银，善继飞书主太仓者刘荣嗣。刘报曰：发三日矣。实未发也。诏责补还，善继复持不可。曰：有可还，安用借？请以善继言回奏，死生惟命。阉愕眙而去。当是时，上怒不测，人皆为善继危，太公闻之掀髯曰：臣子不当如是耶？诚口保身非吾儿事。”遭受贬谪之逆境，恰又表现出了鹿善继坚卓的人格与学养魅力：“被谪日，急宣户部堂司官声如雷动，先生适食于贾公寓坐，客失色，先生食自若，食毕，徐着衣去。贾公后语启泰先生曰：当此时，食犹能下咽乎！吾于是觇公不动心之学矣。”

明泰昌元年（公元1620年）复原官。明天启元年（公元1621年）因其突出的才干而改任兵部职方司主事。“大学士孙承宗理兵部事，推心任之。及阅视关门，以善继从。出督师，复表为赞画。布衣羸马，出入亭障间，延见将卒相劳苦，拓地四百里，收复城堡数十，承宗倚之若左右手。在关四年，累进员外郎、郎中。承宗谢事，善继亦告归。”这期间，吏部铨司官缺，“廷议属善继”。应该说，这是一个握有实权、令人瞩目的职位，即庸常官场所谓“肥缺”。孙承宗亦以可在京邸奉养老父为缘由劝他回京上任。鹿善继不为所动，慨然曰：“辞塞上就铨司，此常人所不为也，而谓善继愿之乎？相公一日在师中，某即一日在幕中。善继须眉如戟，肯回头作吏部郎乎？家大人范阳男子书来，嘱善继好从公于边，老人为汝加一餐矣。相公以常人待善继犹可，而竟以常人待家大人乎？”卒不赴。

鹿善继与其父鹿太公(正)父子的忠正节义的肝胆还表现在对东林党人及其子弟的帮助上。当时魏忠贤阉党残酷迫害东林党人，士人避之不及，而鹿氏父子却大施援手毫不畏惧。史载：“先是，杨、左之狱起，魏大中子学洢、左光斗弟光明，先后投鹿太公家。太公客之，与所善义士容城举人孙奇逢谋，持书走关门，告其难于承宗。承宗、善继谋取借巡视蓟门，请入觐。奄党大哗，谓阁部将提兵清君侧，严旨阻之。狱益急，五日一追赃，搒掠甚酷。太公急募得数百金输之，而两人者则皆已毙矣。至是善继归，而周顺昌之狱又起。顺昌，善继同年生，善继又为募得数百金，金入而顺昌又毙。奄党居近善继家，难家子弟仆从相望于道。太公曰：‘吾不惧也。’”在“人皆咋舌”的情况下，“鹿氏父子不顾一时，义声动天下”。明崇祯元年（公元1628年），复起为尚宝卿、迁太常少卿，管光禄寺丞事。后再次告归田里，以课徒讲学为乐，生徒益众。

明崇祯九年（公元1636年）七月，清兵攻定兴。县令病，邑绅请鹿善继入城谋划守御。鹿善继慷慨道：“年来中原士大夫非望风而走，则髡发以降，某实耻之！”遂别鹿太公，未及与家人语，与诸绅赴难，与敌相持六日，城破死之。当是时，清兵以“刃协降，善继不可，兵怒斫公三刀，复射一矢而死”，终年六十二岁。门人陈鋐所编次《年谱》记云：“ 先生部署方定，而后薄城下矣。时二十二日也。先生曩所讨论于辽左者，无不思试之，于今相持至二十七日，敌肉薄，环攻城陷，先生死之。呜呼！先生之学于斯益见矣。居恒尝语启泰先生曰：“我辈学问须打破死生关头，才能无入不自得。则先生之谈笑入城，城陷而死，殆其日用常行乎！或有疑先生可以无死者，夫先生非守土之官，固无死法，而先生当城亡之会，亦无生法，何也？城既破矣，除匿眢井外则跪而乞髡而降耳。先生平生做人，一点一画，未有丝毫假借，顾当颠沛而不于是，偷生苟色以与庸众者伍，何以为先生。生不生事小，仁不仁事大。尝于序石蕊而言之矣。所可悲者，向也樽俎之间，制敌国之命有余，今则毕智竭力守一邑而不足，岂时势之不同耶！然则，果谁坏我长城而贻之戚耶？”是时，启泰先生在容城，解元(鹿善继之子鹿化麟)奉太公往依焉，鋐举家附之。八月初一日黎明，容城被攻甚急，晡时传定兴失守，其夜解元缒城奔视，鋐兄锐随之，比至，从一泉先生子怀洙得先生遇害状，遣使驰报太公，太公闻而义之，援笔为谕曰：“尔父求仁得仁，死亦何恨！尔不必作儿女态也。”太公其明于大义者哉！”

