金末，寺院再度毁于兵火。

元太宗窝阔台十年（1238年），元太宗赐玄中寺为“龙山护国永宁十方大玄中禅寺”，此后便统称“玄中寺”。住持惠信在蒙古统治者的支持下，重兴寺院。太宗后乃马真三年（1244年），蒙古朝廷曾派使臣到玄中寺参加长达三昼夜的水陆道场，告天祈福。元世祖忽必烈统治时期，惠信弟子广安做了太原路都僧录。在元朝政府的大力扶持下，玄中寺达到了极盛。不仅寺内拥有大片土地、山林，而且所属下院多达40处。

明朝永乐、嘉靖和清朝乾隆、嘉庆年间，玄中寺随封建王朝兴盛而兴盛，寺庙多次得到重修和扩建。

清朝同治、光绪年间，随着清王朝的没落，玄中寺也沦为废墟，僧众四散，文物流失。

1994年5月10日，玄中寺隆重举行佛教净土宗昙鸾、道绰、善导三祖师铜像开光法会。

2011年，玄中寺被中央统战部、国家宗教事务局授予“首届全国创建和谐寺观教堂先进集体”称号。

2012年11月，玄中寺被国家旅游局评为AAAA级旅游景区。

玄中寺在中轴线上由南到北依次分布着天王殿、大雄宝殿、七佛殿和千佛殿等殿堂，从低到高，错落有致，与山势融为一体。山门为单檐式门洞，正中是“永宁禅寺”四个古朴刚健的大字。天王殿为单檐歇山式，正中供皆大欢喜的弥勒佛像，两边为泥塑的持国天王、增长天王、广目天王和多闻天王像。天王殿两侧为钟、鼓楼。天王殿往大雄宝殿的南道上的东西两侧各有一座小碑亭，亭内各立一通古碑。西边是唐代开元二十九年（741年）建立的《石壁寺铁弥勒像颂并序碑》。东边是元代至顺三年（1332年）重刻的唐元和八年（813年）建立的《唐石壁禅寺甘露义坛碑》。

寺内最古建筑为明神宗万历三十三年（公元1605年）所建之天王殿、七佛殿、千佛阁、四殿三院，逐级升高，依山就势，层层叠置。此外还有钟鼓二楼、南北塔院、祖师殿、鸠鸽殿、接引殿、准提殿及僧舍、禅院、客房、斋堂等建筑散布各处；秋容塔雄峙寺东山巅，为宋代遗物。

大雄宝殿

大雄宝殿是玄中寺的主体建筑，面阔五间，长约25米，宽约20米，单檐歇山式。正中供奉着阿弥陀佛木刻立像，庄严凝重，慈祥肃穆。阿弥陀佛是净土宗的主要信仰对象，被认为是西方极乐世界的教主，能接引念佛人往“西方净土”，故又称“接引佛”。因此，玄中寺的大雄宝殿不象其他寺院的大雄宝殿那样供奉释迦牟尼佛，而是独奉阿弥陀佛像。大殿四周悬挂着十六罗汉画像，姿态各异，形态超脱。大雄宝殿西侧的院内，有祖师堂。堂内正面悬挂着昙鸾、道绰、善导三位法师的画像。这三幅画像是1957年9月18日日本菅原惠庆长老与高阶珑山为首的佛教访问团参观玄中寺所赠，是由日本净土宗大本山知恩院、增上寺和真宗本愿寺、东本愿寺分别绘制的。佛龛前悬挂着一对形制精美的幢幡，是1980年日本净土宗为纪念善导大师圆寂1300年来华参拜祖迹时赠送的。祖堂内还陈列着日本佛教界赠送的经书、法物、照片等礼品。

七佛殿

七佛殿上悬挂着“西方圣境”门匾，寺内供奉着泥塑镀金的七佛像，均为坐像。这七佛为毗婆尸佛、尸弃佛、毗舍佛、拘楼孙佛、拘那含佛、迦叶佛和释迦牟尼佛。

墓塔亭

墓塔亭阁式，单层石结构，全塔高2.31米，底座直径1.5米。墓塔取为四方形，塔基座为四方形莲花座，座上为四方形须弥座式的金刚宝座。束腰三面刻莲花浮雕。座上即四方形塔身，塔身上部由一组仰莲花托着冀角如飞的塔顶，是按中国古代建筑四阿顶的传统形式设计。塔顶上部向内收四层叠涩，其上又托着一组秀丽挺拔的卷叶。塔刹部分由三组莲花图案组成，上托一颗摩尼宝珠。全塔共108瓣莲花，表示念佛能除百人烦恼，得百八之昧。

寺内历代碑碣48通。这里有北魏、北齐和隋朝的造像碑，唐朝的戒坛碑、寺庄山林四至碑、石壁寺铁弥勒像颂碑。此外，还有宋、元、明、清的碑刻数十座。其中有一块罕见的八思巴文圣旨碑，刻于元至元八年（1271年），正面是八思巴文，阴面是汉字正书。此外还有唐长庆三年（823年）的《特赐寺庄山林地土四至记》碑，记载了玄中寺创建始末和特赐田庄的情况。

