据《大清一统志》载，清廷接到额贝都拉的上书请求后，认为（额贝都拉）“诚心向化”，为“以示鼓励”，授予额贝都拉为哈密地方的“”札萨克一等达尔汉，颁札萨克印，赐红纛，哈密地方按照蒙古的例子“以旗编其所属”，对于移驻肃州的请求也答应了。至此，额贝都拉成为清朝正式册封的地方长官，哈密与清政府之间正式建立了臣属关系，额贝都拉家族在哈密地方的世袭统治地位正式确立。其所管辖的领地东起星星峡，北至伊吾，西到瞭墩，在此范围内的维吾尔成为额贝都拉家族的属民，其家族对管辖内的人有使用甚至贩卖的权力，成为哈密地方的封建领主。此时，虽然额贝都拉尚未被清朝册封为王，但他是最早接受清廷册封的新疆维吾尔封建领主，其家族统领哈密233年的基业从此开创，所以习惯上一般称他为第一代哈密王。

额贝都拉于康熙四十八年（公元1709年）去世后，其长子郭帕伯克袭职。郭帕伯克袭在位两年，无大建树可言。死后，其子额敏于康熙五十年（公元1711年）袭位后，是为第三代哈密回王，次年即去北京朝觐。额敏继位后四年，即康熙五十四年（公元1715年），哈密与临近的准噶尔蒙古之间因清朝力量的钳制而形成的十多年间相安无事的平静局面被打破。是年四月，策妄阿拉布坦派兵掠占哈密回城西北地区。当时清朝在哈密仅有少量军队，而且疏于防范，遂被策妄阿拉布坦长驱直入，攻到哈密城下，并开始围攻城池。根据《平定准噶尔方略》的记载，这次战役策妄阿拉布坦派兵2千，而清方仅有2百绿营兵。在额敏及其属下的维吾尔人的大力支援下，清游击潘至善率军击败了蒙古人，杀90人，擒3人。此役后，清朝拿出“孥银一万五千两，赍往哈密，赐伯克额敏，游击潘至善……”，大力犒劳众回人。并决定在离哈密一日路程的塔勒纳沁（即沁城）驻扎一支部队，同哈密相互声援。康熙帝还因“哈密为策妄阿喇布坦所侵”，担心当地人生活困难，于是命令甘肃巡抚“遣官运送米、粮、牛、羊往赈”。

此后，清朝改变守势，增加在哈密的驻军，准备对付准噶尔，但是军粮的供给成了问题。为扭转军粮供应不畅的局面，清朝开始筹划在哈密屯田。额敏积极响应清朝的这一计划，开始率所属的维吾尔人在沁城屯田，后因沁城不适宜农作物生长，移屯吐鲁番。但额敏以在吐鲁番不服水土为由，又申请带领4百名回人回到沁城继续屯垦，为清军提供军粮。因为额敏屯田有功，雍正五年（公元1727年），清政府晋封额敏为镇国公，并赏银1千两，额敏的属下也获得了赏赐。雍正七年（公元1729年），额敏又被晋封为固山贝子。

雍正十年（公元1732年），准噶尔蒙古色布腾策零那木扎尔率兵6千侵扰哈密，清军反击时额敏率所部回人积极协助。由于清军和维吾尔人的合作，很快打退准噶尔人的进攻。额敏在此次又立功，雍正帝对其下谕嘉奖，并赏银1万两，其部下收城拒敌者也赏银5千两。

此时清朝对额贝都拉家族也并非完全信任，清朝对额贝都拉家族的态度基本上是加以利用但有所防范，这可从《清世宗实录》记载的雍正帝的话中看出。雍正帝说：“哈密回子之不可信，由来已久，亦当谅其苦情。盖其力量微弱，遭准噶尔之凌虐……我军固不可不留意提防，然不可使彼有疑惧之心。我之军力，能庇护哈密，哈密自不为贼所利用”。哈密利用清朝的力量来保全自己不受准噶尔蒙古的威胁和侵略，而清朝则利用哈密作为基地来反击准噶尔并统一新疆。但是哈密在额贝都拉家族的领导下，虽然几经艰难，却始终倚重清朝，也可说清朝对哈密维吾尔人所采取的政策是很成功的。

清乾隆五年（公元1740年），额敏去世。他死后，清廷任命其子玉素布照例袭封为镇国公。这一时期哈密处于相对无事的和平时期，清军的屯田也能保证自给，因此，玉素布继位的前几年较为平静。乾隆十年（公元1745年），清廷封玉素布为贝子。

