天启五年（1625年）

毕自严调任南京都察院右都御史，次年改任户部尚书。他为人公正廉直，识大体、顾大局。天启年间，正是魏忠贤专权乱政的时候，东林党人受打击，朝中党派之争一直没有停止。毕自严和袁可立思想很接近，都深为国家前途担忧，在党争之中，共取中立态度，但思想倾向东林党，魏忠贤很是恨他。天启六年，毕自严刚做户部尚书，魏忠贤提出卖掉南太仆寺牧马草场，以助宫内三殿修饰工程。如果草场卖掉，南太仆寺养马将被迫停止，直接影响军马和役马的供应，毕自严坚决不同意。魏忠贤借皇帝之口将毕自严大骂一顿，草场照样卖掉，毕自严愤而称病返里。这时远在北京的兵部左侍郎袁可立被廷推为南京户部尚书接替毕自严，又改兵部尚书参赞机务，也因为其公开反对魏忠贤被迫致仕归里。

崇祯元年（1628年）

魏忠贤集团被清除，毕自严被召拜户部尚书。毕自严平生所长在于理财，他在户部尚书任上殚心竭虑、兴利除弊、多有建树。崇祯前期的财政稍有好转，不能不说是毕自严呕心沥血的结果。

毕自严到任时，明朝国库早被魏忠贤侵吞挥霍一空，国家每年赤字达130余万两白银。财政崩溃，政府只得向人民大肆苛敛。三饷加派使人民困苦到了极点。毕自严从抓节源开流着手，首先提出裁汰冗兵、兴复屯田，地方官吏以经济发展速度来考核。毕的建议得到崇祯皇帝的称赞。其后，他广泛征求朝廷老臣的意见，系统地提出了12条解决财政困难的措施。包括增加盐引，令商人运粟实边，裁汰冗兵冗役，检查军饷虚冒，开发京东水田，清查天下隐田，兴办军屯等项，皆得允行。为了杜绝地方官侵吞赋税银两，他亲自主持编订了赋役清册，颁行天下，严格监督审核，使贪污现象受到控制。原来的官屯地亩因年代久远皆被势家豪族侵占，赋税收不上来，毕自严不畏困难，亲自主持核查清丈了官屯地亩，明令按亩起科，增加了收入。在他的精心谋划下，冗兵冗费减下来了，虚报冒领、贪污侵吞大大减少，国家赋税收入增加了，明代财政出现了复苏的迹象，毕自严因此深得崇祯皇帝倚任。

崇祯二年冬（1629年）

清兵入关，包围了京师。天下勤王兵马40万云集京师四周，粮草军饷供应成了严重的问题。毕自严连续月余目不交睫，衣不解带，昼夜不停地手批口答处理后勤供应事务。在他的精心筹划下，粮饷供应及时，为挫败清军围城立了大功。清兵退走后，毕自严累得头脸肿得像斗一样大，口吐鲜血不止。崇祯帝非常感动，晋升他为太子太保。然而，随着明王朝内忧外患日益加重，明朝财政状况也不可逆转地日益恶化。毕自严虽竭尽全力也难挽狂澜。崇祯四年，兵部尚书梁廷栋请增天下田赋，在旧增520万两之外，再增新饷165万，崇祯帝在毫无办法的情况下予以批准。又把全国百姓往死亡线上推了一步。在这种情况下，毕自严条上10事，提出补救措施，请崇祯注意百姓已到了家家悬釜的境地，请酌减天下赋税，以使小民有升斗之蓄。当然，他的意见崇祯皇帝无法接受。

崇祯六年（1633年）

毕自严因为袒护离任时没有完成税收任务的青浦知县郑友元而被弹劾。崇祯帝很是恼怒，问毕自严怎么回事。毕自严回说郑友元离任时已完成了七成。崇祯皇帝不信，派人查帐，结果发现一两未交，遂将毕自严逮下牢狱。经朝中大臣多方论救，半年后始出狱罢官。崇祯八年，恢复故职，致仕。崇祯十一年（1638年），毕自严殁于淄川。

毕自严一生为官清正干练，颇具经济之才，为明代后期大臣中的佼佼者，当时就有“干才”之誉。他死后留下许多著作，较为重要的有《石隐园藏稿》八卷、《留计疏草》、《督饷奏稿》、《四库总目》等，保留了大量珍贵史料，是研究明代经济史、制度史的必读资料。

毕自严，字景曾，淄川人。万历二十年进士。除松江推官。年少有才干，征授刑部主事。历工部员外郎中，迁淮徐道参议。内艰阕，分守冀宁。改河东副使，引疾去。起洮岷兵备参政。以按察使徙治榆林西路，进右布政使。泰昌时，召为太仆卿。

