在进入弗利郊区的时候，他们发现城市被奥尔西兄弟围攻。在设法进入城市之后，艾吉奥、卡泰丽娜以及尼可罗一路杀到了拉瓦迪诺堡垒中。到达此处后，他们遭到援军的侵袭。当击败援军后，艾吉奥将苹果留在了卡泰丽娜和尼可罗手中，自己前去营救卡泰丽娜被奥尔西兄弟俘虏的儿女。

与此同时，奥尔西兄弟再次发动侵袭，夺取了苹果。在艾吉奥回到拉瓦迪诺堡垒时，尼可罗告诉他这是调虎离山之计，而苹果也被夺走。他接着派艾吉奥去追逐凯科·奥尔西，夺回苹果，但当艾吉奥杀死奥尔西的时候，自己也被他重伤，而苹果被一个叫做吉罗拉莫·萨沃纳罗拉的僧侣捡走。

“很少有人愿意反抗现状。因此我们有责任帮助他们看清真相。”

―尼可罗评论萨沃纳罗拉接管佛罗伦萨

1497年，尼可罗与艾吉奥再次在佛罗伦萨会面，并告诉他萨沃纳罗拉通过苹果的力量控制了城市。艾吉奥推断，如果他杀死了萨沃纳罗拉的所有九名副官后，他的控制力就会减弱。尼可罗就这样把艾吉奥的计划告知了拉·沃尔佩和保拉，在所有副官都被杀死后，三人鼓励民众起来反抗萨沃纳罗拉。

成群的暴民涌入碧提宫广场，反抗萨沃纳罗拉。萨沃纳罗拉试图使用苹果平息暴乱，但却被艾吉奥用飞刀击落。苹果掉到地上被一名波吉亚的卫兵捡走，而艾吉奥成功将它追拿回来了。

萨沃纳罗拉随后要被人们活活烧死，而刺客们在远处观望。艾吉奥觉得没人应该这样痛苦地死去，便在他被烧死之前亲自结果了他。之后艾吉奥向民众做了一个演讲，鼓励人们走自己的道路。

尼可罗：“我打算以后写一本关于你的书。”

艾吉奥：“如果你要的话， 不要写太长。”

―艾吉奥和尼可罗在解决分歧之后

1499年12月，尼可罗和一些意大利高阶刺客如艾吉奥，马里奥·奥迪托雷，巴尔托洛梅奥·德·阿尔维阿诺，拉·沃尔佩，安东尼奥·德·马吉亚尼斯，保拉以及泰奥多拉·孔坦托聚集在蒙特里久尼的奥迪托雷别墅中，讨论“密室”的位置。

刺客们得出结论，密室位于罗马，并且罗德里戈·波吉亚成为教皇的原因是要获得所需的第二枚伊甸碎片——教皇之杖去打开密室入口。而当艾吉奥潜入梵蒂冈的时候，其他刺客们也都来到罗马，分散守卫的注意力。

尼可罗之后回到了蒙特里久尼，而在艾吉奥和马里奥回来后，艾吉奥召开了一个会议讲述他在罗马的经历。当马基雅维利听到艾吉奥饶了罗德里戈之后，他十分震怒，斥责说犹豫就会败北，果断不会白给，接着就赶忙动身前去罗马。

第二天，蒙特里久尼被罗德里戈的儿子凯撒·波吉亚领导下的波吉亚军队围攻。尼可罗就在围城前夜离开引起了拉·沃尔佩的怀疑，他认为尼可罗在秘密为波吉亚工作，并且尼可罗之前也在外交活动中认识了凯撒，并对他十分赏识。在围城战中，马里奥·奥迪托雷战死，而尼可罗以罗马的台伯岛为基地，接管了陷入混乱的刺客组织。

在这次袭击之后，艾吉奥也来到了罗马，但由于在战斗中受到了两处枪伤而昏倒在路上。尼可罗将他带到了罗马北部乡村的一个女士处交给她照顾，并让她在艾吉奥醒来后告诉他让他到奥古斯都陵墓去找他。

