1919年，少年中国学会在北京成立，朱镜宙由发起人王光祈介绍，加入为会员。同年，朱镜宙去新加坡，任《国民日报》总编，因遭英政府嫉视，被迫解职。自此结束新闻生涯，改行金融财税工作。1920年，任中国银行经济调查室南洋经济特派员。次年调任中国银行福建分行副行长。

1923年秋天，朱镜宙因公务到上海，顺便拜访了章太炎，章先生一直很喜欢朱镜宙，邀请朱镜宙陪自己去杭州。途中，朱镜宙与章太炎三女儿结婚。婚后的朱镜宙除任职中国银行外，并兼任厦门大学教授。后章展曾在瓯海中学（今温州四中）任教英语。

1926年朱镜宙任北伐军总司令部军需处副处长。后历任二十六军经理处处长、上海财政局秘书、上海市银行经理；1933年任甘肃省政府委员兼财政厅厅长。1936年任陕西省政府委员兼财政厅厅长。1937年冬奉命入蜀任川康区税务局局长，至1940年以病辞职。在甘肃、川康任内，废除拨款，改屯于民，免除茶烟苛杂，整理税收，颇有政绩。

抗战胜利后，曾回乡休养，过着隐居生活。1949年去台湾。离开温州前夕，将其咏峨堂藏书全部捐赠籀园图书馆，其中有陇右乾隆《五凉六志》、道光《敦煌县志》抄本等十数种方志及《太炎信札》等。朱镜宙至台湾后，初寓台北观音山凌云寺，后移居台中普济寺，潜心研究佛法，称居士。法名宽镜，号佛显，日与经声钟韵相伴，于1985年10月25日辞世，享年96岁。

遗著有《咏莪堂全集》等十多部，其中《五乘佛法与中国文化》《八大人觉经述记》《论地藏经是佛对在家弟子的遗教》《维摩室剩语》四部书被《中华大典》宗教类收录。《英属马来半岛》《民国政制改造论》《梦痕记》三部书被《近代中国史料丛刊》收录。《英属马来半岛》初版发行不仅，受到时任中华民国大总统徐世昌电话召见，并赠款勉其为国继续效力；2012年，该书还被《中国边疆研究资料文库》收录出版。

1919年4月，朱镜宙赴新加坡任职《国民日报》总编。5月4日，巴黎和会上中国外交失败，北京爱国青年学生发起请愿活动，消息传至新加坡，华侨学生群情同愤。

朱镜宙对于华侨学生参与请愿持反对态度。他首先肯定“这是学生的爱国运动，值得赞许与钦佩。”“但有一点，我们却不可忘记，这里是新加坡不是中国。新加坡是英国属地，并不是独立国。新加坡总督是英政府所任命的属员，无权变更英国整个外交政策，是显而易见的。”“我国巴黎和会的失败就因英日事前有了密约所致，所以无法替我们仗义执言。”“新加坡政府，对于侨校向取放任态度，原因很简单，是因我们没有政治企图。一旦发现我们的小学生，也要过问政治，从此华侨教育，巩不能像现在那样自由了。”

朱镜宙同样反对以焚毁方式抵制日本货物。他在社论中，力劝华侨捐弃小我，筹建中华会馆，相互团结于大中华民族之下，强调团结即是力量，引导要冷静处置问题，“即使是日货，我们既已买来，就不是日本人所有了。现在将它焚毁，损失的不是日本人，而是我们的华侨。要用的东西，总归不可缺少。今日凭着感情，破坏掉，风潮一过，又去买回来，那不是抵制日货，而是推销日货！”“根本问题，只有我们自己多办工厂，有了国货代替，除了洋奴，哪个人乐意去买日货。”

朱镜宙爱国爱侨言行引起英政府仇视，8月6日新加坡《国民日报》被迫停刊。据其记载，当时被递解回国的有庄希泉和南洋女校校长余佩皋等多人，由于“没有给他们以递解出境的口实，所以只好用政治手段，使我自动离开报馆。”后来如朱镜宙所料，英政府颁布华侨学校管理条例，不时派督学分赴学校督导。

1919年8月，朱镜宙脱离《国民日报》后，萌生要编写一部南洋志书的想法，“顾国内从无一部有系统之专著”，于是他遍游马来西亚全岛，考察当地种植业、矿产和华侨教育等实业，接触社会各阶层，研究华侨历史和现状，收集了大量的当时经济和社会的资料。

