明治二十六年（1893年），内藤湖南辞别政教社，应高桥健三之请，成为其秘书。跟随高桥健三离开东京，来到大阪。

明治二十七年（1894年）7月，入大阪朝日新闻社，成为大阪《朝日新闻》的重要撰稿人。开始了他20年的记者生涯。内藤湖南在大阪朝日新闻社期间发生了中日甲午战争。甲午战争期间，内藤湖南受到甲午战争的刺激与鼓励，写了一系列重要文章，试图从文化学术的角度来探索日本的天职与前途以及日中关系转型等问题的结晶。正是从本民族的前途与利益出发，从天职的责任感出发，使他越来越集中地去思考和展开论述关于中国历史文化的发展变迁等问题，从而形成“文化中心移动说”，初步显示以文化史观念为本位的内藤史学的基本特色。

明治二十八年（1895年）4月17日，中日双方签订《马关条约》，中国割让辽东半岛给日本，但六日后，俄、德和法提出“友善劝告”，迫使日本将辽东半岛交还给清政府，即“三国干涉还辽”事件。8月11日，内藤湖南即发表了《受动的外交》，要求政府停止这种被动的外交政策。

明治二十九年（1896年）2月11日，内藤湖南发表《伊藤侯不宜出使之任》，将伊藤博文的外交描述成“可能是自足利义满以来对日本民族荣誉的最大伤害”。2月28日，内藤湖南发表了《读宋史》一文，以宋辽澶渊之盟为喻，指责北宋在外交上的软弱并没有真正解除契丹的威胁，但也肯定了北宋统治者及富弼等宁多增岁币也不愿失去领土的做法。很明显此时发表的这一文章意在指责日本政府外交的软弱失利。5月11日，发表《日露协定条约可恃乎》，认为与俄国的协定条约带来的只能是使中日战争的果实被彻底破坏。8月，内藤湖南与田口郁子结婚。

明治三十年（1897年）是作为记者的内藤湖南在学问上丰收的一年，他最早的三部著作出版了。这三部著作分别为1月出版的《近世文学史论》，6月出版的《诸葛武侯》《泪珠唾珠》。《近世文学史论》是综论日本江户时代包括儒学、国学、小说、戏剧、美术、宗教等诸方面的文化变迁的历史的著作。《诸葛武侯》是内藤发表的第一种关于中国历史的专著。同年4月，内藤湖南前往台湾，担任日本当局在台北新成立的《台湾日报》的主笔。在台期间，内藤湖南于《台湾日报》发表多篇文章，为日本政府的台湾政策献策建言，其所关注范围包括台湾的政治、交通、财政、风俗等。也集中反映了内藤湖南关于如何治台的观点。

明治三十一年（1898年）4月，内藤湖南辞去《台湾日报》主笔职务，返回东京。5月，加入黑岩泪香的《万朝报》成为记者。《万朝报》在当时的东京具有相当大的影响力，关注中国问题当时也正是《万朝报》所需，熟悉中国历史的内藤湖南加入对该社来讲是适逢其时。

明治三十二年（1899年）9月，在《万朝报》社及其友人的支持与资助下，内藤湖南首度到中国进行为期三个月的旅行，明治三十三年（1900年）出版的《燕山楚水》中记录了他此行的主要见闻与所感。在这首次中国行的三个月中，内藤湖南走访了北京、天津、上海、南京、苏州、武汉、杭州等地，广泛考察了当时中国的政治、经济、文化教育、地理、风俗、学术学风等。同时内藤湖南密切关心时务，并通过各种途径与当时名士严复、方若、文廷式、张元济、罗振玉等会面笔谈，了解当时中国的国情状况。书中记载了笔谈内容，从中可见，内藤湖南认为中国的积弊是千年以来不断积累的，要想改变极为艰难，清朝朝廷进行的自上而下的改革并不能清除积弊。明治三十二年（1899年）末，内藤湖南返回日本。

