杜瓦利埃刚上台不久，便暴露出海地历史上所有独裁者相同的贪婪、狡诈和残暴的特性。他上台时表现得非常进步，在就职演说和政治纲领中大谈全国团结、民主自由和经济发展，并宣称在海地进行一场“政治革命”。但是时隔不久，杜瓦利埃便开始大肆攥取权力、打压异己，实施独裁统治。

杜瓦利埃上台之后，太子港的工商界认为大选中有舞弊行为而举行罢市。杜瓦利埃让特务强迫商店开门营业，并抢劫和砸毁不愿开业的商店。他还逮捕反对党的领导人，查封支持反对党的报纸，并捣毁报社。在他上台后的第一个月内就逮捕了100多人。1958年5月，国家宣布戒严，特务分子在各地进行大搜捕，不断绑架、拷打和杀害反对派人士。他在20世纪40年代后期任劳工部长时发展起来的工人运动这时也遭到镇压。杜瓦利埃上台时所许诺的民主自由已成为一场彻底的骗局。

杜瓦利埃还多次操纵国民议会，任意修改宪法，使之为自己的独裁统治服务。他上台后不久便颁布了有利于他统治的新宪法。待地位初步巩固后，他于1961年1月将原来的参、众两院合并成一个院，以加强对议会的控制。同年10月，他担心任期届满时政局可能不利于自己连任，于是宣布提前两年进行大选。他又采取一系列欺骗手段，使自己获得连任，任期到1967年止。此外，他还于1964年5月两次操纵议会，修改宪法，并指使各省所谓的“代表”到首都来劝进，要求他担任终身总统。修改后的宪法规定其有权指定接班人、解散议会和内阁、直接控制国家。至此，杜瓦利埃建立和巩固独裁统治的过程基本完成。

杜瓦利埃还大大削弱了军队的力量。海地历史上大多数总统都是被军队赶下台的，为了防止落得同样的下场，杜瓦利埃上台后不久便对军队进行了清洗，将大批高级军官调到边远地区，并勒令部分将领“退休”。1958年7月，海地发生了一起未遂军事政变，使杜瓦利埃更加认为军队是对他总统职位的威胁。12月，他将军队总参谋长解职，并让自己的心腹取而代之。杜瓦利埃在大批撤换军官的同时，还决定建立总统卫队，保卫总统府，将军队的武器弹药储备转移到总统府内，由总统直接控制。总统卫队成为海地军队中的精锐部队，主要任务就是维护杜瓦利埃的权力。在军队内部建立了自己的根基之后，杜瓦利埃又对所有的军官进行了一次清洗，将上了年纪的、受过美国海军陆战队训练的军官，撤换为效忠于他、更年轻的军官。1964年，杜瓦利埃曾得意的宣布，他已经消除了军队中仲裁和平衡国家生活的作用。

杜瓦利埃在加紧削弱军队力量的同时，还不断建立和扩大忠于自己的特务组织。他上台后便建立了恶名昭著的通顿马库特，主要成员是他的忠实支持者，以及一些地痞流氓、地主恶霸和伏都教徒。1960年，杜瓦利埃进一步扩充了通顿马库特，并正式称之为“国家安全志愿军”。该组织一切行动只向总统个人负责，行事狠毒，手段残忍，除了维护杜瓦利埃的政治根基外，还有一个作用就是制约军队的力量。到1962年，该组织的人数已发展到8000人，而当时的军队只有5000人，其实力和权力已经大大超出了军队。

杜瓦利埃为加强对民众的精神统治，不断宣扬黑人主义、煽动种族仇恨，并打击天主教派。此外，他还大力提倡伏都教，利用伏都教大搞迷信活动。早在上台之前，杜瓦利埃便以肤色划分阶级，声称自海地独立以来只有黑白混血人种和黑人两个阶级，而海地历史上伟大的领袖都是黑人；海地的“大复兴”必将开始，黑人应向混血人种夺回领导权。由于海地广大农民和底层民众都是黑人，并且大都信伏都教，他便宣称伏都教是由非洲的黑人文化同反对殖民主义的勇敢精神相结合的产物，杜瓦利埃称自己是伏都教祭司，能施展法术，驱赶邪恶；诡称自己已集中海地四位建国者（即杜桑·卢维杜尔、让-雅克·德萨林、亨利·克里斯多夫、亚历山大·佩蒂翁）的精神于一身，是国家至高无上的主宰。他还吸收一些伏都教祭司参加通顿马库特，以便加强对农村地区的监视和控制。他借口天主教会搞分裂活动，先后驱逐了外籍主教和传教士。此举激怒了梵蒂冈教廷，并于1962年将他革出教门。他还安插海地人担任大主教，企图控制天主教会。

