义满的孙子，8代将军足利义政偶尔会参拜鹿苑寺，也有记录显示他会登上金阁。文明17年（1485年）10月15日，也就是应仁之乱结束后的8年后，在《荫凉轩日録》中记录了义政来参拜的时候，与龟泉集证的交谈记录。金阁虽然在应仁之乱中残存，但是当时境内依然很荒乱，庭院内大半的枫树被砍伐，池水量也减了很多，这些可以从义政与龟泉的交谈中看出来。从两人的问答中，得知安置在二层的观音像在应仁之乱中丢失，用了新的来代替。另外，在三层本来放置了阿弥陀如来和二十五菩萨的像，但是佛像本身丢失，只剩下佛像背后的白云装饰。

在应仁之乱中，西军阵营的建筑多半被烧毁，但是江户时期的主要建筑都被重建，舍利殿也在庆安2年（1649年）被重新大修。明治维新之后，根据廃仏毁釈运动，大部分的寺院领地被回收，失去了经济的基础，但是明治27年（1894年），由当时的十二世住持贯宗承一提出了将庭院及金阁面向一般大众开放参拜，并征收参拜费作为寺院的收入，使其得以保留。

明治37年到39年间（1904年-1906年）金阁寺进行解体维修。

昭和25年（1950年）7月2日凌晨，金阁寺被学僧林承贤（当时21岁）放火点燃（金阁寺放火事件）。国宝金阁（舍利殿）被完全烧毁，国宝足利义满坐像、伝运庆作的观世音菩萨像、春日佛师作的梦窗疏石像等10尊木像被烧毁。林承贤打算在后山自杀但是存活了下来。其母亲被叫到京都录口供，在回去途中于保津峡自杀身亡。这个事件成为了三岛由纪夫的小说《金阁寺》、水上勉的小说《五番町夕雾楼》、《金阁炎上》中的题材。另外，屋顶的凤凰以及究竟顶的额在火灾之前被取下来的原因，幸免于烧毁。

重建后的金阁，是在村田治郎的指导下，根据明治37-39年间解体修理时制作的图纸、照片、古文书等资料为基础，于昭和27年（1952年）3月22日开始花费了3年时间重新建造的，并于昭和30年（1955年）10月10日举行了落成仪式。之后，重建之后过了10年，金箔脱落露出了下面的黑漆，黑漆被紫外线照射劣化，因此，于昭和61年2月进行了为期1年零8个月，总工程费用为7亿4千万日元的“昭和大修复”。进行了重新涂漆，重贴金箔，并对天花板进行复原等工程。

重建后的金阁是木造的3层楼阁式建筑，位于鹿苑寺境内，镜湖池（きょうこち）的南岸。屋顶是宝塔形状，并有只铜制的凤凰。虽然是3层建筑，但是由于一层和二层之间没有做出屋顶的延伸，所以形式上是“二重三层”。一层没有贴金箔而是用木头制作，二层与三层的外面（包括围栏）全部贴满金箔。三层的内部也是全面贴满了金箔（地板除外）。一层与二层的平面是同样形状和同样大小的，正面5根柱，侧面4根柱。一层与二层使用了贯通的柱子，使构造一体化。三层小了一圈，每边3根柱。

重建的金阁，与烧毁前有不同，烧毁前的金阁只有第三层才有金箔，二层完全没有金箔，重建的金阁不只是第三层，就连二层的外面也贴满了金箔。明治时代金阁解体修理后，二层的隅木（屋顶的四角用的斜木材）没有再次使用而是加入了花纹另做保存。昭和25年，金阁烧毁后，这个加入花纹的材料（旧二层隅木的一部分）是唯一未被烧毁的部分，由于这部分也贴了金箔，所以重建的金阁，也在二层贴了金箔。建筑师家族的宫上茂隆，认为只有最容易被风吹雨打的隅木部分有残留金箔是非常不自然的，所以二层本来是没有金箔的。另外，烧毁前的金阁二层，东面和西面的中央设置了连子窗，重建的金阁二层，东西面都是墙壁。

重建后的金阁，是根据上述明治37-39年间解体修理时制作的图纸、照片、古文书等资料为基础，于昭和27年3月22日开始花费了3年时间重新建造的，并于昭和30年10月10日举行了落成仪式。金阁使用了约20万张是普通金箔厚度5倍的金箔[五倍箔]，以及约1.5吨日本国产的浄法寺漆。最上层的天花板使用了多张板的“镜天井”。