明治三十三年（1900年），中国发生了义和团运动（日称“北清事变”）与八国联军侵华战争。明治三十四年（1901年）初，清政府与八国缔结了《辛丑条约》。这一期间，内藤湖南发表了多篇社论对中国问题发表评论。值得注意的是，明治三十三年（1900年）内藤湖南第一次发表了与清朝有关的学术性文章，题为《清国创业时代的财政》，发表在7月1日的《太阳》杂志上。明治三十三年（1900年）2、3月之交，文廷式赴日，与内藤湖南有多次会面，双方在学术文献上有所交流，并应内藤湖南之请，文廷式在明治三十五年（1902年）将《蒙文元朝秘史》抄本赠与内藤湖南，成为日本近代对中国进行学术研究的重要文献之一，也是内藤湖南本人对中国满蒙史料的关注之始。

明治三十四年（1901年）3月5日，内藤湖南发表了《清朝兴衰的关键》，与《清国创业时代的财政》两篇文章均是从历史角度探索清朝兴衰的原因。同月，内藤湖南在《大阪朝日新闻》上发表《应向支那派遣奇籍采访使》一文，彼时中国正值义和团运动和八国联军侵华之后，典籍文献受到冲击，内藤湖南撰文呼吁日本学术界关注中国的奇籍文献和知名学者。同年8月，内藤湖南在《日本人》杂志上又发表《应向支那派遣书籍采访使》一文，该文一方面向日本介绍中国历代典籍变迁和存佚情况，一方面再次呼吁日本政府要在中国动乱之时将这些典籍副本收藏于日本，并认为这是为东洋文物着想的最善之策。

明治三十五年（1902年）10月到明治三十六年（1903年）1月，内藤湖南受《大阪朝日新闻》社派遣，再次赴中国进行考察，此次考察的目的是了解中国东北的时局和形势，尤其是俄国在中国东北的经营情况。发现了蒙满文的《大藏经》。

明治三十六年（1903年），在日本国内舆论中，对俄主战论兴起，并认为雪耻三国干涉还辽的时机已经来到。在这样的历史背景之下，内藤湖南赴华进行目的明确的考察，他沿着从哈尔滨到大连的东清铁路旅行，关于俄国的活动做了丰富的笔记。翌年归国后，作为对此次考察的结果，内藤湖南确立对俄主战论的主张，并发表《满洲撤兵》《欢迎满洲问题》《满洲的价值》《满洲论的分派》等文。

明治三十七年（1904年）2月，在日本国内舆论界对俄开战的主张甚嚣尘上的时候，日俄战争（日本称日露战争）爆发。在开战前后，内藤湖南发表一系列有关战局的言论，如《和战之决及其得失1-5》（1月），《战局私见1-8》（4-5月间），《辽阳战胜的价值》（9月）等。同年，他终于得到日本国内罕见的史籍《元典章》，作汉文《元典章跋》，谈到有了此书则“有元掌故庶几于东洋史学联鏕并驾欧西学者矣。”再次表明其对于建立与欧美学术对抗的东洋学术的抱负。在奉天故宫的喇嘛教黄寺，内藤湖南发现明代金字写本蒙文《大藏经》，当时内藤湖南还不懂得蒙古文，因此误作为满文，但判断其史料价值为“东洋学上非常的宝物”。

明治三十八年（1905年）7月，内藤湖南再次赴中国东北，此次是受日本外务省委托，调查日本满洲军占领地的行政情况。内藤湖南借机再次来到奉天故宫，并在那里发现了更多的史料，如《满文老档》《五体清文鉴》《汉文旧档》、满蒙汉文的《清实录》和《蒙古源流》等清朝宫廷档案。该年11月，内藤湖南奉日本驻华全权大使小村寿太郎之命赴中国北京，小村寿太郎当时正在与清政府谈判日俄战争后日清间有关中国东北问题的协定，内藤湖南作为顾问，为其出谋划策。

