1994年7~8月，几内亚比绍举行首次多党制总统和立法选举，维埃拉以超过52%的得票率当选为几内亚比绍共和国总统。1998年5月在几佛非洲独立党第六次代表大会上，维埃拉以438票赞成、8票反对、4票弃权当选为几内亚和佛得角非洲独立党主席。1999年5月6日，维埃拉政权在军事政变中被推翻，他流亡葡萄牙。2005年6月，几比举行总统大选，维埃拉作为独立候选人参选。经过两轮角逐，维埃拉最终胜出，当选为新一任总统，并于2005年10月1日宣誓就职。

2009年3月2日，维埃拉在比绍遇袭身亡。

维埃拉曾于1980年和1982年两次访华。2006年10月29日至11月2日对中国进行国事访问。2008年9月访华并出席北京残奥会闭幕式。

内战

1998年，维埃拉总统以涉嫌向塞内加尔反政府武装走私军火为由，下令将武装部队总参谋长安苏马内·马内少将停职。马内不服，反而表示军火走私是在维埃拉总统知情的情况下，由国防部长等人进行的。1998年6月6日，维埃拉以“玩忽职守罪”解除安苏马内·马内的职务。6月8日，马内发动军事政变。随后，塞内加尔和几内亚军队进入几内亚比绍，支持维埃拉政府。6月9日，马内宣布成立由他本人领导的临时军事委员会，并要求维埃拉总统和政府辞职，举行公正大选。同时公开谴责法国唆使塞、几军队干涉几内亚比绍内政。葡萄牙担心失去在这个前殖民地的影响，积极推动葡语国家共同体进行调停。

此间舆论认为，几内亚比绍内战的直接原因是部分军队对现政府腐败不满，而深层原因却是法语地区企图扩大对葡语国家影响。维埃拉政府有法国支持背景，军事委员会则有葡萄牙作后盾。

葡语国家共同体联络组的穿梭调停活动，促使西非国家经济共同体（即法语区）内部分化，使塞内加尔等国的出兵干涉行动遭到孤立。美国则表现出谨慎地站在里斯本和葡共体一边。1998年7月26日，几内亚比绍政府、军事委员会和葡共体联络组三方代表签署了解决军事冲突的“谅解备忘录”及其附件。签字后一小时，双方立即实现停火，并定于1998年8月的第一个星期开始和平谈判。经过近5个月的内战，军委会一方控制了全国绝大部分领土。1998年11月，在西非国家经济共同体的斡旋下，马内与维埃拉总统签署包括停火、成立团结政府和举行大选等内容的阿布贾和平协议。1998年11月27日，全国人民议会通过了要求维埃拉辞职的议案，有69名议员支持这项动议。1999年1月，几比根据协议组成军委会占主导地位的全国团结政府。1999年2月，新政府正式就职。

1999年5月6日，几内亚比绍局势急转直下，以前总参谋长马内为首的部分军人发动政变。马内的军队包围了总统府，并与政府军和总统卫队发生激战。1999年5月7日，支持维埃拉总统的军队向以马内为首的政变军人投降。随后，几内亚比绍全国人民议会议长马拉姆·巴卡伊·萨尼亚被任命为共和国代总统。维埃拉进入葡萄牙大使馆避难，并于同年6月流亡葡萄牙。同年5月12日，前总理曼努埃尔·塞特尼诺·达科斯塔被选为几佛非洲独立党代主席。同年9月几内亚和佛得角非洲独立党全国代表大会以犯有“叛国罪行”、支持和煽动战争以及行为与党的章程不符为由将维埃拉开除出党。