乾隆二十二年（公元1757年），新疆地区爆发了大小和卓之乱，为镇压叛乱，清军进军南疆。对玉素布来说，协助清廷镇压叛乱是一个很好的立功表现的机会，于是他给清廷上书，请求带领属下回兵百名随清军大队效力，乾隆帝对此甚喜，下旨嘉奖，准许了他的请求。由于额贝都拉家族是回疆望族，尤其是在南疆的维吾尔人中间有一定的号召力，清政府任命玉素布为领队大臣，并决定“若取库车、阿克苏等城……玉素布为人诚实……可于二城内，择何处最要，即令驻扎”，以期“坚新附之心，亦资以联络台站”（见《清高宗实录》），表露出对玉素布的一定的信任。由于在库车攻战中表现出色，清廷还赏赐玉素布缎六匹，并“交部议叙”。在此后的军务处理中，玉素布表露了一定的能力，赢得了乾隆帝的满意，遂被“加恩给与贝勒品级”。此后，据《清高宗实录》的记载来看，清政府对玉素布的信任与日俱增，派他驻守通往喀什噶尔的要地乌什，从他手下的维吾尔人中挑选得力人员做清军密探，在收复叶尔羌和喀什噶尔后，乾隆帝还因为这两个地方的重要而有意派玉素布管理喀什噶尔。乾隆二十四年（公元1759年）九月，玉素布被加恩封为贝勒，一个月后又被加恩赏给郡王品级。

大小和卓之乱被平定后，玉素布去北京朝觐，清廷招待优厚，仅乾隆二十五年（公元1760年）三月便三次赏赐，而且他的弟弟阿布都拉也被授为乌什阿奇木伯克（是伯克制中各伯克中权位最高的管理政府事务的伯克）。回到哈密后，休息了一段时间，玉素布即被派往喀什噶尔，授为参赞大臣。乾隆帝对玉素布的信任可从乾隆二十八年（公元1763年）对驻南疆大臣奏请因灾豁免缓征维民钱粮和补授伯克两折中的御批中略知，乾隆帝认为“玉素布，乃朕旧仆，且现为参赞大臣，非他人可比，理应会同办理……嗣后一切事件，俱会同办理，无庸回避”。

但此后不久，乾隆三十年（公元1765年），因为玉素布的弟弟阿布都拉侵吞回人银两、压榨欺压百姓而引发了乌什起义，乾隆对此大为恼怒，明令“岂可以其为玉素布之弟，遂从宽贷”，“即阿布都拉，亦当明正典刑”。同时，也警告了玉素布，令其“留心体察，约束下人，断不可失于防范，以致自贻伊戚”。玉素布也害怕会因为弟弟而危及自身，上书清廷认为阿布都拉滋事是因为自己没管教好，请求将自己“交部严加议处”，不过清廷并没有追究他的责任，对其要求是“加恩免其交部”。虽然清廷宽待了他，但玉素布仍感到了打击，并因此致病，为此乾隆派人探视并加恩赏药。不久，可能是为了重获清廷的信任欲表白自己，玉素布抱病起程，再次进京朝觐，但于乾隆三十一年（公元1766年）行至山西灵石的时候病故。清廷闻知赏银5百两治丧，令沿途各处细心照料运送其遗体返回哈密，托驻哈密官员宣乾隆帝谕旨赐奠。在返程时，玉素布的长子伊勒巴喇伊木又出天花病死，清廷又赏银5百两。对玉素布，清政府给以很高的评价，并绘像紫光阁，列五十功臣中，据《西域图志》载给其赞语为：“领队大臣哈密郡王品级贝勒玉素布：筠中望族，作藩伊昔，以通回情，军咨是择。六城既纳，二竖焉逃。共镇乌什，犬不夜嗥。”

玉素布死后，次子伊萨克因年富力强，而被清廷着意培养，于次年承袭郡王级札萨克多罗贝勒，在乾隆三十八年（公元1773年）携带眷属被清廷派往伊犁跟随伊犁将军舒赫德学习，授职为领队大臣，管辖伊犁维吾尔人屯田事务，哈密交由他的弟弟厄默特管理。伊萨克在伊犁学习了三年，乾隆四十一年（公元1776年）返回哈密。四年后他也染上了天花病故，清廷着意培养他一番，他还没来得及施展报答　清廷的栽培。乾隆帝评价他“老成谨慎”，并赏银300两治丧。

伊萨克死后，长子额尔德锡尔承袭郡王级札萨克多罗贝勒，清廷专门下谕旨说：“哈密……皆国家世仆……如哈密郡王品级贝勒额尔德锡尔之始祖额贝都拉，归诚以来已历数世，额尔德锡尔之祖玉素布，在军营勤劳懋著……著加恩将额尔德锡尔……现袭之……封爵，出缺时不必降等，俱著世袭罔替，以示朕优恤回部世仆之至意”。