在艾吉奥到达后，尼可罗告诉他罗马的腐败现状，并借给他一些钱去买装备。他见证艾吉奥烧毁了一座波吉亚塔楼，也与艾吉奥救下来自己的探子维尼西奥，获得了一封加密的信件。他也在艾吉奥遭遇罗穆卢斯追随者后向他介绍了这一邪教，并怀疑他们与波吉亚有所勾结。之后他展示了一种更快捷的通过城市下水道快速旅行的方式。

他们使用一个地道回到了藏身处，并会见了刺客的盟友之一法比奥·奥尔西尼，而也正是他将此处借给刺客的。之后艾吉奥与他交谈，而他一开始便想直接计划推翻波吉亚的统治，但马上惊异于艾吉奥所说的敌我差距中，他并不了解围城战中刺客与圣殿势力的倾斜变化。接着艾吉奥表示他要去结交盟友。

当艾吉奥正去盛开蔷薇联络交际花时，克劳迪娅·奥迪托雷和玛利亚·奥迪托雷来到台伯岛找到尼可罗，而尼可罗透露艾吉奥可能在盛开蔷薇。

在艾吉奥着手恢复与地下组织的联系时，尼可罗也开始利用他的关系网获取主要威胁罗马民众的圣殿骑士特工的信息。在巩固了刺客与盟友派系的关系之后，在1501年的一次会议上，法比奥重申要艾吉奥去杀死罗德里戈和凯撒。

而艾吉奥潜入了圣天使城堡之后发现凯撒和罗德里戈都离开了城堡，不过他成功将被波吉亚俘虏的卡泰丽娜·斯福尔扎救出，在两人逃脱的时候，尼可罗暗中在圣天使城堡制造了爆炸，引回了部分追兵。而之后，艾吉奥回去与尼可罗讨论招募新的刺客进入兄弟会的事宜。尼可罗一开始持怀疑态度，不信任民众的力量，后来他承认并允许艾吉奥去招募他们的第一批学徒，并建立了一个通过鸽笼与刺客学徒联络的方式。

1503年，拉·沃尔佩认为尼可罗的种种可疑行迹表明他在为波吉亚家族工作，但证据尚不确凿，不过他还是告诉艾吉奥“做该做的事情”，要不然他会自己动手杀死尼可罗。然而艾吉奥还是不相信马基雅维利是叛徒。

反而是拉·沃尔佩来到了台伯岛，准备刺杀尼可罗。此时艾吉奥已经发现是拉·沃尔佩手下的一名盗贼才是真正的叛徒，并就在拉沃尔佩使用匕首杀死尼可罗之前赶到通知了此事。拉·沃尔佩假装无事，与尼可罗消除误会后，两人和好如初。

在这三年中，尼可罗开始意识到艾吉奥比他更适合领导刺客组织，因为是他为刺客组织注入了一剂强心针，让它恢复了昔日的力量，发动了对抗波吉亚的战争以及罗马的解放。

因此，在克劳迪娅的入会仪式之后，尼可罗推举艾吉奥担任意大利刺客的首脑，授予他导师头衔。当艾吉奥问他为何突然改变心意时，尼可罗承认说他一直是支持艾吉奥的，并且在他不知情的时候一直都在帮助他。艾吉奥称尼可罗为他“最信任的顾问”。

在之后不久，艾吉奥和尼可罗、拉·沃尔佩、巴尔托洛梅奥、克劳迪娅等人与试图最后集结力量的凯撒展开决战。在人民广场的战斗中，刺客们打败了波吉亚的士兵们，并见证了凯撒被法比奥·奥尔西尼以及教皇卫兵们逮捕。

“我们已经抓住你了，米凯莱托·达·科雷拉，你已经成为了阶下囚！从今以后，你再也不能密谋危害这个国家了。”

―马基雅维利在扎加罗洛袭击后逮捕了米凯莱托

在凯撒杀死罗德里戈·波吉亚之后，他也在人民广场的战斗之后被教皇下令逮捕，被拘禁在圣天使城堡中。在他越狱失败后，他被转移到另一个监狱去，而教皇甚至不愿意向艾吉奥透露监狱的位置。

因此艾吉奥找上马基雅维利，开始了他们寻找凯撒的征程。1504年，他们访问了瓦诺莎·代·卡塔内、朱莉娅·法尔内塞以及夏洛特·德阿尔布雷，但她们并没能提供有效的信息，在他们回来的路上，他们遇到了马基雅维利的间谍之一布鲁诺。他告诉二人克劳迪娅被波吉亚残党俘获监禁，而艾吉奥和尼可罗也赶忙前去所指建筑展开营救。