鹿善继死节事闻于朝，追赠大理寺卿，谥“忠节”，并敕建祠祭奉。

鹿氏家学宗主陆王，善继少不就塾师，以祖父为师，深受家学的熏炙。善继亦宗陆王，而于阳明学尤为心契。鹿善继的挚友孙奇逢谓其“少以祖父为师，小章句，薄温饱，读《传习录》，深契之，慨然有必为圣贤之志”。费密亦谓善继“有得王守仁之学”。

上文曾引《年谱》：鹿善继十九岁时顺天乡试落第后，对场中题不解者，归而旁搜诸家注义，试图得到自己的答案。当搜辑到王阳明《传习录》中语的时候，“每阅之，则心动”。祖父鹿久徵甚为高兴，对之悉心指导培植。鹿久徵在为官任上为善继购《王文成公全书》寄去，并嘱付：“寄去《王文成公全书》一部计三十本，《王心斋遗录》一本，旧本稍不齐整，令吏书另誊寄去。善继可用心看之。”鹿久徵欣喜地看到善继的进步，进而申论王阳明的“致良知”之学以谆谆指导善继，强调“致良知”须加“问学”功夫：“看善继所言并其文字，道理上俱见其大头脑处有曾点、漆雕开，已见大意，意思扩充得去，便是天地间第一等人，眼前功名无论也。但致良知须要考圣贤之成法，识事理之当然，行己接物方妥当，不远人情。《中庸》云“君子尊德性而道问学”一节，可深长思也。若概云致良知，不加问学功夫，将至于臆见为良知，其去道也远矣。先儒云：常在立事接物上体贴天理，此是实用工夫处。盖圣人之心如明镜，其良知完人全人不待学问，自能致之。下圣人一等者，未免气构物蔽，其良知有时而见，有时而昧，如镜之昏，磨洗方明，此学问之功不可间断，而考成法，识当然，事事当体贴也。如看书做文字，固当有一段议论，一样见识，然须不悖圣贤旨趣，或发朱注所未发，或与朱注互相发明，乃可如大人不失赤子之心，此题专就不失赤子之心发出一段议论，即不用注中扩充之说，亦无害……若执己见只说义理，不立格，不练句，便不是合式文字，总然说的义理明，人亦不具只眼也。思之思之，家间有《象山语录》一册，善继可看之，理学书待访来寄去。”

《定兴县志·鹿善继传》中记载：“其学从余姚，折衷伊洛，出入朱陆，归宿于做人，一言以做人为人生根本，以希贤希圣希天为做人规模，以正心诚意为做人把柄，以知耻为做人机窍，以视听言动为做人所借以通天下之关津，以非礼奉承躯壳为自坏其人者，又一意实践，神常内守，故不屑屑与古今人角同异、滋异论，其卓见哉！”

