20世纪80年代初，尼日利亚与乍得发生边境武装冲突，当时乍得军队武装侵略尼日利亚，占领乍得湖尼日利亚一侧的19个岛屿。布哈里带领部队对乍得边境进行封锁，卓有成效。乍军无法守岛，被迫撤退，布哈里指挥尼军穷追不舍，深入乍得境内50公里方才收兵。

1983年12月31日，以布哈里少将为首的军人集团以反对贪污腐化、挽救国家经济的崩溃和纠正社会风气败坏为号召，发动军事政变，推翻了阿尔哈吉·谢胡·沙加里总统的文官政府，组织了联邦军政府。政变当局宣布逮捕原总统沙加里、副总统兼参议长奎梅、众议院议长以及一些政府部长，并命令参众两院议员、高级官员和州长在7天内向所在地的警察局报到。后又命令被禁止活动的民族党、统一党、人民党、大尼日利亚人民党、人民救国党、前进党和尼日利亚社会主义工农党等政党的全国和州级执委会的所有成员到所在地警察局报到。还命令驻外的外交官回国报到，因为这些外交官是按党派大小比例分配的。

1984年1月1日，布哈里任国家元首和武装部队总司令，并兼任最高军事委员会主席和联邦执行委员会主席（军政府首脑）。

最高军事委员会由16名成员组成（后增加至19人），主席是布哈里，委员有：武装部队最高司令部参谋长通德·伊迪亚邦少将、国防部长多姆卡特·伊·巴利少将、陆军参谋长易卜拉欣·巴班吉达少将、海军参谋长奥古斯图斯·艾科莫海军准将、空军参谋长易卜拉欣·阿尔法空军少将、联邦首都区部长马曼·基雅·瓦察少将、内政部长穆罕默德·马戈罗少将、第二机械化步兵师师长萨尼·阿巴查少将、指挥和参谋学院院长保罗·奥穆准将、炮兵司令穆罕默德·加多·纳斯科少将、伊·约翰纳·库热准将、第三装甲师师长萨利胡·易卜拉欣上校、西部海军司令部司令埃比图·乌基韦海军准将、空军后勤司令部司令劳伦斯·科伊尼扬空军准将、警察总监埃蒂姆·伊尼扬、警察副总监哈吉·穆罕默德、联邦军政府秘书长姆·格·朗格、司法部长希克·奥福迪莱、总检察长达乌拉·拉芬达迪。

在18名委员（部长）中，7人为军人，11人为文职人员。文职委员中有不少是专家，如外交部长易卜拉欣·甘巴里博士原任尼日利亚国际事务研究所所长，石油和能源部长索卡里·戴维-韦斯特原是伊巴丹大学病毒学教授，财政部长索莱耶博士原是工业社会学讲师。军方表示军政府新的行政权力机构含有文官的性质，是一个务实的班子。

随后在联邦的每一个州成立一个由军事长官主持的州执行委员会。

为了扩大联邦权力机构的联系面，最高军事委员会宣布成立全国国务委员会，布哈里兼任主席，其他成员包括武装部队总参谋长、国防部长、陆海空三军参谋长、警察总监、总检察长、司法部长和全国19个州的军事长官。

1984年1月3日，以布哈里为主席的联邦最高军事委员会正式宣誓就职，布哈里将军上台后，当务之急是设法解决尼日利亚面临的严重经济困难，对外继续把非洲作为外交政策的核心。

军政府执政后，即推行“反贪污运动”、“反无纪律无秩序运动”，企图建立廉洁政府。军政府的铁腕治理手段，一度使尼日利亚的社会风气有所改善，经济也获得一定程度的复苏。

布哈里军政府与前两次军政府相比，有一个最为显著的区别是，它排除了以往纠正整顿所采取的“温和”措施，而是以铁腕的手段处置尼日利亚面临的危害问题。政变后，最高军事委员会即勒令武装部队少将以上的军官（包括少将）退役，还勒令各州的军事长官和州长辞职，拘禁了政府的全体部长，还拘禁了各主要政党的领导人。这一严厉的措施，扫除了前政权的各级领导班子以及操纵政界的实力人物，为新政权的建立创造了条件，但也冒有树立众多敌对者的危险。

在经济方面，新的联邦军政府决定以铁腕手段整顿混乱的经济，它强调必须大幅削减政府的财政赤字，改善农业生产，明智地管理资源，努力振兴民族经济。新政权上台后，首先开始抑制物价，打击商人囤积居奇和走私活动。在3个星期内，共查获了10亿美元以上的囤积货物，主要是人民急需的大米、大豆、玉米、植物油等食品。其中粮食一项就可供尼日利亚全国人口一年的消费。在短期内，大多数商品的价格下跌，抑制了通货膨胀。

