1929年8月10日，能生站～浦本站间三处发生山泥倾泻事故。其中位于滨木浦地区、有列车被山泥冲落而脱轨，停驶10天。

1931年3月21日，一列货物列车于浦本站附近遇上山泥倾泻而脱线，1死4伤。

1938年1月23日，能生站～浦本站间的滨木浦地区再次受山泥倾泻影响。有列车被山泥冲落而脱轨，停驶10天。

1945年3月，名立站～有间川站间一列列车受山泥倾泻影响而脱线，死伤者5名。

1946年12月12日，筒石駅附近发生山泥倾泻，路基移位，停驶4天。

1963年3月16日，能生站～筒石站间有列车被山泥倾泻而脱线。

1965年8月31日，青海～姬川信号场间复线化。9月30日，市振～风波信号场、黑岩信号场～青海间复线化。

1966年3月24日，风波信号场～亲不知间复线化。12月15日，亲不知～黑岩信号场复线化。

1967年1月20日，有间川站～谷滨站间，因应复线化而兴建的长滨隧道发生倒塌事故，5名工人死亡。

1968年9月16日，姬川信号场～糸鱼川间复线化。9月25日，有间川～谷滨间复线化。

1969年6月4日，糸鱼川站～梶屋敷站间复线化。6月19日，梶屋敷站～浦本站间复线化。9月16日，亲不知站附近发生山泥倾泻。有列车被山泥导致脱轨。9月29日，浦本站～有间川站间复线化。列车改利用颈城隧道，能生站、筒石站及名立站往内陆迁移。10月1日，谷滨站～直江津站间复线化，改行经新路段，废除乡津站。糸鱼川站～直江津站间直流电化，全线复线化及电化完成。

1987年4月1日，国铁分割民营化，北陆本线全线改由西日本旅客铁道承继；日本货物铁道为第二种铁道事业者。

2011年1月31日，北陆地方受大规模大雪影响，为进行除雪作业工作，长滨～直江津间列车全日运休。是自民营化以来，首次全线运休。4月2日 ~4月7日，受东日本大地震影响，位于福岛县内的车辆部件工场受灾，由未能确保有足够备件使用，线内部分普通列车班次及编成被缩减。

2013年12月12日，因应北陆新干线开业，JR西日本提出在来线并行区间金泽～直江津间废止要请。

2015年3月14日，北陆新干线开业，市振站～直江津站间改交由越后心动铁道经营，路线名称改称为“日本海翡翠线”。

2019年9月12日，国土交通省北陆信越运输局批准于糸鱼川～梶屋敷间兴建新车站，暂称“押上新站”。

2020年8月9日，公布新站名称为“越后押上翡翠海岸站”，并将于2021年3月时间表改正时启用。

2021年3月13日，新车站“越后押上翡翠海岸站”启用。

备注：

北越急行北北线正式来说以信越本线犀潟站为终点，但除一部分列车以外多数列车直通至直江津站。

越后心跳铁道ET122型

爱之风富山铁道521系

地域输送

由于越后心跳铁道现时营运两条路线：日本海翡翠线和妙高跃马线，两线均以直江津站为总站，所以在班次编排上，亦以两线能在合理时间内换乘为首要考虑；另外糸鱼川站因是北陆新干线的转乘站，班次安排上亦作为次要考虑因素。除了少数班次外，大部分列车皆会于糸鱼川站作运转停留。

所有行走全线的班次，均能直通至爱之风富山铁道线的泊站，再转至富山站或金泽站方向。在JR西日本营运路段的时期，部分车站为特急“白鹰”及“北越”的停车站，但当转手至越后心跳铁道后，所有特急列车也被废除，只余下普通列车及个别快速列车运行，同时原来大部分由直江津站开出的普通列车，可以直达至富山站或金泽站的安排也取消，改在泊站进行转乘。由于沿线大部分路段均为客量低迷的区域，超过一半车站的一天乘降客量只有数十至一百多人，这都是导致班次相对较为疏落。根据2020年的时间表，每天的班次数目如下：

班次数量上与JR西日本的最后营运时期相似。

一般时段内上下行为60~90分钟1班；繁忙时段则为25~40分钟1班，班次上暂时与JR西日本时期相同。不过为了减轻营运成本，在列车编成上则由JR西日本时代的3节，个别为6节，改为只采用1节编成的列车，并实行单人运营以及车内缴付车费制度，只有繁忙时段才增并车厢，以2节编成运行，仍为单人运营。另外全线虽架设了电网，但因同时存在交流电与直流电两种区间，如使用交直流两用列车的话，购车及养护成本昂贵，因此以成本较低的气动车运行。只有与爱之风富山铁道线的直通运行列车才会使用电力列车，不过派车全来自爱之风富山铁道，亦只有这些列车在本线道内有车长，且以糸鱼川站为止。

2017年开线时仅有的快速列车也被取消，而2018年起则首度安排早上一班列车在到达直江津站后，直通至妙高跃马线新井站，至于每日2班来回由糸鱼川站开出，直通爱之风富山铁道线泊站以西的班次则一直维持。

承继JR西日本时期的制度，开线时已设有站员（包括业务委托站）的车站共有6个：泊站、青海站、糸鱼川站、能生站、筒石站和直江津站，然而因节省成本，2019年3月起青海站和筒石站改为无人站。当中筒石站只会在“雪月花”豪华列车到达时，才会安排职员和地区人士在场协助，而青海站和本身早已无人化的名立站，也设置了自动售票机或简易式自动售票机；至于其他的无人站，因未有设置简易自动售票机，故必须在列车上购票、付款及精算。

货运输送

日本货物铁道在青海站设有线外货运站，隶属关西支社，平日并没有货运列车到达，而是采用货柜车将货柜运送至富山货物站，再利用货运列车送至其他地方，每天2班。除此以外，由于原来的北陆本线早于1969年时已是全复线路段，因此成为了货运铁路运输的其中一条主要通道，现时仍有大量的货运列车通过此段铁路，并采用交直流两用的电力机车牵引。

日本海翡翠线市振站~直江津站与JR东日本羽越本线、信越本线、奥羽本线、越后线、白新线；IR石川铁道IR石川铁道线；爱之风富山铁道爱之风富山铁道线；JR西日本北陆本线、湖西线共同构成日本的日本海纵贯线，优等列车与货运列车多在此行驶。