1978年，中国农业科学院作物品种资源研究所创建。

截至1993年3月，研究所全所职工188人，其中科技人员141人、行政15人、工人32人、离退休86人；设有稻类、麦类、豆类、杂粮与考察、种质贮藏、品质、抗逆、抗病虫与检疫、特殊种质保存、种质信息处理、国外引种等11个研究室。

2003年7月，按照国家科技体制改革的要求，由原作物育种栽培研究所、作物品种资源研究所和原子能利用研究所的作物育种部分经战略性重新组建为中国农业科学院作物科学研究所。

2006年2月，举行中国农业科学院生物质能源研究中心揭牌仪式；11月，国家科技部批准，依托中国农业科学院作物科学研究所组建全国农作物种质资源野外观测研究圃网。

2009-2013年，研究所连续被评为中国农业科学院研究生管理先进集体。

2009年1月，举行科技部“国际科技合作基地”揭牌仪式；4月，举行国家杂粮加工技术研发分中心揭牌仪式。

2010年12月，中国农作物基因资源与基因改良重大科学工程通过国家验收。

2013年7月，在内蒙古自治区大兴安岭农场管理局甘河农场举行中国农业科学院作物科学研究所甘河试验基地揭牌仪式。

2015年12月，中国农业科学院作物科学研究所青年工作委员会成立。

据2017年5月研究所官网显示，研究所在职职工357人。包括中国科学院院士1人和中国工程院院士2人，国家特支计划专家1人，国家级有突出贡献中青年专家3人，国家杰出青年基金获得者1人，国家优秀青年基金获得者3人，“新世纪百千万人才工程”国家级人选7人，国家“973”首席科学家6人，省、部级有突出贡献中青年专家10人，享受政府特殊津贴专家16人，国家现代农业产业技术体系首席科学家6人，全国优秀科技工作者6人，农业部农业科研杰出人才及其创新团队12个，中国农业科学院科技创新工程创新团队22个，中国农业科学院优秀科技创新团队2个，中国农业科学院重点科技创新团队6个，博士生导师59人，研究员95人。

中国科学院院士（专职）：庄巧生

中国工程院院士（专职）：万建民、刘旭

国家特支计划专家：万建民

国家级有突出贡献中青年专家：曹永生、邱丽娟、翟虎渠

国家杰出青年基金获得者：刘斌

国家优秀青年基金获得者：刘斌、李文学、贾冠清

“新世纪百千万人才工程”国家级人选：毛龙、李立会、王国英、万建民、王建康、王天宇等

据2017年5月研究所官网显示，研究所设有科研内设机构4个，建有国家重大科学设施2个、农业部重点实验室3个、国家级品种改良中心4个、国家工程实验室（研究中心）3个、农业部风险评估实验室1个、农业部检验测试中心1个、野外台站3个；在北京昌平、北京顺义、吉林公主岭、河北廊坊、河北沽原、河南新乡、江苏南京、云南元谋和海南三亚等建有11个试验基地；挂靠11个学会。

