在朱由检是信王的期间，明朝内外局势风云诡谲。朱由校的亲信宦官魏忠贤联合朝中齐、楚、浙等朋党击垮东林党，掌控朝政。外部面临后金崛起的威胁，虽然后金在宁远被袁崇焕阻挡西进步伐，但边防仍然吃紧。西南则爆发了奢安之乱，可谓四郊多垒。朱由检作为藩王，不能参与政事，但也不得不小心自保。在魏忠贤的阻挠下，他与朱由校见面的机会极少，即使见了面也几乎说不上话。他还差点卷入魏忠贤的阴谋。据说当时魏忠贤曾派一名刺客暗杀张皇后，被朱由校发现后移送厂卫审办，主管东厂的魏忠贤打算利用这名刺客来诬陷张皇后之父张国纪“谋立信王”，从而废皇后、兴大狱，但他的同党王体乾却认为朱由校对张皇后和朱由检感情很深，此举不会成功，因而魏忠贤杀了这名刺客以灭口，并未波及朱由检。朱由检对宦官弄权的弊端都看在眼里，他读史读到十常侍、董卓、曹操等擅权时，都会“抚卷切齿”。他尤其痛恨魏忠贤专权，感慨“皇兄过忠厚，为（魏忠贤）所欺耳”。但是，他从不表露对魏忠贤的厌恶，魏忠贤见了他也面有惧色，并常派自己的党羽给朱由检送一些非时花果，朱由检表面上以厚赏回报，但不仅不喜欢这些花果，还趁机暗中记住了魏忠贤的党羽。对于边境局势，他也多有关心。天启七年（1627年）正月，朱由校赐给他景王府所属的宝坻等县及塌河地租银六千三百两，他立即上疏，以“边境多虞，军需告匮”为由请求将这些地租银两还给国库，以补边防之需。朱由校被朱由检能为国分忧的至诚之心所感动，收回成命，以遂其愿。但随即将汝王、福王所留地租赐予朱由检，以便充作养赡之用，并展现他的“亲亲至意”，朱由检再次辞去。

朱由检出宫居住后，每年获得米三千石、钞一万贯，等待就藩之国（前往封地）。但到了天启七年（1627年）八月，朱由校病入膏肓，没有留下任何子嗣。八月十一日，朱由校召皇五弟信王朱由检入宫。朱由校躺在病榻上，对朱由检说：“吾弟当为尧舜。”朱由检恐惧万分，说：“陛下为此言，臣应万死！”朱由校接着嘱托他善待张皇后与信用魏忠贤，朱由检更加恐惧，请求出宫。朱由校表示自己在召见朱由检以后“朕心甚悦，体觉稍安”。

天启七年（1627年）八月二十二日申时，朱由校驾崩于乾清宫。魏忠贤哭得眼睛都肿了，并与党羽商量对策。据说魏忠贤打算自立，被兵部尚书崔呈秀劝阻，另有人提议令宫妃假称怀有身孕，而将魏良卿之子领入宫中，接替皇位，由魏忠贤辅佐，就像“新莽之于孺子婴”那样。魏忠贤以为言之有理，便派人婉言暗示张皇后，被张皇后拒绝。魏忠贤得知张皇后的严正态度，也无可奈何，不再强迫她，只好派亲信宦官涂文辅、王朝辅接朱由检入宫。同时，由内阁起草遗诏，内称“皇五弟信王聪明夙著，仁孝性成，爰奉《祖训》兄终弟及之文，丕绍伦序，即皇帝位”。在张皇后的告诫下，朱由检自带麦饭入宫，不吃宫中食物，对宫中的一切保持高度警惕。到了夜晚，朱由检秉烛独坐，偶然看见一名小宦官持剑而过，立即叫到跟前，索要其剑，详加审视，许诺将给他赏赐，并将剑留在自己桌上。当听到宫中巡夜者击打木梆的声音，他起身前往慰劳，并回头问左右侍从如何赐酒食，侍从回答说由光禄寺负责，于是，朱由检下令旨让光禄寺准备酒食，赐给宫中值班巡夜之人，一时欢声如潮。对于魏忠贤，朱由检也“屡赐温词，曲加慰劳”，以安其心。经过文武百官三次劝进，朱由检于八月二十四日穿上衮冕，祭告天地，即皇帝位于皇极殿（一说中极殿），改元崇祯，在登基大典时突发天雷之声（一说不是天鸣而是御马齐鸣）。

朱由检即位后，“总揽权纲，天下想望太平”，而他完成的第一件大事就是铲除魏忠贤及依附他的“阉党”集团。朱由检即位之初，仍像朱由校那样对待魏忠贤及其党羽，该赏赐的照样赏赐，该封官的照样封官。魏忠贤反而感到不安，便对出身信王府宦官的司礼监秉笔太监徐应元毕恭毕敬，馈赠珍奇异宝，结为兄弟，并在九月初一日上书乞求辞去东厂提督之职，借以试探虚实。结果，朱由检不仅没有批准，而且还好言相劝，慰留一番。过了两天，朱由检准许魏忠贤的对食奉圣夫人客氏出宫到私人宅第居住。魏忠贤上书乞请免去户部丧礼香蜡三万金，朱由检立即表示同意。初四日，司礼监掌印太监王体乾请求辞职，朱由检不允。九月二十五日，魏忠贤上书乞请停止为其建立生祠，朱由检批准以前生祠保留如故，不再新修，又夸魏忠贤“有功不居，更见劳谦之美”。十月，朱由检又以“赞襄典礼”（协助完成登基大典）和东江战功（毛文龙在丁卯之役中的战功）为名给魏忠贤、王体乾等荫官（给予其家属锦衣卫官职）。通过对魏忠贤、王体乾及其党羽的恩荫赏赐，在一定程度上打消了他们的疑虑，也麻痹了他们。

铲除魏忠贤的行动始于“阉党”内讧。九月十六日，“阉党”成员南京通政使杨所修参劾崔呈秀等，朱由检反而“责其轻诋”；十月十四、十九日，另一“阉党”成员云南道御史杨维垣两度参劾崔呈秀各种罪状。崔呈秀内心不安，请求回家守制，朱由检在十月二十一日批准其请。崔呈秀倒台之后，魏忠贤成为下一个被弹劾的对象。自十月二十三日以来，陆澄源、钱元悫、钱嘉征等陆续弹劾弹劾魏忠贤罪状，尤以贡生钱嘉征言辞最激烈，列举了“并帝”“蔑后”“弄兵”“无二祖列宗”“克削藩封”“无圣”“滥爵”“掩边功”“朘民”“通同关节”十条“滔天之罪”。魏忠贤得知此疏，在朱由检面前痛哭流涕，连呼冤枉。朱由检不为所动，命内侍当廷诵读钱嘉征奏疏，让魏忠贤亲耳聆听，魏忠贤“震恐丧魄”。之后，魏忠贤以身体不适为由，请求辞职。徐应元本起于信王府，与魏忠贤相互勾结，但见魏忠贤将要失势，也请求养病，朱由检顺势批准魏忠贤、徐应元回家养病。十一月初一日，朱由检在一切准备妥当之后，正式下旨将魏忠贤之罪昭告于世，贬魏忠贤至凤阳祖陵管理香火，客氏送至浣衣局收管。魏忠贤出京时，带着大量随从，威风不减。十一月初四日，朱由检以魏忠贤“将素畜亡命之徒，身带凶刃，不胜其数，环拥随护，势若叛然”为由，下令将其逮捕至京。行至阜城的魏忠贤从“阉党”成员李朝钦那里提前得知这个旨意，两人痛饮一番后双双自缢。客氏被杖杀，崔呈秀亦自缢。其后，朱由检召回各地镇守太监，平反天启末年迫害东林党的冤狱，毁《三朝要典》，定“钦定逆案”，将魏忠贤等255人定为“逆党”，魏忠贤和客氏被凌迟戮尸，其党羽或处死，或削籍，或充军，从而实现了拨乱反正。时人评论此举“不动声色，潜移默夺，非天纵英武，何以有此”。

朱由检剪除魏忠贤后，兢兢业业，励精图治，力图挽回明朝的衰落，实现中兴之伟业。崇祯元年（1628年）正月十二日，他训诫群臣，称在阉党垮台、“职掌还之各司”之后，群臣务必“致忠竭节”，洗刷积弊，以“为国节财，为民择吏”为要，同时“一切奏议有关国计者，遵我祖宗成法，不得妄议纷更”。他自己也以身作则，勤于政事。他始终坚持经筵与日讲，不仅学习儒家经典，也作为听取讲官意见、与朝臣讨论时事的一个重要渠道，即使“边报纷纭”，经筵、日讲依然如故，甚至更加“精勤”。朱由检每天“鸡鸣而起，夜分不寐”，宫中从无宴乐之事。他不仅坚持常朝，而且除了盛暑严寒之外，都会去文华殿召见重臣，讨论政事。他从未懈怠于批阅奏章，往往“批阅至丙夜不休”，甚至还在半夜下达圣旨。朱由检不仅在明朝皇帝中以勤勉著称，甚至被臣下誉为“汉、唐以来良所稀见”。

在朝堂之内，崇祯初年的几位依附魏忠贤的阁臣黄立极、施凤来等相继被弹劾而去职，朱由检以“枚卜”（抽签）的方式挑选新阁臣。他在天启七年（1627年）十二月二十三日召集大臣和科道官到乾清宫，先拜天祈祷上苍保佑，再将推荐的阁臣姓名一一写出，装入金瓯之中．然后用筷子挟出。先挟出钱龙锡、李标、来宗道、杨景辰四人。群臣纷纷说时局艰难，请扩大阁臣数额，于是朱由检挟出周道登、刘鸿训二人。此六人就一并被任命为礼部尚书兼东阁大学士，入阁参预机务，以李标为内阁首辅。因来宗道、杨景辰曾名列《三朝要典》副总裁，故在半年后毁《三朝要典》之际去职。崇祯元年（1628年）十一月，刘鸿训因处置兵变令朱由检不满意而去职，老臣韩爌入为首辅。李标、钱龙锡等仍在内阁。韩爌、李标、钱龙锡均属“东林党”派系的人物，他们积极协助朱由检定“钦定逆案”，恢复天启朝被迫害的东林党人的名誉。因此他们主持的内阁号称“东林内阁”，从而形成了“东林大盛”的局面。另一方面，朱由检亦留下礼部尚书温体仁、礼部右侍郎周延儒、吏部尚书王永光、兵部侍郎申用懋等非东林党的官员，以制衡东林党的势力，这四人被东林党称为“四凶”。

在朝堂之外，崇祯初年最大的难题是收复被后金占据的辽东。朱由检将这一重任交给了曾在天启末年相继取得宁远大捷和宁锦大捷的原任辽东巡抚袁崇焕。袁崇焕此前因私下议和与不救锦州而被弹劾，不得已辞职返乡。天启七年（1627年）十一月十九日，朱由检就起用袁崇焕为都察院左都御史、管兵部添设右侍郎事。崇祯元年（1628年）四月初三日，朱由检以袁崇焕取代王之臣，任兵部尚书兼右副都御史、督师蓟、辽、登、莱、天津等处军务。七月十四日，朱由检在平台（今保和殿居中向后的云台门一带）当着群臣的面召见袁崇焕，袁崇焕提出了“五年平辽”的目标，并请求朱由检授予他便宜行事之权，朱由检大喜过望，表示：“五年灭奴，便是方略。朕不吝封侯之赏，卿其努力以解天下倒悬之苦，卿子孙亦受其福。”钱龙锡等四名阁臣亦称赞袁崇焕是“奇男子”。随后，袁崇焕又请求吏部和兵部的用人、户部的转饷、工部的制造都要配合自己，也不可听信谗言，朱由检亦一一应允，指示各部尚书配合袁崇焕，允诺不听信任何谗言，又赐给袁崇焕尚方宝剑，随后袁崇焕前往关外前线。

袁崇焕到任后，整顿防务，委任祖大寿守锦州、何可纲守宁远、赵率教守山海关，对外联络明朝藩属哈剌慎朵颜三十六家（原朵颜卫），开市给赏，加以安抚。崇祯二年（1629年）六月初五日，袁崇焕以先斩后奏的方式杀东江总兵毛文龙于双岛，接着上疏请罪。朱由检起初得知毛文龙被杀，感到十分震惊，转而觉得毛文龙已死，不能复生，而对袁崇焕的“五年平辽”仍抱希望，所以非但不加责备，反而“优旨褒答”。同年十月下旬，后金大汗皇太极在西征蒙古途中决定掉头攻打明朝，兵分三路突破大安口等处长城关隘，山海关总兵赵率教战死于遵化，袁崇焕率关宁军从宁远回防蓟州镇，亦堵截失败，后金军于十一月二十日兵临北京城下，是为己巳之变。袁崇焕率军救援北京，在广渠门外与后金军激战，迫使后金军退却。十一月二十三日，朱由检在平台召见袁崇焕、满桂、黑云龙等将领及兵部尚书申用懋等。袁崇焕穿着青衣玄帽入宫，强调形势严峻，朱由检“慰谕久之”，袁崇焕又请率兵入城，朱由检不许，赐给他貂裘和银盔甲后结束这次召见。大约与此同时，温体仁已上密疏弹劾袁崇焕通敌，据说皇太极也使用了反间计，让被俘的明朝太监听到汉人将领鲍承先、高鸿中等谈论袁崇焕里通后金之事，然后放回北京（关于朱由检是否中计，参见“人物争议-中反间计”目录）。十二月初一日，朱由检再次召见袁崇焕及满桂、祖大寿等时，就斥责袁崇焕：“尔擅杀大帅，以至今日。今又不能捍患御侮，则平日恢复之言何在？”命锦衣卫将他逮捕入狱。同时，朱由检派孙承宗安抚东奔的关宁军，并以梁廷栋、满桂分别为文武经略，替代袁崇焕。十二月十七日，朱由检命满桂出击永定门外的皇太极大军，反遭重创，满桂阵亡。皇太极亦意识到拿不下北京，便在留下表达议和之意的书信后及时撤军，崇祯三年（1630年）二月十六日从董家口出塞。己巳之变是继庚戌之变后明朝京畿所受到的又一次重大威胁，朱由检追究有关官员的责任，兵部尚书王洽死于狱中，蓟辽总督刘策、山西巡抚耿如杞、总兵张士显等文武大员被杀。八月十六日，朱由检数落袁崇焕“付托不效、专恃欺隐”以及给哈剌慎卖粮从而间接支援后金、图谋议和、纵敌不战、遣散援兵等罪状，将他凌迟处死。袁崇焕获罪后，先前支持过他的钱龙锡、韩爌遭到史𡎊、高捷等亲温体仁的言官弹劾，相继去职，李标、成基命虽继任首辅，亦不能久安于位，先后辞任。东林党的势力一落千丈，周延儒、温体仁入阁主政。

崇祯年间，小冰河期进入比较严重的阶段，引发灾荒频繁、粮食歉收，西北和中原受灾尤甚。而田赋加派依然不减，造成社会矛盾的激化。崇祯元年（1628年），遭受大旱的陕西澄城爆发王二起义，他们杀死知县、啸聚山林，拉开明末农民战争的序幕。陕西各地走投无路的农民与边镇逃兵、被裁撤的驿卒等合流，纷纷揭竿而起。这些起义者各自为战、流动性强，所以被统治阶级称为“流寇”。崇祯二年（1629年）四月，朱由检任命杨鹤为陕西三边总督，接替已故的武之望，负责处理陕西民变。朱由检对于民变采取以抚为主、以剿为辅的方针，指出：“秦贼蔓延，虽因无岁，总由贪官债帅不恤军民，恣行剥削，以致转徙为盗。自今边方文武，俱宜遴才选补，不得听人规避，徒取备员。其官兵分合事宜，兵部密行督抚，相机剿灭。”“流贼与夷虏不同，这都是我内地赤子，还须用招抚解散为是，不必纯用杀掠。”杨鹤贯彻朱由检的这种方针，陆续招安了一批起义者，其中最大的成果是崇祯四年（1631年）招安神一魁。但由于根本的社会矛盾没有解决，所以许多起义者在接受招安后因得不到有效安置而重新起义，神一魁就不到一个月即“复叛”。朱由检闻讯震怒，于九月二十三日下令逮捕杨鹤，将他遣戍袁州，代之以主剿的延绥巡抚洪承畴出任陕西三边总督，要求陕西督抚“鼓励道将，速图剿定”。在洪承畴等的大力镇压下，陕西的各路起义军在崇祯五年（1632年）冬转战山西。朱由检以曹文诏节制秦、晋诸将。一年后，各路起义军又成功实现“渑池渡”，转进河南，攻城略地。朱由检于崇祯七年（1634年）正月任命延绥巡抚陈奇瑜为五省总督（总督陕西、山西、河南、湖广、四川诸省军务），全权负责镇压起义，又起用大名道卢象升为郧阳抚治，把守起义军最有可能进入的川、陕、豫、楚四省交界地带。在卢象升等的镇压下，高迎祥、李自成等部起义军退回陕西，于崇祯七年（1634年）六月被困于兴安南面的车厢峡，陷入绝境，然而陈奇瑜接受贿赂，主张招安，反而让起义军成功逃脱，朱由检转而命洪承畴兼任五省总督。不久，明朝皇室发祥地凤阳在崇祯八年（1635年）正月被扫地王、太平王等部起义军攻陷，明朝祖陵被烧。朱由检闻讯后，暂停经筵，穿着素服到太庙祭告祖宗之灵，命百官修省，并处死凤阳巡抚杨一鹏。面对起义军日益壮大、流动作战的局面，朱由检于同年八月新设五省总理的差使，由已升任湖广巡抚的卢象升兼任，与五省总督洪承畴互相配合，洪承畴负责西北，卢象升负责东南，次年又起用孙传庭为陕西巡抚，在三人通力合作之下，明军在崇祯九年（1636年）七月擒获起义军中势力最强的闯王高迎祥，使“剿局”有所改观。

