1843年2月10日，文惠廉带着他的孩子前往澳门，3月1日从那里启程返回美国。

1844年，文惠廉被任命为圣公会中国区主教，成为圣公会在中国的第一位主教。12月14日，在婚后的文惠廉同夫人一起启程前往中国，次年4月24日到达香港，同行者有伍兹夫妇、格雷厄姆夫妇以及三位肩负同样任务的单身女宣教士钟爱玛、莫玛莉与吉励莎姑娘。5月24日，文惠廉夫妇乘坐“鳄鱼号”前往上海，同行还有琼斯、摩尔斯小姐、施美夫牧师，船于6月16日抵埠。

1845年5月，文惠廉进入开埠不久的上海，开始，文惠廉一行在上海城厢传福音。

1846年他在上海开设了一所男塾，青年黄光彩是第一个入学并受洗礼的中国信徒。1848年，文惠廉向上海官府提出将虹口辟为美侨居留地(后称美租界)被允许得到苏州河北岸的虹口。

1852年1月31日，文惠廉夫人因健康问题返回美国，文惠廉也在同一年回到美国。

1853年，圣公会第一座教堂（救主堂）在百老汇路、蓬路(即文监师路今塘沽路)口落成，是上海吴淞江北建立最早的教堂。救主堂教堂大门开在南面的百老汇路（今大名路），东侧的马路就以文惠廉的名字命名为文监师路（今塘沽路）。当决定在上海召开《新约》翻译代表委员会会议后，文惠廉和麦都思博士被推选为上海的代表。

1854年4月13日，文惠廉夫妇带着他们的两个孩子乘坐“格拉维纳号”回到上海，一起来的还有同一差会的庞台物牧师。

1857年，因健康原因，文惠廉携全家返美。7月13日，同一批新的宣教士一起在美国登船返回中国，12月22日到达上海。

1862年4月，英国宣教士好不生（即霍布森）在上海逝世后，文惠廉接手了大部分宣教工作，直到次年春天为止。期间他又兼任了一段时间英国军队的随军牧师。

1863年4月，文惠廉夫人身体出现问题，他们前往澳门小住，6月回上海后又去日本，10月文惠廉接夫人回上海。11月9日，他们乘坐从上海出发前往欧洲的邮轮。船在新加坡停留一个月后，继续前行至苏伊士。

1864年1月20日，文惠廉夫人在苏伊士逝世。文惠廉抵达英国之后，又前往德国，并将儿子留在当地的学校。6月13日，文惠廉回到上海时，因传染痢疾身体十分衰弱，不幸于7月1日在上海安息主怀，享年53岁。文惠廉在一生宣教过程中，创作了许多中文基督教作品，而且大多是用上海方言撰写的，最有影响的是《圣会祷》。

1871年，为纪念文惠廉主教，美国圣公会在武昌开办了文惠廉纪念学堂。后来美国圣公会在武昌所办的大学也以他的姓氏命名为“BooneUniversity”（文华大学）。文惠廉的长子文恒理（Henry William Boone，1839年－1925年）是医疗宣教士。1880年创办了上海同仁医院。次子小文惠廉（William Jones Boone，Jr. 1846年－1891年）1846年生于上海，1884年接任美国圣公会江苏教区主教。1891年在上海去世。

早年背景

文惠廉(William Jones Boone)，1811年出生在美国南卡罗莱纳州的沃特波罗郡（Waterborough, South Carolina），早年在南卡大学学习法律。1833年22岁时在查尔斯顿市（Charleston）的一次奋兴布道会上决志信主。遂放弃法律学习，献身转读神学，立志成为一名海外传教士。1835年，文惠廉前往弗吉尼亚州（Virginia），进入圣公会弗吉尼亚神学院（Virginia Theological Seminary）深造，同时攻读医学并获得医学博士学位。适值美国圣公会差会（The Protestant Episcopal Missionary Society in the United States, for Foreign and Domestic Missions）决定在中国开辟宣教区，文惠廉于是提出申请并被接受。1836年，文惠廉与阿米莉亚·德·索绪尔（Sarah Amelia De Saussure）结婚，随后被按立为牧师。1837年初，文惠廉与新婚妻子萨拉前往巴达维亚（今雅加达），开始学习中文和闽南语，了解中国文化与风土人情，并尝试向当地华人传教。