回归

2003年9月，几内亚比绍武装部队总参谋长维里西莫·科雷亚·塞亚布少将发动军事政变，推翻了昆巴·雅拉总统的民选政府，若奥·贝尔纳多·维埃拉在2005年4月7日重返重返几内亚比绍，当天他乘直升机抵达比绍足球场时，共有5000名支持者夹道欢呼。虽然维埃拉的支持者收集了3万个请求他复职的签名，但他并未即时承诺复职，理由是他要“重新建立”自己的公民权利，及为投票作登记，另外还想继续为和平与安定作出贡献。维埃拉还表示，他已经原谅了他的敌人，希望人们也可以原谅他所造成的伤害。5月16日，维埃拉宣布以独立候选人身份参加2005年6月几内亚比绍总统选举。当时，很多人都不看好维埃拉会当选，因为维埃拉此前一直处于流亡阶段，并被禁止从政五年，他还因涉嫌在1985年杀害政变分子受到司法指控。2005年4月，几内亚比绍最高法院一致裁定，维埃拉和另一位前总统昆巴·雅拉具备候选人资格，从而为他参加大选扫清了法律障碍。而他原来所属政党几内亚和佛得角非洲独立党则支持国民议会议长、临时总统马拉姆·巴卡伊·萨尼亚。在6月19日的第一轮投票中，维埃拉以28.87%的得票率位居第二；在7月24日决胜的第二轮投票中，维埃拉反超竞争对手萨尼亚，以52.45%的得票率当选几内亚比绍共和国总统，并于10月1日正式宣誓就任总统。

2005年10月28日，维埃拉总统宣布解散由总理、几佛非洲独立党主席卡洛斯·戈梅斯领导的政府，以维持国家稳定。11月2日，维埃拉委任同盟者、几佛非洲独立党第一副主席阿里斯蒂德斯·戈梅斯为总理。2007年3月，几佛非洲独立党与社会革新党及社会联合民主党结成联盟，寻求组成新政府，使维埃拉无把握击败戈梅斯。4月9日，维埃拉总统委任几佛非洲独立党政治局常委马尔蒂尼奥·恩达法·卡比为总理。在卡比三党联合政府中，只有内政部长巴希罗·达博作为维埃拉的亲信列入内阁名单。2008年7月25日，卡比未经事先通知几佛非洲独立党，就撤销了海关、税务和财政高级官员的职务，占有议会多数席位的几内亚和佛得角非洲独立党退出旨在支持政府的“维护政治稳定合约”，从而退出执政联盟，引发了一场政治危机。2008年8月5日，维埃拉总统解散了国民议会，任命卡洛斯·科雷亚为总理，负责2008年11月几内亚比绍立法机构选举前的工作。

2008年11月16日，几内亚比绍举行议会选举，几内亚和佛得角非洲独立党赢得了100席当中的67席。根据选举结果，12月25日，维埃拉总统任命几佛非洲独立党主席卡洛斯·戈梅斯为新总理。2009年1月8日，由卡洛斯·戈梅斯为总理的几内亚比绍新一届政府正式宣誓就职。这一届政府由21名部长和10名国务秘书组成，其中有6名女性担任部长和国务秘书职务。所有新内阁成员均为几内亚和佛得角非洲独立党成员。几内亚比绍总统维埃拉在新内阁成员就职仪式上要求政府成员和政党领导人将国家利益置于首位，停止政治纷争，为几内亚比绍的和平与发展而努力。

2008年11月袭击

2008年11月23日，几内亚比绍总统维埃拉位于首都比绍的住宅遭到该国部分军人开枪射击，袭击者企图闯进寓所内，更与保镳对战3小时，但在接近维埃拉前被保镳驱赶离开。事情发生后，维埃拉立即向邻国塞内加尔总统瓦德电话通报了上述情况。瓦德随后对塞媒体说，这是一起“兵变”。塞总统府官员说，塞内加尔军队在靠近几内亚比绍的边境地区加强了防卫措施。几内亚比绍社会通讯部长门多萨以及该国总统府的一位新闻官在电话中向新华社记者证实了维埃拉总统住宅遭枪击的消息，并说首都比绍的局势已经得到控制。

