后来准噶尔部强大起来，和硕特被迫迁到青海和西藏，土尔扈特被迫迁到前钦察首都萨莱（阿斯特拉罕），杜尔伯特也屈服于准噶尔。1653年，准噶尔部首领巴图尔浑台吉死，其子僧格继位。1670年，僧格被异母兄暗杀。巴图尔浑台吉的第六子噶尔丹，早期在西藏当剌嘛，闻迅由西藏赶回，于1671年夺取了统治权。1677年，噶尔丹进攻青海和硕部；1678年，进攻天山以南的回部（维吾尔族）。噶尔丹兼并漠西蒙古其余各部和控制回部以后，准噶尔成了西北草原上的强大势力。

1678年准噶尔灭亡叶尔羌汗国。哈萨克大中玉兹也臣服于准噶尔，小玉兹臣服于俄罗斯。后来准噶尔干脆灭掉和硕特汗国，统治西藏。准噶尔部把其它部落统一了起来，建立强大政权，创制自己的文字，确定法律制度（卫拉特法典），改进放牧方法，经营农业种植和手工业，利用外国先进技术发展制绒业、金属品制造业。当时准噶尔地区经济繁荣，人口增长。

清军为统一青藏和新疆，与准部的战争历经多次，断续绵延到乾隆年间。1720年清军击败准噶尔，占领西藏，1724年清军占领青海。1757年清军攻占北疆。战争胜利后，倔强的准噶尔部遭到了毁灭性打击，广袤的天山南北，被杀得见不到一顶蒙古包。

蒙古其他各部与准噶尔部作战时，丝毫不会因同语同族而手软。一则准部在蒙古诸部中最为强大，其他各部多惧且恨之；二则在蒙古人的心目中，更多的是部族概念，故令满洲人有隙可乘，分而治之。到此，准噶尔人的独立结束了。准噶尔地区，即科布多地区、塔尔巴哈台、伊犁流域或称固尔扎省直接并入满洲帝国。甚至该地区居民成份也发生了变化。

准噶尔人民，主要是绰罗斯部民和辉特部民（杜尔伯特部遭受的磨难较轻）人口锐减，几近灭亡，几乎全部被根除。清朝以来自各地的移民充实其地，其中有吉尔吉斯-哈萨克人，来自喀什噶尔的塔兰奇人，或穆斯林，来自甘肃的东干人（或回民），察哈尔和喀尔喀居民，图瓦族的兀良哈人（或称索约特人），甚至有来自满洲的锡伯族和高丽族移民。1771年，另一批移民即土尔扈特人来到，土尔扈特在其汗渥巴锡率领下，离开伏尔加河下游，又返回故地伊犁流域。乾隆皇帝在北京接见了渥巴锡，并给予最隆重的欢迎，并为他疲惫不堪的人民提供粮食，同年，把他们安置在固尔扎东部和南部，在裕勒都斯河谷和乌伦古河上游河谷，在那里，他们填补因他们的兄弟部落绰罗斯部和辉特部被消灭而造成的空地。 由叛乱于清朝的缘故，余生的准噶尔不敢称自己为准噶尔，而称厄鲁特，久而久之。便忘了原来的准噶尔之名。今日额鲁特主要分布在今伊犁昭苏、尼勒克两县，以及塔城额敏县。

明末清初，准噶尔首领巴图尔珲台吉以伊犁为根据地兼并厄鲁特蒙古各部，压迫西方的哈萨克族。1670年巴图尔珲台吉的儿子僧格被杀后，他的异母弟噶尔丹夺得了准噶尔的统治权。

1678年，西藏的达赖五世喇嘛赐噶尔丹可汗号，准噶尔汗国正式成立。此年噶尔丹出兵南疆，占领叶尔羌汗国，把广大维吾尔族地区置于其统治之下。1688年噶尔丹突然率兵越过杭爱山，大举进攻土谢图汗，迫使喀尔喀蒙古诸部南迁。1690年6月，噶尔丹又向漠南喀尔喀蒙古进攻，俘掠人口，抢劫牲畜。同年，康熙帝决计亲征，组织左右两路大军，分别出古北口和喜峰口。1690年8月1日，大战于乌兰布通（今内蒙古克什克腾旗境内）。清军大败噶尔丹军，噶尔丹乘夜向北溃逃。