在华早期宣教

1840年，文惠廉偕妻移居澳门，与美国传教士伯驾（Peter Parker）和英国传教士雒魏林（William Lockhart）两位医生一起，从事医疗宣教工作。1841年4月至9月，文氏夫妇在布朗博士（Samuel R. Brown）担任校长的马礼逊学校（Morrison Education Society School）任教。

1842年2月24日，文惠廉与首批来华传教士之一雅裨理（David Abeel）来到鼓浪屿，在岛上设立宣教站。同年3月，他们渡海到厦门布道，散发福音书册。随后，文惠廉暂时回到澳门料理家务。6月7日，文惠廉偕妻并两名幼子回到厦门，同行的还有美国长老会传教士麦多马牧师（Thomas L. McBryde）和甘明医生（William H. Cumming）。他们一起同工，在厦门推展福音事工。不幸的是，文夫人到厦门还不到三个月，就因水土不服而去世，被埋葬于鼓浪屿的基督徒墓地，从而成为为闽南宣教事业而献身的第一人，文惠廉强忍丧妻之痛，坚持在厦门工作了半年。1843年春，他带着两个孩子和佣人黄光彩返回美国。黄光彩是鼓浪屿人，随文惠廉去美国后，进入教会学校深造。日后他成为美国圣公会首任华人牧师；其女儿黄素娥成为上海圣玛利亚女中校长、圣约翰大学校长卜舫济的夫人。

开拓上海宣教区

在美期间，文惠廉应邀到各地教会演讲，向美国基督徒传递中国的福音需要，呼吁更多的人关注并投入到中国的福音事工中去。1844年9月，文惠廉与非比·艾略特（Phoebe C. Elliott）结婚。同年10月，美国圣公会主教院在费城圣彼得教堂祝圣文惠廉为中国教区差传主教（Missionary Bishop），从而成为圣公会在华第一任主教。是年底，文惠廉夫妇携同两个儿子，以及9位宣教团队成员重返中国，于1845年4月下旬抵达香港。不久他们一起迁往上海，拓展新的宣教工场。时值上海开埠不久，各国租界范围尚未明确划定，文惠廉就暂时居于上海县城内，在老城厢苦学上海方言，并展开宣教活动。不久他即可以用上海方言布道，影响日广。文惠廉很快注意到苏州河以北多为芦苇荒地，地价低廉，遂在那一带租地造屋，设堂布道。1848年，他与上海道台吴健彰达成协议，把苏州河以北、虹口港近黄浦江边一带辟为美侨居留地（后成为美国租界），因此文惠廉被认为是上海美国租界的创始人。

1853年，圣公会第一座教堂——救主堂落成，成为文惠廉的座堂，特派黄光彩嘉定、苏州、无锡、常熟和青浦等地。文惠廉在上海前后生活了10年，被尊为中华圣公会

教育与文字工作

文惠廉十分重视教育

除了宣教和兴办教育外，文惠廉还积极投入文字宣教事工，代表美国圣公会参与中文圣经《委办译本》（The Delegate Version）的翻译工作。1847年6-7月间，委办译本翻译工作会议在上海麦都思（Walter Henry Medhurst）家中举行，然后译员们就开始了实际的翻译工作。文惠廉和麦都思一起翻译《马太福音》、《腓利比书》和《腓利门书》《马太福音》翻译成上海方言；并先后独力将《约翰福音》、《马可福音》和《使徒保罗达罗马人书》翻译成沪语。

文惠廉先后编译和撰写了10余种中文基督教作品，分别为《进教要理问答》、《马太传福音书》、《圣教幼学》、《教子有方》、《常年早祷》、《圣会祷》等等。其中广受好评的是《圣会祷》。该书于1862年出版，内含前言、基督教主日和节假日应诵读祷文表、早祷文、晚祷文、杂用祷文、谢恩祷、本日祷、圣诗、分派圣餐文、婴孩领洗文、大人领洗文、坚信礼、做亲规矩（婚礼仪文）和丧事文，共16个部分，实际上包含了圣公会用《公祷书》的主要内容。此外，他还翻译了《圣公会史纪》、《信经阐义》、《祷文牖启》、《祷文总志》等书。这些书大部分以上海方言译撰，流传较广，时有再版重印。