明治三十九年（1906年）元旦，内藤湖南与小村寿太郎一起回到了日本。7月，内藤湖南再次受外务省委托，赴朝鲜和中国东北地区进行“间岛”地区的调查。日俄战争以后，日本掌握了朝鲜的内政、外交大权，意欲将“间岛”地区一并归属于朝鲜。外务省派遣内藤湖南此行的目的，是想从文献上得到依据。内藤湖南此行亦是不辱使命，他在朝鲜王京汉城滞留了一月有余，拍摄了明治十四年（1881年）到明治三十七年（1904年）以来清韩间有关“间岛”问题的往来文书，并集成《间岛问题调查书》五册，交外务省。

明治三十九年（1906年），京都帝国大学文科大学开设，狩野亨吉任文科大学校长。12月，狩野亨吉在东京与内藤湖南会面，内藤湖南口头答应就任京都帝大教职。明治四十年（1907年）5月，京都大学的文科大学开设史学科，9月开课。10月，内藤湖南受聘为其讲师。从初入京都大学，到明治四十二年（1909年）受聘为京都大学教授并担任东洋史学第一讲座，此后直至其大正十五年（1926年）退休，内藤湖南执掌京都帝大东洋史学教学与研究工作近二十年。在这期间，内藤湖南以中国史为中心，在清朝史研究、边疆史地研究与资料收集整理、中国上古史研究、中国史学史、绘画史、中国史时代区分论等方面都有作品问世，成为日本近代史上著名的中国学研究专家。

明治四十四年（1911年），中国爆发了辛亥革命，内藤湖南作演讲时清政府的统治还没有倒台，北洋军与革命军形成南北对峙格局，日本国内纷纷预言中国革命结局、讨论日本对华政策。内藤湖南于此事变前后发表了多篇文章分析中国的现实局势。《清朝衰亡论》是内藤湖南采用历史分析的视角，从有清一朝兵力、财政、思想上的变迁来阐释清朝盛衰之因的一本著作。内藤湖南指出虽然看起来革命骚乱是突然爆发的，但追究其本质原因，是清朝二百多年政策和思想变迁的自然结果，是大势所趋。

大正四年（1915年），内藤湖南在京都帝大开设“支那上古史”课程，当时并无讲义留存，但从后来整理出版的《支那上古史》书中可见其核心思想。同时自该年之后，内藤湖南开始陆续发表对中国上古文献进行辨伪研究的单篇文，从而使上古史研究成为内藤湖南学术中一突出部分。

大正六年（1917年），内藤湖南发表《关于支那古典学的研究方法》。内藤认为中国真正的古典学研究是从唐宋开始，因“唐人开始兴起怀疑经典之风，至宋兴盛。特别是朱子一派等人，甚至到了敢于改窜经典的地步。”内藤湖南认为从对先秦经典的研究开始进入到对金文、殷墟遗物的研究，是中国古典学研究得以具有科学性的有效方法。内藤湖南称之为对古典学的科学性研究方法。

大正八年（1919年）开始，在内藤湖南主持下开始出版《满蒙丛书》，将这些珍贵史料翻译成日语向日本学界公布，当时预计出版24册，但只出版了9册，后来，内藤湖南的学生继续整理、陆续翻译出版。

大正十年（1921年），内藤湖南发表《尚书稽疑》，是以疑古思想为前提对《尚书》成书过程的考察。内藤将一向被作为儒家经典的《尚书》降至一般历史文献地位，继而提出了对其进行研究的思想和方法。该文中作者也得出结论说，“《尚书》中周书以前关于殷商的诸篇，离孔子及其门下的时代已甚远，而关于尧舜禹的记载不得不认为更是后来附加上去的”。

大正十一年（1922年），内藤湖南发表了《禹贡的制作时代》一文，文中通过对《禹贡》中的内容与《尔雅》《周礼》《职方》等书中的相关记载相对比，并结合战国至汉时期的知识和思想风气进行分析，指出《禹贡》一书是利用战国末年最发达的地理学知识编成，其中虽多少含有部分战国以前的材料，但其中大多数材料都不可能是战国以前的。”内藤湖南采用同样方法所做的上古文献研究还有《尔雅的新研究》《易疑》等。