噶尔丹战败后仍盘踞科布多地区，集合残部，休养生息，以期东山再起，不断骚扰边地安宁。1696年2月，康熙帝发兵10万，分三路大举出击。5月13日，西路军在昭莫多（今蒙古乌兰巴托以南的宗莫德）打败噶尔丹军。1697年2月，康熙帝举行第三次平叛的军事行动，命费扬古、马恩哈分别统率两路大军，共6000人，由宁夏出发，进剿噶尔丹残部。4月康熙帝亲赴宁夏，指挥这次军事行动。正当清军进发之时，噶尔丹众叛亲离，军队只剩下五六百人，遂饮药自尽。又说被人杀害。

噶尔丹败亡后，他的侄子策妄阿拉布坦继续任准噶尔部台吉，准噶尔部又逐渐强大起来，和清朝再次发生矛盾冲突。1716年，他派兵于西藏，占领拉萨。1718年清朝由青海路出兵入藏，不过全军覆没。1720年清朝第二次出兵才赶走准噶尔军。清朝和准噶尔军在吐鲁番方面也有战斗。

1755年春，清军5万人分西北两路向伊犁进军。不到100天就到达伊犁。达瓦齐率兵6000人扼守伊犁西南的格登山（今新疆昭苏县境内），清军以25人夜袭达瓦齐大营，达瓦齐军惊溃，不战自降。达瓦齐仅带少数人仓皇南逃。可是，辉特部首领阿睦尔撒纳又叛变了。1757年初，清政府开始新的军事行动，分两路推进。准噶尔叛军在清军的追剿下，全线溃败。阿睦尔撒纳投奔沙俄。

1759年8月，清军抵达喀什噶尔，平定了支持阿睦尔撒纳作乱的大和卓波罗尼都和小和卓霍集占兄弟的叛乱。这年秋天，天山南路完全平定，清朝控制天山南北地区。

清代康熙、雍正、乾隆三朝为统一西北地区与准噶尔贵族进行的多次战争、在清代文献中通称为“平定准噶尔”。

清政府在康熙朝对准噶尔贵族进行了三次规模较大的战争。准噶尔部首领噶尔丹为实现统治蒙古诸部、割据西北的政治野心、在俄国政府的怂恿支持下、于康熙二十七年（1688年）进攻喀尔喀蒙古，并借口追击土谢图汗部余众、进军内蒙古乌朱穆沁、与清政府发生直接军事冲突。康熙帝（即清圣祖玄烨）为确保京师安全和边疆安定﹐曾三次率军亲征漠北。二十九年七月，他命裕亲王福全、恭亲王常宁分兵左右两路出古北口、喜峰口，并于七月二十四日亲自进驻博洛河屯（今河北隆化）节制全军。八月一日两军在乌兰布通（今内蒙克什克腾旗境内）交战。噶尔丹军将万余骆驼缚蹄卧地，背负木箱，蒙以湿毡，环列为营，名为“驼城”。士兵依托箱垛﹐发射弓矢。清军以火器为前列﹐遥攻中坚，摧毁驼城。噶尔丹仅率数千人逃回科布多。三十四年五月，噶尔丹又以骑兵三万（并扬言借俄罗斯鸟枪兵六万），由科布多东犯克鲁伦河以北巴颜乌兰。三十五年二月，康熙帝发兵十万，分东、西、中三路出击。五月十三日费扬古统帅之西路清军在昭莫多（今蒙古乌兰巴托）与噶尔丹主力军队遭遇，激战竟日，清军猛攻敌军阵后，另遣骑兵进攻侧翼，噶尔丹军阵大乱，清军追击三十余里，歼敌数千。噶尔丹率残部仓惶西逃。次年春，康熙帝亲赴宁夏，命费扬古、马思哈两路出兵，进剿噶尔丹残部。同年三月，噶尔丹在科布多阿察阿穆塔台暴病而亡。继噶尔丹成为准噶尔部首领的策妄阿拉布坦，在势力强大后，也曾几次扰乱边疆地区安宁。五十五年策妄阿拉布坦派大策零敦多布率兵六千进犯西藏。次年十一月攻占喇萨（Lhasa﹐今西藏拉萨），杀拉藏汗，造成西藏地方动乱。五十七年十月，康熙帝为维持西藏的安宁，决定进兵西藏。五十九年一月延信率军自青海库库尔塞出发，二月噶尔弼自打箭炉（今四川康定）出发。为配合两路大军进藏，傅尔丹、富宁安分别由新疆阿尔泰和巴尔库尔（今巴里坤）两路进击，允为抚远大将军节制全军。清军八月进入喇萨，控制西藏政局，大策零敦多布率残部逃回伊犁。