最后日子

1863年4月，文惠廉携同体弱多病的妻子前往澳门疗养，6月返回上海。同年11月，他们又一起出访欧洲。1864年1月20日，当他们途经苏伊士运河时，非比因病不幸逝世。文惠廉于6月13日结束英国和德国之行后回到上海，却于7月16日染患恶性痢疾，次日便告不治而逝于救主堂，年仅53岁，死后葬于上海万国公墓内。黄光彩接替他主持救主堂教务，成为该堂第一任中国牧师。随着虹口区的逐渐发展，信徒增多，圣公会不得不于1915年在狄思威路（今溧阳路）、天同路（天水路）口修建了第二代救主堂。1937年淞沪会战爆发后，地处虹口战区的救主堂被夷为平地。战后，救主堂迁往法租界赵主教路（今五原路）。1966年文化大革命开始后，救主堂被关门，停止一切宗教活动。1986年该堂被拆除，改建为华东神学院。

美国圣公会在中国的发展与壮大，文惠廉功不可没。

文惠廉的两个儿子皆继承了父亲在华未竟之事业，服务中国人民。长子文恒理（Henry　William　Boone）是个医疗宣教士，于1880年创办了上海同仁医院（St．Luke's　Hospital）。次子小文惠廉（William　Jones　Boone，Jr．）在1846年生于上海；1869年奉派前往湖北武昌宣教，1884年接任美国圣公会江苏教区主教，是为圣公会第4任主教，直到1891年在上海辞世。

中文

1. 《进教要理问答》 （The Convert' s Catechism），73页；上海；1846年，官话本，共分三卷，第一卷是关于教义的问答；第二卷关于戒律；第三卷则关于主持文、圣礼、洗礼和圣餐，作者自署“崇教者”，1847年重版时，用“真神”代替“上帝”作为“God”一词的译名，不久之后出版了上海方口本。

2. 《马太传福音书》 （Matthew' s Gospel），86页；1850年，上海方言译本， 由文惠廉、帅利牧师（Rev. E. w. syle）和斯波尔丁牧师（Rev. p. spalding）合作翻译，在宁波印刷，后经赵吟松修订之后，1856年在上海重版，80页。

3.《圣教幼学》（Religious Juvenile Instruction），7页； 上海；1855年，上海方言本， 内容包括基督教教义、 十诫、 关于对上帝和对人类所负责任的两个问题以及主持文。

4.《教子有方》（Method of Instructing Children），4页； 上海；1855年，该文动导父母用《圣经》知识培养他们的孩子。

5.《常年早持》（Morning prayers），14页；上海。该篇为圣公会《公持文》的上海方言选译本，在几段介绍性文字之后，有讲道词、放罪文、主祷文、赞美诗、教义、祈求宽恕的祷告、王公贵族的祷告、全人类的祷告、感恩祈祷以及祈愿祝祷。

6.《约翰传福音书》（John' s Gospel），64页； 上海；1861年上海方言本，1861年在上海出版了罗马字的拼写本，共100页。

7.《圣会祷》（Prayers of the Church），上海；1862年，这是美国圣公会所使用的《公持书》 主要部分的译文，各部分独立发行，有些早在1862年之前很久就已经出版了，开篇为序言、 安息日和宗教节日课表以及1863年至1880年宗教节日表，共11页，按着是《早持文》（24 页），这是上文第5号作品的修订版，同时收录了《启应祷告文》，然后是《晩祷文》（17页）、《屋里早晨祷文》（8页）、《杂用祷文》（8页）、《谢恩祷》（4页）、《本日持》（27页）、《圣诗》（14页）、《分派圣餐文》，（35页）、《婴孩领洗文》（13页）、《大人领洗文》（14页）、《坚信礼》（6页）、《做亲规矩》（6页）以及《丧事文》（11页）。

8.《马可传福音书》（Mark' s Gospel），47页；上海； 1862年，上海方言本。

9.《使徒保罗达罗马人书》（Paul' s Epistle to the Romans），22页；上海； 1864年，，上海方言本。

英文

10.An Essay on the proper rendering of the words Elohim and Theos into the Chinese Language（《“Elohim”和“Theos”两词中译问题》），8开本；70页；广州；1848年

11.A Vindication of Comments，on the Translation of Ephesians，I. in the Delegates' Version of the N'ew Testament（《对于委办本 <新约> 中 <以非所书>第一章译文的辩解》），8开本；58页；广州；1852年

12.A Sermon preached in Trinity Church，Shanghai，Sunday，18 of May，1862，1862年5月18日安息日在三一教堂为好不生牧师 （英国教士，本堂牧师）的去世所作的布道；同时收录了1862年6月8日安息日维多利亚教区主教在同一教堂所作布道的摘要。

在《中国丛报》第9卷上有文惠廉的《<书经>中的天文学》，同一刊物上还有他的《关于中国长度测量的研究》一文。