黄宗羲在《明儒学案》中记载：“先生读《传习录》，而觉此心之无隔碍也。故人问其学何所授受，曰：‘即谓得之于阳明可也。’”鹿善继甚有阳明学之担当情怀，其自述读《传习录》云：“我读《传习录》后发志愿担起这担子，力破流俗，一点一画，丝毫不敢假借，既见信于天下，然后渐宽绰。将来到如今，事到眼前，亦不大费安排了。”孙奇逢曾述其狂狷气象：“每与同侪谈说经旨，曲折尽变动中妙理，同侪谓其能记忆也。公对曰：‘只要是醒，如何要记？醒的如何？是我，则由我而周程而孔孟而汤文尧舜，无不觌面以相质，六经四书皆我注脚，夫岂有疑于心乎！’自是论交日盛。”《明儒学案》中记载：“首善书院之会，先生将入，闻其相戒不言朝政，不谈职掌，曰：‘离职掌言学，则学为无用之物，圣贤为无用之人矣。’遂不往。先生之学，颇近东林诸子，一无搀和夹杂，其斯谓之狂狷与？”而在鹿善继之学躬行实践甚得阳明“知行合一”之旨方面，世论有更高的评价：“窃惟公(善继)事事不亏本分，时时不愧本心，生平券此两语，学本姚江，而能以姚江所称‘将本体只作一番光景即弄者’为戒，故随其所在，必提本来之心，按当下之身，此日此时此事此心便可下手，此知行合一之功也。昔贤以濂溪为孟子之闻知，阳明为濂溪之闻知，诚千古不易之论，姚江而后，公其嗣响矣。榆关之行，南门之役，则又武侯所为鞠躬尽瘁，文山所谓成仁取义者也。”盖谓善继为阳明之“嗣响”真传。方苞立足于程朱立场，亦不得不对鹿善继躬行王学之“志节事功”大表钦佩，以为“其身心即由阳明氏以入，不害为圣贤之徒”，其发论云：“余尝谓自阳明氏作，程朱相传之统绪几为所夺，然窃怪亲及其门者，多猖狂无忌，而自明之季以至于今，燕南、河北、关西之学者能自竖立而以志节事功振拔于一时，大抵闻阳明氏之风而兴起者也……吾闻忠节公之少也，即以圣贤为必可企，而所从入则自阳明氏，观其佐孙高阳及急杨左诸公之难，其于阳明氏之志节事功，信可无愧矣。终则致命遂志，成孝与忠，虽程朱处此，亦无以易公之义也。用此知学者果以学之讲为自事，其身心即由阳明氏以入，不害为圣贤之徒。”盖谓鹿善继虽学宗阳明，却躬行实践，不蹈虚空，以节义自期而又事功显著，是超乎学派纷争之上，而深得儒者的真精神。

另外，鹿善继受泰州学派影响的痕迹也十分明显。如鹿善继“圣学只在常行中”的观点明显是受王艮“百姓日用即道”的学旨影响的。他说：“圣人恁的直截说，后儒犹婉转不已。只是把圣学看的太高，不敢在常行中讨他，却不知圣人高处，正为生活在常行中真实着脚，不比悬空解悟，你试为之好容易理学大儒个个于此字费力，果其能之，一点生意，遍满六合。尧舜，性之忠恕也。汤武，反之忠恕也……”又如王艮之学不重著述、唯贵心悟、唯重实践的特点对鹿氏亦应有相当之影响。《定兴县志》谓鹿氏“一意实践，神常内守，不屑与古今人角同异，滋议论，为一家言”，这与泰州学派传统是十分相近的。尽管鹿氏之学也受到泰州学派的影响，但这并不能掩盖鹿善继与泰州学派之间存在着的巨大鸿沟。鹿善继基于强烈的入世情怀和士绅出身，并不能完全认同泰州学派“百姓日用之学”的平民儒学性格，而是强调应以事功报效君国，这一点与刘宗周是相同的。士绅之儒与平民之儒的分野，于此亦略可得见。

黄宗羲说鹿善继之学“近于东林诸子”之说，显然是注意到鹿善继亦受到东林诸儒思想影响的。鹿善继与左光斗、魏大中、周顺昌、高攀龙等东林党人有着极为密切地交往。《年谱》记“魏大中过江村，访先生……相与莫逆”，计六奇《明季北略·鹿善继传》：“与吴郡周顺昌、吴桥范景文襆被萧寺，鸡鸣风雨，以节义相期也。”方向瑛《鹿忠节公传》：“桐城左光斗、嘉善魏大中、长洲周顺昌闻而访之，定交于萧寺中……”