天启元年四月，辽阳覆。廷议设天津巡抚，专饬海防，改自严右佥都御史以往。置水军，缮战舰，备戎器。及熊廷弼建三方布置策，天津居其一，增设镇海诸营，用戚继光遗法，水军先习陆战，军由是可用。魏忠贤令锦衣千户刘侨逮天津废将，自严以无驾帖疏论之，报闻。四方所募兵日逃亡，用自严言，摄其亲属补伍。兵部主事来斯行有武略，自严请为监军。山东白莲妖贼起，令斯行率五千人往，功多。

初，万历四十六年，辽左用兵，议行登、莱海运。明年二月，特设户部侍郎一人，兼右佥都御史，出督辽饷，语详《李长庚传》。及是，长庚迁，乃命自严代。叙前平贼功，进右都御史兼户部左侍郎。时议省天津巡抚，令督饷侍郎兼领其事，即以委自严。又议讨朝鲜，自严言不可遽讨，当俟请贡输诚，东征效力，徐许其封耳。京师数地震，因言内批宜慎，恩泽宜节，人才宜惜，内操宜罢，语甚切直。自严在事数年，综核撙节，公私赖之。

五年，以右都御史掌南京都察院。明年正月，就改户部尚书。忠贤议鬻南太仆牧马草场，助殿工。自严持不可，遂引疾归。

崇祯元年，召拜户部尚书。自严以度支大绌，请核逋赋，督屯田，严考成，汰冗卒，停蓟、密、昌、永四镇新增盐菜银二十二万，俱报可。二年三月，疏言：“诸边年例，自辽饷外，为银三百二十七万八千有奇。今蓟、密诸镇节省三十三万，尚应二百九十四万八千。统计京边岁入之数，田赋百六十九万二千，盐课百一十万三千，关税十六万一千，杂税十万三千，事例约二十万，凡三百二十六万五千有奇。而逋负相沿，所入不满二百万，即尽充边饷，尚无赢余。乃京支杂项八十四万，辽东提塘三十余万，蓟、辽抚赏十四万，辽东旧饷改新饷二十万，出浮于入，已一百十三万六千。况内供召买，宣、大抚赏，及一切不时之需，又有出常额外者。乞敕下廷臣，各陈所见。”于是廷臣争效计画。自严择其可者，先列上十二事，曰增盐引，议鼓铸，括杂税，核隐田，税寺产，核牙行，停修仓廒，止葺公署，南马协济，崇文铺税，京运拨兑，板木折价。已，复列上十二事，曰增关税，捐公费，鬻生祠，酌市税，汰冗役，核虚冒，加抵赎，班军折银，吏胥纳班，河滨滩荡，京东水田，殿工冠带。帝悉允行。

诏辑《赋役全书》。自严言：“《全书》之作，自行一条鞭始，距今已四十五年。有一事而此多彼少者，其弊为混派；有司听奸吏暗洒瓜分，其弊为花派。当大为申饬。”因条八式以献。帝即命颁之天下。

给事中汪始亨极论盗屯损饷之弊。自严言：“相沿已久，难于核实。请无论军种民种，一照民田起科。”帝是其议。先是，忠贤乱政，边饷多缺，自严给发如期。又疏言：“最耗财者无如客饷。诸镇年例合三百二十七万，而客饷居三之一，宜大裁省。其次则有抚赏、召买、修筑诸费，皆不可不节。”帝褒纳之。其冬，京师被兵，帝忧劳国事，旨中夜数发。自严奏答无滞，不敢安寝，头目臃肿，事幸无乏。明年夏，以六罪自劾，乞罢，优旨慰留。先以考满加太子少保，叙遵、永克复功，再进太子太保。

兵部尚书梁廷栋请增天下田赋，自严不能止。于是旧增五百二十万之外，更增百六十五万有奇，天下益耗矣。已，陈时务十事，意主利民，帝悉采纳。又以兵饷日增，屡请清核，而兵部及督抚率为寝阁。复乞汰内地无用之兵，帝即令严饬，然不能尽行也。

御史余应桂劾自严殿试读卷，首荐陈于泰，乃辅臣周延儒姻娅。自严引疾乞休，疏四上，不允。时有诏，县令将行取者，户部先核其钱谷。华亭知县郑友元已入为御史，先任青浦，逋金花银二千九百。帝以诘户部，自严言友元已输十之七贮太仓。帝令主库者核实，无有，帝怒责自严。自严饰词辨，帝益怒，遂下自严狱，遣使逮友元。御史李若谠疏救，不纳。逾月，给事中吴甘来复抗疏论救，帝乃释之。八年五月，叙四川平贼功，复官，致仕。又三年卒，赐恤如制。