明朝与后金的战事也在持续。皇太极在己巳之变撤退时，曾占领关内的遵化、永平、迁安、滦州四城，此四城于崇祯三年（1630年）五月被督师孙承宗收复，是为遵永大捷。皇太极遂转换灭明方略，不再直接攻打北京，而是一面拔掉明军在辽西的据点，一面屡次派兵入塞掠夺。崇祯四年（1631年）十一月，明军在辽西的最前沿——大凌河城陷落，孙承宗引咎去职。更严重的事态是吴桥兵变，山东登、莱地区士兵孔有德、耿仲明等在支援大凌河城途中哗变，回到登州、莱州，挟持登莱巡抚孙元化抗拒朝廷。兵变到崇祯六年（1633年）二月才平息，但孔有德、耿仲明等成功突围，投奔皇太极，不仅引后金兵攻陷旅顺，更将红夷大炮的技术传到后金，后金由此开发出汉人炮兵与满蒙步骑兵协同作战的战术，使明军更加吃力。崇祯七年（1634年）和崇祯八年（1635年），后金军在西征蒙古察哈尔部的过程中两次入塞掠夺，横行宣府、大同及山西腹地。崇祯九年（1636年）四月，皇太极称帝，国号大清，年号崇德，正式建立了一个与明朝分庭抗礼的政权。随即他又派兵入塞大掠京畿，史称丙子之变。清军如入无人之境，在九月掠夺了十八万人畜后出塞，途中还留下“各官免送”的羞辱性木牌。兵部尚书张凤翼下狱后自杀，朱由检于十月十三日起用正在守制的杨鹤之子杨嗣昌为兵部尚书，崇祯十一年（1638年）六月拜为礼部尚书兼东阁大学士，仍管兵部事，将解决内忧外患、中兴大明王朝的希望寄托在他身上。

杨嗣昌提出的对付起义军的战略是“四正六隅十面网”，由五省总督和五省总理负责剿杀。五省总督仍然是洪承畴，而之前的五省总理卢象升自丙子之变后就调任北方，接替他的王家祯是无能之辈，杨嗣昌推荐平息海盗有功的两广总督熊文灿出任五省总理。到了崇祯十一年（1638年），这种战略收到一定成效，西北面的起义军在洪承畴和孙传庭的镇压下被消灭殆尽，李自成在同年十月率18骑逃入商洛山中；东南面的起义军中势力最大的张献忠部于四月接受熊文灿招安，仍据守谷城；十一月，另一支东南面的起义军罗汝才部也在均州投降，其他东南面的起义军或降或逃，农民战争陷入低谷。杨嗣昌所提出的对清方针则是议和优先，以便腾出手来解决农民起义，此事由辽东巡抚方一藻和监军太监高起潜秘密进行，但因事机泄露，引发群臣反对，议和之事便被拖延，皇太极亦于崇祯十一年（1638年）九月第五次发兵入塞，京畿告急，是为戊寅之变。朱由检急调洪承畴、孙传庭入援，然而依然拿清军无可奈何。清军长驱直入山东腹地，攻陷58座城池、俘虏四十六万人畜（包括德王朱由枢），到崇祯十二年（1639年）三月才从容出塞。清军此次入塞对明朝的战略格局有重大影响，卢象升战死、孙传庭下狱，洪承畴调任蓟辽总督，率领陕西精锐之师在松山、锦州一线防范清军，这给濒临绝境的李自成以喘息的可乘之机。张献忠也利用熊文灿的昏庸，于五月再举反旗。九月，朱由检派杨嗣昌督师围剿张献忠，起初指挥左良玉在川东玛瑙山打了胜仗，但其后连战连败。李自成听说张献忠起兵谷城后，赶往会合，不久分手，从湖广转进四川，再由四川转进河南，于崇祯十四年（1641年）正月攻陷洛阳，杀死皇叔福王朱常洵；二月，张献忠破襄阳，杀襄王朱翊铭。杨嗣昌听说洛阳、襄阳陷落、二王被杀的消息，于三月忧惧而死（一说自杀）。朱由检对杨嗣昌之死感到惋惜，并未追究其责任，反而杀了被认为配合杨嗣昌不力的原任陕西三边总督郑崇俭。接着，朱由检以陕西三边总督丁启睿为督师，继续围剿李自成、张献忠。

崇祯十四年（1641年）以前，内外局势虽然对明朝愈发不利，但尚未失控。崇祯十四年（1641年）以后，内外局势急转直下，明朝加速滑向崩溃的边缘。河南地区自崇祯以来“竟无乐岁，旱蝗相继，灾异频仍”，崇祯十二年（1639年）以后趋向严重，崇祯十四年（1641年）更是发生“大饥疫”，到六月“死者无算”。在这种情况下，大量饥民加入李自成的队伍，使其不断壮大，开始被称为“闯王”，牛金星、宋献策等知识分子也投奔李自成。崇祯十四年（1641年）二月，李自成攻打河南省城开封，丁启睿借口在打张献忠而不救开封，朱由检便起用平定奢安之乱有功的傅宗龙（时在监狱）为陕西三边总督，率川陕兵两万驰援开封，李自成放弃攻打开封，转而袭击傅宗龙，于九月擒杀傅宗龙于项城。十二月，李自成与罗汝才再攻开封，朱由检提拔陕西巡抚汪乔年为陕西三边总督，驰援开封，崇祯十五年（1642年）二月，李自成又擒杀汪乔年于襄城。朱由检被迫放出关在狱中的孙传庭，拜为陕西三边总督。夏，李自成第三次围攻开封，并在朱仙镇之战中歼灭督师丁启睿、保定总督杨文岳等所率援军，朱由检催孙传庭出师救援。九月，黄河堤溃，开封城毁，李自成不再进攻开封。十月，孙传庭出潼关，兵败郏县，退回关内，李自成于闰十一月攻陷汝宁，杀杨文岳，控制河南大部，继而转战湖广。一度被丁启睿等压制的张献忠也再次活跃于南直隶，五月攻陷庐州，七月破黄得功、刘良佐部于六安，崇祯十六年（1643年）初转进湖广。

对清的战局也在恶化。皇太极为了入关，连年侵扰松山、锦州等辽西堡垒。崇祯十三年（1640年）七月，洪承畴率五万人从宁远驰援祖大寿驻守的锦州，与清军激战后败退。崇祯十四年（1641年），洪承畴又屡次出关救援，打退了清军的进攻，但锦州仍然在清军的包围之中。兵部尚书陈新甲建议洪承畴率大军前往松山、锦州一带决战，歼灭包围锦州的清军，但洪承畴主张持重，反对急速进兵。朱由检本来倾向洪承畴的建议，但陈新甲坚持己见，再加上从宁远回来的兵部职方司郎中张若麒也报告清军粮饷不继，每天骑兵只吃两餐，步兵只吃一餐，陈新甲便加紧怂恿朱由检催促洪承畴出兵，朱由检同意。七月二十六日，洪承畴在宁远誓师，接着率六万大军进驻松山，加上后续赶来的明军，共计八总兵、十三万兵力。八月，皇太极亲率三千精骑赶到松山，并派兵在松山至杏山之间列营，截断明军的联系。洪承畴派王朴、吴三桂、李辅明等六名总兵率军突围，被清军歼灭大半，于是洪承畴与总兵曹变蛟、王廷臣和辽东巡抚丘民仰被围困在松山城中。崇祯十五年（1642年）二月，在松山副将夏成德的内应下，清军攻陷松山，丘民仰、曹变蛟、王廷臣殉节，洪承畴被俘（后降清）。三月，坚守锦州的祖大寿降清，此外杏山、塔山二城亦被清军攻陷。战后，朱由检授意陈新甲与清朝议和，不料和议泄露，再次引发群臣反对，陈新甲不但不认错，还自认为有功，朱由检就在七月将陈新甲下狱，九月杀了他。皇太极见和议破裂，于十一月第六次发兵入塞，是为壬午之变。此次入塞的经过与之前几次如出一辙，清军在饱掠数月、攻陷八十八城之后，带着三十六万九千名俘虏和三十二万余头牲畜等战利品扬长而去，事后朱由检又杀了两位蓟辽总督范志完、赵光抃来顶罪。

随着内外两线战事的大溃败，明朝覆亡之象显现，朝野人心亦日渐离散。崇祯十六年（1643年）正月初一日，朱由检照例到皇极殿接受朝贺，而文班只有内阁首辅周延儒一人，武班只有一名勋臣。朱由检命开门，进来的朝臣太少，过了许久才陆续有朝臣匆匆赶来，凑够了百官中一半多一点的人数，这才勉强举行朝贺礼。当时的北京城已经流传“鞑子、流贼到门，我即开城请进”之语，清军第六次入塞期间，朱由检取出内帑数万，发给守城将士，每人只领二十钱，守城士兵们弹着钱说：“皇帝要性命，令我辈守城。此钱止可买五六烧饼而已！”在这种情况下，朱由检迫切渴望尽快扭转局势，下令以一万两黄金以及侯爵来悬赏李自成的首级，以五千两黄金、一品大员的官位和锦衣卫指挥使的世职来悬赏张献忠的首级。当时，明朝可倚仗的兵力只有陕西孙传庭和湖广左良玉麾下的兵力，左良玉虽拥兵二十万，但不仅不能剿灭张献忠，还四处劫掠，并在崇祯十六年（1643年）二月威胁南京，索要军饷，朱由检只能加以安抚，却对他无可奈何。张献忠趁机于五月攻陷武昌，沉楚王朱华奎于长江，建立大西政权。李自成也在襄阳自称新顺王，初步建立政权，并且提出“三年免征、一人不杀”的口号，出现了“闯王来时不纳粮”的民谣。朱由检便将力挽狂澜的希望寄托在明朝最后的劲旅——孙传庭统率的秦兵，任命他为督师，出潼关消灭李自成。九月，孙传庭进军河南，起初连传捷报，而皇太极的死讯也在此时传入北京，明廷洋溢着国势转危为安、“中兴”指日可待的幻觉。然而孙传庭先是兵败于汝州，接着战死于潼关。十月，李自成长驱入关占领西安，进而迅速控制了陕西全境。朱由检先后派余应桂、李化熙代替孙传庭，但都无兵无饷、一筹莫展。尽管如此，内阁首辅陈演、吏部尚书李遇知等仍安慰朱由检说“贼入关中，必恋子女玉帛，犹虎入陷阱”“欲据此为家”，完全误判了形势。

崇祯十七年（1644年）正月初一日，朱由检到皇极殿接受朝贺之际，发现只有锦衣卫指挥使骆养性在场。朱由检便下令鸣钟开门，很久都没人来，朱由检准备先祭拜太庙再接受朝贺，又发现马匹没准备好，便依然等着受朝贺，随后文武百官陆续赶来，站朝班时互相乱入，十分狼狈。同日，北京发生沙尘暴。而雄踞西安的李自成也在这一天建国号大顺，年号永昌，随后挥师东征山西，直捣北京。在岌岌可危的局面下，迁都南京之议浮上水面。据说在上年清军第六次入塞时，朱由检就与周延儒商量过南迁，但被皇嫂懿安太后（张皇后）阻止。崇祯十七年（1644年）正月初三日，左中允李明睿在德政殿接受朱由检召见时，力劝南迁，朱由检亦表赞成。他希望由重臣来牵头，不过阁臣中无一提议。正月初九日，兵部收到李自成下的战书，约定三月初十日决战于北京城下。朱由检召见阁臣，流泪说道：“朕非亡国之君，事事乃亡国之象。祖宗栉风沐雨之天下，一朝失之，何面目见于地下？朕愿督师，以决一战，即身死沙场，亦所不顾，但死不瞑目。”内阁首辅陈演、次辅魏藻德等纷纷请求代帝出征，朱由检都不同意，最后同意由山西籍的阁臣李建泰督师。朱由检于正月十五日行告庙礼，正月二十六日在正阳门举行隆重的推毂仪式，亲自为李建泰饯行。李建泰未至山西，山西省城太原就在二月初八日陷落，李自成颁布讨明檄文，内称“君非甚暗，孤立而炀蔽恒多；臣尽行私，比党而公忠绝少”，要求朱由检君臣马上投降，可保荣华富贵。二月二十一日，李自成在宁武遭遇周遇吉的顽强抵抗，最终还是将其击败，从此入京之路畅通无阻。在此期间，朱由检想调辽东总兵吴三桂率关宁劲旅来京勤王，但因不愿放弃宁远以及饷银不足等问题而作罢。明廷内部围绕南迁的争议也公开化，李明睿上疏疾呼南迁，遭到兵科给事中光时亨的强烈反对，斥为“邪说”，内阁首辅陈演亦不赞成，左都御史李邦华则提议太子和诸王先南迁。朱由检见南迁争议很大，便于二月二十八日表态拒绝南迁，声明：“国君死社稷，义之正也。朕志决矣！”三月初三日，出征在外的李建泰也上疏请求南迁，并愿奉太子先行，朱由检召见群臣议论，依然分歧很大，光时亨甚至说太子先行是模仿唐肃宗即位灵武的故事，但在谈到战守之策时，诸臣集体沉默。朱由检先是重申“国君死社稷”，再看到诸臣集体沉默后，拂袖而起，斥责：“朕非亡国之君，诸臣尽为亡国之臣！”

三月初四日，朱由检封辽东总兵吴三桂为平西伯、平贼将军左良玉为宁南伯、蓟镇总兵唐通为定西伯、凤庐总兵黄得功为靖南伯，其余总兵也都有升迁。与此同时，朱由检决定放弃宁远，征辽东总兵吴三桂、蓟辽总督王永吉率兵入卫，又征调唐通、刘泽清率兵入卫，结果刘泽清不奉诏，在劫掠临清后南奔；吴三桂手下虽有五千精兵，但因为要内徙关外军民，拖慢了速度；只有唐通的两千（一说八千）勤王军及时赶到，被派去守居庸关。三月十五日，居庸关破，唐通投降。三月十六日，李自成的先锋抵达京郊，陷昌平，焚皇陵。这一天，朱由检一边从容喝茶，一边在中左门以“安人心、剿寇、生财足用”为题考选滋阳知县黄国琦等33名地方官。亥时，他接到这个消息，脸色骤变，起身入宫。三月十七日，朱由检上朝询问守城之策，君臣对泣，束手无策，甚至有人提出起用“逆案”中人（即阉党），朱由检挥泪用手指在桌案上写下一行字（一说“文武官个个可杀，百姓不可杀”，一说“文臣个个可杀”），让东厂太监王之心看过后就抹去。当天，李自成的军队开始攻城，守城的三大营多为老弱病残，毫无战斗力，一触即溃。朱由检情绪失控，他“仰天长号，绕殿环走，拊胸顿足，叹息通宵”，大呼：“内外文武诸臣误我！误我！”三月十八日早晨，他最后一次召见阁臣，说：“不如大家在奉先殿完事（自杀）”。同日，李自成派已经投降的太监杜勋、申芝秀到北京城内，与朱由检交涉，开出的条件一说是“割地讲和”，让李自成在西北割据称王，犒饷银百万两，可协助平定其他起义军及辽东清军，但不朝觐；另一说是要朱由检“逊位”。总之，朱由检没有答应。当天上午风雨交加，午时雨停，李自成下令继续攻城。未时，一群回回人（一说太监曹化淳）打开了广宁门（彰义门，今广安门），外城陷落。朱由检得知外城陷落的消息后，欲召总督京营的襄城伯李国祯率三大营护驾，太监报告这些兵已经溃散，劝他快逃。朱由检带着太监登上紫禁城后的煤山（又称万岁山、万寿山，今景山）眺望，发现北京城已经被重重围困，难以脱身，便下山回到乾清宫。初更，朱由检召妹夫巩永固、刘文炳带家丁护驾，两人回复按祖制不得拥有家丁。随后，朱由检安排太监王之心、栗宗周、王之俊带着三名皇子（太子、定王、永王）出宫，送到成国公朱纯臣等人那里，接着与周皇后等嫔妃举行最后的酒宴，要求她们自尽。周皇后回到坤宁宫就自缢了，袁贵妃被朱由检砍伤。随后，朱由检怒吼着“为什么要生在我家”，先后挥剑砍向长平公主和昭仁公主，前者被砍断手臂而昏厥，后者当场死亡，又派人到各宫催促懿安太后及西李自尽。其后，朱由检召见提督京城内外太监王承恩议事，并与他饮酒。三更，朱由检到王承恩住处，换上大帽及宦官的衣服，手持三眼铳，带着数百名（一说数十）太监先后到朝阳门（齐化门）、崇文门、正阳门突围，均告失败（一说没有突围之举），朱由检被迫与王承恩回宫，换了衣服。此时已是三月十九日的五更，朱由检亲自撞钟召集文武百官，但无一人入朝（一说未撞钟）。最后，他与王承恩登上煤山，在一棵树上自缢，王承恩也相对自缢。据说朱由检临终前徘徊许久，感慨群臣中没人陪他，又自我安慰说群臣不知道自己行踪，然后才自缢。