额尔德锡尔在其在位期间，先后于乾隆五十五年（公元1790年）、乾隆六十年（公元1795年）、嘉庆七年（公元1802年）、嘉庆十四年（公元1809年）四次入京朝觐，每次都受到优待，乾隆帝赏赐给他黄马褂和双眼花翎，还特旨加恩在按成规需减其护卫官员的时候命令保留他的护卫官员数目。嘉庆十八年（公元1813年），额尔德锡尔病故，清廷赏银3百两治丧。他死后，其子伯锡尔承袭爵位。

伯锡尔继位后数年间，哈密地区基本处于无事状态。自嘉庆二十五年（公元1820年）后，因张格尔乱起，清廷又开始在新疆用兵。伯锡尔效仿其先辈，积极组织人力车马为清军运送军用物资，并派弟弟扎萨克伯克纳孜尔随清军效力，得到了道光帝的谕旨嘉奖。道光七年（公元1827年）清廷平定张格尔后，嘉奖了伯锡尔兄弟：伯锡尔被赏白玉翎管一个、白玉搬指一个、顾绣蟒袍一件、大卷八丝缎两匹，扎萨克伯克纳孜尔被赏戴花翎、小卷五丝缎两匹。

三年后，浩罕国入侵南疆，伯锡尔闻知消息，请求自己带领三百回民赴清军大营效力。考虑到前方兵力充足，加上哈密到喀什噶尔路途遥远，所以清廷没有批准他的请求。但是伯锡尔还是积极筹备了一千辆牛马车送至吐鲁番供清军使用。在清政府对其所供车辆按例发给脚价后，伯锡尔又准备了马三百匹、羊一千只要求呈现清廷。对伯锡尔的表现，清政府又加恩赏给大缎两匹，并交理藩院议叙。

自1820年清政府在新疆用兵以来，因为伯锡尔在军需方面出力甚多，清政府遂于道光十一年（公元1831年）十二月予其“优叙有差”，次年十二月又予其“紫禁城骑马”，随后晋封其为郡王（据《哈密志》。此前一直为郡王衔贝勒，至此正式受封为郡王，也是额贝都拉家族第一位名实相符的回王）。

伯锡尔在哈密有很大的权势，加之清政府对其信任有加，所以他肆意不法，欺压军商民绅各色人等，引起下层的极大的不满。道光二十五年（公元1845年），发至新疆效力的林则徐在哈密堪田时，数百人拦路状告伯锡尔。伯锡尔闻知后心生害怕，急忙表现自己，将自己的万亩耕地捐献充公。清政府虽然对伯锡尔有所不满，但因其有功，并未深究。咸丰四年（公元1854年），伯锡尔请求捐银五千两充军需，但清廷没接受。咸丰十年（公元1860年）清政府赏其紫缰并在御前行走。同治三年（公元1864年），清政府在哈密开渠屯田，伯锡尔积极协助，并“捐办渠工”、“接济防堵盐粮”，清政府以此功劳，赏其亲王衔。

就在伯锡尔获赏亲王衔那年，爆发库车起义，势成燎原，遂演变为1864年新疆各族大起义。起义初期，风暴未波及到哈密，伯锡尔还可以约束属民。但随着起义浪潮不断的向哈密逼近，伯锡尔的忧虑越来越大，据《清穆宗实录》载，为防止起义军攻打哈密，伯锡尔命令所属各城台吉、伯克等，“竭力报效，杀贼立功”。当时清廷一方面要求伯锡尔组织回兵配合清军镇压起义军，同时也担心哈密地方不稳，特下谕旨命伯锡尔议成回文往各处宣示，防止哈密维吾尔人响应起义者。但是即便是这样，起义的浪潮还是席卷到了哈密。据《清穆宗实录》载，同治三年（公元1864年）十月乙亥，起义军攻破乌鲁木齐满城和玛纳斯城后，哈密地区的汉回族人“乘势变乱，将关厢等处焚掠”。清政府驻哈密官员和伯锡尔迅速行动，派清军和回兵镇压起义。清廷对此表示满意，但又担心不能彻底镇压起义，于是命令驻哈密官员和伯锡尔合力剿捕，务必将起义彻底镇压下去。在镇压起义的行动中，伯锡尔表现很令清廷满意，遂赏其黄缰。

接着，哈密吐葫芦地区也爆发了回民暴动，暴动者劫掠税局后，又向塔勒纳沁（今哈密沁城）进攻。伯锡尔派出维吾尔士兵会同清军一起，将暴动镇压下去。之后，哈密的局势平静下来。考虑到哈密能够自保，而古城（今奇台）被围形势危险，清政府遂命哈密办事大臣扎克当阿和伯锡尔派兵随同色普诗新西剿，接应古城。次年（公元1865年），乌鲁木齐的妥明起义军进攻哈密，同哈密的汉回族人紧密配合，一举攻下哈密，并以此为据点向巴里坤进攻，但在据守清军的打击下，几次均告失败。