东林党人受阉党迫害时，远近避之不及，而鹿善继与其父鹿太公不惧罹祸而大施援手，其情谊之深可以想见。鹿善继尝投书高攀龙表达其仰慕之情说：“某何幸，以平生的仰为山斗者而交臂遇之，即俗骨浊胎无受教之地，只邂逅真儒便足了落地一番大事。”并称其为“东林滴(嫡)派，洙泗正脉。”其实，这些资料表明，与其说鹿善继在儒学思想上受到东林诸儒的影响，还不如说他在政治主张、人格气节上与东林诸儒息息相通。事实上，鹿氏之学东林处在其躬行实践，力矫时弊以为世范上，这与东林诸子揭橥朱学徽帜，试图以儒学力挽世风的精神相契合。但不能因此认为其学渊源即是程朱。陈鼎将鹿善继列入《东林列传》并说他“与攀龙、光斗等交，遂得程朱之传……每拈程朱大旨教诸生，大要以认理为根，主敬为本……”是不符合事实的。鹿氏著《认理提纲》乃是为启示门人路径，并非“以认理为根”，其学是以阳明学的“良知”“良心”为本，故“认理为根”“主敬为本”的说法亦是不合于鹿氏之学的事实的。退一步说，即使鹿氏“以认理为根”，其所认之“理”也是阳明的“良知即天理”的“理”，这与朱熹理学之“理”迥然有别。

概而言之，鹿氏之学源于王阳明——罗念庵一系，并受泰州学派及东林诸儒的相当影响。卢象升的说法最为确切：“公之学本于余姚，出入朱陆，不为一家言，天下称其躬实践”。

《定兴县志》中记载鹿善继的教学活动云：鹿善继“究心理学，教授生徒，以绍往开来为己任，痛除将就冒认影响浮游之病，而一言一动触处逢源，《说约》一编，日与同人谆复口授，四方来学者以数百计，舍不能容，邻居僧院几无闲室，彬彬有邹鲁风。”这大略显示出鹿氏居乡讲学时的盛况。在陈鋐的《鹿善继年谱》中记载，他集中地收徒讲学活动有四次：

第一次是明万历四十二年(公元1614年)他四十岁中进士后待放回乡时，至次年秋授户问山东司主事止。其时“门人始进”，是时，陈鋐之父陈范彭“趣受业”，而杜越、张果中、贾三槐、王烨诸人接踵来问学，鹿善继“顾而乐之，朝夕提命，亹亹不倦”。此间著《四书说约》、《认理提纲》。

第二次是明万历四十五～四十六年(公元1617～1618年)，是为其丁母忧期间。“四方来学者益众，先生性严，是非好恶未尝少徇于人，而同心者则无不饮以和，迎以善，春风之座，嘘入肺腑，殆不独发彼群蒙也。”次年“先生内弟太冲亦以是时入学，先生拈‘做人’二字示之”。

第三次明万历四十八年(公元1620年)农历2～8月，鹿善继因金花银事件，而辞官归里期间。“先生去国归里，海内争以孤凤似之，而先生教授如曩时，布衣草履，不敢以诤臣自异也。”

第四次明天启六年(公元1626年)再次辞官归里后，至明崇祯九年(公元1638年)至守定兴遇害止，长达十二年。《年谱》记曰：明天启六年(公元1626年)“先生抵里门后，教授生徒如待放时，而门人益进。”明崇祯四年(公元1631年)“是年，先生病渐瘳，教授如再归时，门人大进。”此年纂《寻乐大旨》一书。明崇祯五年(公元1632年)孙奇逢“命其子立雅偕伯叔昆弟来从先生学”。明崇祯六年(公元1633年)“黄适甫集乐自江右来从先生学。”

鹿善继教授生徒的教本首为其所著之《四书说约》，门弟子认为“《说约》一书，句句据先圣之心法，句句针后学之顶门”，是最能体现鹿氏学旨的。次则为《认理提纲》与《寻乐大旨》，这两部著作大略是开发、引导学生为学路径的。其引导学生的路向如其弟子陈鋐所说：“先生所北面者阳明也，所比肩者，象山、念庵也……先生诱我及门士者亦惟向此一路开发……”由是可知，善继所授弟子者仍是王阳明——罗念庵一系。

