民国二十六年（1937年）“七七事变”后，胡厚宣随史语所一路疏散，甲骨材料仓促装箱，先运长沙，经桂林，再运昆明。乃由胡厚宣、高去寻两先生登记编号。胡厚宣陆续发表了《卜辞下乙说》《释牢》《卜辞杂例》《释兹用兹御》《卜辞同文例》《卜辞记事文字史官签名例》《卜辞中所见之殷代农业》等数十万字的重要论文，进一步引起了学术界的关注。

民国二十八年（1939年），顾颉刚初任成都齐鲁大学国家研究所主任，特邀胡厚宣和钱穆前往任研究员。民国二十九年（1940年）胡厚宣告别了工作近七年的历史语言研究所来到齐鲁大学国学研究所。在齐鲁大学，胡厚宣除任研究员外，还曾担任过中文系主任、中国历史社会学系主任。在研究所为研究生讲授甲骨文，在大学中讲授商周史、考古学通论等课程。

民国三十一年（1942年）发表《甲骨学商史论丛》，获当时全国学术审议会二等奖。在收集研究甲骨文方面，取得卓越成绩。解放前，他整理出版了《甲骨六录》《战后宁沪新获甲骨集》《战后南北所见甲骨录》《战后京津新获甲骨集》，共收录甲骨10061片。

民国三十六年（1947年），胡厚宣应周谷城之邀，到上海复旦大学历史地理系任教授兼中国古代史教研室主任。他开过史料学、考古学、先秦史、商周史、春秋战国史等课。在该校任中文系的陈子展教授还邀胡厚宣为中文系讲授文字学，古文字学、甲骨字等课程。

1954年，中国科学院新建立历史研究所第一、二所。第一所是研究从先秦到魏晋南北朝这一段的历史，所长是郭沫若院长兼，副所长是尹达。胡厚宣上课忙迫之中，还出了八本书。除《古代研究的史料问题》《五十年甲骨文发现的总结》《五十年甲骨学论著目》《殷墟发掘》四书之外，还把在抗战胜利后，奔走于京津宁沪搜集的材料编为《战后宁沪新获甲骨集》《战后南北所见甲骨录》《战后京津新获甲骨集》和《甲骨续存》四书。中科院历史研究所曾要向复旦大学调胡厚宣到北京，复旦大学党委书记、副校长李正文说，“高教部曾副部长（昭抡）早就替我挡驾了，调令根本没到学校来。”

1956年3月，国务院成立科学规划委员会，起草科学研究12年远景规划。在上海的规划分会上，胡厚宣提出编纂《甲骨文合集》的构想，为哲学社会科学规划组采纳，列为史料整理重点项目。1956年8月，胡厚宣奉调到京，夫人桂琼英、研究生裘锡圭随调中国科学院历史一所。胡厚宣来所后，即主持先秦史组工作，任先秦史研究组组长，后改先秦史研究室，出任主任，同时也是所学术委员会的委员。

胡厚宣来所后的一项重大科研任务就是主持《甲骨文合集》，经过一段时间的筹备，《甲骨文合集》正式的编辑工作，从1961年4月开始。《甲骨文合集》编纂工作委员会的工作成员，先搜罗、校勘、整理已出版著录甲骨文的专书和论文，当时正值国民经济困难期间，为了搜拓甲骨，胡厚宣吃过各种苦头。待材料搜集齐全之后，接着的工作就是校对重出、去伪存真、拼合断片、归属、精选、补拓等一系列极为烦琐的科学整理。为《甲骨文合集》的编辑工作，胡厚宣倾注很多。工作做做停停，断断续续加以开展。

1980年8月5日，为完成《合集》分册释文任务，胡厚宣召开全体参编人员会议，对已印出或印制中的各分册作了分工，并对每册“初稿”完成后，学者的“初稿”交换校对，即“互校”也作出了安排。会上，胡厚宣介绍推荐一批有价值的研究成果，并反复强调：全书释文的体例和文字的隶定，要尽量保持全书的一致性。