全力整顿政权和社会的腐化是新军政府的另一项重要的任务。政变后，最高军事委员会即发出了反贪污、反无纪律的号召，展开了一场轰轰烈烈的反贪污运动，冻结了前当权者和政界人物的存款，没收沙加里政府官员购买的私人喷气式飞机，命令政府各部门、公司和企业清理账目，追究前政权官员的贪污、企业偷漏税和投机倒把行为。同时要求前政府官员交出护照，以防出逃。前财政部长维克托·马西因贪污400多万奈拉被特别法庭判处23年徒刑。

为了防止新政府各级官员出现贪污，为了建立廉洁政府的形象，最高军事委员会颁布命令，要求最高军事委员会成员、国务委员会成员和联邦执行委员会各部门的官员必须在6个星期内提交自己财产的清单。政变后，军政府拘禁了600多名高级官员及政界人物，他们因侵吞国库数十亿美元而受到审查。

布哈里军政府为了实现政变时宣布关于整顿全国无纪律、无秩序的诺言，在1984年3月开展了“反对无纪律运动”。最高军事委员会第二号人物、武装部队总参谋长伊迪亚邦在动员大会上指出，无纪律、不承担义务和贪污腐化等严重弊病，已经深深浸入国家的肌体，并使国家经济濒于破产。他说。贪婪、破坏、武装抢劫、流氓行为、自私行为和弄虚作假等社会中的各种丑恶现象，都“来自无纪律这个祸根”。他宣布军政府“要下决心清除这一祸根”。运动开始后，最高军事委员会即颁布打击武装抢劫和其他犯罪活动的第5号法令，出的军警在全国逮捕不法分子和武装抢劫嫌疑犯，设立特别军事法庭，判处和枪决了一批罪大恶极的罪犯。

关于整顿无纪律问题，军政府一面实施正面教育，另一面即加强纪律处分。联邦军政府和地方军事长官经常对政府机构、公用事业单位、学校进行视察，一旦发现迟到早退、“磨洋工”的工作人员，则予以惩罚，从警告到开除公职。学校纪律混乱，则开出校长的职务。军政府还推行“争当好公民运动”，规定了15条标准，以正当手段谋生，按规定纳税，做人诚实公正，必须乐于助人，坚决维护法律和国家安全，保护公共财产。军政府的反无纪律和无秩序的运动，使社会风气出现了良好的变化，社会治安有了改善。

以穆罕马杜·布哈里将军为首的军政府上台执政后，面对千疮百孔的烂摊子，虽然做了一番努力和振作，采取了财政紧缩的宏观调控措施，怎奈积重难返，经济不但仍无起色，而且进一步恶化。据尼日利亚中央银行的年度报告透露，截至1984年底，尼日利亚外债已达240多亿美元，为非洲最大债务国，内债也突破200亿美元大关。年通货膨胀率达40%，物价暴涨，大多数居民的生活水平下降，失业人数已逾300万，社会问题越来越尖锐，罢工、罢课以及教派、部族和地区冲突的骚乱不断发生。军政府的将校们贪污腐化的丑闻不断被揭露（事实上，布哈里-伊迪亚邦政权时期的腐败现象较之前政权已降到最低点），以及严重的浪费所造成的巨大损失，引起广大人民的不满。布哈里将军为首的联邦军政府在执政初期以铁腕手段治理国家所取得的成就荡然无存。

随着人民不满情绪的增加，1985年5月1日，尼日利亚劳动人民庆祝五一国际劳动节的集会演变成了反对布哈里军政府的示威。与会者公开呼喊反对最高军事委员会和布哈里将军的口号。军政府对反对派和持不同政见者采取了严厉镇压的手段。许多政界人士、大学生、教师、新闻工作者未经审问就被投入监狱。这使得布哈里军政府成为众矢之的。

与此同时，布哈里军政府内部因为意见分歧和争权夺利导致矛盾激化。事实上，穆罕马杜·布哈里将军并不是1983年12月31日军事政变的策划者，而是被幕后策划和主导政变的陆军参谋长巴班吉达将军和最高司令部参谋长伊迪亚邦将军推举出任国家元首的。但布哈里担任联邦军政府首脑后，在处理国内外大事时，特别是在经济问题上态度强硬，经常与最高军事委员会多数成员发生意见分歧和争吵。随着国民经济形势日趋恶化，人民群众反对布哈里军政府的情绪日益高涨，最高军事委员会内部的矛盾也随之迅速激化。