哈密被起义军攻破后，伯锡尔逃了出去，同治五年（公元1866年）七月，在清军的猛攻下，伯锡尔率领回兵配合清军收复了哈密。同时，为了迎接大队清军出关剿叛，伯锡尔还资助军费白银五千两。但是好景不长，同治六年（公元1867年），哈密再次被起义军攻破，伯锡尔再次逃掉。由于起义军攻下哈密后只顾抢掠财物，在清军的反攻下很快退却，再被收复。同年底，起义军攻至瞭墩，伯锡尔派清军和维吾尔士兵前去围剿，未料维吾尔士兵阵后倒戈，清军腹背受敌遂至大败。伯锡尔得到消息后，急忙派人去巴里坤请求清军增援，自己亲率2千回兵同起义军决战，但寡不敌众，起义军败伯锡尔于哈密，并生擒伯锡尔，伯锡尔拒绝投降而被杀。这次起义给哈密的封建统治以巨大的冲击，不仅伯锡尔本人被杀，王府的统治机构也被毁坏殆尽，在回王统治下的穷苦人民趁机逃脱控制。据《平定陕甘新疆回匪方略》载，“缠回先有二、三万口，今只存二、三千口”。

同治六年（公元1867年），伯锡尔之子迈哈默特袭爵。迈哈默特软瘫，但头脑尚清晰，维吾尔族人称他为“白汗亲王”，汉族人称之为“瘫王”。迈哈默特虽然袭爵为王，但是实际权力却掌握在伯锡尔的福晋迈里巴钮手中。此时，新疆的起义浪潮方兴未艾，哈密地区始终处于起义浪潮的漩涡中。在这种情况下，掌握哈密王权的迈里巴钮坚持伯锡尔的政策，始终站在清政府的一边，积极筹捐屯田，并派遣台吉率回兵参加清军镇压起义。为此，迈里巴钮被清廷封为亲王福晋。

形势的变化超出了统治者的预料，同治十二年（公元1873年），白彦虎率起义军攻打哈密，城中坚守不住遂告失守，福晋迈里巴钮和亲王迈哈默特均被俘获兵被押送到起义军设在南湖的基地。迈里巴钮虽然被俘，但是坚持不与起义军合作，与此同时，清军加紧进攻起义军的南湖营垒，很快攻破。但是起义军裹挟福晋和亲王向西逃窜，清军尾追攻击，在瞭墩救出迈哈默特亲王，福晋仍然落在起义军的手里。清廷对迈哈默特在“突遭大难”时，仍然“坚守不变”，甚为嘉尚，特赏赐他白银2万两。哈密城和回王府在经过起义军的洗劫后已是破败不堪，哈密的“新城、老城、回城，悉为白匪蹂躏，半成瓦砾”。迈哈默特特地请求清政府赏借十年的俸银以修补城池并另颁新的回王印信，在当时财政极端困难的情况下，清政府仍然答应了他的请求。

白彦虎逃到吐鲁番后，迈里巴钮福晋也被带到那里。白彦虎投靠阿古柏后，迈里巴钮流落到轮台、阿克苏一带。清政府多次同阿古柏交涉索讨迈里巴钮，但阿古柏阳奉阴违。直到光绪四年（公元1878年）清军收复了阿克苏一带，才救出迈里巴钮福晋，此时距其被俘已然五年。

哈密地区在经过起义浪潮的席卷之后，经济衰退，人民生活困苦。历经艰辛终于回到哈密重掌权力后，迈里巴钮为了恢复哈密地区的经济而采取了一些列措施，恢复生产、兴修水利、减轻剥削、救济灾民等，这些措施起到了一定的效果，哈密地区的经济得到了恢复。

迈哈默特卒于哪一年史无明载，从清政府批准沙木胡索特袭爵是在光绪八年（公元1882年）（据《清德宗实录》）来看，迈哈默特当是在1882年前的一段时间去世的。因为迈哈默特没有子嗣，他死后伯锡尔亲王福晋迈里巴钮为王位继承的问题曾大费脑筋，最后决定为自己的女儿招女婿来继承王位并得到清政府的批准。因为哈密回王家族自认为是“白骨头”的圣裔，所以不与非王族的人通婚，迈里巴钮煞费周折找到一位王族后裔沙木胡索特来承袭王位，是为九世回王。