朱由检自缢当天上午，北京全城投降，李自成进入皇城，发现周皇后等女眷的遗体，三名皇子也被太监栗宗周、王之俊出卖而成了俘虏，但未发现朱由检的去向。于是李自成悬赏黄金万两搜寻朱由检，直到三月二十日（另说二十一、二十二日）中午，朱由检的遗体才被发现。他身穿蓝色道袍，披头散发，遮住了脸，右脚穿着袜子和红方舄，左脚赤脚，胸中背心有带血遗诏（另说遗诏在乾清宫御桌上发现），所传版本各有不同，共同点是表达对十七年来一事无成的自责，强调“诸臣误朕”，最后说“任贼分裂朕尸，勿伤百姓一人”。遗诏上还有一行墨书写着“百官俱赴东宫行在”，据说朱由检在三月十八日曾下朱谕于内阁，要求成国公朱纯臣辅佐太子，当宦官将朱谕送入内阁时，阁臣们早已作鸟兽散，宦官复命时也找不到朱由检所在，而朱由检以为阁臣已看到朱谕，所以在遗诏上留下了这行话。朱由检的遗体被运至东华门外，与周皇后的遗体放在一起，“诸臣哭拜者三十人，拜而不哭者六十人，余皆睥睨过之”。其后，李自成在明朝太监王德化等的请求下，用较好的棺材重新收殓朱由检夫妇的遗体，四月初三日埋在田贵妃墓中，只有太监和百姓为朱由检送葬。在这期间，自杀殉国的明朝臣子有新乐侯刘文炳及其弟都督刘文耀、彰武侯杨崇善、惠安侯张庆臻、东宫侍卫周镜、驸马都尉巩永固、宣城伯卫时春七名勋戚以及范景文、倪元璐、李邦华等二十余名文臣。其他勋戚及文武官员基本上都向李自成投降，陈演、朱纯臣还带头劝进于李自成，不过他们随即受到李自成的追赃拷掠，许多人在这过程中死去。

五月，清军入关，占据北京。清摄政王多尔衮宣布为朱由检发丧三天，为此需要拟定庙号和谥号。这项任务被交给李明睿，李明睿拟庙号为“怀宗”，谥号“钦天守道敏毅敦俭弘文襄武体仁致孝庄烈端皇帝”，陵号“思陵”。顺治十六年（1657年）改“端”为“愍”，简称“庄烈愍皇帝”或“庄烈帝”。南明弘光政权也在六月给朱由检上了“思宗”的庙号及“绍天绎道刚明恪恭揆文奋武敦仁懋孝烈皇帝”的谥号。弘光元年（1645年，清顺治二年）二月，改庙号为“毅宗”。隆武政权改庙号为“威宗”（参见“轶事典故-庙号之争”部分）。

朱由检铲除阉党后，一度重用过东林党人，但其后逐渐厌恶。己巳之变发生后，他派太监王永祚向“东林内阁”的领袖韩爌问计，韩爌主张迁都，朱由检很不高兴，对这类士大夫日益轻视。朱由检深知结党拉派之风已非一日，也非一日可以禁绝，所以他容忍了东林党及后来的“复社”等党社的存在。同时，他开始起用温体仁、薛国观等非东林系人物为阁臣，以制衡东林党所控制的言路。他们用各种手腕打击政府中的东林力量，并钳制言路；同时，通过培植亲信、分化等手段来制造言路之间的互相斗争。言路与执政水火不相容，使政局更加不安，统治集团内部的不稳定性增加，始终难以形成一个能够为众派势力所支持的政府。

朱由检铲除阉党后，一度召回各地监军太监，杜绝宦官干政，严禁民间阉割，有效地抑制了宦官势力。但他发现“诸臣营私诿过，罔恤民艰，廉谨者入于迂疏，贤能者好为推诿，居恒但有虚声，临事均无实济”，到了己巳之变时，更是“举朝束手”，他认为“士大夫负国家”，开始打着恢复“成祖旧制”的旗号，重新任用起宦官，特遣乾清宫太监王应朝监军，并以司礼监太监沈良佐、内官太监吕直提督内城九门及皇城各门，司礼监太监李凤翔提督京营，宦官势力再次抬头。

更大规模地起用宦官是在崇祯四年（1631年）九月至十一月，主要的任命有：太监张彝宪总理户、工二部钱粮；唐文征提督京营戎政；王坤、刘文忠、刘允忠等分赴宣府、大同、山西监视兵饷；王应朝、张国元、王之心、邓希诏等太监分别被派往关宁、蓟镇东协、中协、西协监军；李茂奇监视陕西茶马，等等。从此，各地重镇都派有太监监军，职权在督抚之上。朱由检还派宦官总理户、工二部钱粮，下令为张彝宪专门建署，称为“户部总理”。崇祯五年（1632年），朱由检命太监曹化淳提督京营戎政。次年，又以“流贼蔓延，各路兵将云集，一切功罪勤惰应有监纪”，特命太监陈大金、阎思印、谢文举、孙茂霖等四人分监曹文诏、张应昌、左良玉和邓玘军，负责“监功纪过，督催粮草”。又以司礼监太监张其鉴、郝纯仁、高养性、韩汝贵、魏伯绶等赴各仓储，与提督诸臣盘验收放。六月，太监高起潜监视宁、锦兵饷。群臣对朱由检重新起用宦官之举激烈反对，力言宦官干政之弊，朱由检一概不听，回怼：“诸臣欲实心用事，朕也何需此辈？”凡是进言攻击宦官的文臣轻则遭到呵斥，重则被削职、遣戍。高弘图、金铉、魏呈润、赵良曦、王弘祖、李日辅、熊开元、周镰等均因反对重用宦官而获罪。

崇祯七年（1634年），朱由检以局势好转为由，一度召回除高起潜外的所有监军太监，并罢户、工部总理太监，同时保留京营提督太监。但在崇祯九年（1636年）丙子之变期间，他不仅任命高起潜为各路援军的总监，还以太监张云汉、韩赞周为副总监，提督巡城、阅军；魏国征总督宣府，邓良辅为分守；卢维宁总督天津、通州、临清、德州，孙茂霖为分守。从这时的委任来看，宦官已不仅仅是监纪，而且是总督、分守，直接指挥人马，因此宦官在朝中的势力再次膨胀。崇祯十三年（1640年）三月，朱由检再次召回各地监军太监。后在周延儒的建议下，停止内操，严禁宦官干政，并罢京营提督太监。崇祯十五年（1642年）壬午之变时，朱由检又派宦官监镇分守。此后一直信任宦官。直到李自成攻入北京时，他依然派太监高起潜总监关、蓟、宁远，卢维宁总监通、德、临、津，方正化总监真定、保定，杜勋总监宣府，王梦弼监视顺德、彰德，阎思印监视大名、广平，牛文炳监视卫辉、怀庆，杨茂林监视大同，李宗光监视蓟镇中协，张泽民监视西协，孙良弼守河间，于朝守沧州，杨开泰守霸州。但杜勋等纷纷投降，朱由检最后跟着仍然忠于他的太监王承恩一起自缢。据说后来清朝为朱由检发丧时，百姓哭得最厉害，但“中官（宦官）无点泪”。

朱由检面对内忧外患的加剧，以“先才后守”为用人方针，重视实际才干，不十分注重操守和规矩。为此，他调整了内阁制度。明代有“非翰林不入内阁”的规矩，但朱由检认为那些自幼入学、沉溺于举子之业，几经挫折而成进士、有幸授翰林院官，再被推荐入直文渊阁的学士、大学士，虽有文学之才，但多不谙政务，脱离实际，又与吏事相隔膜，坐而论道则犹可，因时应变、以济时艰却很难，代表性的例子如周道登、郑以伟。因为他破格任用了一些没有当过翰林的官员为阁臣，如张至发、薛国观、杨嗣昌、程国祥、蔡国用、范复粹、谢升、吴甡、方岳贡、范景文等。而且，以往的明朝阁臣在绝大多数情况下都不兼管六部事务，朱由检在崇祯十一年（1638年）命刘宇亮负责吏部、程国祥负责户部、方逢年负责礼部、杨嗣昌负责兵部、蔡国用以工部、范复粹负责刑部。朱由检从政务需要的实际出发，选用熟悉政务且有专业特长的外僚入阁，对朝政的处理、效率的提高，无疑是有益的，而且具有深远的历史意义，直接影响后代内阁成员的身份和结构的形成。另一方面，他起初听从刘鸿训的建议，对官员实行“久任之法”，但在实践过程中，阁臣大多不能满足他的要求，所以他频繁更换内阁阁臣，以致崇祯一朝的内阁阁臣达五十人之多（明朝内阁阁臣一共就一百六十多人）。其中一名阁臣黄景昉对此现象评论道：“内外杂进，年年枚卜，政本之轻，未有甚于此时。”

崇祯四年（1631年），朱由检应方逢年、倪元璐的奏请，提高武举地位，如同文科那样实行殿试、传胪。崇祯十四年（1641年）五月，又特设“裕国安民科”“奇谋异勇科”，选择具备实际才干的人才。但据说没有人报名参加“奇谋异勇科”。他还大举提拔只考中举人、没登过进士的人才，有邱民仰、何腾蛟、张亮、刘可训、宋一鹤、刘应遇、孙元化、徐起元、陈新甲等10人做到巡抚以上高官，而在之前明朝两百六十年的历史中，享有这种待遇的只有海瑞、张守中、艾穆三人。

崇祯后期，朱由检对文武诸臣及宦官均深感失望，开始起用明初勋臣后裔，说他们“毕竟是我家世官”。为此，他于崇祯十六年（1643年）十月，恢复了已经停止近两百年的组织勋臣后裔骑射比武的亲阅仪式，在煤山（万岁山）举行，“以备干城之用”，但这次仪式上只有襄城伯李国桢连中六箭，其他勋臣后裔表现都不佳。被他起用的勋臣后裔主要是襄城伯李国桢、抚宁侯朱国弼、诚意伯刘孔昭、忻诚伯赵之龙四人。

在朱由检看来，当官员被任用之后，就应该恪守制度、法规，认真办事，之前遗留下来的混乱就会为之澄清，社会危机也随之平息，展现在眼前的是一片升平。可是，当这种理想化的蓝图在极为复杂且危机四伏的现实中受挫之后，他那种求治急切的心理失去了平衡，变得更加焦躁。他将日益严重的危机归咎于文武百官不尽忠职守、敷衍塞责，于是对任事官员动辄严加惩处，一旦官员犯错，“重者杖死，轻者谪去，朝署中半染赭衣”。崇祯年间，被他处死或死于狱中和自杀的阁臣有2人（薛国观、周延儒）、兵部尚书有2人（王洽、陈新甲），刑部尚书有2人（刘之凤、甄淑），督臣（督师、总督）有7人（袁崇焕、刘策、杨一鹏、郑崇俭、熊文灿、范志完、赵光抃），抚臣（巡抚）有11人（王应豸、耿如杞、李养冲、孙元化、张翼明、陈祖苞、张其平、颜继祖、马成名、邵捷春、潘永图）。此外，他还贬谪了直言极谏的文臣刘宗周、黄道周等，并对黄道周施以廷杖八十（后叙用），傅朝佑则被廷杖致死，在处置周延儒的党羽吴昌时之际亦不惜破例“殿陛用刑”，即在宫殿内刑讯逼供。在重典之下，明朝大小官员愈发不敢任事担责，形成恶性循环。最终导致了群臣中“任事少，畏事多，无才者固不能做，有才者亦不肯做”的局面。崇祯十六年（1643年）十一月，在阁臣魏藻德的劝谏下，朱由检对自己用法严酷有所反思，并让阁臣们商量一个“既无废法，亦无弃才”的两全其美的办法，但四个月后明朝就灭亡了。

崇祯八年（1635年）正月，中都凤阳失守，明朝祖陵被焚，翰林院侍读倪元璐请朱由检下达罪己诏。朱由检并未立即接受，直到十月，朱由检以“流贼”未平，陵寝震惊，特颁圣谕，避正殿，减膳撤乐，从初三日开始移居武英殿，百官一律于公署，阁臣均宿于朝房，日夜当值。并下达“罪己诏”，首次向明朝臣民承认朝廷的政策失误及天下局势的险恶，并鼓励文武官员和前线将士尽快消灭起义军。

崇祯十年（1637年）闰四月，北方大旱，朱由检诚心祈雨，却久不下雨，遂第二次颁布罪己诏，对自己的一片至诚未能上达、朝廷的恩泽不能让天下共沾感到自责，但更多的篇幅警告大小官员不得横征暴敛，欺压小民。

崇祯十五年（1642年）闰十一月，在清军劫掠北直隶、山东的“壬午之变”期间，朱由检第三次下罪己诏，发誓“歼胡平寇以赎罪戾”。

清军出塞后，朱由检又在崇祯十六年（1643年）六月十三日第四次下罪己诏（此诏由阁臣蒋德璟起草），表示自己的失德和过失导致生灵涂炭，宣布蠲免遭受兵祸地区的三饷加派与各项钱粮，为期两年，并指示地方官洗心革面，善待百姓。

崇祯十七年（1644年）二月，李自成席卷山西，直逼北京，朱由检于十三日第五次下罪己诏。这道罪己诏被批评“空言无指”。三月初四日，朱由检第六次下罪己诏，由他亲自起草，内容失传，其中有蠲免召买（招商采购军需物资）的内容。半个月后，他就自缢于煤山。

朱由检即位之初，户部积欠九边军饷，高达9,685,500余两。户部已面临破产边缘。朱由检在己巳之变后发现户部错账甚多，遂开始整顿财政。明代大部分的财政定期奏报为“岁报”。少数银库保留了月报或季报的形式。朱由检在崇祯三年（1630年）三月要求户部将新、旧饷库账册“五日一报”。八月，朱由检要求边镇饷司实行“月报”。朱由检希望借此形成一个自皇帝至户部乃至各地方清楚的财政管理脉络，进行有效的远程财政及仓库管理。此外还建立驳查制度，派专员核实月报数额，由此可以随时掌握各仓库的具体变动。清朝入关以后，沿袭了朱由检财政改革的成果，形成奏销制度。

后金兴起后，明廷为筹措军饷，下令全国（除贵州外）亩加征田赋九厘，每年得银五百二十万两，是为“辽饷”。崇祯年间，明廷内外两线作战，财政连年入不敷出，濒临破产边缘。崇祯十年（1637年），朱由检听从兵部尚书杨嗣昌的建议，在旧额田赋的基础上，每亩加粮六合，每年得银近二百万两，称为“剿饷”。朱由检表示，这次的加派是临时性的——“勉从廷议，暂累吾民一年”。可在第二年，仍然征收了其半数。崇祯十二年（1639年），廷臣议练边兵，杨嗣昌筹划，东而辽东、蓟镇，中而畿辅，西而陕西三边，共练兵七十三万。练兵需饷，遂于天下田土中，亩加赋银一分，计得七百三十余万两。这宗加派称作“练饷”，三者合称“三饷加派”。三饷加派加重了人民的负担，而明朝内外用兵并未取得显著成效，故加派依然不止，加速了明朝的灭亡。

崇祯十六年（1643年）六月，朱由检按户部尚书倪元璐的建议，将三饷合并为一，称为“正赋兵饷”，以免征收和分配时的混乱，但地方仍然按三饷名目进行加派。当时的阁臣蒋德璟对加派三饷极力反对，他曾指出：“万历年间，各边旧饷只三百余万。今加新饷九百余万，又加练饷七百三十万，计二千余万，加五六倍。自古以来，未有括天下二千余万以输京入户部、而又括户部二千余万以输边者！”崇祯十七年（1644年）正月二十八日，光时亨请求废除练饷及追究当时倡议者的责任，蒋德璟的票拟中有“向前聚敛小人，倡为练饷及搜括诸议，以致民穷祸结，误国良深”之语，朱由检看到“聚敛小人”四字，为之震怒，蒋德璟受到责备后称病辞职。此后明廷虽议裁练饷，但一个月后明朝就灭亡了。

