开业时使用人数并不多，直到1919年（大正8年）打造明治神宫后开始发展至今。随着乘客增加，1929年（昭和4年）增设竹下口地下道，1939年（昭和14年）增设明治神宫侧临时月台

1909年（明治42年）10月12日：制定线路名称，本站属山手线。

1914年（大正3年）

1916年（大正5年）1月：营造明治神宫，车站北侧设置拖上线。

1920年（大正9年）11月1日：明治神宫完成，举行镇座祭。

1922年（大正11年）

1923年（大正12年）9月1日：关东大震灾。

1924年（大正13年）

1925年（大正14年）10月15日：为了大正天皇前往日光、沼津、叶山御用邸静养，于原宿变电所旧址设置原宿站侧部乘降场（宫廷月台）。

1941年（昭和16年）2月1日：废除货运业务。

1945年（昭和20年）4月14日：站房遭到空袭但炸弹未爆炸。

战后，相邻的千駄谷地区开设许多爱情宾馆（连れ込み宿），并扩展至原宿站前。之后周边居民与PTA发起清除运动。最后，包含原宿站在内的原宿地区在1957年（昭和32年）指定为文教地区，风俗业退出此地。

1997年（平成9年）：以“神宫之森与相配的西洋风站房”入选“关东车站百选”。

2001年（平成13年）11月18日：IC卡“Suica”启用。

2015年（平成27年）：1、2号线月台设置月台门。

2016年（平成28年）6月8日：因应2020年东京奥运，宣布本站与千駄谷站、信浓町站进行站房改建工程。

山手线平时使用1面2线岛式月台。

表参道口设有厕所，闸外有东京地下铁明治神宫前站转乘口。大堂与月台设置了扶手电梯与升降机联络，闸外有斜坡等无障碍设施，但竹下口没有任何无障碍设施。本站设有自动闸机。表参道口设有简易Suica闸机。临时月台只设有简易Suica闸机。

（来源：JR东日本:车站构内图）

本站在外回线（代代木方向）的明治神宫侧设有“临时月台”（3号线月台），内回线（涩谷站方向）的代代木侧有1面1线的皇室专用月台（后述）。

“临时月台”在1940年（昭和15年）元日启用，仅在每年正月开放给明治神宫初诣客使用。明治神宫是日本每年最多初诣客造访的地方，山手线也从大晦日至元旦全日营运输送人潮。在这段期间，外回线开放临时月台上下客，2号线月台停止使用。

明治神宫侧亦设有临时检票口，此时表参道口与竹下口为内回专用检票口。

由2020年3月21日起，本临时月台永久化，加装了扶手电梯和月台闸门，并且改为2号月台。

本站的外回、内回都使用原创音乐。另外，2011年3月1日至20日，本站发车音乐改为miwa的乐曲《春天来临时》。1号线使用副歌，2号线使用开头段落。

临时月台使用的是发车铃。

设于车站北侧（代代木站方向）的货物线线路分岐处，为皇室专用车站。

此月台的正式名称是原宿站侧部乘降场，又称“北部乘降场”、“北乘降场”、“帝室御乘降场”等，一般多称宫廷月台（宫廷ホーム）。此月台是供御召列车使用。2013年（平成25年）现在由财务省与JR东日本共同所有。

月台有效长度为217米，月台长171米。宫廷月台采用简朴设计，屋顶也以老旧轨条为素材。这是由于建造当时，大正天皇正在养病，若是车站做得过于豪华会吸引人们注目，甚至被看见养病中的天皇样貌，进而影响民众与社会安定。站内除了月台，还有信号所、贵宾室、候车室等。

使用此月台时，原宿站会暂时升格为运转处理站（运転取扱駅）。月台的出发信号机、场内信号机平常没有使用会用黑布遮盖，山手货物线本线（通过线）侧的出发信号机、场内信号机会转作为闭塞信号机。

大正时代

本站最初是做为大正天皇从宫城（即今皇居）前往沼津御用邸与叶山御用邸等静养的专用车站。

1925年（大正14年）夏季，利用旧原宿站以及旧原宿变电所及其侧线的用地动工、同年10月15日完工。12月17日试营运。1926年（大正15年）8月10日，大正天皇首次使用本月台前往叶山御用邸。

之后，大正天皇在同年12月25日驾崩，同月27日灵柩列车由此月台返回。

昭和时代

昭和时代，昭和天皇、香淳皇后利用此月台搭乘御召列车前往那须与须崎（静冈县下田市）御用邸及参加全国植树祭等活动（行幸启）。香淳皇后前往须崎、那须两御用邸静养时也在本月台搭乘专用列车。

昭和天皇使用此月台时，三权之长（首相、众议院议长、参议院议长、最高裁判所长官）、国务大臣、日本国有铁道（国铁）总裁、东京铁道管理局（1969年（昭和44年）4月以后为东京西铁道管理局）长会在此“迎送”。

皇族专用月台除了皇族使用外，1979年（昭和54年）曾进行201系电车试作车展示，1988年（昭和63年）还举行了博览列车“American Train”的出发式。

平成、令和时代

平成时代，天皇明仁伉俪改从东京站搭车，加上现代有新干线及行政专机等各种交通工具，御召列车的使用次数大幅减少。

天皇明仁最近一次使用皇室专用月台是2001年（平成13年）5月21日结束第52回全国植树祭返回东京。

不再使用皇室专用月台也与现在运行情况有关，随着山手货物线延伸埼京线与湘南新宿线开始运行等，列车班次非常密集，不太适合在过于密集的班表中加入御召列车。现在转辙器由于长期停止使用已生锈，无法立即恢复功能。宫内厅表示今后将规划让国宾透过皇室专用月台前往地方访问。

2016年10月30日，作为原宿站开业110周年纪念，月台开放一般民众参观。

JR东日本因应2020年东京奥运，在2016年宣布本站将进行车站改良工程。新年使用的临时月台将成为往新宿、池袋方向的外回专用月台，二层楼站房将进行改建、增设电梯与电扶梯、厕所与检票口通道拓宽等。明治神宫口将设置新站房。外回专用月台亦增设月台门，改良工程后的岛式月台成为内回的涩谷、品川方向专用月台。然而，涩谷区长长谷部健与地方居民反对拆除站房并要求保留。

2019年11月19日，JR东日本宣布于2020年东京奥运及帕运结束后，拆除现行木造站房。原因是该地区已被指定为防火区域，现有木造站房虽有历史意义，但无法符合消防法规要求。木造站房拆除后将易地改用防火材质重建，尽量重现原有西洋风。

2020年3月21日，新站房启用，临时月台永久化。

巴士路线

最近的巴士站有原宿站、原宿站入口、明治神宫。

原宿站入口

涩谷区社区巴士“八公巴士”

明治神宫

涩谷区社区巴士“八公巴士”

站内月台设有17面大型看板“原宿Fashion Joy Board”（长3m×宽4m），1979年12月起分别于春、秋两季举行一周限定的社会文化海报广告企划。

东日本旅客铁道

山手线