大正十三年（1924年），内藤湖南出版了《新支那论》，该书中，内藤再一次援引历史指出中国历来的外族入侵最终都被证明于中国文化发展有益，并重申其“文化中心移动说”，指出东洋文化的中心现已经移至日本，因此由日本来“帮助”中国是于中国和东洋文化有益之事。

大正十四年（1925年），内藤湖南做“大阪的町人学者富永仲基”的演讲，特别介绍了富永仲基研究佛教历史的方法“加上原则”，其基本思路是，思想本身的发展进化原则是由朴素单纯渐至复杂高远，其朴素单纯的思想是原初存在的，而复杂高远的思想则为后出，后来的宗派为了超越前之宗派，便将后出的思想置于其原有思想之上，则思想学派的形成是这样不断“加上”的。内藤湖南于该演讲中同时阐述了这一原则在中国古史研究中的应用。指出中国古史传说也是这样不断“加上”的：孔子在春秋争霸之时倡言文、武，于是出现了周文王、周武王之说，孔子之后，墨家在文、武之上祖述尧、舜，此后杨朱又在尧、舜之上祖述黄帝，《孟子》又在黄帝之上祖述神农。

大正十五年（1926年），60岁的内藤湖南从京都帝国大学退休，筑室隐居于京都郊外相乐郡的瓶原村，自题室名为“恭仁山庄”。

昭和六年（1931年），日本关东军发动“九·一八事变”，侵占中国东北。昭和七年（1932年）3月1日，满洲国成立。中国东北一直是内藤湖南的思想中尤为关心的问题，早在明治二十七年（1894年）甲午中日战争期间，内藤湖南在他发表的《地势臆说》中就指出中国东北对于日本的重要。其总共十次的中国旅行中，七次与中国东北直接相关，一生中也尤为注重满、蒙史料的收集与相关研究，在其时评文章中，数十篇是专论中国东北问题的。在伪满洲国宣布建国的第二天，内藤湖南便发表《关于满洲国的建设》一文，呼应伪《满洲国建国宣言》，但内藤湖南关于建立共和政体的主张并没有被当局采纳。

昭和八年（1933年）7月，内藤湖南又发表《关于满洲国今后的方针》，继续表达自己的主张。10月，此时内藤湖南已在病中，但仍坚持与服部宇之吉、滨田耕作、羽田亨、池内宏等共赴中国东北，参加“日、满文化协会设立大会”。

昭和九年（1934年）1月，在日本报刊发布特辑纪念帝政实施的系列文章中，内藤湖南亦发表了一篇迎合文《值满洲国帝制实施之际》，这是内藤湖南有生之年最后一篇文章。同年六月二十六日，内藤湖南于其家中去世，终年69岁。

20世纪初期，内藤湖南提出宋代是中国近世开端的假说，简称“宋代近世说”。二战以后经由他的学生宫崎市定等人的发展，将“宋代近世说”概括为“唐宋变革论”。

首先，从总体上看，内藤认为：“唐和宋在文化的性质上有显著差异：唐代是中世的结束，而宋代则是近世的开始，其间包含了唐末至五代一段过渡期。”进而内藤论述了他所谓的中世和近世的文化状态的不同。用最概括的语言讲，在政治层面，这种变革在于贵族政治的式微和君主独裁的出现。在经济层面，宋代货币经济比唐代大大繁盛。在学术文艺层面，首先，唐宋变革表现为经学由唐代前期的注重家法和师法、倡导古说、著述以义疏为主，经过唐中叶，开始有人怀疑旧有义疏、欲立一家之言，一直到宋代转变为到宋代用本身的见解去重新解释经学；其次，在文学方面，从文章到诗歌的形式都变得自由，文学由贵族产物转变为属于平民。在音乐层面，音乐也由属于贵族的以乐为主发展为迎合平民趣味的以舞为主。内藤湖南的这一论断，是基于他的一整套的对中国古代史的分期的思考而提出的。同时，内藤唐宋变革论中的“宋代近世说”也成为他的中国史时代区分学说的核心。内藤把中国历史分成上古、中古、近世三个时期，每个时期之间又存在一个过渡期：