布哈里自知实力不足，便萌生退意。1985年4月，他以健康状况不佳为由，要求辞去国家元首职务，引发军政府内部的巴班吉达和伊迪亚邦两派展开争夺领导权的斗争，后因考虑到矛盾如果进一步激化将会引起中下级军官的不满而爆发政变，最高军事委员会的多数成员仍主张布哈里继续留任。布哈里考虑到自己健康状况不佳，而把一部分领导权移交给了担负总理职权的最高司令部参谋长伊迪亚邦。1985年8月18日，伊迪亚邦赴麦加朝觐，这给了巴班吉达以可乘之机。

1985年8月27日，以巴班吉达将军为首的一批将领发动不流血的军事政变，推翻了穆罕马杜·布哈里少将为首的联邦军政府，布哈里被逮捕并被废黜了国家元首职务，之后他一直被关押在贝宁城。1988年12月获释。

1993年萨尼·阿巴查将军政变上台后，穆罕马杜·布哈里任“石油信托基金”（PTF）主席。PTF是由阿巴查军政府创建的一个机构，旨在通过一系列投资增加石油收益，提高石油产品价格，并在全国各地寻求发展项目。伦敦的《新非洲》月刊1998年的报告称赞布哈里领导下的石油信托基金的“透明度”，称这是一种罕见的“成功故事”。然而，同样的报告还指出，批评者质疑PTF20%的收益被分配给了军队，批评者担心对这些资金流向不会有问责。

2003年4月，布哈里作为尼第二大党、全尼日利亚人民党提名的候选人参加尼日利亚总统大选，但是败给了奥巴桑乔。经发现，在布哈里支持率较高的州存在实际投票人数大于注册投票数的违规现象，用来缩小奥巴桑乔与布哈里的差距。尽管布哈里阵营一再申诉，尼宪法法院拒绝取消总统选举结果。2005年7月1日，尼日利亚最高法院做出裁决，认定尼2003年举行的总统选举合法、公正。根据尼最高法院裁定，2003年大选程序完全符合尼相关的选举法，大选结果合法、公正。裁定驳回了布哈里有关本次大选存在严重舞弊的上诉。

2007年4月，穆罕马杜·布哈里再次作为尼第二大党、全尼日利亚人民党提名的候选人参加总统大选。这次他面对的是老乡奥马鲁·穆萨·亚拉杜瓦。4月23日根据选举委员会公布的数字，亚拉杜瓦共赢得约2463万张选票，另外两名主要竞争者，现任副总统、行动大会党候选人阿提库·阿布巴卡尔获得263万张选票，全尼日利亚人民党候选人穆罕马杜·布哈里获得约660万张选票。布哈里仅得到18%的选票，而亚拉杜瓦得票率达到70%。

阿提库·阿布巴卡尔在首都阿布贾对媒体表示，他不承认此次选举结果，穆罕马杜·布哈里也拒绝承认选举结果，并反对亚拉杜瓦对布哈里所在的全尼日利亚人民党发出的入阁邀请。

2011年4月，布哈里再次参加总统选举，挑战古德勒克·乔纳森等候选人。尼日利亚独立选举委员会在18日晚结束全部计票，宣布现任总统乔纳森在16日总统选举中首轮胜出，优势明显。全国计票结果显示，现任总统乔纳森获得大约2250万张选票，支持率为57%，第二热门候选人穆罕马杜·布哈里获得1220万张选票，支持率31%。布哈里在本次总统选举中，他是北方地区选民热衷的总统候选人。布哈里所在选举阵营18日向独立选举委员会正式递交投诉书，指责乔纳森支持者居多的南部地区存在选举舞弊行为。北部地区出现骚乱，依照一家人权机构统计，至少500人在骚乱中死亡，不少在计票站工作的妇女遭袭击。骚乱事件与媒体滚动播出的总统选举结果不无关联。

2013年2月6日，尼日利亚四个最主要的反对党：全尼日利亚行动大会（ACN）、变革进步大会（CPC）、全尼日利亚人民党（ANPP）和进步大会联盟（APGA）实现合并以对抗执政党尼日利亚人民民主党，四党合并后成立了全面进步大会党（APC）。2013年8月以来，尼7名州长、22个参议员和57名众议员先后宣布脱离执政的人民民主党，成立新党并与全面进步大会党（APC）合并，执政15年的人民民主党一党独大局面被打破，全面进步大会党成为尼最具实力的反对党。