鹿善继学行著世，忠正节义，尤以躬行任事而闻名，“海内争以孤凤似之”，故自四十岁门人始进后，及门问业者极多。刘青芝在《明代人物志·鹿太常传》中记载：“里居教授生徒以百数，至舍不能容……畿南之士，殖学修行，镞砺自好者，不问而知为鹿氏之徒也”。据统计，其弟子著姓名里籍者有一百四十二人，其中：定兴七十九人， 容城十八人，新安十二人，固安四人，涿州五人，新城十人，安肃四人，雄县三人，易州两人，涞水两人，辽东藩阳一人，山东益都一人，江西新城一人。除有三人来自外省，一百三十九人皆燕南子弟。

鹿氏承家学而绍述弘扬王学，躬行实践，以阳明学旨教授燕南子弟，生徒甚众，颇有可观。虽无材料证明其与王阳明有直接的传承关系，但就其把握王学精髓，服膺阳明、念庵而言，谓之传阳明学脉于北方，殆无可疑。故以“燕南王学”目之，是非常确切的。方苞亦曾指出：“自明之季以至于今，燕南、河北、关西之学者能自竖立而以志节事功振拔于一时，大抵闻阳明氏之风而兴起者也。”可知，王学在北方并非如黄宗羲论列的那样萧索，从“以志节事功振拔一时”来看，北方王学总体面貌是十分重志节、重事功、重实践的。而鹿善继所引领之燕南王学当是其重要代表。

颜元说：“高阳相公与太常鹿先生、征君孙先生三君子，讲学论道，树帜河北，呜呼，盛哉！江村、夏峰俱得佳弟子阐法于后……”《颜习斋年谱》中记载：“善继讲学，宗王守仁，而躬行切实过之。”因此，其高弟鋐对鹿善继死节后朝廷的封赠褒美仍感到遗憾：鹿善继在学术与道统上的地位没有得到更好的确认。他说：

鋐犹有憾之者，何阳明崛起姚江，直接洙泗嫡传，尼山之奥，因之以穷；尼山之覆，因之以发。《传习录》一书泄漏天机尽矣，阳明之后，其道在念庵，念庵之后，其道在先生。念庵之于《传习录》也，奔假而手抄之；先生之于《传习录》，索之侍御公按吴时，洞见源本，身体力行，庶几光大阳明而不第绍述之已也。假令阳明南面而享天下之崇极如文庙比，则二先生享如颜曾比，而龙溪、绪山诸君子应退处其下尔。

在陈鋐等门弟子看来，鹿善继“身体力行”、“光大阳明”，通过罗念庵直绍阳明之道，而具有自身的特色，大有功于王学，故在王学阵营中的地位应高于王龙溪与钱绪山等人。《明儒学案》中记载“阳明一生精神，俱在江右”，江右罗念庵传阳明之道为“阳明功臣”，故弟子们认为鹿善继是得到了阳明的真精神的。鹿门弟子中唯一的一个南方人黄时甫(一作适甫)，是江西新城人。千里迢迢离开江右王门的故乡，北上投师鹿善继，大概也可以说明一些问题。

鹿善继著述甚丰。计有《四书说约》三十三卷、《前督师纪略》十六卷、《后督师纪略》十卷、《认理提纲》一卷、《寻乐大旨》一卷、《车营百八答》(不分卷)、《寻声谱》一卷、《认真草》十五种二十二卷(十五种为：《金花始末》二卷、《马房本末》一卷、《籽粒本末》二卷、《扶孤始末》一卷、《箧余》一卷、《农曹草》一卷、《粤东盐法议》一卷、《福建盐法议》一卷、《归里草》一卷、《待放草》一卷、《典饷草》一卷、《枢曹草》二卷、《榆关草》三卷、《再归草》二卷、《奏常草》二卷)、《三归草》二卷、《麈谈》一卷、《无欲斋诗草》八卷(今佚一卷)；《明史·艺文志》著录有《鹿善继文稿》四卷；今存《鹿忠节公集》二十一卷、门人陈鋐编次《年谱》二卷。集中体现其儒学思想的，则为《四书说约》、《认理提纲》、《寻乐大旨》诸种。