九世回王沙木胡索特生于1857年，原是七世伯锡尔王王府塔尔台吉的儿子，幼年因战乱避居天山山区，由一位牧羊的老妇抚养长大。后被福晋寻来与小女儿成亲，从此飞黄腾达，1882年，清廷批准由沙木胡索特承袭札萨克和硕亲王位。袭爵后的次年，因修理被战火焚毁的王族坟墓，沙木胡索特请求清廷赏借俸银，清政府遂批准借支十年的俸银2万两。由于极善经营，仅两年后他就向清廷“捐输银两”而被清廷加赏三眼花翎，并获乾清门行走。此后，由于对清廷表现忠贞，沙木胡索特还受到清廷的多次嘉奖。光绪二十年（公元1895年）被赏黄缰，两年后因“捐助军饷”又被“奖叙”，光绪三十年（公元1905年）被赏穿带月素貂褂。沙木胡索特虽然对清廷极力效忠，但是却残酷的剥削欺压属民，其统治极为残酷，领地内的农奴农民不堪压迫，开始起来反抗。在沙木胡索特统治时期，1907年的吐尔巴克-和加米雅斯暴动和1912年的铁木耳起义是其中较大的两次，小规模的暴动和起义还有很多。

1911年底，当时清政府已经是风雨飘零、大厦将倾之际，沙木胡索特还上书要求去北京朝觐，对他这份忠心，行将灭亡的清廷已是无力接受，只好以道路不畅为由拒绝所请，说“俟路通再令进京”。转眼间清王朝覆灭，中华民国政府成立。沙木胡索特又开始积极效忠袁世凯，还于1915年亲自去北京朝觐，当时的中华民国大总统袁世凯资助他路费2千银元。袁世凯对当时各地残存的王公贵族也有意拉拢，于是授予沙木胡索特一等嘉禾章、翊卫使、头等扎萨克双亲王。

中华民国成立后，1912年3月15日，中央临时政府电令新疆将巡抚改为都督，原清政府镇迪道兼提法使杨增新在袁世凯支持下控制了新疆军政大权，5月18日袁世凯任命杨增新为新疆都督。沙木胡索特为了借助杨增新的力量来维护自己在哈密的统治地位，百般巴结杨增新，不仅每年给杨送各种贵重的土特产礼物和大量的金银财宝，还与杨增新结拜为兄弟。当时哈密地区反抗沙木胡索特的农民暴动和起义层出不穷，杨增新遂批准沙木胡索特组建骑兵营驻守哈密各战略要地以镇压农民起义。但是杨增新对沙木胡索特也不是完全信任，1914年沙木胡索特要求假道俄国进京朝觐，杨增新不同意，宁可多发给沙木胡索特路费也要敦促他走甘肃大道。杨增新在自己的《补过斋文牍》中收录的呈给中央政府的《呈拟哈密回部亲王进京觐见请饬取道内地文》中说：“前清乾隆时隶藩以来二百余年，能久安辑者，实由蒙回部知识未启所致。今该亲王若由俄国进京，东西历数千里之遥，使之睹外国文物之繁盛，轮轨之交通，器物之精良，可生艳羡。况某国（指俄国）夙怀远略，若出其笼络手段，餂以甘言，诱以小利，难保其不携贰生心。”其对沙木胡索特的防备之心于中可见。

沙木胡索特晚年患有脑中风，嘴角歪斜、半身瘫痪，虽屡经治疗，但仍不见好转。在他病入膏肓的时候，王府大台吉建议他将库存粮食、布匹、山里的羊只、大量的房地产等财产拿出一部分分给穷人，以祈求安拉免除灾难，但是沙木胡索特拒绝这一提议，却想去阿拉伯“谒陵诵经”以求免除灾难。因其病情过重，当时的新疆省主席金树仁（1928年6月，北伐战争结束，7月1日杨增新自行就任新疆省政府主席兼总司令，7月7日被刺身亡。11月17日新疆省政务厅长金树仁被南京政府任命为新疆省政府主席。）没有批准。1930年6月麦收季节，九世回王沙木胡索特病重死去。其后金树仁在哈密推行改土归流，标志着哈密回王的终结。但其推行措施不善，导致王府官吏与维吾尔族群众反抗，爆发哈密暴动。盛世才上台后，才在1935年完成了对哈密的改土归流。

据《亲征平定朔漠方略》的记载，额贝都拉归附后，由于清政府对维吾尔的宗教社会等状况不了解，认为“回子风俗，与蒙古无异”，所以，清朝在哈密地方实施了蒙旗的盟旗制度。这也是因为当时清朝和准噶尔之间尚处于战争状态，这种制度有利于战争态势所决定的。康熙三十七年（公元1698年），清廷委派理藩院郎中布尔赛来哈密清查人户，编旗入籍。《藩部要略》载哈密地方札萨克以下设立管旗章京一名，参领（辖5佐领）、佐领（辖300人）若干名，此外还有骁骑校等，完全如同蒙旗的制度。额贝都拉的属下按照各部落编为旗队，额贝都拉成为一等部长，享受俸禄执掌国印。他的儿子郭帕伯克、白奇伯克被封为二等部长，协助办理旗务。