朱由检以厉行节俭著称。他即位后，就罢苏杭织造，并将神宗以来每天御膳所花费的万金减少至百分之一。过去皇帝所穿的冠、袍、鞋、袜都是每天翻新一次，朱由检下令一个月翻新一次，平时穿洗过的衣服，鞋子、袜子的边缘用布来缝。玉熙宫的伶人也全部遣散。之前宫中有散金银豆于地、让宫人争抢的传统风俗，朱由检下令将金银改成枣、栗。宫中的月宴、时宴以及外戚、公主家定时进献的甘果，朱由检全部叫停。他所居的德政殿（乾清宫中左门左侧的一个小厢房）十分狭小，殿中御座旁只有一个金壶，都是他亲自倒热水，其他器具都没有。

崇祯十六年（1643年）十月，朱由检重申减膳撤乐，除了冬至、正旦、寿节、端阳、中秋及诸大典礼时奏乐外，其他时间都不听音乐，宫中一律用锡、木、瓷器，只留下典礼所必需的金银器，其他金银器都封存仓库，以备赏赐，并且号召文武百官也厉行节俭，禁止官绅用黄、蓝绢盖、士人穿红、紫衣履以及庶民穿锦绣、丝绸、金玉、珠翠衣饰，衣袖不得超过一尺五寸。但这道禁奢措施收效有限。

崇祯元年（1628年）六月，朱由检看了御史顾其国奏疏中关于骚扰军民莫甚于驿站的意见，颇有感触，决定改革驿站制度。崇祯二年（1629年）四月，刑科给事中刘懋上疏，请求裁撤驿站，得到朱由检批准，于是下旨将刘懋调任兵科给事中，专门管理驿站整顿事务，以节省朝廷开支、减轻民间负担。朱由检要求除了官员致仕、飞报军情、朝廷钦差以外一概不准利用驿递，由此裁掉了大部分驿站（当时用于公事的驿站只有十分之二）。崇祯四年（1631年）二月，刘懋报告各省裁节银共六十八万五千余两。节省下来的银两对明朝巨大的财政亏空来说是杯水车薪，反而导致了数以万计的驿夫失业，他们中的不少人走上反抗明朝的道路，其中一个就是陕西米脂银川驿的马夫李自成。

崇祯九年（1636年），武生李琎奏请“搜括臣宰助饷”，朱由检没有同意，但也没有按阁臣钱士升的意见将其逮捕审问。崇祯十二年（1639年），朱由检听从内阁首辅薛国观的建议，开始要求勋戚捐钱助饷。第一个被他开刀的是武清侯李国瑞（孝定太后的侄孙），因为他的庶兄李国臣之前在财产纠纷时表示李国瑞得到的40万两遗产中有一半应归自己，而他愿意将这笔钱上缴国家。朱由检要求李国瑞不仅将应分给李国臣的20万两献出，而且另外20万两也要借给朝廷。李国瑞哭诉自己没有40万两，朱由检最后夺了他的侯爵，李国瑞在忧惧之下病死。崇祯十三年（1640年）七月，朱由检第五子朱慈焕去世，临终前说九莲菩萨（孝定太后）显圣，如果朱由检薄待外戚，就会让他断子绝孙。朱由检受到丧子之痛的打击，不仅追复李国瑞的爵位，还暂停催捐。

崇祯十七年（1644年）三月，李自成大军逼近北京时，朱由检再次催捐助饷，范围不仅是勋戚，更包括文武百官和大太监。但多数人都不肯多捐钱。周奎在朱由检哀求下捐了一万两，太监中最富的王之心也仅捐一万两。大学士魏藻德仅助银百两。有的官员则在家门上张贴“此房急卖”告示，或摆出破烂器皿家什兜售。朱由检干脆强行摊派，额定三万两，仅太康伯张国纪出到了两万。费尽周折，只凑齐了二十万两，但为时已晚，朱由检随即自缢。随后李自成向这些勋戚、百官、太监刑讯追赃，搜出一百二十万两以上的白银。

明朝初年，曾以纸钞“大明宝钞”为法定货币，正统以后因丧失信用而停止流通。崇祯十六年（1643年）六月，户部司务蒋臣建议印纸钞，从而每年增加收入三千万两，朱由检对这个建议很感兴趣，予以采纳，设内宝钞局，于九月开始印新钞，由户部侍郎王鳌永主持。此举遭到阁臣蒋德璟的强烈反对，户部尚书倪元璐也认为立即推行钞法有多种困难，于是印钞事宜在崇祯十七年（1644年）二月中止。因为铜货不足，朱由检又试图鼓铸大钱，即铸造当二、当五（法定价值是实际价值的二倍、五倍）的崇祯通宝，但一个月后，明朝就灭亡了。

朱由检即位后，听说沿海海盗活动猖獗，便于崇祯元年（1628年）三月下令海禁，禁止私人出海贸易。但此举不仅限制了沿海商人的活动，也让官府损失了许多税收，因此遭到梁廷栋等人反对。后福建巡抚熊文灿招安了海盗头目郑芝龙，并利用他剿灭了李魁奇、钟斌等海盗，便在崇祯四年（1631年）七月请求重开海禁，得到朱由检批准。但到了崇祯五年（1632年）十一月，因为大海盗刘香（刘香老）的猖獗，朱由检再次下令在福建实施海禁。崇祯八年（1635年），郑芝龙消灭刘香，此后朝中不断有人呼吁解除海禁以便“开市佐饷”，朱由检便在崇祯十一年（1638年）解除海禁。

朱由检对西方来华的天主教传教士态度比较友善，他在位期间，传教士地位有较大提高，邓玉函、龙华民、汤若望、罗雅谷等传教士供职于宫廷，负责铸造火器和编修新历，他们编成的新历《崇祯历书》是崇祯年间西学东渐最重要的成果，但未及启用，后被清朝正式颁行，称时宪历。他们还趁机在宫廷传播天主教，以御马监掌印太监庞天寿为首的540多名宦官、宫女受洗入教。甚至据说连朱由检都在阁臣徐光启（天主教徒）的影响下一度“崇奉天主教”，为此曾捣毁宫中佛像。但也有人认为朱由检不可能信奉天主教。不管怎样，朱由检对传教活动提供保护，在崇祯十一年（1638年）冬应汤若望请求，下赐“钦褒天学”（一作“钦保天学”）之御笔匾额，派礼部高官大张旗鼓地送到宣武门教堂，其后命令将这个匾额挂于各省教堂。

崇祯十五年（1642年），山东发生李青山起义，因为这个起义受《水浒传》影响很大，连地点也是在梁山，所以在起义平息后朱由检就下令在全国范围内禁止《水浒传》，以免“诲盗”。

明代后期，烟草通过中西交往而传入中国，迅速流行。朱由检在崇祯十二年（1639年）下达禁烟令，违者论死。据说其理由是因为明朝定鼎燕京，“吃烟”谐音“吃燕”，又有“天下兵起，遍地皆烟”的童谣，朱由检出于迷信而禁烟。大约两年后，在蓟辽总督洪承畴的建议下，朱由检废除禁烟令。崇祯十六年（1643年），朱由检再次下达禁烟令，而边军对有祛寒作用的烟草极为依赖，所以不久又弛禁。

朱由检为了抵御后金（清）的骑兵，大力发展火器，尤其注重引进西方技术。为此，他起用天主教徒徐光启主持引进与研制新式火器的任务，并派人向租借澳门的葡萄牙人采购西洋大炮（红夷大炮）。崇祯元年（1628年），朱由检听说澳门葡萄牙人在与荷兰的战争中缴获10门大炮，便命两广总督李逢节订购这批大炮，澳门葡萄牙人为了改善同明朝的关系以有利于自己，同意这份订单，由葡萄牙代表公沙的西劳与传教士陆若汉等护送至北京。崇祯二年（1629年）十一月行至涿州时，正逢皇太极包围北京，所以没能运进北京。其后四门留在涿州，六门运到北京，朱由检赐名“神威大将军”，选拔军士学习西方放炮技术。同时，他还起用另一名天主教徒孙元化为登莱巡抚，参与引进与研制新式火器。引进的西洋大炮在遵永大捷、皮岛海战等战役中均发挥重要作用，为明军的胜利做出贡献。但不久发生吴桥兵变，公沙的西劳等多名葡萄牙铳师被杀。到了崇祯六年（1633年），孔有德、耿仲明等叛军携带西洋大炮进入后金，对此负责的孙元化被杀，徐光启亦与世长辞，新式武器的引进计划受到挫折。

崇祯后期，朱由检又命传教士汤若望负责研制火器，成功制造20门大炮、500门小炮，朱由检还让太监们跟着汤若望学习相关技术。崇祯十六年（1643年），汤若望撰写《火攻挈要》，成为当时明代火器水平的权威著作。朱由检在重用传教士制炮的同时，还请传教士赴诸军教导放铳炮之法。他又令官府出资动员民间商匠制造火器。商匠们从西洋火器中得到启迪，制造出三眼枪、五眼枪、夹把枪、五龙枪、神枪、快枪和循环炮等名目繁多的火器。

朱由检时期的明朝，内外两线作战，他采取的战略随着时间的推移而有所不同。朱由检对后金（清）的战略是依靠两条防线：一方面继承孙承宗、袁崇焕所构筑的关宁锦防线，通过宁远到锦州等关外八城和新筑的大凌河城，既抵御后金，又步步为营、收复辽东；另一方面维持王化贞、毛文龙所构筑的东江海上防线，以驻节朝鲜皮岛的东江镇为中心，与觉华、盖套、旅顺、广鹿、长山、石城、鹿岛等岛屿或港口连成一道海上防线，对后金加以牵制和封锁。崇祯二年（1629年）后，毛文龙、袁崇焕相继死去，不过这两条防线仍然保持。后金大汗（清太宗）皇太极深知自己的铁骑虽然能够多次入塞劫掠，但如果不破坏这两条防线并消灭明军有生力量的话，就不能入关。因此，他在崇祯四年（1631年）发动大凌河之战和皮岛海战，前者获胜，后者失败。崇祯六年（1633年），后金获得明叛将孔有德、耿仲明之协助，攻陷旅顺，东江总兵黄龙殉节。崇祯十年（1637年），清朝征服朝鲜，随后与朝鲜军一起发动第二次皮岛海战，夺取皮岛，杀东江总兵沈世魁，翌年沈世魁的侄子沈志祥降清，东江海上防线宣告瓦解。对于关宁锦防线，皇太极以义州为据点，展开轮番作战、长期围困。朱由检为救锦州等城，催促蓟辽总督洪承畴率大军至松山，与清军决战。崇祯十五年（1642年），清军取得松锦大战的胜利，关外八城中有四城（锦州、松山、塔山、杏山）陷落，关宁锦防线萎缩了一半，只剩下宁远、广宁前屯卫、广宁中后所、广宁中前所四城（今辽宁兴城、绥中一带）。崇祯十六年（1643年）九月，清军攻破中后所、前屯卫、中前所，但在宁远被辽东总兵吴三桂击退。尽管如此，明朝在关外完好的城堡只剩宁远一座，势难久守。同年，朱由检任命黄蜚为东江总兵，制定了“用海图奴”的计划，谋求恢复东江海上防线，同样也是一筹莫展。

朱由检对从陕西爆发的明末农民起义的战略，在崇祯四年（1631年）秋以前是以抚为主、以剿为辅，但由于找不到有效办法安置饥民，引发神一魁等人复叛，朱由检遂逮捕主持抚局的陕西三边总督杨鹤，代之以洪承畴，将方针转换为以剿为主，以抚为辅，迫使起义军转进山西。然而各路官军不能有效配合，导致起义军通过“渑池渡”转进河南，又在车厢峡假意接受五省总督陈奇瑜的招安而逃脱灭顶之灾。崇祯八年（1635年），朱由检以洪承畴为五省总督，在西北方向围剿；卢象升为五省总理，在东南方向围剿，翌年即擒获闯王高迎祥。崇祯十年（1637年），朱由检采纳杨嗣昌“四正六隅十面网”的战略，进一步加紧对起义军的围剿，迫使李自成遁入山中，张献忠接受招安。崇祯十一年（1638年）十月，清军入塞，朱由检调集陕西的围剿大军进京勤王，加上五省总理熊文灿无能，造成起义军死灰复燃，张献忠、李自成再度活跃。此后，朱由检任命一名统筹五到七省军队的督师来负责剿局，杨嗣昌、丁启睿、侯恂、孙传庭四人先后出任督师，但各路明军始终调度不灵，而饥荒又使大量饥民加入李自成、张献忠的队伍，明军有生力量不断被消灭，河南、湖广也大部失陷。崇祯十六年（1643年），朱由检命孙传庭率明朝在关内的最后一支精锐部队——秦军出潼关剿灭李自成，被李自成击溃，孙传庭战死于潼关，李自成杀回陕西，并在翌年从陕西经山西、北直隶攻入北京，灭亡明朝。

朱由检时期对后金和陕西农民军的战略虽然失败，但仍能够平息或应付一些地方性的小规模的叛乱和起义，如朱燮元、秦良玉等平定奢安之乱、刘泽清镇压山东李青山起义、吕大器平息甘州总兵柴时华及塞外蒙古部落的叛乱、郑芝龙平定广东、福建海盗以及在虎门与英国的冲突（明英战争）、在料罗湾与荷兰的冲突（明荷战争）等。

后金（清）自兴起以来，就被明朝视为称兵叛乱的边疆“属夷”，朱由检也坚持这种认识。因此，朱由检从来不承认后金（清）作为一个与明朝并立的政权而存在，不称呼其国号，而称呼为奴、虏、建奴、东夷、东虏、奴贼等。朱由检也不认为明军的战斗力比后金（清）弱，曾有大臣请他正视这点，朱由检以明太祖北伐灭元的旧事来反驳。朱由检还将明朝当时所面临困境的根源归结于后金问题，强调：“方今民穷财尽，各处盗贼生发，都是从奴酋起，必须灭了奴酋，百姓方可安宁。”基于这三点认识，朱由检对后金（清）采取强硬路线，一心以武力解决辽东问题。朱由检即位后，皇太极曾欲遣使吊祭朱由校并祝贺朱由检登基，趁机与明议和，朱由检置之不理。袁崇焕受命督师蓟辽后，秉持“守为正着，战为奇着，款为旁着”的方针，曾与皇太极交换过书信，但因辽东问题谈不拢而无果。己巳之变时，皇太极曾在永定门之战后致书约和，称要以黄河为界，朱由检没有回复。大凌河之战后，明朝监军张春被俘，为后金带话，建议和谈，朱由检认为他的建议是叛国，削去了之前听说张春已死难而褒赠之右副都御史衔，并囚其二子于狱。崇祯五年（1632年）八月，后金击败察哈尔后，撤退途经大同宣府边外，以军中粮尽，向明边臣要求明朝将原赏察哈尔的财物转赐于后金，并进行贸易。宣府巡抚沈棨为了回避兵锋，私下与后金议和并派人与之盟誓，誓书有“大明国、金国为华夷共享太平，议讲和款，因此白马祭天，乌牛祭地，盟誓坚款，各要和好……”等语。后金军得到了大批的赏赐财物和进行贸易以后东归。朱由检得知此事后，以违背对后金的经济封锁和不接触政策而将沈棨治罪。皇太极则认为这次议和是一个良好的开端，十月即派卫征囊苏喇嘛持书至宁远，要求辽东官员仿宣府之例与后金议和，书信甚至用“谨奏”的格式，自称“小国”，以明为上国，但明朝官员不接受。

朱由检改变这种对后金（清）的不接触政策始于崇祯十一年（1638年），兵部尚书杨嗣昌主张攘外必先安内，朱由检接受了他的意见，于四月授意辽东巡抚方一藻和监视太监高起潜派盲人卜者周元忠等六人到沈阳议和。皇太极要求明朝在秋天前必须得到是否议和的回复，否则将发动战争。六月，皇太极陈兵于大青山，要求和谈，方一藻奏请如俺答封贡故事。朝臣们由此得知杨嗣昌在幕后主和，掀起弹劾杨嗣昌主和误国的风潮。朱由检虽然贬黜了弹劾最力的黄道周，但对清和议之事也不了了之。清军果然在同年冬大举入塞劫掠，是为戊寅之变，朱由检感慨：“大事几成，为几个黄口书生所误，以至于此！”但戊寅之变以后，朱由检再次关上对清和谈之门，态度更加强硬。崇祯十二年（1639年）七月，皇太极通过被俘的明德王朱由枢上书哀求朱由检与清修好，由被俘太监王朝进等带回，但朱由检不予理睬。崇祯十三年（1640年）四月十二日，朱由检将自己亲笔写的“灭奴雪耻”四字颁示重臣，以示对清决不妥协之意。

