永历三年（1649）己丑，死于金陵狱。当局仍戮其尸，时年七十有一。尸体由邓大临“棺敛送归”，葬月城吴家村西。地方人士钦崇其一生忠义，曾私谥其号为“文烈”，供奉于月城古梅禅院。

清乾隆四十一年（1776）入祀忠义祠，其著作有《古杏堂集》十卷，《大愚老人集》二卷、附录一卷。后者仍藏天津图书馆。此外，尚有《江上二黄先生遗稿》等。《江上诗钞》收其诗一卷。

有妻徐氏、赵氏，共生四子三女。子黄大湛、黄大淳、黄大洪等。当黄毓祺在金陵狱中时，先是“兄弟争死”，后“俱发旗下为奴”。黄大湛妻周氏，宁死不当亡国奴，以自刎、投水、吞金、绝食等方式自杀未遂，最后于永历四年（1650）自缢身亡。黄氏兄弟远戍燕北，受尽颠沛流离之苦，后由僧人绍元“倾赀赎以归”。

黄毓祺，字介子，江阴人；贡生。好学，有盛名。其门人徐趋字佩玉，亦以气节着。江阴城守，毓祺与趋起兵行塘以应；鲁监国遥授兵部尚书，赐敕印。城破，亡命淮南。

明年冬，侦城中无备，率王春等十四人来袭；不克。趋被获，丁亥正月八日杀之。捕同谋者，毓祺远逸；收其二子大湛、大红，兄弟争为死。毓祺在泰州，寄书所善江纯一，犹用故时印；纯一之客持之。纯一惧，遂告变。毓祺见执，入江宁。狱成将刑，门人邓大临告之期；命取袭衣自敛，趺坐而逝，戮其尸。大临号泣，赎之归葬；变服为黄冠去。大临字起西。

附记：介子居江阴月成桥，素有文学；与常熟武举许彦达善。彦达与南通州监生薛继周第四子称莫逆。薛子亦诸生，居乡间湖荡桥。家赀三万，受隆武制，佩浙直军门印，得私署官属；伪为卜者。游通州，与彦达主于薛；薛生改称周相公。时江阴有徐摩者，字尔参；亦寄食焉。毓祺居久之，凡游击、参将自海上来见者虽满装，及入谒，俱青衣垂手，众莫之知。既而毓祺作一联，人颇疑之。将起义，遣徐摩往常熟钱谦益处提银五千，用巡抚印。摩又与徽州江某善。江嗜赌而贪利，素与大清兵往还。知毓祺事，谓返必挟重赀；发之，可得厚利。及至常熟，钱谦益心知事不密必败，遂却之。摩持空函还，江某诣营告变；遂执毓祺及薜生一门，解于南京部院，悉杀之。钱谦益以答书左袒，得免；然已用贿三十万矣。

毓祺，字介之，号大愚，天启元年恩贡，家住江阴东城内。守城之役，与友人参将张宿，上舍程壁等，歃血同盟，协力拒守。至八月城破，毓祺潜渡海，谋请兵于镇南伯。有僧浪仙，泄其事于武弁王珑。珑以邑人杀其家口，衔恨刺骨，嗾官兵火搜。毓祺赖先出，得免。因传檄四方，阴合同志；文云：“即如江上孤城，首倡人间大义。斩馘万计，固守八旬。□□棘荆，俯视敌人如草芥；弹丸□□，至今马骨如山邱。亦可见我非脆骨柔肠，必不可扶之弱植；彼非四目两口，必不可胜之雄师。特击乎顺逆之人心，与盛衰之士气。”时旧臣遗老，所在不靖。檄至，往往响应。三年丙戌十月，广西永明王，改元永历。十一月广东唐王改元绍武。生员徐趋，袭江阴城，兵备道徐服远却走之。

毓祺晋归营葬，约众于八月十五夜，杀入兵备者衙门，然后再守江阴。薛纯知之，私以谋反首。中表徐趋拂衣起曰：“发不发，等死耳！宁制人，毋为人制！”侦知城中无备，遂不告毓祺，独以千余人袭之。时届黄昏，放炮太早。兵使徐服远赏月未卧，纠兵杀出，乃败；辟城远遁。明早毓祺闻变，心知趋所为，挺剑蹈海而去。其党又株杀二百余人，全家抄掠。四年丁亥，楚世子监国于夔州。黄毓祺起兵海上，谋复常州。

正月，毓祺纠合师徒，自舟山进发。常熟钱谦益，命其妻艳妓柳如是至海上犒师，适飓风大作，海艘多飘没。毓棋溺于海，赖勇士石负之，始得登岸。赋诗云：“可怜上帝□□□，自叹愚民与石顽。纵使逆天成底事，倒行日暮不知还。”约常郡五县，同日起兵恢复，聚众数万，屯武进白土地方，五鼓薄郡北城，放火烧门。知府夏一鹗、同知黄谋驰至。门将破矣，鹗领家丁数十骑，开门杀出，冲过吊桥，众皆散走。黄系投诚参将，改文阶，开门时，黄揽舆止之。鹗曰：“彼众盛，天明则势成矣！此时辨我多寡，不可也。鹗辽人，生长边方，故用兵如此。