雍正朝对准噶尔贵族进行了两次战争。雍正五年（1727年）噶尔丹策零继策妄阿拉布坦为准噶尔首领后，即遣使清廷要求派人入藏熬茶（向喇嘛寺庙发放布施），清政府鉴于藏地政局不稳，未允其请，并令噶尔丹策零将罗卜藏丹津送回（见罗卜藏丹津叛乱）。一年之后，雍正帝（即清世宗胤禛）决意出兵准部。八年，噶尔丹策零押送罗卜藏丹津的队伍行至中途，探知清军西进来讨，便返回伊犁。入冬，噶尔丹策零偷袭清军西路军营。九年六月发生和通泊之战，噶尔丹策零大败清军，他因此踌躇满志，屡次挑衅。十年六月，噶尔丹策零又派小策零敦多布率兵三万，进掠克鲁伦地区，与将军塔岱及喀尔喀亲王额驸策棱所率清军相遇，双方在额尔德尼昭（光显寺）激战，准噶尔军队中伏被围，仅噶尔丹策零，小策零敦多布率残部突围。

乾隆朝﹐清政府为完成对西北边疆地区统一，曾两次出兵准噶尔部、进军伊犁。乾隆十年（1745年）噶尔丹策零死，上层贵族为争夺汗位发生内讧。十七年达瓦齐在阿睦尔撒纳支持下夺取了准噶尔部统治权，不久两人又发生火并。十九年阿睦尔撒纳兵败，率部两万投清。清政府决定进军伊犁。二十年二月，清军分南、北两路出兵。北路以班第为主将，阿睦尔撒纳为副将，由马里雅苏台出阿尔泰山；南路以永常为主将、萨赖尔为副将，由巴里坤出发，五月两军会师博罗塔拉河，继续向伊犁挺进。达瓦齐退守格登山（今新疆昭苏县松柏边卡），遭清军夜袭，达瓦齐越天山奔南疆，在乌什为回部霍吉斯擒获，押交清廷（见彩图清人绘《平定准噶尔图卷》(局部)，此图描绘乾隆二十年(1755年)清军进军伊犁，平定达瓦齐叛乱的情景）。八月，阿睦尔撒纳欲为厄鲁特蒙古四部总汗而未得逞，遂发动叛乱。清政府于二十一年二月出兵进剿，三月占领伊犁，阿睦尔撒纳逃入哈萨克阿布赉牧地。不久他又在博尔塔拉会盟准噶尔诸台吉，重燃战火，并派出以宰桑（贵族称号。仅用于非成吉思汗家族出身者）达瓦为首的使团去俄国求援。二十二年二月清廷派定边将军成衮扎布、定边右副将军兆惠率兵分两路再次进军伊犁。七月，阿睦尔撒纳兵败逃入俄境﹐不久死于痘疫。

准噶尔汗国虽然覆亡，但是未死于天花的准噶尔人用游击战作誓死不屈的抵抗，使兆惠疲于奔命。这更增加乾隆皇帝的愤怒，鉴于准噶尔长期对清朝的威胁，他下令兆惠执行他的灭种政策。准噶尔人作为一个民族从此消失，只剩下一个地理名词准噶尔盆地和横亘在中、俄两国边界上的准噶尔门（新疆博乐东北阿拉山口）要塞，供后人垂泪凭吊。余生的准噶尔人不敢称自己为准噶尔人，而称厄鲁特人，久而久之。便忘了原来的准噶尔之名。今日厄鲁特人主要分布在今伊犁昭苏、尼勒克两县，以及塔城额敏县。

一，在准噶尔汗国死亡前夕，准噶尔汗国大台吉达什达瓦在内乱中被杀，其妻带领部众归附清朝，清将其安置在热河，即今天河北承德一带。1764年，清调迁其官兵五百名，安置于今天伊犁昭苏县，编为左翼设三旗，被称为上三旗，后每旗又分为2个苏木。他们便是今天昭苏县六苏木额鲁特蒙古。

二，清灭准噶尔战争，准噶尔部众四处逃亡。后来，清朝开始招抚他们。陆续归附的准噶尔人被安置在今天伊犁尼勒克县，编为右翼，设五旗，被称为下五旗，后划为十个苏木，他们是今天尼勒克县十苏木额鲁特的祖先。