除了旗制，清朝还曾在哈密地方实行了中原的保甲制度。《清高宗实录》就有“哈密、吐鲁番，皆仿内地之例，十家设一甲长，寻缉稽查”的记载，这也是清朝为了加强对哈密地区维吾尔人控制的一种手段。但是哈密地区以维吾尔人为主，因此旗制的实行难以适应哈密地区维吾尔人社会的实际情况，在旗制施行的过程中，清政府和额贝都拉家族都根据实际情况，对这一制度进行不断的调整。

乾隆五十九年（1794年），清政府派理藩院官员一人为回务章京驻哈密，负责沟通王府与清政府的联系。回务章京后增为二员，又增笔贴式一员。新旧交替，二年一换。

回王爵位虽比地方政府官员为尊，但是，由于地方政府首脑（建省前为钦差办事大臣、哈密厅通判，建省后为直隶厅通判或同知）负有监督回王的任务，因此，在一般情况下，回王及王府官员对地方政府还是比较尊重的，地方政府一般也不干涉王府事务。王府各级官职如下：

札萨克一员（旗长，即回王，由皇帝任命）、图萨拉克齐台吉二员（协助旗务，协理大小台吉，辅佐纪萨克掌管全旗事务）、管旗固山章京一员（都统，在札萨克及图萨克齐台吉的指挥下，管理全旗的行政、司法和军事）、梅勒章京一员（副都统）、甲喇章京二员（参领）、牛录章京十三员（佐领，负责掌管人户、田宅、兵籍等）、分得拨什库十三员（骁骑校）、头等护卫五员、二等护卫三员、五品典仪和六品典仪各一员。

1864年新疆各族大起义爆发后，哈密回王的旧有统治机构被摧毁，清政府重建哈密的统治机构就不再是旗制。新的制度从十九世纪六十年代末开始奠定，到沙木胡索特统治时期达到高度完善，其统治机构和当时的清政府的统治机构近似。简述如下：

哈密王府的最高统治者为亲王，其下设有议事决策机构，包括大小台吉各一人，亲随参谋两人，掌教大阿訇一人，汉族大师爷一人共六人组成，与亲王一起成为统治核心。遇有军政大事，即由亲王召集谋划决断，制定重大政策，亲王批准后实施。就其性质职能而言，类似于清朝中央政府内的军机处机构。

王府的执行机构是大小台吉府，台吉一职自伊萨克执政时期设置，由一人充任，后发展为大小台吉各一。沙木胡索特执政时期，大小台吉发展为有各自所属的官署，大台吉官署掌管王府的内政外交、金银财宝、粮库仓储、农田水利、农奴劳动、武装守卫等；小台吉官署掌管税赋征管、宗教司法、王室供给、后勤管理等。大小台吉府均由台吉一人、主任秘书一人、秘书四人以及其他掌管具体事务的官员若干人组成。这两个官署相当清政府的六部以及内务府、理藩院诸机构。

王府之下，设有城郊、五个堡、伊吾、天山四个行政区，每个行政区设“乌其伯克”或者“哈孜（一译卡孜）”一人，统辖整个行政区。行政区下面分设若干小区，其中，城郊行政区下辖阿牙、度外津、回城、花儿园子、大小南湖六个区；五个堡行政区下辖头堡、二堡、三堡、四堡、五堡五个区；伊吾行政区下辖吐葫芦、前山、下马崖、盐池、苇子峡、淖毛湖六个区；天山行政区下辖榆树沟、一棵树、庙尔沟、芨芨台子、小堡、二道沟、七道沟、古尔久提、板房沟、八大石共十个区。每小区设“大耳瓜（一译都尔戈）”一人，总管一区事务，相当于村长。“大耳瓜”下设“胡尔马”一人管生产行政、“毛提子（一译木提苏甫）”一人管宗教事务、“地行”若干人管理农业劳动力。有的区还设有“海提甫”一人管婚丧嫁娶，有的区设有“羊群大耳瓜（羊群都尔戈）”管理王府牧羊及有关事宜。每小区辖有若干村庄，各村有“大耳瓜（都尔戈）”委派的若干小头目分别在各村主管执行任务。

地方政权直接由回王和台吉领导。

哈密地区作为统一的清王朝内部的一个地区，驻防军队等军事方面的事务由清政府统一管理，回王一般情况下有少量的自己的军事武装，以及护卫武装——仪威营，编制为500人。平时，回王的武装护卫事务由大台吉府负责。大台吉府设有侍卫长一人，管领40名侍从人员，专门负责跟随保卫回王；警卫队长一人管辖40名兵丁，负责王府内的警卫与安全；武装部队指挥官一人，指挥一支亲兵队和一个骑兵连，亲兵队负责保卫王府和回城的安全，骑兵连驻守伊吾，负责镇守山区。