1982年8月，《合集》第二批分册也印制出齐，胡厚宣马不停蹄，在随后的8月28日召开全体会议，检查了各册释文的进度并作出其他事项决定。

1984年8月，胡厚宣为西安古文字第5届年会大会主席，公布《八十五年来甲骨文材料之再统计》，揭示国内外收藏殷墟出土甲骨文总数为154604 片。同年10月主持安阳全国商史学术讨论会。

1985年，胡厚宣主编的《甲骨文合集》共13卷，全部出齐。这部书，与谭其骧教授主编的《中国历史地图集》，被称为“新中国社会科学最重大的两项成就”。

1986年，胡厚宣以75岁高龄加入中国共产党。1987年9月，胡厚宣主持安阳殷商文化国际讨论会，有中、日、美、加、英、法、德、澳、意等国专家学者百余人出席。

1989年9月，胡厚宣又在安阳主持召开殷墟甲骨文发现90周年国际学术研讨会，宣布正式成立殷商文化学会并担任会长。胡厚宣晚年不顾年迈体弱，致力于史学研究，以致积劳成疾，不幸于1995年4月16日去世。

胡厚宣先后出版《甲骨六录》《战后平津新获甲骨集》《战后宁沪新获甲骨集》《战后南北所见甲骨录》《战后京津新获甲骨集》《甲骨续存》等多部甲骨著录书。《战后京津所获甲骨集》《战后宁沪所获甲骨集》《战后南北所见甲骨录》《甲骨续存》这四部著作共著录甲骨13814块，占殷墟所出全部甲骨十多万片的十分之一强。这是胡厚宣对甲骨学的重大贡献，倾注了胡厚宣不少的心血。

《战后宁沪所获甲骨集》，1951年由上海来薰阁书店出版，全书收录甲骨文共1143片，共分三卷。该书有许多重要的资料，如关于妇好的记载，奴隶暴动记载等，其中101号是一块牛胛骨，宽约24厘米，长约43厘米，是甲骨文中最大最全的一版。《战后南北所见甲骨录》也在1951年由上海来薰阁书店出版，收录甲骨文达3276片。

《战后京津所获甲骨集》，1954年由上海群联出版社出版，全书四册，收录甲骨5642片。所载材料大部分是第一次著录的新材料，其中有罕见的牛肋骨刻辞、人骨刻辞等。第520号“四方风名”为辍合版，胡厚宣在京庆云堂看到半块，想到与1941年所作《甲骨文四方风名考证》有关，就以高价买下，回成都后才发现和1936年中央研究院第十三次发掘所得半块正好相接。

这四部著作最大的特点，是在甲骨著录编辑体例方面的创新。最早出版的甲骨著录书，一般不予分类，后来有些著录书采取了分类编排，如郭沫若1933年在日本出版的《卜辞通纂》，但还没有分期分类编排的先例。胡厚宣首次采用了分期分类的方法，其分期采用了“四期法”：第一期盘庚、小辛、小乙、武丁，第二期祖庚、祖甲，第三期廪 辛、康丁、武乙、文丁，第四期帝乙、帝辛。而分类则尽量详细，包括气象、农产祭祀、田猎、征伐、行止、灾祸、占卜、营建、梦幻、疾病等多达二十四类。

这样的编排体例纲目清晰，科学性强进一步方便了对甲骨文资料的利用。自此以后，一些大型的甲骨著录，如日本贝家茂树的《京都大学人文科学研究所藏甲骨文字》我国第一部大型甲骨文资料汇编《甲骨文合集》等，都采用了这种分期分类的编排体例。

1956年，《甲骨文合集》列入国家科学发展规划。1959年，编纂工作正式启动。郭沫若任主编，胡厚宣任总编辑，协助郭沫若处理日常编纂工作及相关具体事务。编纂工作时停时辍，直至编辑成员从河南息县“五·七”干校毕业回京后，《甲骨文合集》编辑工作才再次启动。在胡厚宣总编辑的带领下，编辑组成员齐心协力，努力夺回已失去的十年大好时光。1978年底，《甲骨文合集》的全书图版稿基本完成，并开始了13分册的陆续印制工作。从1978年至1982年，全书共13分册收入甲骨41956版，至此《甲骨文合集》正式出齐。