联合国秘书长驻几内亚比绍代表绍拉·奥莫雷吉造访维埃拉遇袭的住宅后对路透社记者说：“总统和家人平安无事。”武装部队总参谋长巴蒂斯塔·塔格梅·纳·瓦伊介绍，袭击者是士兵。“现已逮捕5人，局势已在控制之下”。内政部长西普里亚诺·卡萨马说，一名总统保镖交火中丧生，另一名保镖受伤。政府正在调查。另一名不愿透露姓名的内政部官员说，至少1名袭击者死亡。同日稍后时间，维埃拉举行记者招待会，他在记者会上表示袭击的目标只是想把他消灭，并表示局势已受控。

2009年3月袭击

2009年3月1日晚间，几比武装部队总参谋长巴蒂斯塔·塔格梅·纳·瓦伊少将在军队总部大楼爆炸案中丧生。其支持者指责维埃拉应当对此事件负责。3月2日清晨，亲总参谋长瓦伊的士兵攻打了总统官邸，总统维埃拉试图逃出官邸时被士兵打死。用重型武器袭击维埃拉寓所。维埃拉试图逃离寓所时不幸中弹身亡，享年70岁。联合国、非盟、欧盟、葡共体及美国已就维埃拉被杀的事件予以遣责。

原因分析

维埃拉总统遇袭身亡后，几内亚比绍军方称杀害总统的是少数军人为报复总参谋长瓦伊遇害的“个人行为”，而不是政变行为。军方正在搜捕嫌疑人。声明同时否认维埃拉遇刺系军方针对瓦伊遇害实施的报复行为。内阁宣布，自2009年3月2日起连续7天为全国哀悼日，并为维埃拉和瓦伊举行国葬。几内亚比绍不稳定更深层次的原因。该国原为葡萄牙殖民地，自1974年独立以来军方和政客之间关系失调，因此政变不断，政局不稳。该国为南美毒贩集团前往欧洲的中转站，一些当地军官有所参与，一旦觉得政治家妨碍他们赚钱，就会下手将其政变推翻或枪杀。因此几内亚比绍政局一直不稳，“政变”、“暗杀”不断。总统与总参谋长代表的两大势力间争斗时有发生。

一些分析师认为，几比政府与军方长期不和，明争暗斗由来已久。总参谋长和总统接连遇袭是军、政两大势力深刻矛盾的一个缩影。由于总统和军队政见不合，几内亚比绍在近4个月时间里多次发生暴力与武装袭击事件。法新社评论说，这次总参谋长和总统先后遇刺，是几内亚比绍军政矛盾的“大爆发”。

瓦伊与维埃拉交恶由来已久。瓦伊1998年至1999年曾参与旨在推翻维埃拉统治的“武装叛乱”。2005年8月，维埃拉作为独立候选人再次当选总统，重新掌权。作为军队主要领导人的瓦伊时常公开批评总统政见。2008年11月23日夜，不明武装人员突袭总统府，向府内发射火箭弹，并射杀两名警卫。外界认为，这是军中“持不同政见者”对总统发动的一次未遂政变。总统遇袭后，政府精选400名“民兵”充当维埃拉的贴身保卫。2009年1月初，瓦伊称，他的车队经过总统官邸时，门口的“民兵”突然向车内射击试图刺杀自己，但没能得手。

1980年11月14日，若奥·贝尔纳多·维埃拉率领部分军队发动政变，推翻了国务委员会主席（国家元首）路易斯·德·阿尔梅达·卡布拉尔和几内亚和佛得角非洲独立党执掌的政权，建立了几内亚比绍人单独执掌的政权，使几内亚比绍和佛得角的合并计划遭到破坏，这对两国政治的发展产生了巨大而深远的影响。