杜瓦利埃在国内用政治谋杀来压制对手，在统治时期，实行海地政治巫毒教化，估计死者高达30000人。杜瓦利埃将军人集团对他的攻击视为更加严重的罪行。1967年海地总统府附近引爆炸弹，导致20名总统卫队成员被判处死刑。这种恐怖统治措施使他的国家在他的严厉控制下保持稳定，直到1971年初去世。弗朗索瓦·杜瓦利埃19岁的儿子让-克洛德·杜瓦利埃成为他的接班人。

杜瓦利埃统治期间，大量搜刮人民的财富，供其家族任意挥霍享用。他巧立名目，横征暴敛。早在1961年，杜瓦利埃就打算建造一座为自己树碑立传的新城，名为“杜瓦利埃城”。为此，他发起一个所谓“民族革新运动”，以集资为名大肆进行敲诈。他向工商业主摊派“捐助”，如不愿缴纳，则洗劫和捣毁其企业，业主将遭到监禁、拷打甚至杀害。向政府职员、军人和议员摊派的捐款竟要强行从他们的工资中扣除。20多年后，该城仍未建成，但敲诈来的大量钱财却被私吞和浪费了。海地农民有每年到多米尼加去当季节砍蔗工的传统。1967年，杜瓦利埃同多米尼加签订合同，答应每年提供2万人，从中向每个农民收取59美元的费用。国际舆论谴责这种做法是“搞奴隶制的一种行式”。杜瓦利埃巧取豪夺的手段还远不止此。如由国家发行彩票，强迫群众购买，从中弄虚作假，将头奖内定为杜瓦利埃或其亲友，以坑害群众。后来，杜瓦利埃竟公开从彩票收入中定期支取款项，供其私用。更有甚者，杜瓦利埃指派亲信控制国家的烟草专卖局，将全部收入专供杜氏家族私人花销。烟草专卖局不仅收取烟草税，而且还征收其他许多重要物资的消费税，形成一个与财政部平行的庞大税收系统，其年收入几乎同政府的支出相等。据估计，在杜瓦利埃统治期间，其家族的私产就已达到5亿美元。

杜瓦利埃的独裁统治激起了各阶层人民的愤慨和反抗。杜瓦利埃对反抗和起义进行残酷镇压的罪行令人发指。1964年在热雷米市，通顿马库特屠杀了数百名起义者，很多起义者全家上至老人下至幼童全被枪杀，住宅和商店也被洗劫一空。为了增加恐怖气氛，杜瓦利埃将被害起义者的尸体空运至太子港，陈放在正对机场出口处的显著位置上，展示于众，不许收尸，任其腐烂。据各种不同的估计，在杜瓦利埃统治时期被杀害的海地人多达3万~6万人。

杜瓦利埃1957年担任海地总统以后，开始在海地实行独裁统治，并将海地经济改造成一种由个人控制的经济体系。杜瓦利埃及其亲信不仅采取各种措施侵吞国家资产，还大量贪污外国援助款，致使美国等援助国中止了对海地的援助。此外，虽然杜瓦利埃自称是黑人民族主义的拥护者，却没有在执政期间改善农村地区黑人贫困生活的状况。由于经济落后，大量海地人——无论是富人还是穷人，受过教育还是未受过教育的人——离开农村涌入城市，或移民到其他国家。联合国有关资料显示，20世纪50~60年代是历史上全球经济增长最快的一个时期，所有国家的经济都出于增长状态，只有海地是个例外。