哈密回王在其属地内拥有立法、司法特权，使用沙里亚法，加上王府的规定和回王的旨意作为法律来管理属民，回王可以任意处置属民。掌教大阿訇直接掌握回王统治的宗教司法审判权，但当宗教判决触犯王府的利益时，回王可以任意宣布判决无效。清朝的哈密地方政府不过问回王属下的维吾尔族的一切民刑案件，，这类案件均由回王方面自行处理。维吾尔人触犯清朝法律被哈密地方政府捕获后也转交给回王王府办理。但是维吾尔人和汉人之间发生的诉讼则由哈密地方政府审理。

小台吉府负责管理司法审判事务，设有司法审判长一人，由小台吉兼任，下设主审官二人、书记官二人、案件调查官一人。小台吉府还设有三十名“牙沙乌利”，其职权中有捕拿罪犯这方面的工作。

宗教法规几乎涉及到社会生活的各个方面。凡是民刑诉讼案件，均由回城大寺和其他寺院的各级宗教法庭审理。在维族中还有在阿訇家私设公堂的现象。当事人对宗教法庭的判决不服，可以上诉到王府，由王府进行最后的处理。

宗教法庭的刑罚种类很多，由罚款、鞭笞、杖责、流放、苦役、驱逐直到监禁、处死。回王在王府中设有监狱，另外在三堡和淖毛湖也设有监狱。

哈密回王的领地在新疆的东部，包括哈密市和伊吾县、鄯善县，总面积约十万多平方公里。天山山脉把回王的领地分成两个部分，南部是一个盆地，是回王统治时期主要的农业区。北部被天山山脉、莫钦乌拉山以及阿尔泰山东段隔成两个盆地：盐池盆地和淖毛湖盆地，以及吐葫芦、苇子峡、下马崖三个谷地，这一地区是回王统治时期主要的畜牧业集中地。

回王统治的哈密地区的社会经济中包含有大量的农奴制经济残余，但已开始处于封建地主制经济阶段。

在回王的世袭领地内，土地被分成两大部分：一是额贝都拉家族及其属下维吾尔人的土地，连同土地上的属民都归额贝都拉家族的管辖；二是清朝的军屯、犯屯、回屯以及从内地迁来的汉回移民的土地，归清政府设在哈密的地方政府机关管辖。

在额贝都拉家族管辖的土地上，王族是最大的土地所有者，其下的各级官吏和宗教上层人士也是土地的所有者，此外还有一些地主。与这些土地的所有者相对应，下层主要由自耕农（拥有可以基本维持家庭生活的土地）、佃农（有的有少量的耕地）、长短工这三部分群体组成，均不向清政府交纳赋税。王府须向清政府交售一定数量的采买粮，这些采买粮由王府以低于清政府规定的价格向维吾尔族农民强行派购。

回王家族的土地分成两部分，一部分是回王直接耕种的，另一部分是出租给民户耕种的。出租给民户耕种的土地，由回王收取定额实物地租。另外，回王领地内的水权也归额贝都拉家族所有，不管是否租种回王的土地，即便是地主只要使用了山泉水浇灌土地，就要缴纳水税。水税分为按村庄交纳的“阿力通仓”（一般在水利灌溉充足的地方收取）和按亩征收的“乌奴克”（一般在水利灌溉不方便的地区收取），王府的大台吉府设有管水利的“米拉甫”四人，负责管理回王领地内的大小六十六道水渠。回王大小十六座果木园，出租给果农负责浇水管理，收取一定量的水果作为实物地租或者一定数目的银票　作为货币地租。

由回王直接耕种的土地遍布其领地内的各个角落，这部分的土地的耕种主要靠劳役地租来完成。凡居住在回王领地内的民户，不管是地主还是自耕农、佃农，只要不属于王族照顾之列的亲属和各级官吏、宗教上层人士，都要在回王的土地上服各种劳役地租。这些土地的耕种收获全由各级官吏组织民户服役，民户每月要服三到五天的劳役，有时长达七天，而且还要自带工具、口粮。

此外，王府的各种工程建设工作、对清朝官员及王府官员的来往迎送、军需物资及其他物资的运输以及王府内的杂活等劳役，都是靠民户自带口粮毫无报酬的来完成的。民户除了服各种名目繁多的劳役外，每月还要到王府和各级官吏家中“供差”。种种劳役繁苛，下层民众实不堪重负。