几内亚比绍独立后，由于执行了偏激的左倾社会-经济改革政策，造成国民经济严重恶化。与此同时，在几内亚比绍政治生活中占据主导地位的佛得角人与几内亚比绍土著黑人之间的族群对立日渐加深。1980年11月14日上午，首都比绍出现了群众示威，抗议粮食匮乏和政府的腐败无能。同时也出现了反对佛得角人控制几内亚比绍的民族主义情绪。当时，国务委员会主席卡布拉尔正在布巴克岛休假，以部长会议主席维埃拉为首的政府中的几内亚比绍人高级军政要员商讨局势，多数与会者认为应利用这一时机发动政变，夺取佛得角人掌握的权力。

当时执掌军政大权的佛得角籍要人大多不在首都，有利于政变成功。除国务委员会主席卡布拉尔正在外岛休假外，内政部长康斯坦蒂诺·特谢拉正在莫斯科访问，警察总局局长若泽·阿劳若在里斯本，武装部队中佛得角籍的多名高级将领已去佛得角首都普拉亚参加两国军事会议。与会者还指出，发动政变时必须隔断支持几佛独立党的苏联军事顾问团与卡布拉尔等人的联系，以避免苏联政府藉口进行军事干预。

1980年11月14日晚，驻扎在首都的4个营，在维埃拉指挥下发动军事政变，首先攻击人民革命武装部队司令部，打死了安全部队首脑安东尼奥·布斯卡迪尼和几佛独立党中央常设书记处书记奥托·沙赫特。随后，政变部队占领了电台、几佛独立党几内亚比绍全国委员会总部和政府机构。一支政变部队包围了苏联军事顾问团的驻地比绍旅馆，禁止苏联军人出入和对外联系。派往布巴克岛的政变部队软禁了国务委员会主席卡布拉尔。政变当局宣布在全国实行宵禁，切断了与外界的一切联系，以防止前政府领导人要求佛得角政府出兵干预。

维埃拉发表讲话，他向全国人民解释了推翻卡布拉尔政权的原因，他指责卡布拉尔执行了歧视几内亚比绍人的政策，强迫议会通过使他成为“独裁者”的新宪法，造成政治上的混乱。维埃拉着重抨击卡布拉尔在经济政策上的失误，特别是集中了全国资金去建造无经济效益徒有虚名的工程，使国家濒临破产；由于卡布拉尔不重视农业，造成了全国严重的粮荒。他呼吁外国不要干涉几内亚比绍的内政，新政府希望能继续保持与佛得角的密切关系。

维埃拉否认他们发动推翻卡布拉尔政权是一场军事政变，他宣称这是一场清除前政权的腐败和执行错误政策的“调整运动”。首都比绍的居民欢迎政变行动，纷纷涌向街头举行庆祝的狂欢活动。关于外界反应，在政变几小时后，几内亚政府就宣布承认几内亚比绍新政府。佛得角部长会议发表声明，谴责几内亚比绍的军事政变的目的是破坏几内亚比绍和佛得角统一的计划，它将采取措施以保证在几内亚比绍的侨民，但又声称佛得角政府决不干涉几内亚比绍的内政。

以维埃拉为首的新政权，反映了它的民族主义特点。政变后，宣布成立“革命委员会”，解散全国人民议会、国务委员会和部长会议，革命委员会作为国家最高权力机构，并代行政府职能。革命委员会由12名委员组成，但排除了前政权的佛得角籍官员和将领，由维埃拉任主席，规定委员会主席为国家元首，兼武装部队最高统帅和政府首脑（总理）。几内亚和佛得角非洲独立党几内亚比绍全国委员会也宣布停止接受几佛独立党总书记阿里斯蒂德斯·马里亚·佩雷拉（佛得角总统）的领导，并罢免了该党副总书记路易斯·卡布拉尔（已被推翻的几内亚比绍国务委员会主席）的职务，也就是说割断了佛得角和几内亚比绍两国统一的党务关系，结束了领导与被领导的关系。1981年1月，几佛独立党（佛得角）全国委员会另立新党佛得角非洲独立党，11月，几佛独立党（几内亚比绍）全国委员会决定继续沿用原名，从此两国一党的状况宣告结束。