室町幕府的8代将军足利义政，模仿祖父义满建造的舍利殿，在造营中的东山山庄里建造了观音殿（银阁寺）。金阁、银阁、飞云阁，并称为“京之三阁”。

鹿苑寺金阁为鹿苑寺的主体建筑，是祭祀释迦佛骨的舍利殿，因柱子及墙壁等整个建筑镶贴金箔而得名金阁，所以鹿苑寺又称金阁寺，正式名称为鹿苑寺。金阁是面临镜湖池建造的宝形造三层楼阁，底层为寝殿造的阿弥陀堂，称法水院；二层为书院造，用以祭祀观音，称潮音阁；顶层为唐风禅宗佛殿样式，安放三尊阿弥陀，称究竟顶。鹿苑寺金阁是将寝殿造与唐式建筑、净土信仰与禅宗信仰、佛寺与居住建筑结合起来的新式建筑样式，是象征传统贵族文化和新兴掸宗文化融合产生的北山文化的代表性建筑。金阁为攒尖顶，顶部置有中国式的金凤凰，屋面为秫皮茸，二、三层全部漆以纯金的金箔。池中倒影金光辉映。

一层称为“法水院”，正面的1根柱子作为开放的广缘，里面正面的5根柱子，侧面的3根柱子形成一个房间。正面的5根不是同等距离，西面第二根（放置本尊的位置）的柱间比其他要宽。这个房间的正面5根都是住宅风的蔀戸，两侧面（东西面）靠前的一间各自装了板门，后面2根则为土壁。背面（北面）的5根都是土壁。上面说的土壁都做了中间分层，北面的分层从建筑外可以看到，东西面的分层要到室内才能看到。一层的西面，有一个附属的被称为“漱清”的小亭子延伸到了湖中。一层室内只有一个房间，但在天花板上设置的分切，将西侧间口的3根部分与东侧间口的2根进行了柔和的分切。靠西的3根，在里面设置了须弥坛，坛上中央是宝冠释迦如来坐像，对面左侧安放着足利义满的坐像。

二层被称为“潮音洞”，四周用缘和围栏，外壁和围栏全部贴满金箔。西侧正面的间口3根，里面1根作为开放式的广缘，再里面的3根作为佛间。东侧正面2根，侧面4根为一个房间，与佛间之间进行区分。佛间内部，须弥坛上放置着观音菩萨坐像（岩屋观音），须弥坛周围则立着四天王像。墙与地面涂了黑漆，天花板画着飞天像。广缘间的地面也是黑漆，天花板则画着凤凰。东侧的房间里，正面2根与广缘境形成了舞良户。东室的内部有一层到三层的台阶，向上的台阶是通到3层北侧的缘。二层的东西面都是板壁，北面的西边第二根是板门以外其他也都是板壁。

三层被称作“究竟顶”，3根形成一个房间，放置着佛舍利。一层是使用了蔀戸的寝殿风格，二层是使用了舞良户、格子窗的和式佛堂风格，与此相对，三层是使用了栈唐户，花头窗的禅宗样式佛堂风格。围栏也是与二层的和式风格不同，三层围栏采用了逆莲柱禅宗样式。三层的柱间装置是东西南北都相同，中央间是栈唐户，两边间是花头窗。三层，包括天花板，墙壁在内，内外都贴满了金箔，只有缘和内部的地板涂了黑漆。

重要文化遗产

已烧毁的文化遗产

明治30年（1897年）12月28日，根据古社寺保存法，舍利殿被指定为“特别保护建筑物”，昭和4年（1929年）7月1日，基于施行的国宝保存法，被指定为国宝。明治37-39年（1904年-1906年），进行了解体修理。大正14年（1925年）10月8日，根据史迹名胜天然纪念物保存法（文化遗产保护法的前身之一），庭院被指定为史迹·名胜。昭和31年（1956年）7月19日，根据文化遗产保护法，被指定为特别史迹·特别名胜。

昭和25年（1950年）7月2日，舍利殿因为一名21岁的见习僧人林承贤放火自焚而完全烧毁，连放在殿中供奉的国宝、足利义满像也一同化为灰烬（金阁寺纵火事件）。文部省文化遗产保护委员会与京都府教育委员会进行商议，决定解除对其国宝的指定，并对其再建进行资助。作为再建费用，从政府及京都府的扶助金，到经济界及日本全国各地寄来的捐款，共约3000万日元，并于昭和27年（1952年）开工，于昭和30年（1955年）竣工。同年10月10日，举行落成仪式，复原了创建当时的姿态。

昭和61-62年（1986年-1987年），对金阁进行了“昭和大修复”，平成9年（1997年），对夕佳亭进行了解体修理。屋顶的金铜凤凰于平成11年（1999年）被指定为京都市指定文化遗产。平成17-19年（2005年-2007年），对建筑进行了解体修理。

平成6年（1994年）12月，当寺作为构成要素之一，被登记为世界遗产（文化遗产）「古都京都的文化遗产」。