1919年11月，朱镜宙从新加坡回到国内，他首先来到南京，将带回的十余种布样按花色、阔狭、价格、用度等详加说明，赠送给被誉为“中国第一侨校”的国立暨南学校，用于开发推广“洋布”。12月，他寄居温州城区，历经2个多月，撰写了《南洋群岛──英属之部》。全书30余万字，在总论后分海峡殖民地、马来联邦、马来属邦三编，不仅详尽记载了各地区的沿革、形势、气候、人口、政府、教育、财政、物产、贸易、交通、劳工、地方区域等情况，而且还从造船业、种植业、华侨从业人口所占比例等角度，着重叙述华侨对南洋的贡献。同时，还附录了两张一米宽的《英属马来半岛华侨学校一览表》和彩色的《英属马来半岛全图》。

1920年5月，在浙江督军卢永祥的出资帮助下，《南洋群岛》一书由上海商务印书馆出版，并在国内外引起轰动。时任中华民国大总统徐世昌见书后亲自召见朱镜宙，询问南洋华侨情形，并嘱秘书长吴笈孙致赠3000元勉励其为国效力。该书后来更名为《英属马来半岛》，蔡元培题写书名，章太炎和黄郛作序。黄郛说：“朱君对于南洋曾数履其境，循问风俗，所得又富，其论颇多独到之见。”该书在1977年被《近代中国史料丛刊》收录，2012年又被《中国边疆研究资料文库》收录，多次再版。因此，朱镜宙也被誉为“研究近代南洋华侨史第一人”。

1933年，朱镜宙应朱绍良之邀，到甘肃任财政厅长兼禁烟局长。他下车伊始，就针对甘肃大量种植罂粟的情况，制定了三年禁烟计划，成为后来甘肃“两年禁毒、六年禁烟”计划的蓝本。同时加紧废除拨款制度，使各机关始有预算决算，款有定数，不再任意取之于民。可以说，他在甘肃建立了一套新型的财政体系。

首先，就是废除了拨款制度。朱镜宙整理甘肃财政的第一步就是建立制度。在这之前，甘肃虽然名曰拨款，但实际上变成提款。各路军阀直接到当地县政府提款。这一制度的实施，违背了军队由国家供养，军费由国家统一筹集的原则，给驻军提供了便利的生财之道。

同时，地方上为了应付提款委员，又使出各种办法打点提款委员，负担最终转嫁到老百姓的头上，致使其生活维艰，甚而离村逃亡，奔走他乡。1934年10月，蒋介石巡视甘肃后，认为“甘肃民众痛苦，完全因拨款关系”，电令“早日取消，以苏民困”。朱镜宙分三步走的办法，四处奔走，多方协调，最终取消了拨款制度。

其次，改屯为民，实施赋税划一。到1933年，甘肃许多地方，屯田及屯民规模还很大。但曾经行之有效的方法，在贪官污吏的盘剥下，逐渐成为压榨民众的工具。主要是赋税不均。朱镜宙经过调查，逐渐弄清楚了屯田的弊端，于是下决心改变屯民为民户。朱镜宙在财政厅第二科科长党家驹的大力赞襄下，制定了切实可行的奖罚政策，要求在半年内完结此事。到1935年年底，全省改屯为民基本完成，数百年来困累人民的屯粮之负担，至此解除。延续了两千多年的屯田制度，也完成了历史使命。这是甘肃财政改革史上的一件大事。

同时，他还清理一批苛捐杂税。尤其豁免了茶叶税，有力地抵制英商控制的印度茶对西藏的倾销。除此，他还在编造预算，清理积案，裁减财政厅冗员，整理税收、附加税、契税，筹设农民银行，整理田赋，筹办营业税等方面做了初步的规划和改革，为后续的深入变动奠定了基础。

妻子章㠭，是章太炎三女儿。1924年3月13日，朱镜宙与章㠭（“展”的古字）在上海一品香饭店完婚。

朱镜宙墓位于温州乐清市虹桥镇瑶岙村。据村民介绍，该墓地在民国年问选定，墓坐北朝南，占地面积约80平方米，墓室呈多边形，墓门上有国民党元老陈立夫书“朱镜宙先生墓”。2002年朱镜宙先生骨灰归葬故里时，墓区重修。

2015年是朱镜宙诞辰125周年，也是其逝世30周年。1月10日—11日，以浙江省社科院历史研究所为学术指导单位，乐清市委宣传部、统战部联合主办，乐清市社科联、侨联承办的朱镜宙诞辰125周年学术研讨会在朱镜宙故里浙江乐清召开。会后，由乐清市社科联、档案局和侨联共同承担编辑，市社科联主席钱宗主编的《朱镜宙诞辰125周年学术研讨会论文集》由线装书局正式出版。