此时城门洞开。徐趋固文士，不知兵。纶巾羽扇，驱兵至府署。署中出骑兵数人，挺刀逐之，众惊逸。自相蹂践，趋乃被执。趋被执，祺遁江北。吏执其子大湛、大淳、大洪，兄弟争死勿怯。

初，趋以小册注祺门下数千人。湛被执，对簿。吏根株羽党，遣役械湛归，搜名籍。湛检得，亟嚼而咽之，一无波及。

毓祺事既不就，而志不少衰，逃名潜窜，冀得将□□□。或名“张睢，”或名“赵渔，”或名“王梦白，”或号“太白行者；”甚至衣穿履决，乞食于市。至淮，索居僧舍。一日，僧应薛从周家礼忏，周闻知祺，延而馆之。周好道术，有神降于家，言祸福，颇应验。祺问之，神判云：“郁仪结磷，丽天在兹。重光重轮，赖君扶持。”周有子，颇好事，心喜其说。祺有部曲张纯一、张士俊二人，向所亲信。二人从武弁战（灵皋按：此字恐系误刊）名儒（灵皋按：本句疑仍有误刊，词意终不可通。姑识之，待考）转输实无所措。谋于名儒，将以祺为奇货。名儒故与薛有隙，得此为一网打尽计。于是首者首，捕者捕，祸起仓卒矣。

顺治五年戊子，下黄毓祺于海陵狱。

是年春，执毓祺见廉使夏一鹗。四月，下海陵狱。一鹗为常州府时，治徐趋之狱，尝垂涎于祺而欲未遂，后心艳武进杨廷鉴之富，欲借此为株连，祺不应。索笔供云：“身犹旧国孤臣，彼实新朝佐命。各为一事，马牛其风。”一鹗大怒，酷肆拷掠，诘以“若欲何为？”曰：“求一死耳！”七日，遂囚于广陵狱。

六年己丑，黄毓祺死于金陵狱。

祺豪于文，在狱中，慷慨如平时；题咏不少辍。落笔洒然，痛所志不遂，郁伊骚屑之情，溢于辞色。三月，移金陵狱，将刑，门人告之期，祺作绝命诗，被裲衣，趺坐而逝。

野史氏曰：“按殉节录，则云戮尸；而相传则有人代死，毓祺后寿终。”

方狱之亟也，当事者欲以闻，江民恐再罹难，诸生汤林、徐时化、韩、方、沈五姓，泣跪县庭。竟日，令不能决。绅士曹玑委曲白诸上台，得邀宽宥，不复穷治；独大湛入旗为奴。野史氏曰：“此事学使苏公铨之力居多，故邑人感激，建梅花书院以尸祝之。”

七年庚寅，烈妇黄周氏死难。

先是毓祺蹈海，长子大湛挈其妻周氏，避难于浙西严禹航家。湛间归，为捕卒所得，自问必死，乃书一诗与氏。该氏得书，惊恸；引带自缢。为婢妾所觉，不得死，遂束装谋归，曰：“夫子性命不可知，我妇人，奈何泊数百里外求活哉？”严氏涕泣挽留，不能止。时浙东新破，闽粤拒命，清兵往来，纵横络绎。路无行人，督仆觅一鱼艇，昼伏夜行，水浆不入者数日，始达江上。家破无所归，依其祖母姨沈氏，日挑野菜，杂糠比以充饥。而竭十指之力，以供夫之狱食者，未尝不精腆。盖十阅月而解去。

戊子四月。毓祺事败，氏知破巢毁卵之祸，将不旋踵。依栖亲党，必致累人。乃蹴居村舍，佃田数亩，与夫俱归；端居绝粒以待尽。饿七日，不死，遂复食。竭力操家政，一切编篱墐户锄瓜刈黍之事，靡不身先，不特亲操井臼而已。

己丑三月，毓祺死于狱，律当谪家属旗下。

庚辰四月，湛与其弟赴金陵，氏与夫生诀。自誓必死，复不食。第恐死于家，为里党累。不得已乃投老姑董氏家；人定后，径投宅后池中。漏二下，始觉而觅之，尸已浮水面。董氏多方救之，呕水数斗而活。天未明，捕卒驱迫，氏遽求死不得，闻人言，服金屑能杀人，喜曰：“早知有此，何不悟哉！费我一夜熟筹！”乃扣质库，收董氏金钏归，屑三钱，服之，盘旋肠胃，痛不可忍，竟不死。抵暮，投湛故人杨廷玉家。廷玉闻之，甚悲。询氏求死不得状曰：“金不赤，不得杀人，”乃脱内人指约双环，屑之以进，亦不验。然氏已阴置利刃于怀，以备万一之变矣。明早，太守坐堂皇，按册呼名，氏直立不应，举右袂障面，左手引刃自刎，刃入喉者二寸，流血冲涌而死。太守怛然失色，满堂大惊，是日也，日正午，如夜，众星灿然，阴风起于堂中，众以为精诚所感，好事者争醵金治木，将为发丧。明日，有持香烛来拜烈妇者；乃夜半，喉中气转，复生矣。太守笃钦义烈，许召领放归，具文申救。而廉使夏一鹗衔旧恨，移反严切，刻日趋上道。湛曰：“吾固知吾妻必死，不意其能从容乃尔！”湛乃就狱。