经过一场短暂而激烈的战斗，残党首领透露他们是为米凯莱托·科雷拉工作的，而刺客们得知米凯莱托还活着的消息过后决定顺藤摸瓜，通过米凯莱托找到凯撒。之后他们发现米凯莱托集结了两百多人的部队驻扎在扎加罗洛。刺客们在第二天就动员了一百名学徒和盗贼进行攻击，战胜并逮捕了米凯莱托，接着将他送往佛罗伦萨，由马基雅维利、皮耶罗·索代里尼以及亚美利哥·韦斯普奇进行审讯。

审讯一段时间之后仍然未果，而就在米凯莱托行刑前一晚，他设法越狱逃脱，而马基雅维利急忙告知艾吉奥这一严重的消息。他们决定跟踪米凯莱托来找到凯撒，使用苹果定位他，得知他将出现在西班牙。尼可罗和艾吉奥找上莱昂纳多·达·芬奇，后者跟他们一同前往。他们快马来到那不勒斯，偶遇了交际花卡米拉，而她告诉三人米凯莱托正要前往瓦伦西亚。

“呵，我们没有苹果也能知道我们的老朋友凯撒准备干什么了。”

―尼可罗再次到达瓦伦西亚之后。

当他们到达瓦伦西亚之后，他们离开注意到载过米凯莱托也早就到了此处。他们询问船长之前的那个乘客去了哪里，船长说可以去孤狼旅馆找他。他们找到了旅馆，但在进入之后遭到了袭击，经过一场激烈的战斗之后，艾吉奥发现其中一人正是米凯莱托。

然而米凯莱托和他的死忠们在刺客追赶之前就逃脱了，其中一人被俘获在威逼之下透露了他们要前往德·拉蒙塔城堡，而凯撒正是被关于此处。刺客们追击着米凯莱托，但米凯莱托还是快人一步，设法救出了凯撒，刺客们听说了此事之后，艾吉奥想按照苹果中的幻象指示立刻回到瓦伦西亚，而马基雅维利坚持他们需要休息。

一个月内，艾吉奥三人回到了瓦伦西亚，发现凯撒设法组建起了一个较为强大的军队。有一千多人驻扎在瓦伦西亚城外，还有一支十几艘船的舰队驻扎在瓦伦西亚的港口。

后来，艾吉奥和马基雅维利准备摧毁凯撒的军队。利用达·芬奇给的炸弹，马基雅维利打败了死忠于凯撒的顽固分子，而艾吉奥则摧毁了凯撒的船只。

之后，艾吉奥和马基雅维利在孤狼旅馆街角会面。两人随即爬上了房顶，偷听凯撒和米凯莱托·科雷拉的对于近期事件的对话。凯撒愤怒的辱骂了米凯莱托，并把近期的失败怪到他的头上。被激怒的米凯莱托的想要攻击凯撒，但凯撒及时的掏出手枪，把米凯莱托的脸全部打烂了。

在凯撒离开时，艾吉奥准备追上去杀死他，但马基雅维利不小心弄出了声音，被凯撒发现了，结果被凯撒用他的第二把手枪打中了马基雅维利的肩膀。艾吉奥想要去追，但看到马基雅维利已经受了重伤，便放弃了凯撒，把马基雅维利带到了医生那里。幸运的是，子弹完全穿过了马基雅维利的肩膀，两个星期后就可以痊愈了。之后尼可罗与艾吉奥分别，艾吉奥继续追击凯撒，而尼可罗回到罗马。

尼可罗还担任意大利刺客导师的时候，他经常受到有身穿黑羽装甲的人在托斯卡纳屠杀民众，但他一开始忽视了这些信息。

1506年，当艾吉奥从埃尔科莱·马西莫手中救出达·芬奇之后，有一个刺客探子发现罗马地下墓穴中有一个印有刺客徽记的箱子。他一共派遣了两名探子和三名学徒前去调查，但均被杀害。在他再次派出罗·斯帕维罗完成任务带回盒子后，他发现刺客的袖剑遭到了仿制，得知圣殿已经训练了他们自己的特务部队。

