恩斯特于1818年6月21日出生在德国巴伐利亚的科堡，是萨克森-科堡-哥达公爵恩斯特一世与第一任夫人路易丝公主的长子，他的弟弟是维多利亚女王的丈夫阿尔伯特亲王。1842年5月3日在德国巴登-符腾堡的卡尔斯鲁厄，恩斯特与巴登的亚历山德里娜公主结婚，她是巴登大公利奥波德一世与瑞典的索菲亚·威廉明娜公主。恩斯特二世没有子女，阿尔伯特亲王成为萨克森-科堡-哥达公国的继承人，这可能导致英国与萨克森-科堡-哥达公国形成共主邦联，因此阿尔伯特亲王的次子阿尔弗雷德王子被指定为恩斯特二世的继承人。恩斯特于1893年8月22日在德国去世，享年75岁。