碑文不仅记述了玄中寺的兴衰历史，同时也为研究中国的佛教史，特别是研究净土宗的历史，提供了宝贵的资料。

北魏延昌四年（515年）造像和北齐河清三年（564年）四面千佛造像，是寺中最古的两件文物，是研究玄中寺早期历史的重要材料。并有宋铸铁弥勒佛及明代木雕佛像，俱为珍贵文物。这些文物不仅是研究中国佛教史的重要资料，也对研究当时的社会经济、文化具有参考价值。

北魏造像残碑上刻佛像，供养人与铭文。铭文为：“大代延昌四年岁次乙未十月庚午朔七日丙子却波村邑师比丘法欢合邑七十人上为皇帝陛下造石佛两区愿天下太平人民和顺愿从心。”

1954年，玄中寺千佛殿废墟中出土了宋朝鎏金铁佛两尊，对研究宋代铸造工艺也有所帮助。

玄中寺获得新生，那是在新中国成立后。为贯彻落实宗教信仰自由政策，妥善保存佛教文物，当地政府对寺内的殿堂、佛像和文物进行保护，并且从1954年起，对整个寺院进行了大规模的修缮。重建了大雄宝殿、七佛殿、千佛殿和祖师堂等殿堂，重修了天王殿、山门、钟鼓楼、碑廊、东峰白塔等建筑。

1983年，玄中寺被国务院列为汉族地区佛教全国重点寺院。

日佛寻根

净土宗在中国的出现则是佛教发展史上的一个颇具革命性的大事件，它使博大精深的佛学理论简化到人人可以理解可以操作的程度。净土宗是佛教中国化和佛教世俗化的重要里程碑。

与中国隔海相望的日本国1亿多国民中大约有8000万人信仰佛教，而在8000万信仰者中又有4700万人信奉净土宗或者净土真宗。日本的佛教传自中国是不争的史实，而净土宗的传入缘于中国何寺、何人在日本似乎已有成说：高仓天皇安元元年（中国南宋淳熙二年，公元1175年），日本高僧法然上人根据善导大师所著《观无量寿经疏》思想创立了日本佛教净土宗，因尊昙鸾、道绰、善导为净土宗之祖，并视三位祖师创办、驻锡、住持之玄中寺为其祖庭，但长期以来玄中寺何在却成为不解之谜。20世纪20年代，日本佛教史学者常盘大定博士历尽艰辛，多方考证，认定山西省交城县城西北10公里石壁山里的玄中寺为祖庭。

价值

从佛教的传承关系来看，玄中寺同日本佛教净土宗和净土真宗有着深厚的历史渊源，这两大宗派都继承了昙鸾、道绰、善导三祖的净土法门体系，都尊昙鸾、道绰、善导为他们的祖师，视玄中寺为其祖庭。

新中国成立以来，这两大宗派的信徒多次来中国访问，朝拜玄中寺。1957年，以全日本佛教会会长高阶珑仙为团长、菅原惠庆、竹村教智、冢本善隆为副团长的日本佛教访华亲善使节团与我国佛教界四众弟子一道，在寺内举行了庆祝古刹重兴及昙鸾、道绰、善导三祖师像开光法会。菅原惠庆长老一生曾八次参拜玄中寺，1963年来寺时还将脱落的牙齿埋于祖师堂前的树下。1982年菅原长老圆寂。第二年，其弟子遵照他生前的遗愿，将其部分骨灰送至玄中寺安葬。由此可见，玄中寺在当代中日佛教关系史中占有重要的地位。

据记载，北魏孝庄帝永安年间，高僧昙鸾在玄中寺创立了佛教净土宗派，并著有《往生论注》等书。唐代时，日本高僧圆仁来中国学习佛教的天台宗和密宗教义，同时也学习了净土宗教义，从此中国佛教中的净土宗就传到了日本。以后，日本高僧源空（号法然）开创了日本净土宗，其弟子源信（号视鸾）又开创了净土真宗。这两个宗派的信徒、弟子都称中国的昙鸾、道绰、善导等为祖师，把玄中寺视为祖庭。凡日本这两个宗派的佛教弟子来中国参观、访问，都要到玄中寺进香。因此，玄中寺又成了中日文化交流的纽带。

昙鸾法师：北魏时期高僧，曾住玄中寺传播净士教义，使玄中寺逐渐闻名于世。东魏孝静帝元善对其十分敬重，尊为“神鸾”。南朝梁武帝萧衍也很崇信昙鸾，称之为“肉身菩萨”。正是由他所倡导的持名口称念佛，简便易行，在南北朝时期，使得净土念佛法门在中国民间广泛传播。

昙鸾少年出家，驻锡玄中寺时，已届晚年。有关他的修行实践，史料并无详细记载，但由他首倡的“二道二力说”，为日后净土宗的判教打下了坚实的理论基础，同时也对整个中国佛教产生了极其深远的影响。