2015年3月28日，尼日利亚迎来大选，民众持身份证前往投票站排队投票。此次选举是1999年尼日利亚军事独裁统治结束以来首次真正意义上的大选。

2015年4月1日，尼日利亚独立国家选举委员会主席阿塔希鲁·吉加在首都阿布贾国家验票中心举行的新闻发布会上宣布，尼最大反对党、全体进步大会党总统候选人布哈里赢得尼2015年大选。

吉加表示，布哈里获得的选票超过全部选票半数以上，并在27个州获得超过25%的选票，符合法律要求，赢得本次选举。根据尼选举法，当选总统需获得全部选票半数以上，并在全国36个州及阿布贾联邦首都区获得2/3州至少25%的选票。

该委员会公布的大选统计结果显示，执政的人民民主党总统候选人、现任总统乔纳森共获得约1285万张选票，得票率为43.67%，全体进步大会党总统候选人布哈里共获得约1542万张选票，得票率为52.41% 。本次大选注册选民约6883万人，其中5643万人领取了选民卡。约3174万选民参加了2015年3月28日至29日的选举活动并通过认证。实际选票总数约2943万张，其中包括有效票约2858万张，无效票约84万张。共有14个政党的总统候选人参加了角逐。

2015年5月29日，尼日利亚阿布贾，尼日利亚当选总统穆罕马杜·布哈里在尼首都阿布贾宣誓就职。尼日利亚前军政府首脑雅库布·戈翁、易卜拉欣·巴班吉达、阿卜杜萨拉米·阿布巴卡尔，前总统谢胡·沙加里和奥卢塞贡·奥巴桑乔以及前临时政府首脑欧内斯特·肖内坎等历届政府首脑赫然在座，表明了尼日利亚历届政要对国家团结的一致追求。此外，南非总统祖马、津巴布韦总统穆加贝、利比里亚总统埃伦·约翰逊－瑟利夫、塞内加尔总统麦基·萨勒、科特迪瓦总统阿拉萨纳·瓦塔拉等10余国国家元首和美国国务卿克里以及50余国政府代表、国际组织负责人出席布的就职典礼。中国国家主席习近平的特使、农业部部长韩长赋代表中国政府出席了就职典礼仪式。

布哈里在就职典礼上发表演讲称，新政府将不遗余力的惩治腐败，重点解决极端武装组织“博科圣地”等恐怖主义组织，同时还将致力于改善电力能源紧缺，失业率居高不下和人权主义危机等一系列问题。布哈里总统表示感谢来自国际社会的美好祝愿，并表示将和全体尼日利亚人一道推动国家不断向前。

在施政纲领方面，布哈里表示，他领导下的联邦行政机关不会侵犯立法机关和司法机关的权力，但是立法机关必须高效行使立法权和监督权，司法机关也必须首先净化自身并高效地处理包括腐败、严重经济犯罪和权力滥用在内的各种案件，只有三大机关依照宪法办事，政府才能更好地为国家服务。布哈里指出虽然宪法规定联邦、州和地方政府分工不同，但联邦政府不会对州和地方政府正在发生的事情视而不见、自缚手脚，并许诺将在各级政府中打击腐败。

2019年2月23日，现任总统布哈里举行的总统选举中获胜，成功连任。

尼日利亚国内矛盾根深蒂固。一方面，公民缺乏国家身份认同。尼是多民族多宗教国家，1960年独立后，尼百姓的民族宗教认同就高于对国家的认同，共同身份的缺失加剧了民众在民族、宗教和地区问题上的极端倾向，使得宗教部族领袖比中央政府更有权威。中央和地方关于不同宗教部族势力轮流执政的潜规则,不仅没有缓和国内矛盾，还加剧了分化对立，弱势群体也被边缘化。另一方面，南北方因为宗教冲突和利益分歧严重对立。基督徒与穆斯林分居南北，南北经济与社会发展不平衡，北方穷困穆斯林地区面临被边缘化境地。政客为了自己的政治利益，有意扩大利用民族宗教冲突，激化矛盾。

经济结构性问题突出，面临下行压力。尼经济增长依赖高油价刺激，油价下跌给经济带来巨大压力。尼货币奈拉汇率下跌近18%，表明尼经济颓势初显。尼被迫减少政府支出，使国内本就落后的基础设施建设面临更大的资金缺口。初当政的反对派或会有执政经验不足的问题，经济的转型升级是布哈里的竞选口号，如何实现承诺是其重要课题。