崇祯十四年（1641年）八月，辽东明军主力在松山被歼。十月，新任辽东巡抚叶廷桂援引宁前道石凤台的建议，请求与清议和，朱由检斥之为“辱国妄举”，将石凤台下狱。此后，松锦前线更加吃紧，阁臣谢升在崇祯十五年（1642年）正月挺身赞成和议，朱由检便决定与清议和，命兵部尚书陈新甲派职方郎中马绍愉、兵部司务朱济之与参将李御兰、周维庸等秘密出关，前去清营，这是明清交战以来第一次官方的正式议和，清方要求以敕书为信，朱由检便给陈新甲下了一道授权他对清议和的敕书，想按过去对待建州三卫那种方式对待清朝，使之继续居于边疆“属夷”的地位，接受明廷招抚。所以，皇太极看了敕书后非常生气，称此敕书非真。明方被迫更换敕书，在这段期间，松山、锦州、塔山、杏山相继陷落。五月十四日，马绍愉一行一百多人抵达沈阳，受到皇太极的款待。六月初三日，皇太极在送走马绍愉使团时，送去了写给朱由检的国书，提出四项议和条件：

马绍愉将和谈经过的书面报告呈送陈新甲，陈新甲放在桌案上，陈新甲的书童以为是边关传来的塘报，便将其与其他塘报一起发付传抄，明清的秘密议和由此公开于世。朝中舆论哗然，言官纷纷弹劾陈新甲私行款议，主和误国。朱由检命陈新甲解释清楚，陈新甲不但不揽过这些罪责，反而引以为功，朱由检就将他关进大牢，并在九月斩了他，而对清和谈之事也宣告破裂。皇太极便发兵于同年冬第六次入塞劫掠，是为壬午之变。

皇太极死后，朱由检听说清朝新君福临年幼，内部不稳，认为这是一个搞垮清朝的良机，便命辽东总兵吴三桂、辽东巡抚黎玉田等设法在清朝行“间谍之计”，拉拢之前投奔清朝的明朝降将，试图挑起清朝内乱，使其无暇进一步侵蚀明朝，以便他能调动关宁铁骑镇压农民起义，但收效甚微。

后金崛起后，明朝采取“款西虏（蒙古）以制东夷”的战略，通过加大“抚赏”等手段来联合蒙古抵御后金。朱由检在位时，蒙古诸部中的科尔沁、内喀尔喀五部（明朝称“炒花五大营”）已被后金降服，唯有辽西边外的察哈尔（明朝称“插汉”）和宣府、蓟州边外的喀喇沁（明朝称“哈剌慎”，其构成复杂，与明朝往来的主要是苏布地领导的原朵颜卫部众，即“朵颜三十六家”）尚可联合。朱由检即位后，察哈尔部在林丹汗（明朝称“虎兔墩憨”）的领导下西迁，击溃包括顺义王卜石兔在内的蒙古右翼诸部。蒙古右翼诸部在俺答封贡后从明朝获得丰厚的“市赏”（马市和抚赏）之利，因此在击溃右翼诸部后，林丹汗也想占有其利，屡屡在宣府、大同边外“胁赏”，被明朝拒绝，连重臣贵英恰也被明军杀死，此后林丹汗不断犯边。崇祯元年（1628年）七月，朱由检认为蒙古部落不可靠，下令取消对所有蒙古部落的“抚赏”，导致喀喇沁等部进一步向后金靠拢。九月，朱由检起用主张联蒙抗金的老臣王象乾为宣大总督，同时计划恢复对察哈尔的“抚赏”。崇祯二年（1629年）三月，王象乾恢复对察哈尔的“市赏”，约定明朝每年提供8.1万两白银，由归顺明朝的女真人王世忠充抚夷总兵，负责与林丹汗的交涉。与此同时，袁崇焕接受喀喇沁酋长苏布地（明朝称“束不的”“速不的”）的请求，允诺恢复给他们的“各季额赏银”。袁崇焕还给遭受饥荒的喀喇沁部落接济粮食，为此开市于高台堡（今辽宁绥中高台镇）。朱由检担心他们“通奴”，下旨叫停开市，只允许确实受灾的喀喇沁部众“计口量许换米，不得赏与布帛及夹带禁物”。后来己巳之变爆发，皇太极即借喀喇沁之道入塞，“市米资盗”也成为袁崇焕的罪名之一。

林丹汗不仅每年得到8.1万两（新赏），明朝还要补齐之前的“旧赏”，林丹汗来到明朝边境，明朝还会发“迎风赏”。截至崇祯三年（1630年）正月，林丹汗从明朝得到106.1万两白银，但仍不满足，为了增赏而不时骚扰明朝边境，也没有像明朝希望的那样共同抵御后金，相反在崇祯五年（1632年）后金大举来征之前就逃到河套地区。后金撤走后，林丹汗又派人来明朝边境邀赏，明朝不给，他就三番五次掠夺边境。在这种情况下，明朝兵部将林丹汗和后金并列为明朝两大边患，并哀叹：“插（察哈尔）岁费金绢数十万，冀其为我外藩，与奴为难。乃奴来则去，奴去又来，稍不随其要求，辄抢掠迎恩堡以泄愤。”不久，林丹汗遁走青海，并死在那里，察哈尔部和明朝之间的纠葛才算告一段落。

崇祯八年（1635年），漠南蒙古四十九札萨克全部归顺后金。尽管如此，明朝继续与喀喇沁、土默特（明朝以末代顺义王卜石兔之名称之为“卜夷”）等沿边蒙古部落保持贸易关系，后金（清）亦趁机间接与明贸易，换取一些关外无法生产的必需品，因此时常豁免喀喇沁、土默特等部参与对明战争的义务，以便维持这种贸易关系。其中，喀喇沁部与明朝的贸易一直持续到明朝灭亡前夕的崇祯十七年（1644年）三月。而在林丹汗遁走后回到大同边外驻牧的土默特部也希望恢复与明朝的贸易往来，明朝则认为他们“未与（清）合”“怀中国之旧”。崇祯十年（1637年），在宣大总督卢象升的建议下，明朝与之重开大同马市于杀胡口等处。对于跟随土默特部前来贸易的外喀尔喀蒙古（明朝称“东、西二哈”，即土谢图汗部和札萨克图汗部），也采取“来者不拒，去者不追”的模式，保持边境和平，缓解宣、大边境的压力，同时从他们那里搜集一些关于清朝的情报。直到明朝灭亡前夕，明廷内仍有人幻想通过投入大量金钱来让蒙古“与建奴为难”。但朱由检认为“恐滋后患”，最终没有同意。

朱由检即位前夕，属国朝鲜已被后金铁骑蹂躏（丁卯之役），被迫与之结成“兄弟之国”的关系。随后朝鲜国王李倧派使臣权怗到明朝解释情况。其时朱由检刚登基不久，就接见了朝鲜使臣，并于九月十三日回复朝鲜，对其苦衷表示谅解，要求朝鲜与明朝勠力同心，共灭后金。此后，明朝继续与朝鲜保持宗藩关系，朱由检派太监卢维宁册封过朝鲜世子，而朝鲜也不断接济驻扎于朝鲜皮岛的明朝东江镇，并曾配合明军追击孔有德、耿仲明叛军。然而到了崇祯四年（1631年），被后金俘虏又逃回明朝的将领黑云龙报告了朝鲜与后金贸易往来的情况，促成了明朝对朝鲜的贸易封锁。尤其是用于制造火药的战略物资硝石、硫磺，朱由检亲自下旨，严禁出口朝鲜。朝鲜原来可以从明朝购买3000斤硫磺、硝石，自崇祯五年（1632年）之后就买不到。此后朝鲜连年上表喊冤，请求开禁，然而始终未能如愿。

后来，清朝发动丙子之役，入侵朝鲜。崇祯十年（1637年）二月，朱由检通过辽东谍报等各种途径得知朝鲜君臣被皇太极围困于南汉山城之内，派沿海总兵陈洪范出兵救援朝鲜，但朝鲜其实早已降清。朱由检得知后感叹：“属国世称忠义，力屈降奴，情殊可悯。”后来又表示：“以大国之威，连兵三十余年，亦为此贼所困，小国之不能抗敌，势所固然。”朝鲜被清朝征服后，多次协助清军攻击明军，因此通过秘密途径告知明朝“名虽在奴，而心还在天朝”，解释自己的迫不得已。兵部尚书陈新甲等据此以为可以“联鲜图奴”。崇祯十三年（1640年），朱由检采纳其方案，任命陈新甲的同乡王武纬为副总兵，去朝鲜展开秘密交涉。此后到崇祯十五年（1642年），王武纬三次出海联络朝鲜，第一次没上岸，第二次虽然上岸，但朝鲜人明确告知：“中国若真能杀奴，作得我国的主，我君臣自然助天朝而不助奴；若中国不能杀奴，则我国不敢不助彼。”又表示除非是十万精兵，否则就没必要再来了。但在王武纬回国时，朝鲜派僧侣独步（李世忠）跟着王武纬去明朝，表示愿助明伐清。王武纬第三次去朝鲜时，朝鲜抱怨称王武纬上次来朝鲜的事情被清朝得知，导致多名朝鲜官民被清朝抓走杀害，这次也没带多少兵力过来，因此催促王武纬赶紧离开。随着陈新甲的下狱被杀，王武纬联络朝鲜的计划也被冻结。崇祯十六年（1643年），朝鲜人林庆业来投奔明朝。朱由检予以妥善安置，并让他与东江总兵黄蜚商议恢复朝鲜、攻灭满清的大计。但翌年明朝就灭亡了。朱由检自缢的消息传到朝鲜后，朝鲜上下“莫不惊骇陨泪”。曾有一名朝鲜人崔孝一至朱由检陵墓前痛哭绝食十日而死，朝鲜人私下也长期使用崇祯纪元，直至近现代。

朱由检继位时，奢安之乱仍在继续，四川地区的战事虽然被朱燮元平息，但奢崇明、安邦彦仍在贵州作乱。崇祯元年（1628年）六月，朱由检起用丁忧在家的朱燮元为贵州、四川、湖广、云南、广西五省总督，镇压奢安之乱。翌年，朱燮元取得红土川大捷，斩奢、安二人。翌年进军水西，宣慰使安位投降，献水外（鸭池河以东）六目之地。此后，朱由检继续任用朱燮元镇守西南，废水东宣慰司，改其地为开州，在水外六目之地设敷勇、镇西二卫以及十所，并平定普名声等多起土司叛乱。崇祯七年（1634年）十一月，安位死，无嗣，各土目争夺水西宣慰使之职，明廷欲趁机在水西地区改土归流，设置府县，朱燮元则主张“分土世官”，朱由检采纳朱燮元之议。朱燮元遂撤销水西宣慰司，在水西之地建立大方、水西、比喇三城及谷里、归化二堡，派兵驻守，将十二则溪改为十二州，由水西十二宗亲统领。崇祯十年（1637年），阿乌迷、伐沙、杓佐等土目合谋复立安氏，事发后伐沙、杓佐虽伏诛，但各土目围困明军城堡，明廷被迫撤回驻军，罢诸州及城堡，委任卧这头目安承宗为水西宣慰使，明廷控制水西的努力受挫。

崇祯年间，明朝延续万历年间对安南采取的“不拒黎，不弃莫”的政策，一面册封中兴黎朝的君主为安南都统使，一面保持对残存高平的莫氏政权的往来，并且不介入这两个政权的纷争。崇祯十年（1637年）十二月，黎氏趁朝贡明朝之机，请求恢复“安南国王”的封号。在求封表文中列举两大理由：一是黎氏多次协助明朝剿灭寇贼；二是黎氏遵守安插莫氏的承诺，但莫氏常骚扰明朝边境，即便黎氏反复致书“告以祸福”，而莫氏自恃祖上亦曾受封都统使，并不听从黎氏的命令。黎氏认为造成这种局面的原因是“该国王爵未封，祖号未复，名分未正，威仪未重之所致也”，因此请求明朝恢复黎氏的王爵封号，以藉“圣主之威灵”降服高平之莫氏。明朝官员对此不以为然，礼部建议“止颁敕书奖励，不惟加封”。而兵部大臣则建议：“莫酋越在关外，亦中国之小藩屏，莫折而入于黎，只益黎氏之强耳，是敬宽（莫光祖）侵犯内地可诛也，留之牵制黎酋可议也。”最后朱由检没有答应安南的恢复王爵的请求，直到南明永历政权建立，才同意恢复“安南国王”的封号。

万历三十七年（1609年），日本萨摩藩侵占明朝属国琉球（萨琉战争），但仍保留其国，企图透过琉球来打通对华贸易。明朝识破了这一企图，严格限制萨摩控制下的琉球入贡，将二年一贡改为十年一贡（天启中改为五年一贡）。琉球王尚宁在泰昌元年（1620年）死后，新王尚丰在天启年间三次求封，均被明廷拒绝。崇祯二年（1629年）琉球第四次请封时，朱由检破例开恩，批准册封尚丰为琉球国中山王，并拒绝礼部尚书何如宠所提议的“领封”（使臣领册封诏书回国）方式，而是像之前那样遣使“颁封”，任命户科给事中杜三策为册封正使，行人司行人杨抡为副使。在福建花了三年时间打造了册封使乘坐的大船以后，他们于崇祯六年（1633年）赴琉球首里城完成了册封大典。崇祯七年（1634年），朱由检决定恢复琉球二年一贡的旧例，此时明朝官员依然对琉球的朝贡行为颇有疑虑，认为琉球常常将中琉贸易物品转贩日本，与倭寇相勾结，将引起沿海边境不宁。后来明朝商贩与琉球商人在丝绸贸易上发生纠纷，朱由检遂于崇祯十年（1637年）接受福建巡抚沈犹龙的请求，禁止琉球从明朝采购白丝，这无疑加剧了琉球的经济困难。崇祯十七年（1644年）二月，琉球新王尚贤派遣正义大夫金应元等出使明朝。此行除了朝贡和请求册封自己为王外，还恳请明朝开白丝之禁，以解决琉球生计困难。但琉球使团抵达明朝时，朱由检已自缢，他们只好同南明弘光政权交涉。

暹罗（阿瑜陀耶王国）在崇祯七年（1634年）、崇祯九年（1636年）、崇祯十六年（1643年）三次派人来北京朝贡。到了崇祯十六年（1643年）时，明朝已丧失保护使臣的能力，暹罗贡使在北京城外遭遇第六次入塞劫掠后撤回途中的清军，使团中五人被俘，到沈阳向皇太极进贡孔雀、鹦鹉。

叶尔羌汗国东部的土鲁番、哈密在崇祯元年（1628年）、崇祯十一年（1638年）、崇祯十六年（1643年）和崇祯十七年（1644年）进贡。其中崇祯十七年（1644年）二月土鲁番进贡千里马，朱由检亲自检阅，北京官民争相观看，成为一大盛事。而且土鲁番还在上表中提出愿意“发回兵助征”，阁臣蒋德璟认为此议可行，建议让土鲁番发兵与甘肃、宁夏两镇配合，剿灭李自成。但不知朱由检是否批准。一个月后，北京城破，有六名滞留北京的“回回使者”拒绝对李自成下拜，应该就是这批土鲁番使者。

朱由检为了获得新式火器，积极拉拢租借澳门的葡萄牙人，澳门的葡萄牙人也希望改善同明朝的关系以有利于自己。朱由检即位不久，就从澳门订购10门西洋大炮，同时招募20名葡萄牙铳师。崇祯三年（1630年）四月，护送大炮来京的陆若汉请求去澳门招募葡兵300-400人，并购置更多火器，保证“不过数月可以廓清畿甸，不过二年可以恢复全辽”。徐光启及兵部尚书梁廷栋都极表赞成，朱由检遂批准这一募兵计划，派中书舍人姜云龙与陆若汉等去澳门招募葡兵、购置火器。但因朝中的反对之声强烈，加上后金军在五月已全部出塞，所以这支雇佣军行至南昌就被遣返。其中，礼科给事中卢兆龙的反对态度最激烈，他强调“华夷有辨，国法常存”“堂堂天朝，精通火器、能习先臣戚继光之传者亦自有人，何必外夷教演，然后能扬威武哉？”并指出“澳夷”（葡萄牙人）以出兵与否多方要挟，如欲在澳门复筑城台，要求裁撤香山参将并开海禁，请求允许其多买米粮并免岁输地租1万两，请拨广州对海之地以建营房等。朱由检便动摇了，不仅遣返葡兵，还将被弹劾上下其手、谋取私利的姜云龙革职查办。徐光启继续争取招募葡兵，此举得到兵部尚书熊明遇、吏部尚书闵洪学等人的支持，但又因吴桥兵变的发生而被搁置。崇祯十六年（1643年），为了抵御李自成起义军，两广总督向澳门征一名炮手和一门大铁炮；另有三名澳门铳师应征至南京效力。这是崇祯朝最后一次向澳门寻求军事援助，只是此时明王朝已走到尽头，回天乏术了。