他整个的唐宋变革观念中，居于核心位置的是第一方面，也就是在内藤湖南看来的唐宋之际中国社会的政治形态由贵族政治向君主独裁政治的变革。而其他三个层面的变化则是基于此变革而产生的副产品。在内藤所构造的这种转变的框架中，有三个讨论元素是他着力强调的，即：君主，贵族，平民（人民、庶民）。此三者间的关系变动演生出了内藤理论的基本内容。

内藤湖南在论到文化发展时，多次用人的一生成长来作比喻，他说：一个国家和民族所经历的文化发展历程，就像是一个人经历幼年、青壮年、老年一样，有其各自的阶段性。由此可见，早熟的、过早进入高度发达的中国文明，目前所面临的弱势就只能是老衰之弱。相比之下，欧洲与日本今日之强，就是文化未成熟的、青壮年之强。“宋代近世说”与其说是中国历史分期问题中关于近代起于何时的一个论断，不如说是内藤湖南借助这一学术发现和论断，来揭示中国历史文化发展的性质、特征及未来走势的理论前提。

关于中日文化关系的问题，可以说是内藤湖南一生学术活动所要追求和解答的最主要问题。内藤认为：日本文化与中国文化同属于发源于黄河流域的一个古老文化，日本文化是在这个古老文化的刺激下派生、成长起来的子系统。他甚至说，从文化的关系上看，日本可以说就是中国的一个省。这是内藤湖南在解释中日文化历史关系时的“中日文化同一论”。既然“日本文化是东洋文化、中国文化的延长，是和中国古代文化一脉相承的，所以，要想知道日本文化的根源，就必须先了解中国文化”。这也可以说是内藤湖南一生从事中国研究的出发点和最终归宿。

关于中国文化发展的趋势问题，他提出“文化中心移动说”，并在对中国历史文化的研究中，逐渐发展和完善这一理论。其基本理论如下：所谓“文化中心”是指中国文化在特定时代、特定地域内形成的“文化集合”。每一个时代都会因“地势”和“时势”的关系产生一个文化荟萃的“中心”，这就是文化中心之所在。文化中心一旦形成，并不是永固不变的，而是发展变迁，向前移动的。如中国文明最早发源于九州之冀、豫二州，即形成以洛阳为中心的早期文明。到战国末，洛阳“地气尽、人力衰”，于是，在西汉后，长安文明代之而兴起，直至唐末，形成中国历史上有名的“长安繁荣”。而“唐来之衰残”昭示了长安之地“王气将歇”。长安之后中国的文明中心是燕京，但燕京与洛阳、长安有所不同：它是靠了东北之地气形胜而形成的政治中心，至于文化中心，从长安衰落后，就越来越聚集于以虎踞龙盘的六朝故都南京为中心的江南，江南是宋以后中国人文之渊薮。这样就形成了宋以后中国“政治中心在北，文化中心在南”的两股势力。他预言：东洋文化的发展，有时还会越出本民族、本国的界限，形成一个“东洋文化圈”。今后，中国文化的中心将移至日本，将由日本来代替中国实现中国文化的复兴，这就是近代日本的国家使命、文化天职。

内藤湖南视野广大，而又不遗琐细，特重新史料的发掘与运用。明治三十五年（1902年），内藤湖南从文廷式处获赠《蒙文元朝秘史》全本12卷复抄本，这是当时十分罕见的元史研究珍贵资料，通过内藤此书首传日本。明治三十八年（1905年）曾在沈阳北塔寺和黄寺分别发现并获得《满文大藏经》和《金字蒙文大藏经》，明治四十五年（1912年）在沈阳（奉天）清故宫发现并摄录《汉文旧档》《满文老档》，为清史及满学开辟一大史源。此皆可谓中国史研究的“预流”。