科研内设机构：作物种质资源中心、作物基因与分子设计中心、作物遗传育种中心、作物耕作与栽培中心

国家重大科学设施：国家作物种质库、农作物基因资源与基因改良国家重大科学工程

农业部重点实验室：农业部麦类生物学与遗传育种重点实验室、农业部作物基因资源与种质创制重点实验室、农业部生理生态重点实验室

国家级品种改良中心：国家农作物种质资源保存中心、北京国家大豆改良分中心、国家小麦改良中心、国家农作物航天诱变技术改良中心

国家工程实验室（研究中心）：国家植物转基因技术研究中心、国家杂粮工程技术研究中心、作物分子育种国家工程实验室

农业部风险评估实验室：农业部谷物产品质量安全风险评估实验室（北京）

农业部检验测试中心：农业部谷物品质监督检验测试中心

野外台站：农业部新乡小麦高效育种技术观测实验站、农业部核辐射农业生物科学观测实验站、国家农作物种质资源野外观测研究圃网

挂靠学会：中国作物学会（一级学会）、中国作物学会藜麦分会（二级学会）、中国作物学会特用作物产业专业委员会（二级学会）、中国作物学会燕麦荞麦分会（二级学会）、中国作物学会分子育种分会（二级学会）、中国作物学会小麦专业委员会（二级学会）、中国作物学会医用作物专业委员会（二级学会）、中国作物学会大麦专业委员会（二级学会）、中国作物学会大豆专业委员会（二级学会）、中国农学会遗传资源分会（二级学会）、中国农业生物技术学会作物生物技术分会（二级学会）

据2017年5月研究所官网显示，研究所有10万元以上的大型仪器设备430余台件，自动化温室12000平方米，人工气候室28间，抗旱鉴定设施7200平方米，抗病虫鉴定设施3000平方米，网室11000平方米，试验地287公顷。

据2017年5月研究所官网显示，研究所建成了比较完善的农作物种质资源保护体系，包括1座国家长期库、1座国家长期库复份库、10个国家中期库、43个国家种质圃、169个野生近缘种原生境保护点、7个繁殖更新基地和1个国家种质资源信息中心。截至2015年12月，中国长期保存的种质资源总计469596份，其中国家种质库长期保存总份数404690份，43个种质圃保存总份数65605份，涵盖200多个作物，2000余物种；年均向全国各用种单位提供种质资源4万余份。

据2017年5月研究所官网显示，研究所拥有中国知网系列全文数据库、中国知网统计年鉴数据库、维普资源整合服务平台、万方专利数据库、万方数据、万方标准数据库（行标、国标）、国研网、方正Apabi电子图书、WileyOnlineLibrary（Wiley）等数据库资源。

据2017年5月研究所官网显示，“十二五”以来，研究所牵头主持国家转基因生物新品种培育科技重大专项重大课题8项、973计划项目4项、863计划重点项目2项、科技支撑计划项目4项、国家自然科学基金重大国际合作项目5项、国家科技平台计划项目1项、现代农业产业技术体系小麦、玉米、大豆、谷子、大麦、食用豆等6项。

据2017年5月研究所官网显示，2003年以来，研究所以第一完成单位或第一完成人获国家科技进步一等奖5项，二等奖8项，省部级奖29项。

（1）“中国农作物种质资源收集保存评价利用”，2003年国家科技进步一等奖。

（2）“中国小麦品种品质评价体系建立与分子改良技术研究”， 2008年国家科技进步一等奖。

（3）矮败小麦及其高效育种方法的创建与应用，2010年国家科技进步一等奖。

（4）抗条纹叶枯病高产优质粳稻新品种选育及应用，2010年国家科技进步一等奖。

（5）广适高产优质大豆新品种中黄13的选育与应用， 2012年国家科技进步一等奖。

据2017年5月研究所官网显示，2003年以来，研究所发表科技论文4140篇，其中SCI收录论文1637篇；出版科技专著325部，获软件著作权77项；通过审定的作物新品种242个，其中国审品种63个；获得授权专利292项；获得植物新品种保护权60项。培育的小麦“中麦175、轮选987”，玉米“中单808、中单909”，大豆“中黄13、中黄35”，水稻“中稻1号、京粳1号”等一批优良新品种。

《The Crop Journal》（《作物学报》英文版）是中国科协主管，中国作物学会、中国农业科学院作物科学研究所和中国科技出版传媒股份有限公司共同主办的学术期刊，创刊于2013年。主要刊登农作物遗传育种、耕作栽培、生理生化、生态、种质资源、谷物化学、贮藏加工以及与农作物有关的生物技术、生物数学、生物物理、农业气象等领域以第一手资料撰写的学术论文、研究报告、简报以及专题综述、评述等。

