元代

元代（公元1271—1368年）由于江海潮起潮落，大片陆地相连出现，余庆因位于余中沙之东，更名为余东，此名一直沿用至今。当时两淮计有29个盐场，余东场为其一。

明代

余东因其地域滨江临海，历为兵防要塞，明洪武年间（公元1371年），信国公汤和奉命在此建城，大兴土木。整个余东城河环绕，以河为界，城内城外各建十庙，无城墙但有四个城楼（东城门魁星楼，又名镇海楼，南城门三义楼，西城门火神楼，北城门真武楼），五处牌坊，堂、会、院等一应俱全。余东发展到了一个鼎盛时期，已由一个自然集镇发展成为官方建制镇。因余东城总体格局形似凤凰，故余东又名凤城。

清代

清代，为两淮盐业鼎盛时期，乾隆三十三年（公元1768年），两淮共有23个盐场，余东场为其一。

据记载，余东城曾有108座大门堂，其中10多座悬挂有皇帝御赐的各种匾额（文革期间均遭破坏）。

清末民初，由于海岸东移，盐业淡出，许多余东人撤灶务农。但至解放前，余东一直作为通东地区（南通市东部一带）的政治、经济、文化中心。

光绪二十九年（公元1903年），张謇在余东盐河桥东建办了通东惟一的高等小学南通县立第九高等小学。

民国

民国十七年（公元1928年），通东第一个中国共产党党支部在余东小学成立。

民国三十七年（1948年）5月，余东胜利解放，成为海门地区唯一通过武装斗争取得解放的乡镇。

解放后至今

余东解放后，原富余区人民政府改为富余区公所，1952年富余区更名为余东区，1957年全县撤区并乡建余东乡人民委员会，1958年10月1日成立余东人民公社（设管委会），1963年2月另建余东镇人民委员会（两套班子两处办公），3年后撤镇恢复人民公社，1967年初公社机构由于文化大革命的冲击而瘫痪，1968年4月由人武部建公社革命委员会，1981年10月撤消革委会重建管委会，1983年10月公社改乡，1986年10月撤乡建镇并一直沿袭至2012年12月。

2012年12月，由江苏省人民政府批准，海门市进行行政区划调整，决定原余东镇和原树勋镇合并成为新的余东镇。原树勋镇由抗日烈士范树芳和丁洪勋的名字命名。

2015年，余东镇下辖17个行政村、2个社区，具体为：启凤街社区、勋兴路社区、长圩村、宛平村、庄烈村、余南村、木桩港村、殷忠村、新宇村、和平村、八一村、旭宏村、凤凰村、新北村、新河村、新富村、启勇村、富民村。镇政府驻人民南路165号。

余东镇中心位置在北纬32°0′54.49″、东经121°21′18.16″，位于海门区中部，东与海门港新区相连，南与常乐镇、悦来镇相接，西与四甲镇相邻，北靠正余镇。全镇区域面积68.3平方公里。

余东镇系江海冲积平原，境内地势平坦。

余东镇属北亚热带季风气候区，四季分明，雨水充沛，光照较足，无霜期长。平均气温15.6℃，1月为全年最冷月，极端最冷月为1963年1月；7月为全年最热月。

余东镇有支流通向通启运河。境内以人工河道为主。

2015年，余东镇耕地面积4.8万亩。

余东镇境内矿产资源有石英砂、砖瓦用黏土等。

2013年，余东镇常住人口32143人，其中农业人口29241人，城镇人口10806人。

2014年，余东镇总人口6.46万人。居住民族以汉族为主。

55422人（2017年）。

余东镇距海门城区25公里，北枕204国道、335省道，南接宁启高速，汤正公路、五泰公路贯穿南北，王川公路、省级老通吕公路横跨东西，与上海仅一江之隔。西至南通兴东机场、南通港仅30公里。

2014年，余东镇全镇实现地区生产总值26.5亿元；完成财政总收入2.01亿元，其中地方公共财政预算收入8588万元；完成全社会固定资产投资18.09亿元；农民人均纯收入19986元。

2015年前三季度，余东镇完成规模以上工业产值39.9亿元；完成新兴产业产值8.34亿元，完成高新产值3.95亿元；实现应税销售9.58亿元。

2014年，余东镇已经形成了高效设施渔业基地、地方名特优蔬菜基地、钢架大棚基地、出口蔬菜基地、山羊养殖基地等五大特色产业带，培育了酱醋食品、酱菜加工、农副产品海产品冷冻保鲜等农业产业化龙头企业。