黄景昉：

谢升：皇上惟自用聪明，察察为务，天下俱坏。（又作“人主以不用聪明为高，今上太用聪明，致天下尽坏”）

史可法：今上特兴，德勋益备。孝庙之温恭俨在，世宗之神武重光。当冲龄而扫恭显之氛，立清官府；于召对而发龚黄之叹，总为编氓。以寇起而用兵，是虐民者寇也，而兵非得已；以兵兴而派饷，是糜饷者兵也，而饷非自私。顾犹诏旨频颁，有“再累吾民”之语。每当天灾修省，无一时自逸之心。素膳布袍，真能以天下之肥而忘己之瘠；蠲逋宥罪，不难引一人之过以就臣之名。是宜大业之宏昌，何意诸艰之骈集！理诚莫解，事有可陈。

余煜：先帝英明天纵，神武性生，忧勤十七年，念念欲为尧、舜者也。时遭家不造，乱阶频起，而所用之人又皆忍于欺君，率致误国，于先帝何咎焉？……先帝英明神武，人所共钦，而内无声色狗马之好，外无神仙土木之营。忧勤图治，汲汲皇皇。临难时则又慷慨，必合国君死社稷之义。千古未有之圣主，宜尊以千古未有之徽称。

谈迁：

张岱：

文秉：今先帝俟两宫毕命后，始自为计，义也；初拟从权，徐图后举，既慨然知天命之不可争，不难身殉以谢天下，智也；业已身殉矣，犹曰“因失江山，不敢终于正寝”，礼也；从容殉难，合乎大道，仁也。夫当变起萧墙，祸介俄顷，而仁、义、礼、智俱全而无失焉，可不谓正乎？

戴笠：

夏允彝：

黄宗羲：

顾炎武：

吴伟业：

冯梦龙：呜呼！失守之主，具有愆亡。先帝忧勤恭俭，不亚舜、禹，徒为肉食鄙夫所误，遂至颠蹶，然守正而毙，且死犹惓惓于百姓。彼分曹营窟，以国事戏者，肉秽岂足食哉？

屈大均：先帝宵衣久，忧勤为万方。捐躯酬赤子，披发见高皇。风雨迷神驭，山河尽国殇。御袍留血诏，哀痛几时忘！

钱士馨：上英断天挺，承神庙、熹庙之后，反前弊，黜邪党，励精谋治，勤勤然有中兴之思。然疆事日警，中原内虚，加以饥馑荐至，寇攘横出，拮据天下十七年，而神器遽覆，遂死社稷。呜呼！神谟睿虑，曾不一舒其怀，其留恨何有极耶！

彭孙贻：甲申之祸，自有坟籍以来所蔑闻矣。疆宇之大、兵甲之多、百官万民之众，以英哲者为之君，宁忧丧亡哉？一夫奋而九有裂，巍巍万雉，不崇朝坠，何欤？……国君死社稷，正也；迁国图存，权也，权而不失乎正也。亶父去邠以兴国，重耳出亡以霸晋。雍、冀虽亡，而吴越、山东、黔、粤、江浙尚在也，一成一旅，且以兴夏，岂谓幅员千里，不足有为乎？亟有忠义智勇之臣，奖率三军，奉迎乘舆，白旄黄钺，左次以御戎，行发哀痛之诏，罢厉民之政，诛贪吏，斩骄帅，布衣蔬食，甘苦以共，六师擒河北之伪官，收中州之豪杰；令凤、泗之兵方幅而进驱，策左帅规复荆襄；留都之兵渡淮而从，贼之淫虐既深，我之士心斯奋，因民之怒，以扫骄盈之寇，一鼓可灭也。况贼据京师，群盗不相下，必有构斗之形，我浮海而东，联关宁铁骑，四路进兵，此子仪、光弼之所以复二京也。否则北阻大河，还都旧京，资其谋臣，用其轻锐，其势犹强于晋、宋。奈何殉匹夫之节，委命于贼手，岂不惜哉？岂不惜哉？诸臣宜死而不死，怀宗可以无死而死。帝固无愧于列祖，而诸臣罪不胜诛矣！

王世德：呜呼！先皇以仁俭英敏之主，遭家不造，忧勤十七年，卒以亡。呜呼！仁俭英敏，乃至于亡国，天乎其人邪！……夫魏珰窃国柄，威势张天下，上即位，春秋方十七，乃不动声色剪除之，其才固非中主所可及。而畏天灾、遵祖训、勤经筵、崇节俭、察吏治、求民瘼，种种盛德，又朝野习闻共睹。使得忠君爱国、才堪办贼之臣为之辅，君臣一德，将相同寅协恭，则太平何难致？乃不幸有君无臣，卒致身殉社稷，国母就缢，公主手刃。呜呼！从来死国之烈未有烈于先皇、殉国之痛未有痛于先皇者也。

查继佐：帝勇求治，寡欲崇俭，鳃鳃民瘼，此心诚可享上帝。独少推诚，稍舞智，往往以处逆魏之法绳其下，于是诸臣救过不睱，即贤者亦或宁自盖，而坚任诸内侍，益厌豪杰之隐，曰：“吾自不旁落，已旁落矣。”以饥益盗，以加派益饥，以缮兵益加派，以不知所以用兵益缮兵，久之兵皆盗也，盟诸中者，不与众喻，有恝视耳。帝信王时尝阅《三国志》，见十常侍及董卓、曹瞒矫制擅权，未尝不抚掌一切齿，已闻立枷之刑，颇为动色，乃逡巡似失初指，则事势流激之，不期其然也。虽然，不屈者，人臣之节，而天子先之，为南面持大防，义矫百代，是故愿从者众；为北面昭大节，亦矫百代。

邹漪：明朝祖功宗德，较隆前代。而先皇帝以圣明在御，旰食宵衣，比之太康之尸位、仲壬之废嫡、厉王之内嬖、哀平之外戚、惠帝之昏弱、明皇之淫荡、徽宗之晏佚，举无一端，谓宜治平立臻，而逆寇犯阙，身殉社稷，烈于七君。言天言人，都不可信！盖自故辅乌程（温体仁）、武陵（杨嗣昌）辈，不能以尧舜之道事君，务拾申商督责唾余以烦苦天下。十六年间，三事九列，绳绳继继，半是持禄养交，唯诺成风，贿赂竟尚。始而裁驿，继而加派，继而抽练；继而郡邑以催科为上考，庶司以搜括为能事；继而簧鼓细人，流言流说，以掊克为希幸。兼以高尚威严，狱讼繁兴，民不堪命。而又钱法、钞法，一时并行。致海内若焦若焚，怨讟盈路，盗贼蜂起，剿不成剿、抚不成抚，虽有善者，末如之何……一旦势成，土崩瓦解。以祖宗栉风沐雨之天下，轻轻断送于众小人手。宜乎有识者愤激而言，谓今日毋论李纲难得，即求一大小人若秦桧亦不可得也！

顺治帝：

康熙帝：

乾隆帝：

嘉庆帝：呜呼！明之亡，不亡于崇祯之失德，而亡于神宗之怠惰、天启之愚騃。

咸丰帝：天启当亡国而弗亡，崇祯不当亡而亡。

傅维鳞：帝恭俭聪明，凡礼乐刑政，皆其自出。至于防边固圉，无不竭尽心力。第人经积玩，不能仰体帝心，以致衄缪，天禄永终，非帝之罪也。烈烈而死，从来亡国，未有如帝者，其堪与北地王埒英气矣。

谷应泰：

全祖望：庄烈自言非亡国之君，伏读世祖御制碑文亦云然，而修史时，圣祖亦累言之，是可以见愍亡之厚，辨亡之公，而庄烈盖足以瞑目于重泉矣。虽然，庄烈之明察，济以忧勤，其不可以谓之亡国之君固也；而性愎而自用，怙前一往，则亦有不能辞亡国之咎者。凡庄烈之召祸，在内则退宦官而不终，在外吝于议和……且夫明之所以亡者，非以流贼也，力屈于东，是以祸蔓于西。向使当日者东方修睦，得以专力于萑苻，卢象升、洪承畴、孙传庭三人者，皆平贼之已有成效者也，以之任东事则不足，以之西征有余，再假之数年，而西方晏然，李、张之首枭矣。计不出此，东事频警，撤西藩以赴之，卢缘败死，洪则败降，孙以败斥，熊罴之臣已尽，府库又竭，即令流寇不陷京师，而王师再至，将何以应之？亦必亡而已矣。是非庄烈之过而谁归也？

锁绿山人：庄烈帝勇于求治，自异此前亡国之君。然承神宗、熹宗之失德，又好自用，无知人之识。君子修身齐家，宜防好恶之癖，而况平天下乎？虽当时无流贼之蹂躏海内，而明之亡也决矣。

萧正模：

李慈铭：庄烈帝之死社稷，盖至今道之，未尝不流涕也。夫自古之致乱者，未有不始于玩与闇。玩则乱在事，闇则乱在人。明以神宗之玩、熹宗之闇，可谓至矣，而望不失天下。庄烈勤于求治，专务明察，早朝宴罢，用人不以资格，可谓非玩且闇矣，而乃举二帝所不失者而失之。则以致乱有渐，而时与势为之也。吾独以为不然。盖君人者，患莫大于自圣，祸莫亟于多疑。庄烈纂祚，手翦大奸，自以为圣明天亶，不世出之主矣。由是菅[管]束宇内，土苴大臣，以命帅为弄婴儿，以僇谏为清朋党。知熊文灿、丁启睿之庸软养贼而不肯易帅，知杨嗣昌之不足用，而以违众用之之故，责督师以收后效；知卢象升、袁崇焕之任疆埸、劳绩最一时，而一以谗言死，一以反间磔。繁苛督促，轻喜易怒，盖至十七年而易相五十，然后知其亡也决矣。无论其奸贤错置，人不能展其志也。迹其于五十人中，大抵排群议，出独见，不次而擢之。夫以一人傲戾之见，违盈廷好恶之心，不计成效，予以重枋，已足以致乱矣。而庄烈之为此，又非望其感激舍身也，徒以深疑群臣之故，即明知其龌龊阘冗，而要为我之所特简，则人皆知朋比之无益，而荧惑之谋息矣。嗟乎！命相何事，而可以忮心尝乎?……迨至祸乱已成，廷臣劝奉太子南迁，犹疑而勿许。不旋踵而神京陆沉，血胤夭绝，乃恸哭拊膺，谓诸臣亡国，非我之罪。伤已！然则谓庄烈固不如神、熹二宗乎？曰：此又庄烈之不幸，承二帝之后，积乱既深，故其受祸烈也。乌乎！人君不幸值时势之难者，其尤当以庄烈为戒也哉！

孟森：

陈登原：

郭沫若：在历代改朝换姓的时候，亡国的君主每每是被人责骂的。崇祯帝可要算是一个例外，他很博得后人的同情。就是李自成《登极诏》里面也说：“君非甚暗，孤立而炀灶恒多；臣尽行私，比党而公忠绝少。”不用说也就是“君非亡国之君，臣皆亡国之臣”的雅化了。其实崇祯这位皇帝倒是很有问题的。他仿佛是很想有为，然而他的办法始终是沿走着错误的路径。他在初即位的时候，曾经发挥了他的“当机独断”，除去了魏忠贤与客氏，是他最有光辉的时期。但一转眼间依赖宦官，对于军国大事的处理、枢要人物的升降，时常是朝四暮三，轻信妄断。十七年不能算是短促的岁月，但只看见他今天在削籍大臣，明天在大辟疆吏，弄得大家都手足无所措。对于老百姓呢？虽然屡次在下《罪己诏》，申说爱民，但都是口惠而实不至。《明史》批评他“性多疑而任察，好刚而尚气，任察则苛刻寡恩，尚气则急剧失措”，这个论断确是一点也不苛刻的。自然崇祯的运气也实在太坏，承万历、天启之后做了皇帝，内部已腐败不堪，东北的边患又已经养成，而在这上面更加以年年岁岁差不多遍地都是旱灾、蝗灾……饥荒诚然是严重，但也并不是没有方法救济……无论是饥荒或盗贼，事实上都是政治所促成的。这层在崇祯帝自己也很明白……但对于当时政治的腐败认识得既已如此明了，为什么不加以彻底的改革呢？……崇祯帝，公平地评判起来，实在是一位十分“汲汲”的“要誉”专家。

傅增湘：夫明自万历以后，纲纪颓弛，神宗晏居深宫二十年，君臣否隔，政事丛脞；继以光宗之短祚、熹宗之庸懦，妇寺弄权，忠良荼毒，内忧外侮交乘，而至民心离散，国之不亡亦仅矣。思宗嗣统，手除巨憨，召用旧人，奋然欲大有为。无如元气椓丧，大势已倾，朝廷方急于门户之争，边事则已无保障之固，加以饥馑荐臻，税敛横急，民不堪命，流寇四起，遂酿成滔天之祸。嗟乎！以勤俭爱民之主，十七年宵旰忧劳，而终无救于危亡，卒至以万乘之君，毕命于三尺之组，其事可哀，而其志弥烈矣！

李光涛：观明之国情，内则流贼，外则虏患，制东不能制西，御虏不能御寇，当此“内外交讧”之秋，明帝犹不知因金人之乞款而款之，则是其人之愚而且昏，可想见已。例如袁崇焕，忠诚爱国，为关外长城，明帝竟惑于奸臣之言，无端杀害之，“为金人剪忌”，则是其禀性之昏，可谓昏到极点了。

金庸：此人大书“九思”，但自己显然一思也不思。倒是在死后，得了个“思宗”的谥法，总算有了一思。……尽管这人卑鄙狠毒，却也不免对他有一些悲悯之情。他孤独得很，身边没有一个人可以商量，因为他任何人都不相信。……他哥哥天启从做木工中得到极大乐趣，依恋乳娘，相信魏忠贤一切都是对的，精神上倒很平安。崇祯却只是烦躁、忧虑、疑惑、彷徨，做十七年皇帝，过了十七年痛苦的日子。拼命想办好国家大事，却完全不知道怎么办才是。……他没有一个真正亲信的人，他连魏忠贤都没有。他没有精神上的信仰，一度听了徐光启的劝告而信奉天主教，但他的爱子悼灵王生病，天主没有救活孩子的性命，他便对天主失却了信心。他没有真正的爱好。他不好色，连陈圆圆这样的美女送进宫去，他都不感兴趣而遣出宫来。在中国几千年历史中，君主被敌人俘虏或杀死的很多，在政变中被杀的更多，但临危自杀的却只有崇祯一人。由于他的自杀，后人对他的评价便比他实际应得的好得多。只因他不好酒色，勤于政事，后人就以为他本身是个好皇帝。……只因他遗诏中要求李自成不要杀死一个百姓，后人便以为他真的爱百姓（难道他十七年中所杀的百姓还少了？），只因他说过“朕非亡国之君，诸臣皆亡国之臣”，后人便以为明朝所以亡，责任是在群臣身上。其实他说这样的话，就表明他是合理的亡国之君。他拥有绝对的权力，却将中兴之臣、治国平天下之臣杀的杀、罢的罢，将一批亡国之臣走马灯般换来换去，那便构成了亡国之君的条件。……袁崇焕和亿万中国人民运气不好，遇上了崇祯。崇祯运气不好，做上了皇帝。……他的性格、才能、年龄，都不配做掌握全国军政大权的皇帝。归根结底，是专制制度害了他，也害了千千万万中国人民。……在合理的政治制度与社会制度下，万历可以成为一个精明的商人，最后被送入戒毒所。天启是一个精巧的木匠。崇祯做甚么好呢？他残忍嗜杀，暴躁多疑，性格中有强烈的犯罪倾向，在现代社会中极可能成为一个犯罪的不良青年，但如加以适当的教育与训练，可以在屠宰场中做屠夫（我当然并不是说屠夫有犯罪倾向），那也是对社会有贡献的，他不能做猎人，因为完全缺乏耐心。

李敖：崇祯为人猜忌有余，能力不足，治起国来，整天走马换将，文武大吏个个是“门神”。……崇祯做了十七年的皇上，可是宰相换了五十个！他老兄实在不会用人。虽然如此，他还在亡国前夜写条子，表示“文臣个个可杀”。他恨他的手下，他说他非亡国之君，但是手下是亡国之臣。但是亡国之臣是谁任命的？舍亡国之君外，谁又有权干此好事哉？最后，在李自成进北京的日子，万岁走上万岁山，上吊死了。三十四岁的年纪，就这样自杀了。他死后，衣襟上写字还埋怨“诸臣误朕”、埋怨他的手下害了他，真可说是至死不悟的浑人。但是，浑人虽然浑，却不失他颇知廉耻的信仰：第一、他“因失江山，无面目见祖宗于天上，不敢终于正寝”，他要“自去冠冕，以发覆面”，上吊殉国；第二、在大臣劝他向南方逃走的时候，他拒绝了，他说：“国君死社稷，朕将安往？”他虽然有“台湾”，可是他没脸去逃了。他终于为亡国之君的最后殉国，做了一次好榜样。这个浑人皇帝虽然误国失国，但他的从容一死却多少引起人们的同情与怀念――比起只会亡国不会殉国的蒋介石来，他真有帝王气象了！