《作物学报》（Acta Agronomica Sinica）是中国科学技术协会主管、中国作物学会和中国农业科学院作物科学研究所共同主办、科学出版社出版的有关作物科学的学术期刊，主要刊登农作物遗传育种、耕作栽培、生理生化、生态、种质资源、谷物化学、贮藏加工以及与农作物有关的生物技术、生物数学、生物物理、农业气象等领域以第一手资料撰写的学术论文、研究报告、简报以及专题综述、评述等。

《作物学报》从1999年起连续12年获“国家自然科学基金重点学术期刊专项基金”的资助。2006—2013年连续8年获“中国科协精品科技期刊工程项目”资助。从2002年起连续11年被中国科技信息研究所授予“百种中国杰出学术期刊”称号。2013年被新闻出版广电总局评为“百强科技期刊”, 2011年获“第二届中国出版政府奖期刊奖提名奖”, 2005年获“第三届国家期刊奖提名奖”。2009年被中国期刊协会和中国出版科学研究所授予“新中国60年有影响力的期刊”称号。2008年和2011年被中国科学技术信息研究所授予“中国精品科技期刊”称号。2009年、2011年和2013年被武汉大学中国科学研究评价中心授予“中国权威学术期刊（A+）”称号。

《作物学报》被联合国粮农组织（FAO）的AGRIS数据库、美国《生物学文摘》（BA）、英国国际农业与生物中心（CABI）的《农业与生物科学研究中心文摘》（CABA）和《全球健康》（Global Health）数据库、英国《食品科技文摘》（FSTA）、美国《化学文摘》（CA）、美国《剑桥科学文摘》（CSA）、日本科学技术社数据库（JST）、俄罗斯《文摘杂志》（AJ of VINITI）、爱思维尔的Scopus数据库和波兰哥白尼索引（Index of Copurnicus）等数据库和检索系统收录。

《植物遗传资源学报》的前身是中国农业科学院作物品种资源研究所和中国农学会遗传资源分会主办的《作物品种资源》（1982年创刊），两次入选全国农作物、农学类核心期刊，2000年改名《植物遗传资源科学》，2002年11月8日国家科学技术部批准《植物遗传资源学报》创刊，主办单位变更为中国农业科学院和中国农学会，2006年主办单位变更为中国农业科学院作物科学研究所和中国农学会。

2003年，《植物遗传资源学报》被科技部西南信息中心“中文科技期刊数据库”收录，被中国科学技术信息研究所和北京万方数据股份有限公司“万方数据-数字化期刊群”全文收录，被“中国核心期刊（遴选）数据库”收录；入选“中国学术期刊综合评价数据库”统计源期刊；2005年被《中国生物学文摘》和中国生物学文献数据库收录；2006年被中国学术期刊文摘（中文版）收录；2007年被中国科学院文献情报中心、中国科学引文数据库收录为中国科学引文数据库（CSCD）核心期刊，被中国科学技术信息研究所收录为中国科技核心期刊（中国科技论文统计源期刊）；2008年进入全国中文核心期刊。

《中国种业》是由农业部主管，中国农业科学院作物科学研究所和中国种子协会主办的全国性、专业性、技术性并在中国内外公开发行的种业科技期刊。该刊系全国中文核心期刊、全国优秀农业期刊。覆盖范围包括大田作物、蔬菜、花卉、林木、果树、草坪、特种作物、种子机械等，信息量大，技术实用。主要栏目有种业论坛、种业人物、种业巡礼、专题论述、种业管理、种业市场、问题与探讨、实用技术、学法用法、种子加工、植物新品种保护、研究论文、经验交流、选育与区试、国外种业、新品种与品种资源、知识窗等。

《作物杂志》是中国作物学会和中国农业科学院作物科学研究所主办的农作物综合性技术类期刊，于1985年创刊。曾获第三届/第四届/第五届全国优秀农业科技期刊奖、中国科协优秀科技期刊奖。连续入选全国中文核心期刊、中国科技核心期刊和中国农业核心期刊、中国科学引文数据库（CSCD）收录期刊。2005年1月被选入《中国知识源总库·精品期刊库》。2008年初随CSCD登上了面向90多个国家的ISI Web of Knowledge平台。主要栏目设置有专家论坛、专题综述、遗传育种·种质资源·生物技术、生理生化·植物营养·栽培耕作、种子科技·品种信息、植物保护等。