三，清另外又在塔尔巴哈台安置十苏木额鲁特，他们主要有四部分人组成，即明嘎特、巴尔鲁克、察哈尔、哈斯古特。塔尔巴哈台山地区原为辉特明嘎特部的领地。其部众大部分在战争中被杀害，遗众被清朝编为二个苏木。1765年从乌鲁木齐调迁准噶尔大台吉噶尔藏多尔济部众一千户额鲁特到塔尔巴哈台，编为四个苏木（噶尔藏多尔济参与了反清的战争，后在内乱中被杀）。又将陆续归附的柯尔克孜人，编为一个苏木，被称为哈斯克特苏木（现为第十苏木）。再加上前面讲过的察哈尔苏木（现为第九苏木），被称为额鲁特八苏木。后来八苏木额鲁特又被重新划分为十个苏木，史称十苏木额鲁特。其中1、2、3、4、7这几个苏木被称为明嘎特蒙古，他们是辉特明噶特人的后裔。而5、6、8苏木被称为巴尔鲁克蒙古，他们是准噶尔人的后裔。（还有一种说法，1865年，由于战乱，厄鲁特人大部分一度迁居阿勒泰，其中有三苏木留居牧地，在裕民县巴尔鲁克山躲藏起来，故称巴尔鲁克蒙古）。这部分蒙古人成为今额敏、塔城、托里一带蒙古族的祖先。历史上由于战争等缘故，十苏木额鲁特一部分迁居它地，故在今阿勒泰和乌苏等地都有额鲁特人的少量分布。

准噶尔盆地位于新疆境内，天山山脉和阿尔泰山脉之间，平面形态南宽北窄，略呈三角形，面积约13万平方公里。根据航磁等资料综合分析认为，准噶尔盆地具有双基底结构：下部为前寒武纪结晶基底，上部为晚海西期（泥盆纪～早中石炭世）的褶皱基底。

中国第二大盆地。位于新疆维吾尔自治区北部，天山山脉、阿尔泰山脉及西部诸山间。呈不等边三角形。东西长1120千米，南北最宽处约800千米。面积约38万平方千米，海拔500～1000米（盆地西南部的艾比湖湖面海拔仅190米），东高西低。盆地西部有高达2000米的山岭，多缺口，西北风吹入盆地，冬季气候寒冷，雨雪丰富。

盆地边缘为山麓绿洲，日平均气温大于10℃的温暖期约140～170天，栽培作物多一年一熟，盛产棉花、小麦。盆地中部为广阔草原和沙漠（库尔班通古特沙漠），部分为灌木及草本植物覆盖，主要为南北走向的垄岗式固定、半固定沙丘，南缘为蜂窝状沙丘。

盆地南缘冲积扇平原广阔，是新垦农业区。发源于山地的河流，受冰川和融雪水补给，水量变化稳定，农业用水保证率高。除额尔齐斯河注入北冰洋外，玛纳斯、乌伦古等内陆河多流注盆地，潴为湖泊（如玛纳斯湖、乌伦古湖等）。

牧场广阔，牛羊成群。准噶尔盆地内蕴藏着丰富的石油、煤和各种金属矿藏，盆地西部的克拉玛依是中国较大的油田。北部的阿尔泰山区盛产黄金准噶尔盆地中国第二大盆地。

盆地边缘为山麓绿洲，日平均气温大于10℃的温暖期约140～170天，栽培作物多一年一熟，盛产棉花、小麦。盆地中部为广阔草原和沙漠（库尔班通古特沙漠），部分为灌木及草本植物覆盖，主要为南北走向的垄岗式固定、半固定沙丘，南缘为蜂窝状沙丘。

盆地南缘冲积扇平原广阔，是新垦农业区。发源于山地的河流，受冰川和融雪水补给，水量变化稳定，农业用水保证率高。除额尔齐斯河注入北冰洋外，玛纳斯、乌伦古等内陆河多流注盆地，潴为湖泊（如玛纳斯湖、乌伦古湖等）。

准噶尔盆地是晚古生代至中、新生代多旋回叠合盆地，其上沉积石炭纪、二叠纪、三叠纪、侏罗纪、白垩纪、第三纪和第四纪地层。盆地中央地层平缓，具稳定地块特征，盆地南部是天山山前坳陷（或称天山北缘前陆盆地），盆地西北部为成吉思汗逆冲断褶带，盆地东北部为克拉美丽山山前坳馅。盆地演化可划分为前陆盆地阶段、坳陷盆地阶段和再生前陆盆地阶段。盆地蕴藏着丰富的石油，石油总资源量为86亿吨，天然气2.1万亿立方米。克拉玛依油田位于盆地西部。