2015年新建各类种植园区10个，完成投资3290万元。新建（扩建）各类养殖场8个，其中规模以上养殖场5个，完成投资1895万元。

2014年，余东镇拥有全市第一个外资企业，概括了化工、橡胶、服装及辅料、包装材料、玻璃工艺制品、金属制品、无汞电池、制冷设备、铸件、体育用品等数十种工业门类，产品远销欧美、东南亚及阿拉伯国家。

2014年1-8月份；余东镇完成工业应税销售8.62亿元。

2015年1至9月份，余东镇工业投入累计完成11.2亿元。新开工超千万元工业项目12个，其中超亿元项目1个。超3000万项目3个。

2014年，全镇实现服务业增加值11.83亿元。实现服务业税收2989万元，限额以上社会消费品零售额2.91亿元，完成服务业固定资产投资4.78亿元，。实施服务业超千万元项目18个。其中，超2000万元项目13个，超5000万元项目2个。

2015年前三季度，余东镇完成服务业应税销售1.64亿元；完成服务业税收1320万元，完成限额以上社会消费品零售额2.69亿元。

2015年，余东镇境内有树勋中学、余东镇中心小学、树勋中心小学、余东小学、余东幼儿园等多所教育学校。

明清至今，出了2个状元、13个举人和数十个秀才；中心小学特色教育走在全市前列，连续三年获得全市素质教育百分考核一等奖，是海门市首批义务教育示范学校之一。余东幼儿园注有省级优质幼儿园荣誉。

2014年，余东镇文化站“八个有”目标已全部实现，其中13个村（社区）“六个有”目标也基本完成。

以余东京剧联谊会、中心小学雏凤少儿京剧社为平台，开展各种文化交流活动。

以通东壁画为代表的本地农民画，是余东村农民自豪的乡土文化。他们用不拘泥于传统的思维方式，探索创新造型手法，在夸张、变形的画面中，采用非传统的混合、叠加、错位、裂变等手法，创作出了《余东农家》《橘林深处捉乾隆》《秋山图》《雄鸡图》等。

2015年，余东镇境内有余东镇卫生院、第6人民医院、社区卫生服务站等医疗设施。

余东镇有明代法光寺、千米石板街、崔桐故居、武进士故居，宋代的姐妹井，清代保安桥、张氏私塾、震丰恒布庄等特色的历史建筑，是省内外文化艺术界人士前来采风的景点之一。

余东镇拥有各级文物保护单位7处，还有少量的明代历史建筑及大量的清代及近代的历史建筑。现有殿宇50余间，其中，天王殿为明代建筑，山门为清代建筑。

法光寺

法光寺，坐落在镇区东街，是海门区内唯一留存的古刹。法光寺前身为道观东岳庙，建于明万历年间，是海门现存的唯一名代古迹。1986年被列为“海门县文物保护单位”，加以修缮。1987年成为“海门县余东佛教活动点”。1992年升格为法光禅寺。寺后花园有小桥流水，假山，金鱼池等景观。

余东老街

余东老街始建于明代，是南通地区内唯一保存得最好的一条完整街道，至今有近650年的历史。城内都以水道为关，南北大街还完整的保存着2146块石板街道（底空，水道穿城至护城河）。原先街内店铺相接，两旁还有盐店、堂子、十八弯等20几条巷，如百脚蜈蚣一样四处延伸，两侧前街后作坊，商业店铺遍布。青石铺路，深巷小道纵横相连，店对店、铺对铺鳞次栉比，呈现出“楼头对窗可碰杯，街心置桌能对奕”的现状。街区内还留有崔桐故居、江村故居、范氏宅院、王家大院、钱粮房（明清收缴盐税场所）、张氏私塾和部分大门堂。城内古街道经纬交错，平房与楼房高低参差。

文昌阁

文昌阁，历史上也叫文昌宫，儒教圣地，里面供奉文曲星、孔子和朱熹建于明代，抗战期间被毁，2001年余东镇政府修建文昌宫。

民族英烈墓

民族英烈墓，碑座镌刻着1940年新四军苏皖三纵队陶勇司令率部攻打日军，49名战士壮烈牺牲的战斗经过。碑座东侧苍松翠柏丛中有一青石碑刻，原是城隍庙碑，至少已有500年历史，石雕似凤似凰的图案依稀可辨，折射出历史的印痕，上有民国三十四年余东本地书法家张兰轩题词“民族英烈墓”五个大字，1988年被列为海门市文物保护单位。

2019年12月，余东镇入选“2016—2018年度江苏省文明乡镇”。

2020年7月，获得2017-2019周期国家卫生乡镇荣誉称号。

2020年11月20日，入选“第六届全国文明村镇”名单。