在带领编辑组进行大规模的科学整理甲骨文材料时，胡厚宣首先把当时已出版的海内外180多种著录书收齐，再广泛调查收集分藏各地的甲骨实物和拓片（或照相）。同时，尽力搜集流散海外的甲骨、拓片或照片。在编辑成书时，尽可能采用原骨的新拓本，并把一骨的正反集中，还进行了大规模的校重、辨伪、缀合、选片、集中同文和对甲骨片进行分期分类等一系列烦琐而细致的整理研究工作。仅就落录书统计，共校出重片6千多片重片次达1.4万之多。可以说，这是80多年来空前规模的“对旧著录进行了一次清查”。此外，《甲骨文合集》编辑还非常注意对所搜集材料的断片缀合，共收入缀合版2千多，其成果超过了前人，从而“使不少看来并无太大意义的残碎甲骨，在复原后产生了使人意想不到的学术价值”。

外国不少学者也积极开展甲骨学的研究并不断取得新成果，这就迫切需要开展国际间的学术交流。早在1958年胡厚宣曾访问苏联，进行学术交流并鉴定了莫斯科列宁格勒等地博物馆所收藏的甲骨文。在莫斯科，于苏联国立东方文化博物馆中国艺术陈列部，看到有十几块甲骨文，胡厚宣指出是伪品。这些甲骨曾被苏联出版的《世界通史作为插图采用过，致使苏联的专家都大吃一惊。在列宁格勒国立爱米塔什博物馆，收藏着一批由卫国战争中牺牲的学者布那柯夫所蒐集的一批甲骨，但有人认为是假东西并不被重视，经胡先生鉴定完全是真品，引起苏联方面的高度重视。

1981年，胡厚宣参加中国考古学古代史代表团出访日本，与日本许多著名的甲骨学家进行了学术交流。日本所藏的甲骨除中国之外居国外首位，其中大部分都已发表过，只有天理大学参考馆收藏着一批甲骨，一直尚未见公布。在日本学者陪同下，他用了一整天时间认真观察了这批甲骨，认定这些甲骨为罗振玉、王国维的旧藏。经日本学者应允，胡厚宣作了选录，并在后来予以发表，1982年和1983年，胡厚宣两度去美国访问讲学，在美先后停留了四个月，访问了旧金山、纽约等九个城市，与美国学术界进行了广泛的学术交流。1982年还分别参加了在香港和夏威夷召开的中国古文字和商史讨论会，在会上发表了学术论文。

有关卜辞中殷商帝王、帝王世系的研究，实自王国维著名的《殷卜辞中所见先公先王考》及《续考》始；此二文的问世，标志着商史研究步人了科学轨道，此二文的持论，学林同宗。然而，王国维二文所产生的轰动效应过后，人们发现再续出一说已难乎其难，至续出一说且成为定论者，几十年来也不过三两家。胡厚宣的《卜辞下乙说》（1940年）便居其一。文中“不特证下乙当为人名，且考知下乙当为祖乙，在先祖中，实占一极其重要之地位。可破近人以下乙为地名之非。”另外，胡厚宣的《释余一人》《重论余一人问题》《说我王》《殷卜辞中的上帝和王帝》《中国奴隶社会最高统治者的称号问题》等文，也都有关于“帝王”研究。

胡厚宣对于殷代地理的研究，有专文三篇：《殷代共方考》（1944年）、《卜辞地名与古人居丘说》（1944年）、《甲骨文士方为夏民族考》（1989年）。此外散见于他文中的尚多，如《卜辞中所见之殷代农业》一文就专辟“农业区域”一节，考证地名概不下二十处。共方、土方属殷代最重要的两个方国，而古人聚居环境如何，更是史家素来极为关注的“焦点”课题。因此，胡厚宣这些论文，对于方国地理、历史文化地理以及夏商民族史、民族关系史源流变迁的探讨，无疑具有重大的指导意义。