杜瓦利埃统治时期，海地的教育水平极其低下，由于杜瓦利埃进行思想控制，迫害知识分子，使大量的知识分子流亡海外或被杀害。教育、文化的发展陷入了停滞。

即使在杜瓦利埃残酷的镇压和严密的监视下，人民群众仍以各种方式同独裁政权作斗争。除罢工、罢课等抗议活动外，还有从国外组织的武装登陆和暗杀活动。其中较大的事件有：1958年6月，一批前军官在北部的蒙特鲁伊登陆，长驱直入，一度占领太子港离总统府不远的德萨林兵营，以致杜瓦利埃曾打算外逃、1964年8月，“青年海地组织”的13名成员在南部的马里耶夫人角登陆，同政府军的对抗坚持了83天。1967年4月，在杜瓦利埃庆祝60大寿时，总统府附近发生炸弹爆炸事件，死亡4人，伤多人。1970年4月，海军的三艘海岸警卫船发生兵变，从太子港炮击总统府，坚持两天后外逃。在长期的斗争中，反对杜瓦利埃的力量逐渐形成了一些组织。1963年3月，左派人士联合成立了民族民主统一阵线（1967年解散）；1964年，海地工会统一阵线成立；1969年，海地共产主义者统一党成立。这些组织的活动在一定程度上打击了独裁政权。

杜瓦利埃深知为了巩固其独裁统治，必须争取得到美国的支持，为此，他坚持亲美反共。他还同美国签订了《海美双边军事协定》，聘请美国人来训练海地军队，他还依仗着海地的重要战略地位，扬言美国如果不进行经济援助，海地将向共产主义国家求援。由于互有需要，美国答应了海地的要求，杜瓦利埃的腐败和压迫在美国引起肯尼迪政府的不良反应，美国试图寻找一个替代，希望阻止另一个古巴风格的革命。然而1962年由于杜瓦利埃政府勉强接受了作为反共堡垒，美国缓解了对海地的制裁压力。稍后杜瓦利埃声称肯尼迪的暗杀事件是因为他已经对他施加了诅咒。

杜瓦利埃政府与多米尼加的关系非常紧张，多米尼加对流亡该国的反杜瓦利埃分子提供庇护和支持，杜瓦利埃为了搜捕策划劫持杜瓦利埃子女的军官，下令总统卫队占领了多米尼加在海地的外交官邸，多米尼加对此表示十分愤怒，以至于1963年4月，海地差点遭到多米尼加共和国的入侵，由于缺乏军方支持，多米尼加总统胡安·博什无法入侵。后美洲国家组织调解了冲突。

从1967年开始，德克萨斯州商人唐·皮埃尔松（DonPierson）在美国首都和海地政府代表会面，希望租用一艘船。1971年，皮埃尔松和海地政府提出合约，以99年为期获得托尔图加岛的租让权，试图建立托尔图加自由港。但是在签订合同以前，杜瓦利埃就去世了。他的儿子让-克洛德·杜瓦利埃没收了整个计划，自由港没有建成。

1970年底，弗朗索瓦·杜瓦利埃将其总统职位传给年仅19岁的儿子让-克洛德·杜瓦利埃，又一次挟持议会修改宪法，把担任总统的年龄从40岁降至18岁，并于1971年2月通过选举骗局，使让-克洛德·杜瓦利埃成为总统。杜瓦利埃在其儿子成为总统后不久病逝。

1986年2月7日，杜瓦利埃家族政权倒台后，海地民众以各种形式开始大举清算杜瓦利埃家族统治期间所犯下的种种罪行：人民在钞票上的杜瓦利埃头像上加盖上了一个大大的红色圆圈加斜杠符号，并注明了杜瓦利埃政权倒台的日期“1986年2月7日”。还有民众自发在弗朗索瓦·杜瓦利埃的墓地聚集起来，欲对杜瓦利埃进行掘墓鞭尸，以使其在末日审判时无法复活。但是当他们打开棺材时，发现居然是空的，杜瓦利埃的尸体早已经被转移走。于是人民转而挖掘了杜瓦利埃政权一位支持者的坟墓，并对尸体进行了象征性处决。