安全问题突出。一是在布哈里5月29日正式履职之前，威望锐减的乔纳森政府控局能力进一步下降，4月中下旬举行的尼地方长官选举竞争更加激烈，发生暴力冲突的可能性更大；二是尼日尔河三角洲地区忠于乔纳森，声称若布哈里胜选会暴力抗议，针对该地区前叛乱分子的大赦福利项目即将到期终止，更添安全隐忧；三是“博科圣地”虽在多国联合打击下丧地失势，但仍在4月发动两次袭击，杀死40多人，证明其仍有相当活动能力，可能伺机再起。

布哈里当选后表示，APC有能力重振尼日利亚经济、重塑国家形象，并藉此重构尼民众对政府的信任及对自我的信心。布哈里承诺，如当选，将会把精力全部投入到民众最关注的安全、就业、健康、教育、善治等事务上，具体包括：一是提高政府信誉，将向公众公布个人资产情况，并鼓励政府官员采取同样行动；二是加大惩治腐败力度，通过加强信息披露等举措提高执政透明度；三是加强审计，强化反腐及相关犯罪独立调查委员会（ICPC）、经济和金融犯罪委员会（EFCC）等的职能，推动实现独立运作；四是推行“马歇尔计划”，改进军队及各类安保人员的装备及待遇水平，增强处置叛乱、极端组织恐怖活动、绑架、部族冲突等安全问题的能力；五是创造平等就业环境，消除求职中的歧视现象，推动出台“平等就业机会法”和“残疾人保障法”等；六是重新界定卫生部门职能，提高卫生系统效率，重点做好疾病预防工作；七是改革教育体系，加强与联邦、州、地方政府及相关教育机构的合作，在资源分配上向教育倾斜，以理工学院、商业学院等代替技术学院，尝试提高社区在学校管理中的参与度；八是优先发展农业，出台政策鼓励和支持对农业领域的投资；九是提升供电水平，切实有效推行电力私有化，充分利用水能、风能、太阳能、煤炭等多种能源。

2015年7月，总统穆罕马杜·布哈里和副总统耶米·奥辛巴乔将以身作则，把薪酬减半。尼日利亚总统的年收入通常为大约1410万奈拉（约合7万美元），副总统为大约1210万奈拉（6万美元）。布哈里这一减薪举动可能让其他政府官员和议会议员感到压力，以效仿这一做法。

2021年，尼日利亚总统布哈里在阿布贾会见王毅。

“布哈里主义”是源于尼日利亚的政治术语，是1983年12月31日至1985年8月27日以穆罕马杜·布哈里为首的联邦军政府倡导的经济学说和政治意识形态，这种意识形态与法西斯主义、军国主义有着类似的特征。政府是一个右翼民族主义政府，推行民族主义的计划经济和限制个人自由。它的特点是激进的但又以渐进式摆脱寄生阶层和屈从精英的统治，建立一个以民族主义者和劳动阶级处于支配地位的政治经济学。“布哈里主义”代表了两种斗争方向：外部全球资本主义及其寄生虫和不爱国的国内代理人和代言人。

布哈里还颁布法案，压制新闻自由，允许在没有正式指控的情况下拘留反对派长达三个月。同时也被禁止工人罢工或停工，并设立了尼日利亚第一支秘密警察部队—尼日利亚国家安全局。

关于布哈里经济学，西方媒体认为：“布哈里企图通过抑制进口来重新平衡公共财政结果导致许多人失业和企业倒闭”，这些损失伴随着物价上涨和人民生活水平的下降。但持相反观点的人认为这种话说法太过武断。许多人都钦佩布哈里为人正直和反腐败立场。他的政府在拒绝接受国际货币基金组织的贷款和拒绝采纳国际货币基金组织提出的奈拉贬值的附加条件后，通过采用独特的经济政策并取得了进展从而使国家保持正常运转。

“布哈里主义”表现出拒绝“华盛顿共识”的强硬态度，同时认为面对金融危机通过货币贬值来改善国际收支平衡，首先必须有一个条件，即每个国家的出口价格以本国货币计值。由于这种情况是不存在的，布哈里主义认为，任何一个国家在对华盛顿共识的条件不存在不清楚的情况下，应有可以替代和更优化的方案来解决其经济危机的问题。而不是依靠贬值使受到经济危机破坏的尼日利亚经济重新回归正轨。布哈里主义采取了限制进口不必要的商品的政策，遏制偷盗石油并通过以物易物的对销贸易提高出口，查缴非法沙坑原油所需关键的机械设备，使它的原油输出能够高于其欧佩克配额。