关于殷商礼制的研究，王国维有《殷周制度论》《殷礼征文》等名作问世。胡厚宣也有两篇名作——《殷代封建制度考》（1944年）、《殷代婚姻家族宗法生育制度考》（1944年），其所揭示的内容，实堪与王国维二文相美，而所立论则可谓后出转精。缪钺说：此二文“说明封建宗法之制，殷时已有之，非周人所创。能补正王国维《殷周制度论》之疏误，持论尤为情湛。”并题辞谓“观堂所木明，于兹得真释。”按，胡厚宣后一文约三万字，论及一妻与多妻、家族与宗法、求生与产神、分与嘉否、子名与子子、大子与小王、子女与子孙诸题，题题有新意，若贯通一体，则即殷商婚姻、家族、宗法、生育种种制度的断代全史，故一向受到史家好评。

胡厚宣于民国三十二年（1943年）所作《殷人疾病考》一文，是中国古代医学研究史上公认的重要文献。该文根据甲骨文考证出殷人疾病凡十六种，“具备今日之内、外、脑、眼、耳、鼻、喉、牙、泌尿、产妇、小儿、传染诸科”。此种发现，不啻为史林快事。杨树达马上就写了《读胡厚宣君殷人疾病考》予以介绍，而有关的研究文章更是迄今未绝。1956年周宗歧仅以发现殷人已知龋一端，便曾震动了世界医学史坛。关于殷商社会研究，胡厚宣的《殷代的刖刑》（1973年）、《甲骨文所见殷代奴隶的反压迫斗争》（1976年）同样值得重视，这两篇文章是作者运用历史唯物论原理研究奴隶社会阶级斗争的成功之作，别家论著中屡见称引。

殷代的农业、蚕桑丝织业水平究竟如何，这是治史者所不得不面对的大问题。胡厚宣对此问题的探索，用力勤，收获多，称重学界。如果说他的《殷代农作施肥说》（1955年）及其《补正》（1963年）、《再论殷代农作施肥问题》（1981年）、《殷代的蚕桑和丝织》（1972年）是独具慧眼、秀出士林的话，那么他的《卜辞中所见之殷代农业》（1944年）则可谓包罗弘富、令人耳目一新。郭沫若《卜辞中的古代社会》曾认为“在以后为耕器的殷代的农业当然还不甚发达”，而胡厚宣则从殷代农业的环境、区域、管理、技术、产品、礼俗诸方面展开论述，最后得出结论说：“农业者，乃殷代之主要产业。殷代之农业，已极为进步发达。论者以殷代为田猎游牧或原始之雏形农业社会者殊非也。”这一观点显然要比郭沫若说更接近历史事实，所以郭沫若后来在他的《古代研究的自我批判》一文中已改从胡厚宣的说法。事实上，《甲骨学商史论丛》本身也正是一部分共毂式的、既深入又全面的断代史佳作，所以日本学者称：“不是通史，但几乎包含了殷代史的主要方面，确可称为殷代研究的最高峰。由于此书，一举确定了胡厚宣在甲骨学界的地位，与王国维、董作宾并而成为三大甲骨学者之一。”

胡厚宣是从事殷商宗教研究成果最多、成就最大的一家。他的《甲骨文所见殷代之天神》（1941年）、《殷代之天神崇拜》（1944年）、《殷卜辞中的上帝和王帝》（1959年）三篇论文，既可以补足郭沫若《先秦天道观之发展》一文之所略，又有许多重要内容为陈梦家《综述》“宗教”一章所吸收。他的《甲骨文四力区名考》（1941年）、《甲骨文四方风名考补证》（1942年、与丁声树合作）、《释殷代求年于四方和四方风的祭祀》（1956年）发现了：武丁大骨：“东方曰析，风曰协；南方曰夹，风日微；西方日彝，风曰韦；北方日宛，风曰役。”武丁时求年于四方龟版：“帝于东方曰析，风曰协，求年；帝于安南方曰夹，风曰微，求年；帝于西方曰舞，风曰韦，求年；一北方曰宛，风曰役，求年。”《山海经》：东方曰析，来风曰俊。南方曰因，来风曰民。西方曰夷，来风曰韦……《尚书·尧典》：厥民析，鸟兽孳尾（东）。厥民因，乌兽希革（南）……这确堪称为地下文献与地上文献相互发明、且以地下文献为主的“二重证据法”应用的佳例。此文世后即引起丁极大反响，杨树达、陈梦家、于省吾、严一萍等人陆续有论文发表。