之后他有一次派遣罗·斯帕维罗调查黑鸦部队，他杀死了凯撒前任上尉马泰奥·法韦罗，并在跟踪路上遇见了希鲁斯·法韦罗，后者自愿担任刺客的盟友。

几个月后希鲁斯发信说他找到了乌鸦的藏匿点，要尼可罗派遣刺客去协助他取得情报。尼可罗照做了，而希鲁斯在取得情报后让刺客待机而行，然而那名刺客罗·斯帕维罗还是处于怀疑跟踪了他。之后他受到了几位黑鸦首领的伏击，而希鲁斯也揭露了他乌鸦的身份，透露说要为儿子马特奥之死复仇。在刺客打败黑鸦首领之前，希鲁斯见势不妙逃走了。

几个星期后，刺客们得知黑鸦部队准备发动攻击，要将所有部队召回罗马。刺客选择直接对抗，马基雅维利在圣天使桥边等待，而刺客们斩除了黑鸦部队，杀死了希鲁斯，摧毁了黑鸦部队的据点。

尼可罗于1494年进入佛罗伦萨政府，担任文员和大使。之后他成为佛罗伦萨外交委员会的一员，并在1499年至1512年被派遣去过法国、西班牙和罗马。 这段时期，他也为西班牙刺客提供援助，帮助他们对抗托马斯·德·托尔克马达的宗教裁判所。

1503到1506年，尼可罗从罗马回到佛罗伦萨，领导了佛罗伦萨的民兵。尽管他多次指出他不信任雇佣兵，但他还是偶尔会利用他们，而在佛罗伦萨新的正义旗手皮耶罗·索代里尼的庇护下，他建立了一支由共和国公民组成的常备军，而这在大多数军队有雇佣兵组成的当时很不寻常。 马基雅维利声称他的民兵作为佛罗伦萨公民，将比雇佣兵们更加忠诚，因为他们与共和国的成败联结在一起，而不仅仅是雇佣兵那样的唯利是图。

他们民兵在1509年打败了比萨。 然而在1512年8月，他们被西班牙军队和教皇儒略二世支持的美第奇家族打败，佛罗伦萨重归于美第奇的控制之下。

尼可罗被剥夺了公职，并在1513年被指控密谋被捕。尽管他否认参与了任何阴谋，他还是再监狱中被严刑拷打。最终他被释放，退休后居住在圣安德里亚的庄园中。

尼可罗赋闲于庄园期间用几个月写下了《君主论》，这是一本较短的书。它是专门为了给美第奇家族能够在意大利中部建立一个强大有力的意大利国家，驱逐“蛮族”而写的。

他也花了许多时间完成著作《论李维》，这篇论文反映了他对政府更加共和主义的观点。这是一篇比《君主论》更完整的论文。

两篇文章的手稿被教会封禁，因为尼可罗是想要让意大利各邦统一在一个中央集权的政府之下，而不是宗教之下，而这些主张以及他的许多改革都遭到了教会的反对。《论李维》和《君主论》都解释说尼可罗是更倾向于共和政府的人，然而如果能够保证国家的生存，他准备接受公国的形式，甚至宗教的形式。

也有人认为《君主论》是一部公开的政治讽刺作品，因为他的代表作《论李维》和《君主论》中有些地方有冲突。

特别有趣的是，这本书是用意大利语写的，而不是当时意大利知识界普遍使用的拉丁语。这暗示这本书实际上是为意大利的普通民众而写的，而不是为统治阶级而写的(他们可能已经知道书中所描述的技巧)。

1519年4月，尼可罗收到莱昂纳多·达·芬奇的一封信，得知他的健康每况愈下。尼可罗和艾吉奥连忙前往法国安博瓦兹达·芬奇的家中。两人在此陪了他一周，直到莱昂纳多死去也在场。在从安博瓦兹回去途中，尼可罗回忆说传言莱昂纳多死在弗朗西斯国王的怀中，而艾吉奥轻蔑地评价说：“一些人就算是国王，也会榨干某些事的一切政治价值。”

1523年，克雷芒七世重新起用了马基雅维利，让他编写《佛罗伦萨史》。

到了1524年，马基雅维利以及成为了一名成功的剧作家；艾吉奥本想去看他的一出戏剧，但由于他忙着为妻子索菲亚写他的遗书，在三周前就错过了。当中国明朝嘉靖帝的士兵追捕艾吉奥的客人邵君时，艾吉奥让索菲亚和他的子女住在马基雅维利的庄园中避难。