顾诚：

樊树志：崇祯是一个有棱有角、锋芒毕露的人物，十七年的政治生涯始终处于各种矛盾的焦点上。复杂多变的形势，层出不穷的棘手难题，需要他去面对，强大的压力使他的品格发生裂变。在他身上，机智与愚蠢，胆略与刚愎，高招与昏着，兼而有之；他励精图治，自律甚严，但求治之心太切，结果适得其反。他深知用人为第一要务，不拘一格起用人才，但用而不专，疑神疑鬼，翻脸不认人，从阁部大臣到封疆大吏，更调频繁，惩处随意，搞得臣下畏首畏尾，离心离德。他勤于理政，事必躬亲，常朝从不停辍，召对时时举行，十七年来未稍懈怠，但刚愎自用，自以为是，终于成了孤家寡人。及至魂归煤山，陪他而去的只有贴身太监一人，愿为他的社稷殉葬的也不过寥寥数人而已。一个并非亡国之君的亡国悲剧，令人感到震撼，思绪万千。

张德信：特殊的宫廷生活环境、坎坷多事的命运，造就朱由检的畸形性格。在皇权递争之中，在朝野党争之际，在抵御后金、对付农民起义之时，表现出聪颖自信而又猜忌多疑、形似谦恭而又刚愎自恃、勤心图治而又急躁专断等复杂情性，最终导致悲剧结局。

苗棣：在崇祯帝上台的时候，他的帝国即将灭亡的命运已经无可挽回，这也许是其悲剧的基本原因。对此，许多人就归结为“天命”或是“国运”，而崇祯帝本人则强调“朕非亡国之君，臣尽亡国之臣”。但他本人真的就没有一点责任吗？……在深入接触文献材料之后，每个人都会对崇祯帝的自作聪明、自以为是、固执多疑和刻毒残酷留下深刻印象。但是，如果将崇祯帝的性格特点追溯到他的幼年时代，我们就会发现那些个性其实本来并不算怎么恶劣，在一般人身上顶多是无伤大雅的小毛病罢了。可怕的是，这些本来并不算十分恶劣的性格特征，一旦同专制皇帝的绝对权威结合起来，却变成了一种令人震惊的破坏性力量。崇祯帝作为一个历史上少有的积极有为的皇帝，又把他自己的人格力量发挥到了极致。从某种意义上说，正是崇祯帝的这种积极精神加速了明王朝的灭亡。有些古代学者已经隐隐约约地感觉到，如果在明末天子宝座上的是一个比较昏聩无能的皇帝，例如万历或是天启那样的皇帝，明朝的国祚也许还能再苟延一段时间。

晁中辰：对于一个统治者来说，评价他的主要标准不在于他个人品质的好坏，而在于他待老百姓的态度如何。崇祯帝在位十七年，唯以对老百姓搜刮为能。这使得千千万万的老百姓不是战死沙场，而是活活地被饿死。他说了不少动听而又动情的话，但均是口惠而实不至。且不说崇祯帝别的诸多失误，仅就这一点来看，他也是一个地道的“亡国之君”，应予否定。……崇祯帝在位的十七年间，老百姓被各种加征逼得背井离乡，大批人饿死沟壑，使这段岁月成为历史上苦难最深重的时期之一，其惨相大概只有秦末可与之相比。但是，中国的老百姓却被崇祯帝的几句好话所迷惑，总认为他不坏，似乎还是个好皇帝。如果说中国历史上有过许多悲剧的话，这应该说是最大的悲剧之一。

陈梧桐：明思宗勤于政务，崇尚俭朴，即位之初即果断诛除魏忠贤阉党集团，颇得人们的赞誉。但他空有“中兴”之志，志大才疏，缺乏治国的能力，未能认识到明末社会危机的根源，找到挽救危局的办法，制定出长远的治国方略。而他刚愎自用而又猜忌多疑、急功近利而又优柔寡断、虚荣心强而又缺乏担当精神、专横残暴而又刻薄寡恩的性格特点，又导致其对军国大事的决策失误、措置失当，从而加速明王朝的灭亡，酿成了历史的悲剧。他最终便以有别于古来以酒、以色、以暴虐、以奢侈、以穷兵黩武而亡的另一类亡国之君的形象，定格于史册之中。

李熙：皇明毅宗皇帝守义殉社，甚庸钦仰，嗟叹之至。若夫太宗[祖]皇帝锡号之宠、神宗皇帝再造之恩，是为感戴难忘，而毅宗皇帝之扶植纲常，尤为卓越。大报坛之妥享三皇帝，永世兴慕，良有以也。

帕莱福：中国皇帝叫做崇祯，是个带有欺骗性的名字，因为在中国语言中，崇祯的意思是吉祥，或崇高的统治，但这个征兆之虚假很快就显露。皇帝非常温和、善良，他的臣民充分享受和平带来的好处，在这样一位优秀君主治下，肯定生活愉快。但对于一个君主来说，善良、温和、稳妥的治理是不够的，除非他同样有防备，不要有坏大臣，他们利用他的信任，满足私欲，野心无限膨胀……这就是这位不幸君王的悲剧。中国的皇帝就这样吊死在树上，他是百姓当作偶像的君王，他的名字让人人战栗，他是千万子民之上的君主，与欧洲一般大的帝国之君，他的士兵以百万计，他的贡物以千万计。终于，大中国的强大皇帝吊死树上，他的御妻即皇后（原文如此，实际应为太监王承恩）死在附近的另一株树上。两棵树干的负担何其沉重？然而，世上大君王为及时实现这可怖而又渴求的伟绩，瞬间从今世荣华的顶峰落入可悲的深渊，需要多大的力量！

卫匡国：崇祯帝的贪婪也使暴乱大大加剧。他增加赋税，榨取百姓血汗，好像那年是黄金年头。

汤若望：

威廉·阿特韦尔：尽管朱由检后来成了一个比许多年来任何一个皇帝远为认真负责的统治者，但这不能弥补他的缺乏经验、多疑和刚愎自用——这些性格特点促成他的王朝的覆灭。无论将来的研究可能揭示出什么，朱由检都不大可能被看成是中国历史上的一个好统治者。

冈本隆司：崇祯帝这个人特别聪明，什么都能感觉到，所以对犯错的官员和偷懒的臣下无法容忍。他过于看重别人的失败和过错，而且从来不给予原谅。如果不信任宫中的宦官，就要依靠政府里的大学士。但崇祯帝认为内阁大学士都是无能的，于是接连抛弃，当时的谚语称“崇祯五十宰相”。最初逼迫魏忠贤自杀，任用宰相（大学士）后又觉得他们无能，前前后后更换了五十个人。崇祯帝就是这样不信任臣下，但他身边只有如此平庸的人才也是事实。于是，崇祯帝只能孤军奋战了，因此也不可能拿出成绩。所有责任和权力都集中于天子，“私有化”的明朝体制已经濒临极限，这是崇祯帝一己之力所难以应对的局面。

朱由校刚登基时，朱由检才10岁，突然问朱由校说：“这个官儿我可做得否？”朱由校说：“我做几年时，当与汝做。”后来竟一语成谶。

后来，朱由检在晚上梦见乌龙环绕殿柱，起来后给养母庄妃李氏讲，觉得非常奇异。又有一天，他在勖勤宫花园里游玩，花园有两口水井，他亲自用汲水器在第一口井打水，打出了一条金鱼，感到很高兴，随后在第二口井又打出一条金鱼。身边的宫人都十分惊讶，但不敢说破其征兆。朱由检遂命将两条金鱼在西苑河里放生。

天启七年（1627年）春，魏忠贤送给朱由检200株牡丹，在长笺上写上每个牡丹的品种名字，第一个就是“御袍黄”，结果到了秋天，朱由检就继承皇位，这也被视为先兆。

朱由检还是信王时，有一天路过太庙，看到两个宦官举着食具，撞倒在地，然后互相斗殴，并大呼“皇帝”。其他宦官也赶来，但就是劝不了架。朱由检上前训斥：“这是什么地方，你们竟敢如此放肆！”当事宦官反问自己有什么罪，朱由检说：“你没有罪吗？你擅自叫嚷皇帝这个神圣的称号，还惊动了列祖列宗，你的罪还不大吗？”众宦官听到后齐刷刷跪下，磕头称罪该万死，从此朱由检就在宦官中树立了威信。

朱由检登基前一天，内阁提供四个年号供他选择，一为“乾圣”，朱由检说“乾为天，圣则安敢当”；二为“兴福”，朱由检说：“中兴甚好，亦不敢当。”三为“咸嘉”，朱由检说：“咸旁为戈，今方欲息干戈，勿用。”于是选择崇祯为年号。另一说是礼部拟“永昌”“绍庆”“咸宁”“崇贞”，朱由检选择最后一个，并改“贞”为“祯”。

朱由检即位后不久，在便殿批阅奏章，突然闻到一阵异香，不禁为之心动，问身旁的宦官是怎么回事，宦官回答是“宫中旧方”，朱由检大怒，下令马上毁掉，不得再用，并叹息：“皇考、皇兄皆为此误也！”

据说朱由检入宫之初，魏忠贤给他进献四名国色天香的美女，朱由检本来不想接受，但担心魏忠贤起疑心，就将其纳入后宫。美女进宫搜身，发现每人各携带一粒“迷魂香”，一触碰就会激发男人的性欲，朱由检下令不准用此香。又有一天晚上，朱由检和大臣交谈，突然闻到一股不对劲的香味，便起立命宦官拿着蜡烛在宫殿内到处搜寻，找了半点后，发现远处殿角微微闪烁火光，便马上命令拆掉墙壁，发现一个小宦官拿着香端坐其中，询问之后，才知道他是魏忠贤指派的。魏忠贤看到朱由检勤于政事，就让这个小宦官拿着香，以勾起朱由检的性欲。

朱由检结婚时，有人送了两条大鲤鱼，一条跳出缸中，一条两眼皆动，如同求生。朱由检不忍食用，下令将其放生。即位后数日，朱由检又当着王体乾和魏忠贤的面，下令废除刑讯逼供所用的立枷。

朱由检经常通宵批阅奏疏，冬天时，宦官守夜，自备睡袋，朱由检心疼宦官们天寒守夜，总令他们先睡，自己则熬夜看奏章。等守夜宦官们睡醒时，听见屋里有动静，偷偷钻出睡袋去看，才发现朱由检刚刚自己洗漱睡觉了。

明宫规定，宫女如犯过失，要被罚以提铃警夜，也就是深夜提着铃从乾清门走至日精门、月华门，再走回乾清门，边提铃还要口唱“天下太平”，声音要缓而长，与铃声相应。即使刮风下雨，天寒地冻，也不许回避。朱由检经常办公到深夜，一个风雨之夜，他听到外面传来宫女“天下太平”的唱声，声音凄婉，牵动了他的怜悯心，便命人把这位宫女叫来，问她姓名，答称：“韩翠娥。”朱由检命令解除她所受的处罚。后来韩翠娥升为宫中女史官。

朱由检虽然曾称自己“幼而失学，长而无闻”，但实际上他在明朝皇帝中以学识渊博、热爱读书著称。各宫御座旁边都放着书籍，以便他随时阅读，他甚至还能写八股文，曾展示给群臣看。他“日夜不辍”地读书，遍读四书五经、性理大全，以及《资治通鉴》《通鉴纲目》《大学衍义》《大学衍义补》《贞观政要》《皇明祖训》《帝鉴图说》等书籍，手不释卷，尤其爱读《尚书》，为其标点数遍。司礼监宦官为了赶上朱由检的进度，也开始读史，并聘请老师学习八股文。由于朱由检出色的学问功底，所以他在经筵、日讲之际，经常与出身儒臣的讲官反复讨论学术问题，很多问题讲官都答不出来，令讲官“无不敬服”。不仅他自己好学，对皇太子也严格要求。有一次宫中有庆，皇太子放了几天假，他就对阁臣叹息道：“东宫又荒疏四五日矣！”

除了学问渊博外，朱由检还有许多特长，琴棋书画无所不能。他精通书法，其所写大字“矫健绝伦”，颇得欧阳询笔法的神韵，连后来清朝的顺治皇帝都热衷收藏朱由检的书法作品，据说至少达八九十幅。他在绘画上也有一定造诣，孔尚任说自己曾看过朱由检所绘山水画，所绘树石模仿沈周，上钤“大明崇祯万几余暇之笔”印。他热爱音乐，平时以抚琴自娱，并曾创作《访道五曲》（崆峒引、敲爻歌、据桐吟、参同契、烂柯游），让爱妃田秀英弹奏。他还命中书尹大华订正历代琴谱，并亲自制作琴文五曲，分别为“五建皇极宫音君”“百僚师表商音臣”“于变时雍角音民”“万国咸宁微音事”“四夷来王羽音物”。朱由检的御琴在清初尚能见到，藏于济南李家。此琴用金玉象犀作为装饰，背面镌刻有“广运之宝”以及“大明崇祯皇帝御琴”八字，尾部又有“翔凤”两个篆字。他甚至对西洋乐器也感兴趣，曾于崇祯十三年（1640年）在宫中发现利玛窦献给明神宗的西洋古钢琴，就命汤若望修复并演奏给他听。他也会下围棋，与爱妃田贵妃下棋时，田贵妃都会主动输一二子。

朱由检不仅能文，而且能武。他“于骑射特精”，能拉三石劲弓，百发百中，新造之弓都由他亲自试验，能拉得满开就驳回，拉得半开就合格并下发军队，然而将士们却拉不动这些朱由检能拉得半开的弓；他又曾在西苑骑马，从驾者不能追上他，还能在马上运二十斤军器。他还爱弹弓，曾有一次在西苑弹落二鸟，为之大喜，左右都欢呼万岁。

崇祯元年（1628年）八月，朱由检命令擅长书法的司礼监掌印太监高时明书写“敬天法祖”四字匾额，悬挂在乾清宫大殿，又写十六字心传（人心惟危，道心惟微，惟精惟一，允执厥中）于两楹。崇祯三年（1630年），他命人在文华、武英殿的屏风中绘制历代明君贤臣图，自己又在屏风写上“正心诚意”四大字，以勉励自己做一名有道明君。他还将宋儒程颐的名言“人主一日之间亲贤士大夫之时多，亲宦官宫妾之时少，则自然君德清明，君身强固”作为座右铭，时时吟诵。

朱由检以尧舜为榜样，鄙视汉、唐时代的明君。崇祯十五年（1642年）闰十一月，刘宗周再次因进谏而被触怒朱由检时，阁臣们集体申救刘宗周，蒋德璟讲唐太宗能容魏征的故事来劝朱由检对刘宗周从宽处理，朱由检打断他的话说：“唐太宗才，朕所不如，若论闺门德行，朕亦不学他。”蒋德璟接着说唐太宗其实只是“巧于取名”，即通过容纳魏征来成就自己的美名，朱由检这才有所息怒，最终对刘宗周从轻处分。退朝后，首辅周延儒责备蒋德璟说错话，另一阁臣黄景昉不解，周延儒便回忆了朱由检的一件旧事，有人将朱由检比作汉文帝，朱由检却斥责道：“何得用汉、唐中主比朕乎？”朱由检眼中只有唐虞三代，对汉、唐不屑一顾。黄景昉联想到了宋哲宗斥责苏辙将自己比作汉武帝之事，并隐晦批评朱由检没有自知之明。

在多灾多难的时局下，朱由检对祭祀、斋醮、祈祷之类的活动极为上心。他每天早晨起床后都会在乾清宫丹陛拜神，每当举行祭祀天地宗庙这类大祀时，他都非常庄重虔诚，即使刮风下雪也不会缺席祭祀。当时旱灾不断，他常常亲自祈雨。崇祯三年（1633年），他冒着炎炎夏日，不坐銮轿，以“步祷”方式从紫禁城走到天坛祈雨，回宫时就下起了大雨。崇祯十五年（1642年）正月初九日，朱由检亲享太庙，“拜揖最恭且久”，礼部侍郎蒋德璟在朱由检作揖时默诵《清庙》《维天》《维清》《烈文》等颂歌、下拜时默诵从太祖到熹宗的庙号，等默诵完毕后，朱由检仍未起身，时值隆冬，朱由检不用暖耳，以表虔诚。还有一次去社稷坛祭祀时，遇到下雨，朱由检不但没有回宫，反而“礼益肃”，陪祭群臣的祭服无不湿透。