此外，《殷人占梦考》对有关殷人宗教意识作了考察。《中国奴隶社会的人殉和人祭》（1974年）则深人探讨了殷人的宗教行为，该文所揭示的事实，使奴隶社会的残酷性暴露无遗，比起理论阐述来，其说服力要强得多。北大教材《商周考古》“人殉与人祭”比较多地吸收了胡厚宣文中的内容，足为明证。《甲骨文商族鸟图腾的遗迹》（1964年）、《甲骨文所见商族鸟图腾的新证据》（1977年）二文，则发现了上亥之“亥”字头上的“鸟”图腾即《诗·商颂·玄鸟》“天命玄鸟，降而生商”之玄鸟。

董作宾曾以十余年之力撰《殷历谱》，但最终并未取得预期的成果。此事说明对殷代历象的研究有很大的难度。胡厚宣的论著则推进了对殷代纪年的方法、殷代中原气温较现代暖润的结论以及殷代日月食纪录的含义等的研究，这些论文有：《甲骨文中之天象纪录》（1940年）、《“一甲十癸”辨》（1941年）、《殷代年岁称谓考》（1942年）、《气候变迁与殷代气候之检讨》（1944年）、《殷代卜龟之来源》（1944年）、《关于殷代之气候》（1944年，与吕炯合作）、《论卜辞中关于雨雪之记载》（1945年）、《殷代的冰雹》（1980年）、《卜辞“月日又食”说》（1985年）。

杜正胜：厚宣先生终生勤学，甲骨文及商史造诣，久已誉满学林，望重中外，信必在学术史中占一重要地位。

徐中舒：余生既逢甲骨文发露，故师友间治此学者尤众，而陈义丰长、用志专笃、翕然为世所崇信者，则不得不推三人焉：曰海宁王静安（王国维）先生，南阳董彦堂（董作宾），望都胡厚室先生。此三人者，或资丰富之收藏，或与发掘之工作，凡先民之手迹，不但有墨本可据，且得摩拂其物，而较其点画卜兆，故其所得弥为深切，实为甲骨文划时期之学者焉。若夫网罗放矢、广征博引、比类并观、剖析微茫，比则厚宣今兹所努力以赴者也。

张光直：世界甲骨文失其泰斗，中国考古史学界失去了一位诲人不倦的导师，先生一生著作已使他在学术殿堂中占了一席不朽地位。

李学勤：二十世纪甲骨学，在前半段他是总结者，在后半段他是学术领头人。

内滕戊申：《论丛》不是通史，但几乎包含了殷代史的主要方面，确可称为殷代研究的最高峰。由于此书，一举而确定了胡氏在甲骨学界的地位，与王国维、董作宾先生并称为三大甲骨学者。

吉林大学古籍研究所古文学研究室：胡老是继四堂之后甲骨文界第一人，他的学问和人品教育了几代人，他在甲骨文研究上的贡献将永垂青史。

山东古文学研究会：先生乃学界巨擘人所共仰，道德功业蜚声中外，超迈前贤后罕来者，分哲人萎矣天下哀恸。

2012年，由中国社会科学院历史研究所举办的“胡厚宣先生百年诞辰纪念会”在北京举行。李学勤、卜宪群、王宇信、宋镇豪、刘一曼、朱凤翰等中国古文字学、先秦史学界的专家学者及胡厚宣的亲友弟子等70余人参加了纪念活动。