新政权领导人也考虑到几内亚比绍与佛得角人民共同反对殖民主义进行武装斗争的经历，以及佛得角籍人在文化教育和经济方面对几内亚比绍的作用，强调民族和解和团结。例如，新政权允许前国务委员会主席卡布拉尔自愿选择他想去的国家，最后去了葡萄牙。还允许大不符佛得角籍人保持他们在政府中的职务，呼吁佛得角籍的职工、教师、医生、商人继续安心他们的工作和营业，保证将采取保护他们的权益和安全的措施。但不少佛得角籍居民已感到种族主义的威胁，他们害怕出现大规模种族仇杀事件，宁愿抛弃他们的工作和产业以及在几内亚比绍的公民权，纷纷举家离开几内亚比绍。

维埃拉的“调整运动”，对几内亚比绍的政治、经济、教育和外交路线带来重大影响：

维埃拉执政后，拟定了与前政权在建设方针上不同的方针政策，首先调整了经济政策，并从农业国家这一国情出发，把发展农业放在了优先地位，增加投资，制定了一系列发展农业的具体措施。对工业和基本建设项目也重新做了安排，关闭了一些亏损企业，重视发挥私商和私营企业的积极性，改善市场供应，制止通货膨胀。

1987年4月，在国际货币基金组织的支持下，几内亚比绍制订了经济结构调整三年计划，实行更为自由化的经济政策。政府采取了优先发展农业、调整工业和基建项目、改革商业体制、整顿国营企业、鼓励私人资本等措施。1987年起，几内亚比绍开始执行经济结构调整计划。1994～1997年，进一步实施强化结构调整，国际货币基金组织向几比提供总额为945万特别提款权的贷款。1997年3月，几比加入西非经济货币联盟；5月，原货币比索开始兑换非洲法郎；7月底，比索作废。但1998年内战使几比经济倒退约10年。

在外交政策方面，维埃拉强调几内亚比绍是一个不结盟的国家，重申继续执行反对帝国主义、反对殖民主义的方针，并在和平共处五项原则的基础上发展同所有国家特别是葡萄牙语国家和邻国的友好合作关系。进入新的历史时期，几内亚比绍奉行不结盟、独立自主和睦邻友好的外交政策。支持非洲统一和实现经济一体化。强调外交为发展服务，重视发展同美国等西方国家关系，以获取援助。愿同世界上不同社会制度和发展水平的国家建立平等互利的友好合作关系；主张建立国际经济新秩序。早在几佛非洲独立党领导几内亚比绍人民进行争取民族独立的武装斗争的年代，中国人民给予了积极的支持和声援。中国向该党提供政治、财政等援助，并为其培训了数十名干部（包括门德斯、维埃拉等）。1974年3月15日两国正式建立外交关系后，两国间的人员交往和经济合作不断加强。中国曾经承担的经援项目有：稻谷技术推广站、竹藤编技术、体育场、扩建卡松果医院等。1976～1989年，中国向几比共派出7批医疗队。1990年5月26日，几内亚比绍与台湾建立所谓“外交关系”，5月31日，中国宣布中止同几内亚比绍的外交关系。维埃拉于同年年底访问台湾。1998年4月23日，中、几比两国恢复外交关系。

20世纪90年代初，政治多元化和民主化在非洲大陆兴起。1991年5月，几内亚比绍全国人民议会特别会议通过了建立多党制的法律，解除党禁，放弃一党制，改行多党制。几内亚比绍首轮总统选举在1994年7月3日进行，维埃拉虽然以46.2%的得票率领先其余7名候选人，但因得不到法定最低得票率，故要在8月7日进行第二轮投票。在第二轮投票中，他的得票率为52.02%，击败几内亚比绍社会革新党候选人昆巴·雅拉，顺利当选为几内亚比绍的首任民选总统，并于1994年9月29日宣誓就任。