昙鸾提出修习佛法有两种途径：一是难行道，一是易行道，接着阐发到与二道相应的是二力，即自力和他力。修行佛法者若仅凭自己的力量，既艰苦又难以成就，犹如陆路步行，事倍功半，是难行道；如果凭借阿弥陀佛的愿力及借他力，加上自己的努力，则犹如水路乘船，既省力又容易往生西方极乐世界，是易行道。昙鸾创造性的把观想念佛的心念与持名念佛等同起来，开创了后世口称念佛，口诵阿弥陀佛名号的先河。

道绰法师：隋末唐初名僧，寺院再度兴盛。道绰是昙鸾净土宗思想继承者，在玄中寺，道绰先后宣讲《观无量寿经》近二百场。玄中寺铁弥勒像颂碑记载：唐太宗李世民曾亲临玄中寺，拜谒道绰法师，并大做布施仪式。尽管其真实性存疑，但也从另一个侧面说明了当时的民间对道绰的尊崇。

道绰在昙鸾二道二力说的基础上，进一步地论述了阿弥陀佛本愿。在他的传世著作《安乐集》中，道绰指出净土门承佛愿力，即使是凡夫、恶人，只要专心念佛，也能灭障往生。

道绰常住的玄中寺属西河汶水之地，故称之为“西河禅师”。

善导法师：唐朝名僧，山东临淄人，十岁出家。一次偶入藏经楼，翻读《观无量寿经》，被经中描绘的极乐世界深深吸引，听说山西石壁山有道绰法师大弘净土法门，便不远千里来此，专修净土，唐贞观十五年(641年)拜道绰为师，听讲《观无量寿经》。道绰圆寂后，他才回长安传播净土教义。

据《佛祖统纪》记载，在长安，善导律己极严，演说净土法门，护持戒品，纤毫不犯。集诸前辈之大成，主张净土为凡夫而设，非为圣人。五逆十悲以至诽谤正法者，均可往生。同时，善导明确宣称：称名即是行愿具足，念佛即可往生，进一步简化了修行方法。

善导著《往生礼赞偈》一卷、《净土法事赞》一卷、《依观经等明般舟三昧行道往生赞》一卷、《观念法门》一卷，为净土宗日常课业制定了详细的仪轨。至唐高宗时，其教义和行仪均已完备，中国净土一宗开宗立派，后世追认为继庐山慧远之后的中国净土宗二祖。

惠信法师：元朝名僧，在蒙古统治者的支持下，重兴寺院。太宗后乃马真三年(1244年)，蒙古朝廷曾派使臣到玄中寺参加长达三昼夜的水陆道场、告天祈福。在元朝政府的大力扶持下，玄中寺达到了极盛。不仅寺内拥有大片土地、山林、而且所属下院多达四十处，遍布华北各省。

悟证法师：玄中寺现任监院，山西临县人，1991年出家，师从了满法师，毕业于新加坡佛学净士班，兼任山西省佛教协会常务理事，交城县政协常委。

1983年3月，日本佛教净土宗菅原长老的部分遗骨安放在玄中寺，谱写了中日友好往来的又一佳话。1942年，他克服重重困难，突破封锁，从日本东京来到玄中寺，参加昙鸾大师1400年的纪念法会，并将玄中寺的枣带回东京运行寺种植，将寺改为“枣寺”，列为玄中寺的下院。抗战胜利后，他参加“中国在日殉难烈士遗骨护送团”。在唤起日本人民对日本军国主义侵华战争的反省，促进日中和平友好方面做了许多工作。1956年10月，菅原长老应邀来参加玄中寺开光法会，受到中国佛教界的热烈欢迎。这是战后日本佛教界的第一个友好访华使团，具有深远的历史意义。菅原长老一生曾八次到玄中寺拜谒祖庭，并取“玄中寺”三字分别为其三个孙女命名。1964年7月来寺时还在祖堂前树下埋下落齿。

2015年5月25日，农历乙未年四月初八，为佛祖释迦牟尼佛诞辰日。玄中寺举行了一年一度的“浴佛节祈福大法会”，祈愿世界和平、风调雨顺、国泰民安。

2015年10月31日，农历九月十九观音菩萨出家日，在此龙天护佑，诸佛欢喜的日子，玄中寺隆重举行观世音菩萨出家日法会暨秋季皈依法会。

2015年11月10日，玄中寺举行圆寂根通长老七天报恩追思大法会，法会于上午九时开始，由玄中寺监院悟峰法师主法。有上百位僧众和居士参加了法会，恭诵大乘无量寿经，祈愿恩师莲品高增，乘愿再来。

玄中寺距天宁寺约7千米，距交城约10千米。从交城至文水的公路经过玄中寺山口，搭过路中巴到交城。路口进到寺院还有4~5千米。

山西省吕梁交城县城西石壁山。