尼可罗与1527年6月21日去世，享年58岁。他最初被安葬在佛罗伦萨的圣十字教堂。他最后的安息之地无人知晓， 因此大教堂树碑以纪念他。

“你什么时候变得这么愤世嫉俗？”

―艾吉奥·奥迪托雷·达·佛罗伦萨对尼可罗·马基亚维利说道

尼可罗的性格相当复杂。他是一个非常神秘的人，行事诡秘，导致他的刺客同伴拉·沃尔佩质疑他对刺客组织的忠诚。

尼可罗一向谨慎，而他也经常被艾吉奥·奥迪托雷的鲁莽和任性所震惊。他也善于投机取巧，很容易就看到对组织最有利的行动。这在艾吉奥第一次潜入圣天使城堡有所体现，尼可罗坚持要艾吉奥优先刺杀圣殿骑士凯撒和罗德里戈，而不是营救卡泰丽娜·斯福尔扎。

尼可罗还不时与艾吉奥发生口角，经常公开反对他的观点。当艾吉奥提议呼吁罗马市民们提供帮助时，尼可罗里面反驳了这个观点，声称依赖人民就像在“沙子上盖房子”。他一开始是轻视民众的力量，认为人皆自私，但后来回到佛罗伦萨后仍然组建了民兵，也许是受到艾吉奥的影响。

尼可罗对那些不按他的计划行事的人往往没有什么耐心，只要他觉得合适，他很快就会自主行动。他很少和艾吉奥以及其他刺客一同工作，更喜欢按照自己的方式做事，只要这能对刺客组织有利。比如与波吉亚的士兵达成交易换取情报，而这可能会被其他刺客视为通敌。

有时可以看到他表现出一种干巴巴的、几乎漠不关心的幽默感。他很少笑，有时还讽刺挖苦，尤其是对艾吉奥。当他的钱被一个小偷偷走时，他还觉得嘲笑艾吉奥的不幸很有趣，部分原因是这支持了他的悲观观点，即之前就与艾吉奥辩论过的信任平民是浪费时间。

虽然他的战斗风格并不像艾吉奥那样盛气凌人或者张扬浮夸，他仍然是一个熟练的战士以及剑客。虽然他没有见过刺杀过目标，他经常随身佩剑，用于防御和进攻。在与艾吉奥一起战斗的各种不同的场合中，他能够执行与他相同的杀戮技巧，而不是简单地用他的剑向敌人挥舞的教条主义风格。

尼可罗在《刺客信条2》和《兄弟会》中所穿的服装正是在许多画作以及雕像中他穿的服装。

如果艾吉奥在萨沃纳罗拉在虚荣篝火时试图平息暴乱的时候什么也不做，尼可罗就会介入，把一把飞刀扔向萨沃纳罗拉的手。

在真实历史上，尼可罗与波吉亚家族关系良好。1502年，他被派往凯撒·波吉亚处执行外交任务。他称罗德里戈·波吉亚是一个非常成功的政治家，因为他是那个无所不用其极实现目标的领袖的原型，据说她还非常钦佩凯撒。而在《兄弟会》记忆“新来镇上的人”中，艾吉奥发现尼可罗在一定程度上尊重凯撒的意志和执行力，虽然他非常想置其死地而后快。

在《兄弟会》中，暗示尼可罗的作品《君主论》是启发自艾吉奥。

在非官方的《刺客信条：兄弟会 手机游戏》中，尼可罗·马基雅维利没有表现出反对寻求平民援助的愤世嫉俗。事实上，在此游戏中他是指导艾吉奥·奥迪托雷通过获取平民忠诚来征募平民的人之一。而在这个版本中，他们并非又艾吉奥一人招募并训练。他在整个游戏中都扮演着艾吉奥的向导角色，他们之间从未发生过冲突，尽管艾吉奥在这一版本中所追求的不是将罗马从波吉亚家族手中解放出来，而是纯粹为了报复马里奥·奥迪托雷的死亡。虽然这款游戏是讲述的蒙特里久尼围城战之后的故事，但整个故事发生在1486年。