内藤湖南就热心于中国问题，至做了京都大学教授后，更是不惜重金购置珍稀汉籍善本。如大正四年（1915年）他曾以1500日元巨资，从文求堂购得北宋刊本《史记集解》残本58卷，大正十三年（1924年）又购得宋绍兴九年刊《毛诗正义单疏本》残卷32卷。更为神奇的是，在内藤湖南六十华诞从京都大学退休的大正十五年（1926年），他得到的一件生日“礼物”便是天壤间仅此孤本的唐写本《说文解字》木部残卷，真是举世罕见。

内藤湖南是日本敦煌学研究的开创者和推动者之一。大正十三年（1924年）7月至大正十四年（1925年）2月，内藤湖南到欧洲进行学术考察，调查英法等国保存的敦煌古书，搜集有关资料。早在明治四十二年（1909年），罗振玉、董康等关注敦煌文献的中国学者，已将伯希和手中的一部分敦煌文书拍摄成照片，并进行整理、研究，出版了《流沙访古记》《敦煌石室书目》《敦煌石室遗书》等著作；罗振玉给内藤湖南和狩野直喜寄去一批敦煌写本照片和自己的两篇有关文章。自此，内藤湖南开始研究敦煌文献，先后撰写了《敦煌发掘的古书》等一系列文章。明治四十三年（1910年）9-10月，内藤湖南和狩野直喜等几位日本学者，受京都大学委派，专程前往北京调查敦煌遗书，一睹惊动中外学界的部分敦煌劫余残经。在法国，内藤湖南阅览了六百多件法藏敦煌文献，并将其中的一百余件拍摄了照片。

对中国绘画史也有很深的涉猎，尤其在“南画”方面的研究，不仅纠正了当时日本学界、画界对中国文人画趣味的偏狭理解，为新的收藏趋向提供了理论支持，同时，在一定程度上也提升了东方文人画艺术在世界文化史上的价值和地位。

内藤湖南最早论及“南画”这种艺术风格的是《画的南北宗派》一文，认为中国绘画的南北分宗源于对禅宗南北顿渐的比附而非地域关系，而且肯定了文人士夫与职业画家两种不同身份和阶层对画风存在至关重要的影响。随后从1909年开始在京都帝国大学开设“中国绘画史讲座”，始自汉代终于明初，共分九讲。讲述的主要线索是基于中国文人“南宗画”的发展演变，所言“中国艺术漫长的发展史归结起来就是南画发展史”的论断，就是其研究“南画”的总纲领。另外又撰文《清朝的绘画》《南画小论——论中国艺术的国际地位》，进一步拓展了其“南画”研究范围和深度。在论述中，内藤湖南将文人画与院体画作为对立发展的两种风格，重视对“南画”变迁过程和原因的分析，认为这是建立“南画”与世界文化之间关系和西方人了解东方艺术的重要途径。

内藤湖南在具体作品分析和鉴定方面，也有着自己的独到见解。例如，在讨论“南画”之祖王维的《江山雪霁图卷》时，认为：“王维的画保存至今的只有两幅。一是《江山雪霁图卷》，由小川睦之辅收藏。明末时曾由冯开之保存，董其昌特意派人从北京将这幅画借到南京，看到这幅画后十分喜悦，在画上题跋，十年后又写了另一篇跋。不过，这幅画卷是否是王维的真迹则存在异议。孙承泽在《庚子消夏记》中指出这幅画是后人的临摹，这是因为这幅画存在多处后人补笔之处，有时人们认为这是这幅画的缺憾，不过笔者认为没有补笔修改的地方则应是王维的真迹……因此这幅《江山雪霁图卷》对于研究南画起源方面有着重要的资料价值。”另一幅为《伏生授经图卷》。他认为此图底本为真迹，后人有补笔之处，这种观点在今天学界仍有一些赞同者。在内藤湖南的审美观念里，“南画”是一种十分高雅的绘画，尤其是近世的南画，趣味是十分重要的条件，讲究荒寒或者松秀，在奔放的情趣中有一种趣味。内藤湖南的“南画”研究之所以有很高的学术价值，与其史学研究思维是分不开的，正如当代日本学者谷川道雄所评价的，内藤湖南擅长把握历史的整体性，强调对历史变迁过程的正确把握，重视史学研究的框架。