据2017年5月研究所官网显示，研究所拥有8个二级学科博士点、9个二级学科硕士点。

二级学科博士点：生物化学与分子生物学、作物栽培与耕作学、作物遗传育种、植物病理学、作物种质资源学、农产品质量与食物安全、信息技术与数字农业、生物信息学

二级学科硕士点：生物化学与分子生物学、食品科学、作物栽培与耕作学、作物遗传育种、植物病理学、生物信息学、作物种质资源学、农产品质量与食物安全、信息技术与数字农业

据2017年5月研究所官网显示，研究所有在籍研究生243名；除此之外，还招收了来自中国农业大学、南京农业大学、浙江大学、西北农林科技大学等各大院校客座研究生300余名；博士后研究人员25名；与美国、加拿大、英国、澳大利亚等国家联合培养了数十名研究生，每年向发达国家选派3-4名优秀研究生出国留学。同时，也接收了18名国外留学生来所攻读博士、硕士学位。

据2017年5月研究所官网显示，研究所研究生全部免收学费、并且提供较高的研究生助研津贴（博士生课程学习期间，由研究生院发放补助 ，科研津贴不低于2500元/月，回到研究所开展实验期间，研究生院补助1500元/月，同时研究所发放不低于1800元/月。硕士研究生课程学习期间，由研究生院发放补助，不低于1500元/月，回到研究所开展实验期间，研究生院补助800元/月，同时研究所发放不低于1500元/月）。

据2017年5月研究所官网显示，研究所研究生获得了“全国百篇优秀博士论文奖”提名、“北京市优秀博士学位论文奖”、“中国农科院优秀博士论文奖”、“Beachell-Borlaug”国际奖学金等多项奖励；毕业研究生分布在全国各地的科研院所、高校、政府部门、外资公司等，就业率达95%。

据2017年5月研究所官网显示，研究所已与美国、英国、法国、俄罗斯、澳大利亚、阿根廷、秘鲁、泰国、日本、韩国、缅甸等60多个国家及国际玉米小麦改良中心（CIMMYT）、国际水稻所（IRRI）、国际原子能机构（IAEA）、国际生物多样性中心（Bioversity International）等10多个国际组织建立了合作关系。搭建了国家国际科技合作基地、中法谷物基因组联合实验室、中国-CIMMYT小麦品质联合实验室、中国-Bioversity International生物多样性联合实验室、中美小麦品质与抗病性联合实验室、CAAS-CIMMYT玉米分子育种实验室、中澳小麦改良联合中心、中韩作物科学联合实验室、中日韩作物科学研究网络、亚太国际植物突变育种协作网等国际合作平台。

所徽是由农作物的抽象图案构成，与作物科学研究所的特色相对应。所徽的主色调为绿色。

研究所文化：利农为本、求实创新

中国农业科学院作物科学研究所研究生会成立于2009年，秉承“求实高效，传承创新”的工作理念，积极主动、独立负责地开展学生活动，定期举办学术交流、社会实践、文化体育等活动，努力发挥研究生会是“同学之家、师生之桥”的工作职能。

据2017年5月研究所官网显示，研究所举办的活动有：作科所成功举办简历分析讲座、作科所举办第二届研究生乒乓球赛、作物科学研究所举办首届研究生羽毛球赛、作物科学研究所举办第五期研究生学术沙龙、“爱于心，践于行”-农科人学雷锋活动、作科所举办研究生就业指导系列讲座之单面模拟、作科所新一届研究生分会第一次工作会议、作科所举办首届研究生乒乓球赛等。

（2024年9月更新）

2019年12月5日，获得“全国农业植物新品种保护先进集体”称号。

2021年4月27日，中华全国总工会授予其全国工人先锋号。

2022年3月，入选2021-2025年第一批全国科普教育基地。