朱由检曾请龙虎山张天师（张应京）来京，设“延禧万寿禳妖护国清醮”四十九天，召集僧道三百人参加，朱由检每三天亲临一次，行香祈祷。在设醮完毕后，张天师在坛前闭目神游，开眼后对朱由检说：“灾异妖孽，上帝已命北极佑圣真君馘斩收逐矣。国家绵久，万子万孙。”北极佑圣真君指的是披发仗剑的玄武大帝，形象与满人相似，预示扫平李自成的将是满清；而“万子万孙”则预示明朝只能传至万历的孙辈（朱由检、朱由崧、朱由榔）。张天师不敢泄露天机，只好用隐语来启奏。

有一天，朱由检向明神宗的宣懿太妃请安，行礼完毕后就座，随后就睡着了，太妃命人不要吵醒他，并让尚衣宫女给他盖好。过了一会儿，朱由检醒来，连忙向太妃道歉并解释道：“神祖时，海内无事，至儿子苦，枝梧多难。两夜省文书，未尝交睫。心烦懑，废餐，自以年才逾壮，为国事磨耗，早困劣，在太妃前昏然不自持一至此。”太妃听到后流下眼泪，朱由检也哭了很久，宫人不敢仰视。

崇祯十五年（1642年）正月初一日，朱由检在皇极殿接受完百官朝贺后，传周延儒为首的内阁大臣进殿，立于西班（武臣及勋臣所站之班）。公、侯、伯等勋臣也跟着进殿，朱由检命令他们退下，他们开始还以为是要阁臣到东班。等勋臣们都退下后，还穿着冕服的朱由检不顾帝王之尊，走下御座，破天荒地向阁臣作揖，以师礼相待，要求他们与自己同心协力，共创太平。阁臣们连忙叩头，在聆听完圣训后退下。他还立下规矩，从此以后在阁臣独对时就以“先生”取代“卿”来敬称，这在历代帝王中也几乎是绝无仅有的。周延儒退下后，不但没有受宠若惊，反倒忧心忡忡，说：“此非佳事，上责备将益深矣！”也有人评论此举不仅“亵主尊，伤国体”，而且“元日降帝座，有东西易向之形兆，非吉”。

崇祯十六年（1643年）五月的一天，朱由检梦见有人（一说朱元璋，一说“神人”）写了个“有”字，醒来后告诉太监，有人说这是吉兆。不久，会极门收到一件匿名上疏，说“陛下梦后，诸臣革革以为祥，臣窃以为非利，盖‘有’字，则‘大明’去其半矣！”朱由检龙颜震怒，命令搜捕上疏者，但却找不到。有人说上疏者就是李自成派出的奸细。也有说法是道破此梦玄机的是首辅周延儒，朱由检让他不许外传，但还是泄露到坊间，后来他赐死周延儒就有这层因素。

后来这个事件演变为“崇祯测字”的民间传说。李自成攻打北京前，派军师宋献策潜入北京，乔装成测字先生。恰逢朱由检微服私访，看到测字摊，就让他测字来推断国运，先测“有”字，宋献策告诉他是“大明去半”，大明江山不保；朱由检改口说是朋友的“友”，宋献策解释为“反字出头”，李自成要成大气候；朱由检又说是子午卯酉的“酉”，宋献策说这是至尊之尊字去头去脚，是君王将死之兆。

相传紫禁城有一密室，藏着明初开国功臣诚意伯刘基所遗之物，明宫家法规定没有大变就不要开启密室。崇祯十六年（1643年）清兵入塞时，朱由检不顾太监反对，开启密室，室中只有一柜，打开柜子后发现有三轴画。第一轴描绘的是百官拿着朝冠，披发乱走，朱由检问身边太监，太监回答：“或恐官多法乱。”第二轴描绘将士倒戈弃甲、百姓流离失所的情景，朱由检又问，太监回答：“想军民背叛也。”朱由检勃然变色，仍然不顾太监反对，执意打开第三轴，画的是一个跟他长得很像的男子披发吊死的情景，结果第二年就应验了。另一版本则是朱由检所启之画的三个情景分别是：和尚戴着百官朝服的梁冠，寓意“有官（冠）无法（发）”；头发散乱者戴好几个帽子，寓意“官多法乱”；隔河无数人马，一个君主模样的人彷徨若失，不能渡河，披发狂奔。据说当时民间上疏都有提到这个传闻的。

后来有人澄清这个传闻，说朱由检确实打开过宫廷密室及其中的柜子（或匣子），只不过发现的是胡人、汉人混杂的元代朝会图，还有人说发现的是两把古剑，后来朱由检手刃妻女就用的是这两把剑。

后世为朱由检所上庙号甚多，清和南明官方上过的庙号有怀宗、思宗、毅宗、威宗，候补的庙号有烈宗、正宗、敬宗、乾宗等。

怀宗是清朝为朱由检所上庙号，因为清军入关的名分是为朱由检报仇，所以进北京后就为朱由检发丧，并安排明朝遗臣李明睿拟定了“怀宗”的庙号，书于神主牌位上。但此举本身不合礼法，因为前朝宗庙已易主，新朝不应为亡国之君上庙号，故南明大臣讥讽称“不称怀帝而称怀宗，尤异，不知何家之宗也”。其后，清朝以“兴朝谥前代之君，礼不称宗”为由，取消“怀宗”之庙号。

思宗是南明弘光政权为朱由检上的第一个庙号。弘光政权的右都御史张慎言与中书舍人谈迁一起讨论朱由检的庙号，谈迁提议用“烈宗”，被张慎言采纳，文震孟之子文秉也主张用“烈宗”。上报内阁时，众人也表示“烈宗断不可易”。但大学士高弘图却说《尚书·尧典》记载的“四德”（钦、明、文、思）里只有“思”字没被用作过庙号，遂提议“思宗”，众人又认为他说的有道理，便用思宗替代烈宗的方案。礼部尚书顾锡畴则提议“乾宗”，理由是朱由检“十七年忧勤”，符合乾卦“自潜至亢、不失其正之义”。崇祯十七年（1644年）六月，“思宗”和“乾宗”两个庙号被送到弘光帝那里挑选，弘光帝选择了“思宗”。

毅宗是弘光政权为朱由检上的第二个庙号。尽管已定夺庙号思宗，但有不少臣僚对这个庙号不满，因为思字在谥法中有“追悔前过”之意，属于下谥，比如周思王和蜀汉后主刘禅的谥号就是思，用这个字当庙号有辱朱由检之“圣德”，所以赵之龙、余煜、李清等臣僚纷纷反对，顾锡畴又拟了“正宗”的庙号。起初弘光帝拒绝赵之龙的建议，后来高弘图去位，马士英当权，余煜上疏请改庙号为“毅宗”，另有人提议用“敬宗”，弘光帝选择了“毅宗”。但这个庙号也不能让所有人满意。有人说明武宗的谥号是毅皇帝，不应与之重合，礼部侍郎管绍宁则认为明朝既有仁祖又有仁宗，既有睿皇帝又有睿宗，所以用毅宗无妨。不久，左良玉起兵清君侧、将改庙号作为马士英第一罪，声称马士英改思宗庙号的真实意图是“明示先帝不足思，以绝天下报仇复耻之心”。

可能是因为思宗和毅宗都不能令所有南明臣民满意，所以到了隆武政权时，又改朱由检庙号为“威宗”。但李清认为威宗与汉桓帝、北齐文宣帝等无道之君曾用过的庙号相同，也不合适。

朱由检的书法作品中，传世的有藏于台北故宫博物院的“九思”、藏于故宫博物院的“松风水月”和“思无邪”，以及若干流传在民间的书法作品。

朱由检“好文墨”，但传世的文学作品不多，主要有赐石柱女土司秦良玉的四首七绝和赐督师辅臣杨嗣昌的七绝等。

清朝（包括其前身后金）编修的《旧满洲档》《满文老档》《清太宗文皇帝实录》及《明史》均记载在己巳之变中，朱由检中了皇太极设下的反间计，即皇太极安排汉将鲍承先等谈论明军主帅蓟辽督师袁崇焕私通后金之事并故意让明朝被俘太监杨某及另一太监听见，然后放杨太监回北京城，朱由检听信该太监所传之言，怀疑袁崇焕通敌，便将其逮捕下狱，最后凌迟处死。此事被以梁启超、孟森、阎崇年为代表的众多学者承认，并批评为朱由检自毁长城之举。

但是，学者李宝臣质疑这种记载，他指出反间计之说虽然在清太宗实录等清方文献中有记载，但藏于内府，并未公开，在当时明朝的史料中也没有记载。直到清初，一些明遗民如屈大均、黄宗羲开始提到袁崇焕因反间计而死。而这种说法在社会广为流传则始于乾隆年间颁行《明史》以后。他认为皇太极可能确实行过反间计，但他放回的太监是否会将他们听到的情报上报朱由检，即使能够上报，朱由检又是否真的相信，这些问题都没有确切史料佐证。在朱由检逮捕和处死袁崇焕之际先后公布的罪状中，都没提到过反间计中的内容（在己巳之变时密约通敌），而且袁崇焕自下狱至凌迟足足有八个月时间，如果只是因为反间计而被处死，袁崇焕在这八个月时间里完全能够证明自己的清白。因此他主张朱由检并未中过皇太极的反间计，其逮捕乃至处死袁崇焕主要是因为袁崇焕为北京被围所负的责任以及“五年平辽”方略的破产。

另一学者姚念慈则主张不仅朱由检没中过皇太极的反间计，而且这种“反间计”可能压根就不存在，是后金方面鉴于朱由检突然逮捕袁崇焕，不明其原因，遂杜撰“反间计”一说，以体现皇太极之料事如神。他推测杜撰“反间计”的灵感来源于皇太极派两个被俘的明朝太监杨春、王成德向德胜门、安定门投递讲和文书之事（此事见《崇祯长编》）。他认为朱由检对袁崇焕所寄托的“五年平辽”的厚望幻灭，又听信了坊间关于袁崇焕“勾虏”逼京、要挟和议之风传，愤恨于袁崇焕轻信哈剌慎首领苏布地而造成这次危机，因此在冲动之下逮捕了袁崇焕。他虽然认为朱由检逮捕袁崇焕并非中反间计所致，但同样批评此举为自毁长城，导致关宁军一度溃散东奔，从而错过了歼灭皇太极于关内的良机。

朱由检自缢于煤山（又名万岁山、万寿山，今景山）里的具体哪个位置，各种史料众说纷纭，有寿皇亭（灵寿亭、寿皇殿）、红阁、巾帽局等不同说法。也有记载更具体地指出是自缢于一棵树上，有松树、海棠树等不同说法。后来清朝将景山东麓的一颗歪脖槐树定为朱由检自缢之处，并锁上铁链，称为“罪槐”。铁链在八国联军侵华战争时遗失，槐树在1966年“大串联”期间被折去树枝、剥光树皮，用作“纪念品”，不久即枯死。现存的槐树系1996年将北京建国门一个居民院内的古槐移植至此。

朱由检在位后期，明朝财政捉襟见肘，朱由检先后发了数百万两内帑，甚至将万历以来宫中所珍藏的辽东人参卖掉。不仅如此，他还向百官催捐，在北京城破前勉强搜集了二十万两白银（参见“为政举措-经济”目录）。但有记载显示，朱由检其实坐拥大量财富，却不舍得动用更多的内帑。据明朝官员赵士锦说，李自成在皇家内库中发现了3000余万两白银、150万两黄金，上面都有“历”字，是万历以来所储存的财富；另一明朝官员杨士聪则说李自成在皇家内库发现了3700万两白银，上面铸着永乐年字。由于他们在北京城破时都亲身经历，所以他们的证词被其他史料和论著广为引用，由此产生了朱由检“守财亡国”之说（另有一名亲历者张正声说李自成从内库搜出近亿两金银，但一般不被采信）。

质疑这种说法的人有如下几种观点：

有学者认为，明朝宫廷中确实有一些“镇库”白银，加上金银器具，估计李自成从宫中可以搜刮到一、二百万两白银。但这些“镇库”白银只表明朝廷对财政安全与连续性的期待，不能说明朱由检本人吝啬守财。

朱由检生前没来得及修自己的陵寝，死后与周皇后一起下葬于田贵妃墓中，称为“思陵”。清代陆续修建了碑亭、享殿、明楼等皇陵配套建筑。顺治帝曾挥泪亲祭思陵，并命明降臣金之俊撰文立碑，详述朱由检的“圣德”。民国时，思陵管理不善，地宫两次被土匪盗掘，1947年国民党军队为应付内战、修建炮楼而拆除了思陵的所有地面建筑。如今思陵只剩下顺治碑和石五供等少量遗存。

清军入关后，就将朱由检的牌位供奉于历代帝王庙中。康熙六十一年（1721年）整顿历代帝王庙的祭祀时，原则上亡国之君不入祀，但康熙帝特地指示保留朱由检的牌位，并将他认为实际负有亡国责任的明神宗、明光宗、明熹宗的牌位移出历代帝王庙。朱由检便成为唯一被祭祀于历代帝王庙的亡国之君。

中华民国十九年（1930年），故宫博物院立“明思宗殉国处”碑，由书法家沈尹默题写碑文。

中华民国三十三年（1944年），为朱由检殉社稷300周年。明思宗殉国三百年纪念筹备会延请傅增湘撰文，陈云诰书丹，潘龄皋篆额，经故宫博物院许可，立该碑于老槐树旁，是为“明思宗殉国三百年纪念碑”。

新碑立后，旧碑（“明思宗殉国处”碑）被移动到寿皇殿院内。1955年景山公园重新开放时，因“明思宗殉国三百年纪念碑”有诋毁农民起义之嫌，故被拆除。“明思宗殉国处”碑也被截为两段，用作井盖。2004年朱由检自缢六甲子之际，这两块碑均被复立于老槐树旁。

中国东南沿海地区普遍将农历三月十九日定为太阳生日（太阳节），一些地方要在这天祭拜朱天君。据说这个风俗就是纪念朱由检在这一天殉社稷，为了避免清廷迫害而讳称为太阳生日。

朱由检殉社稷一甲子之际（1704年），朝鲜肃宗为报答壬辰战争中向朝鲜派遣援军的明神宗而修建了“大报坛”。到了乾隆十四年（1749年），朝鲜英祖又增加了明太祖朱元璋和明毅宗朱由检的神位。对朝鲜来说，这三位明朝皇帝对朝鲜的恩惠最大。明太祖曾赐予国号“朝鲜”，对朝鲜有“大造之恩”；壬辰战争中明神宗救援朝鲜，有“再造之恩”；清军侵入朝鲜（即丙子之役）时，朱由检对朝鲜有所谓的“东援之恩”，朝鲜向清称臣很久之后，才知道朱由检曾在丙子之役时派陈洪范救援朝鲜，因此将他供奉进大报坛，与明太祖、明神宗一体祭祀。

康熙年间，朝鲜派到清朝的使臣闵鼎重曾购得朱由检御笔“非礼不动”四字，回国后献给他的老师大儒宋时烈，宋时烈如获至宝，摩刻于清州华阳洞之山崖，后嘱托其弟子权尚夏建祠于华阳摩崖下，以祭祀明神宗和明毅宗（朱由检）两皇帝，权尚夏遂在朱由检殉社稷一甲子（1704年）之际建立了“万东庙”，以祭祀两位皇帝。

道光十一年（1831年），流亡朝鲜的明遗民后裔王德一修建了祭祀明太祖的大统庙，后增加祭祀明神宗和朱由检。九位明朝义士的后人至今仍然会在每年朱由检忌日这天举行盛大的祭祀仪式。2016年，漫画家狐周周发现大统庙供奉的朱由检画像其实是清朝顺治帝画像，便请该庙主人撤下，并答应为他们合成一幅朱由检画像。其后大统庙便供奉的是狐周周以朱由检父母形象为原型合成的朱由检画像。

17世纪荷兰诗人、剧作家约斯特·凡·德·冯德尔根据传教士卫匡国所著《鞑靼战纪》等素材，创作了反映朱由检国破家亡的悲剧《崇祯》（Zungchin），是欧洲第一部“中国风”的文学作品。在戏剧主人公朱由检形象的塑造上，冯德尔毫不隐晦其个性缺陷，在剧情简介的首句就是：“崇祯，中国大明最后一位皇帝，被无厌的贪婪所攫取，官员憎恨，子民厌恶，因而在国都北京受到匪首李自成出其不意的攻击时只得将皇位拱手让人。”对朱由检国破家亡的悲剧抱有“哀其不幸、怒其不争”的心态。

中国作家姚雪垠在创作长篇历史小说《李自成》时，也着力塑造朱由检这一人物，后来将书中以朱由检为主线的部分抽取整理为单部小说《崇祯皇帝》。在当时的“左”倾思潮下，朱由检作为“地主阶级头子”而受到批判，但姚雪垠反其道而行之，对朱由检寄予同情，他既刻画朱由检的刚愎自用、猜忌多疑、凶狠专断、残酷无情等性格缺陷，又写出造成这些性格缺陷的环境与原因。

此外，苗棣、樊树志、张德信和谭天星、晁中辰、陈梧桐等学者都出版过有关朱由检的传记作品，对朱由检的评价各有不同（参见“历史评价-现代评价”部分）。