明治三十二年（1899年），内藤湖南在天津会见严复等人，相谈（笔谈）甚欢。内藤对严复推崇备至，赞其文字雄伟，是大家手笔；他“眉宇间透着一股英气，在这个（戊戌）政变以后人们噤若寒蝉的时候，言谈往往纵横无碍，不怕忌讳，当是这里第一流的人物”；相比之下，康有为意气太盛，所以事情（变法）没能成功。

在学术上，内藤湖南与“二堂”尤多切磋。明治四十五年（1912年），罗振玉（雪堂）及王国维（观堂）举家东渡日本，内藤湖南与有助焉。大正八年（1919年），罗振玉返国，行前仍于刊印古籍之事不能释怀，乃致信内藤湖南和狩野直喜，谓匆匆归国，有唐钞古籍未及付梓，“此愿莫偿”；遂以京都寓所“永慕园”（罗氏在京都还另建“大云书库”，以作庋书之用）托付二人出售，内藤、狩野遵罗氏所托，“鬻其田宅，举所获捐于京都大学以充印书之资”，此即内藤、狩野二氏襄助辑录刊行之《京都大学文学部影印唐钞本丛书》。内藤湖南和狩野直喜于此集卷首撰文显扬罗氏“高义亮节，卓越时俗，而稽古乐善之志，尤可敬重”。

王国维研究甲骨文成就非凡，与罗振玉一时瑜亮。罗氏于大正三年（1914年）撰《殷虚书契考释》，在卜辞中发现“王亥”之名，王氏受到启发，读《山海经》及《竹书纪年》，“乃知王亥为殷之先公”，并告之罗振玉及内藤湖南。罗氏复博搜甲骨中之纪王亥事者，载于《殷虚书契后编》（1916年）；内藤湖南对甲骨文尝有研究，亦于大正五年（1916年）撰《王亥》一文，采王说“旁加考证”。内藤湖南的学生神田喜一郎认为，“这篇论文可谓先生的得意之作，以独创性及对中国古典的造诣见长，深受学术界的好评。

内藤湖南与胡适虽从未谋面，却是神交，在学术上惺惺相惜。内藤服膺清代乾嘉时期的大学者章学诚（字实斋）的学问史识，许为“绝学”，于大正九年（1920年）撰《章实斋先生年谱》，昭和三年（1928年）著《章学诚的史学》，以彰其事迹。大正十年（1921年），胡适亦出版同名著作《章实斋先生年谱》，他说，“我做《章实斋年谱》的动机，起于民国九年冬天读日本内藤虎次郎编的《章实斋先生年谱》（《支那学》卷一，第三至第四号）。大正九年（1920年）12月14日，胡适在致日本著名汉学家青木正儿的信中肯定了“内藤谱”的学术贡献，认为“内藤先生的《年谱》，确是极有用的材料”，并请青木正儿催促内藤湖南把他所得的“章氏遗书”尽快刊布出来。大正十年（1921年）2月3日，胡适在致青木正儿的信中再次提到“内藤谱”：“内藤先生的《章实斋年谱》，我已叫人去翻译了。此谱搜集的极完备，使我非常佩服。”大正十年（1921年）2月17日，青木正儿复信给胡适，转达了内藤湖南的话，对于胡适给予“内藤谱”的“忠言”，“十分感谢”云云，内藤湖南还写了《胡适之新著〈章实斋先生年谱〉读后》一文评论“胡谱”。