南朝陈光大元年（567年），天台智顗（智者大师）住此，讲《大智度论》及《次第禅门》，深获朝野崇敬。僧俗负笈来学者不可胜数。寺运隆盛。

南唐升元元年（937年）改称升元寺。

南唐升元（938—942年）年中，瓦官寺更名为升元寺，阁也称为升元阁。

北宋保宁（970—979年）年间，寺阁毁于宋师南下兵火。北宋太平兴国五年（980年），复建为崇胜戒坛院，筑卢舍那佛阁。

宋太平兴国年间（976～983年），改名崇胜寺。至明初，寺基完全荒废。一部分改成徐魏公之族园，另一部分则成为骁骑之卫仓。

明代初年，寺已荒废，寺址半入骁骑卫仓，半归徐魏国公族园。明朝嘉靖年间（1522～1566年）徐公在园侧兴建积庆庵，称为瓦官寺。万历十九年（1591年），僧圆及诸檀越商议筹募资金，在凤凰台右建立丛桂庵。并赎回台地，重建殿宇，大建梵刹，称为上瓦官寺。而改称积庆庵为下瓦官寺。祠部谓皆瓦官旧址，遂称平地为下瓦官寺，山上为上瓦官寺。明代学者焦竑（1540—1620年）改上瓦官寺为凤游寺，然里人犹称为上瓦官寺。今上瓦官寺已改称为凤游寺，仅残留部分伽蓝。

清咸丰（1851—1861年）年间，上下瓦官寺均毁于太平天国兵火，仅剩破屋数间。同治、光绪（1862—1908年）年间，得以修葺。在此期间，在上瓦官寺基址上，还修建了妙悟庵。

1951年，在下瓦官寺内办民办小学，1958年“大跃进”中被拆除。

1959年，妙悟庵原房三进十八间，由南京市房管局代管，出租给南京绝缘材料厂。

1964年，上瓦官寺被南京市第四十三中征用改建为校舍。

2000年，南京市房管局将其房屋产权及土地使用权归还给南京市佛教协会。

2003年7月，绝缘材料厂将所有房地产全部腾空让出，由南京市佛教协会礼请真慈大和尚住持，净全法师管理，恢复重建瓦官寺，并对外开放。

瓦官寺文化沉淀深厚，人文遗存丰富，是中国佛教史上的重要寺院。瓦官寺历代高僧辈出，陈隋时天台宗创始人智顗（538-597年），又称智者大师，于陈光大元年（567年），卓锡瓦官寺，直到太建七年（575年）入天台山，在此住了八年。他在瓦官寺弘扬禅法，宣讲《法华经》、《小止观》、《大智度论》等，为天台宗的创立奠定了理论基础。诚如已故赵朴初会长说的：“天台宗的智者大师是在南京最初宣讲他的学术。”故后人尊瓦官寺为天台宗的祖庭。九世纪初，日僧最澄（767-822年），入唐求法学天台教义，回日本后以比睿山为大本山创立日本天台宗。十三世纪，日僧日莲（1222-1282年），学天台宗教义，依《法华经》，创立日本日莲宗，此宗分派很多，著名的有日莲正宗、创价学会、灵友会、立正佼成会等。十一世纪末，高丽僧人义天（1009-1101年）入宋学天台教义，将天台宗传入高丽。天台宗在日本、韩国仍很盛行。瓦官寺在日本和韩国佛教界久负盛名，有广泛影响。近二十多年来，其有关人士，时来南京寻根礼祖，探问瓦官寺重建情况。

瓦官寺在晋代就号称藏有“三绝”：一是狮子国（即今斯里兰卡）所赠四尺二寸高的玉佛像，史书《梁书》有记载，是早在一千六百多年前我国与东南亚国家友好交往的最好见证。二是东晋雕塑家戴逵（约326-396年）、戴顒（378-441年）父子所铸丈六铜像和用其所创的干漆夹纻塑造的佛像。夹纻法后经鉴真大师传入日本，日本唐招提寺的国宝鉴真和尚像就是用夹纻法所塑。三是东晋画家顾恺之（345-406年）所绘《维摩诘示疾图》壁画。戴逵父子的佛像、顾恺之的壁画，都是载入中国艺术史册的杰出创作。

瓦官寺和凤凰台一带是南京文脉之地，六朝风物俯拾皆是。吸引了历代许多诗人墨客来此凭吊吟诵，李白、杜甫、陆游、刘克庄、周邦彦、王世贞等都留下了不朽的篇章。特别是李白的“凤凰台上凤凰游，凤去台空江自流”和杜甫的“虎头金粟影，神妙独难忘”等名句，已成为传颂千古之绝唱。

古瓦官寺范围之广大，今已无考。但明代复建之上瓦官寺有基址四十亩，下寺基址十亩。据《金陵梵刹志》作者、明南祠部郎葛寅亮的《凤凰台上瓦官寺记》称：“上瓦官寺者即晋施陶官地，为瓦官故址。又凤凰台右，据山临城。”指出上瓦官寺为瓦官故址。又据《凤麓小志》载：“（上瓦官寺）予幼时犹及见之，今则破屋数椽而已，夫华严楼阁弹指废兴，以二千年之禅林尚存幻相，而比丘优婆乃欲别种一因如妙悟庵者。”也说明了妙悟庵与瓦官寺的因缘。

其次，清末所复建的上瓦官寺早改建为第四十三中校舍。而与四十三中对门相望、一巷之隔的原妙悟庵地产权已归南京市佛教协会所有，具备了重建的条件。以花露北岗12号原妙悟庵为基础进行重建。

地址：南京市秦淮区花露北岗12号

交通：南京公交35路底站往东走50米右拐30米后左拐，拐进花露北岗，经南京文枢初级中学（原南京四十三中）即到。