除农业外，王府的畜牧业也很发达，其领地内有草场近二千七百万亩，回王直接拥有的牲畜在十五万头以上。回王的牲畜主要由固有的维吾尔族牧户世代承袭来放牧，还有雇用长短工来放牧的情况。凡是放牧回王或者头目家的牲畜的牧户，要向主人缴纳“牲畜繁殖税”，此外还要根据所放牧的牲畜的不同每年缴纳一定数量的羊毛或者酥油等实物。如果牧户放牧自己所有的牲畜，要向回王缴纳“羊只税”、“槽头税”、“毛税”、“酥油税”、“羊皮税”等税种。同民户一样，牧户也要为回王服各种劳役，各山区的牧户还要负责接送过往山区的清政府官员和王府官员，要负责供应食品招待。

额贝都拉归附清朝后，乾隆帝为了拉拢他，在经济上给予厚利，允许额贝都拉家族去肃州贸易，这是回王家族发展商业的初始。回王王府设有管理商业的官职商务总办，其下设商业小掌事，负责王府的商业事务。王府的高级官吏也经商，设有私人的商务买办。回王因为拥有雄厚的经济实力，所以直接经营商业，其商业方面的投资高达六百五十多万两银票。资金被交给王府手下的几十名商人去直接经营，范围十分广泛。王府还有管理回城市场的巴扎拜克，专门负责征收回城商店摊点的税收。但回王对哈密老城、新城的税收不能过问，其税收由哈密厅（县）管理。

哈密地区的手工业分成两部分，一是王府系统的，一是民间私营。

王府系统的手工业中，一种是主要集中在回城的为王府服务的手工业，由常年为王府服务的手工艺人从事，王府对其不付报酬，仅提供衣食住处。还有根据王府的需要临时从各地抽调来的各种工匠，自备口粮无偿劳动，无定额编制，服役时间和种类均取决于王府的需要。回王王府所需的各种消费物品，基本靠这种方式加工生产；还有一种集中于磨面、磨油以及皮革加工等行业的以赢利为目的的手工业，主要采用王府将生产工具租给民户经营，收取定额租税，以及王府出资金交与手工业者经营，所得利润对半分取这两种经营形式来经营。

民户的私营手工业除自己进行生产经营纳税外，手工业者还要根据王府的需要每年服一定时间的劳役，这种劳役是毫无报酬的，连口粮都要自备。

在回王领地内还出产煤炭，王府直接经营开采三道岭煤矿。该矿于乾隆二十六年（公元1761年）由清政府驻哈密政权创办，主要满足哈密军民及其家属的需要。公元1884年新疆建省后裁撤哈密办事大臣，驻军多移往乌鲁木齐，该矿遂由官办改为私办。公元1895年沙木胡索特王以三千两白银的价格买下矿井和设备，遂成回王私产，矿工由五堡抽调民户，由官吏和武装警卫进行劳动监督。由于开采方法原始，井下也无安全设施，每年都有事故发生，但王府对死难的矿工却不给任何的抚恤。

在额贝都拉家族统治哈密地区的233年的历史进程中，哈密地区和中原地区在政治、经济、文化方面保持着密切的联系，汉文化对哈密维吾尔族社会产生了深远的影响。

额贝都拉家族虽然在哈密领地内拥有至高无上的权力，但是也要执行清政府的政策，并接受哈密厅（县）的监督。历代哈密回王多次进京朝觐，广泛接触和熟悉了汉文化。1884年新疆建省后，新疆巡抚刘锦棠提出在新疆各县设立义学，沙木胡索特王便出资兴办了4所维吾尔族义学，开始由汉族教师教授汉文，学生接触到了儒家思想。此后，沙木胡索特又兴办了哈密地区的最高学府“伊州书院”，学生在其中学习四书五经，开始全面系统的学习儒家经义思想。1902年，清政府颁布施行《钦定学堂章程》，提出将义学一律改办为初等小学堂，沙木胡索特遂将伊州书院改为私立第一、第二两所初等小学堂，此后又根据清廷颁布的“忠君、尊孔、尚公、尚武、尚实”的教育宗旨，将这两所学校改名为“忠爱汉文小学堂”。这些学校的兴办，对在哈密地区的维吾尔人中传播汉族的儒家思想起到了巨大的作用。同时，儒家思想中的“忠君”观念也被利用，以维护自己的统治。沙木胡索特还经常穿带有汉文化中天子象征的龙的图案的衣服来接见贵宾或者出席典礼，以显示其高贵的地位。

在回王统治时期，中原地区的汉人大量移民哈密，并把中原地区的生产工具和先进的生产耕种方法带了过去，在同维吾尔人的交往过程中，双方相互学习补充，促进了生产的交流。中原地区的度量衡也开始逐渐的传播到维吾尔人中。

此外，在建筑艺术、服饰、饮食、生活习俗等方面，汉文化的影响也逐渐扩大，同维吾尔人的固有风俗相结合，相互融会交流。