十月二日，明军开始攻城，最初的计划是约白文选会师一同攻城，但文秀因屡胜轻敌，拒绝采纳王复臣的正确意见，轻率攻城，结果被吴三桂窥出破绽。不久，吴三桂和李国翰联兵出战，一举先击破张先壁军，溃兵冲乱了全军阵脚，王复臣也被包围牺牲，明军大败，清军也不敢追，退回汉中修养。文秀收拢溃兵回成都，命曹勋、侯天锡守城，塔新策守重庆，总兵龙麟升为四川布政使，文秀回贵州，孙可望深为不满，下旨曰：不纳良谋，损大将，刘南康罪当死，念有复城功，罢职闲住。张先璧则被乱棍打死。

这一举措已经表现了孙可望的私心自用，他将文秀部下的将领和兵力都分散开来，以防文秀的势力过大影响他篡位。然而正确的做法本应抽调兵将补充刘文秀部，让他继续经营四川。文秀被撤职，他本人心灰意懒，连部分将领中也引起愤慨不平认为处分太过。

文秀回昆明之后在鸡足山学习禅道。

永历七年（1653年）当时孙可望同李定国之间的嫌隙已经比较深，定国带领兵马向广东另行开辟战场。孙可望直接指挥的军队驻于贵州和湖南西部的少数州县，他一方面想在抗清战场上取得辉煌战果，进一步提高自己的威望，另一方面他的政治野心日益膨胀，梦想取代明昭宗，需要坐镇黔、滇，不愿亲自统兵东下。于是，孙可望决定起用文秀。

文秀清楚地意识到孙可望的骄横跋扈已经严重地威胁到政局的稳定。自己本来立志抗清复明，却不愿意为孙可望打天下。遂“屡辞招讨”。七月，不得已接收大招讨大将军之职。从容治装者月余，乃上道。

永历八年（1654年）督诸军东伐，沿常德攻岳州、武昌恢复中原，至贵阳时四月矣”。“行营诸文武郊迎，文秀下车揖谢。既至，翊日大宴，可望祭旂纛，授爵授文秀。文秀言：‘某仗皇上洪福，国主威略，诸公侯将士智勇，庶几一日克敌，恢复中原。某菲材，诚恐不胜。’诸人听之皆悦。越数日，乃自于营中请宴文武诸人，优觞半，起谓诸人曰：‘皇上犹佛菩萨也，造金殿玉宇以安之，乃我辈大和尚事。’已启言：‘营镇诸将领征，历经战已久，不患不威勇，当通以忠义谋略，如《百将传》请书宜各颁付，听礼延文儒讲论。’又言：‘军士皆当推心爱惜如子，诸营镇不得虐使之，如鞭笞不合道者，我当参治。显然，这是对孙可望的批评。他奉劝孙可望应该满足于当好庙中主持、方丈的角色，不要忘乎所以，推倒殿上供奉的佛菩萨，自己爬上宝座，弄得不伦不类，信徒星散。同时针对诸将有勇有谋，却只知“国主”不知皇帝，提出要加强忠贞教育。

文秀眼见孙可望作事乖张，内部既酝酿着一场重大的危机，自应以稳定政局为首务，“出师东伐”的计划因此搁浅。五月初七日，文秀“以单骑出历沅、靖诸营，遍观诸险阻，劳恤军吏，十日而毕。又访求能知天文数术者，夏鸿胪言兴隆山中有隐士李石说星数有验，遣书往聘之。李石至，密言一日夜，赠之衣金而归；复以夏鸿胪荐贤谢之金”。这意味着文秀担心内变，一面加强同清朝接境地区的防务，一面针对孙可望周围那些谄媚之徒编造的“天命在秦”的“舆论”加以验证。六月，孙可望回到贵阳；七月初六日“大招讨刘文秀择日出师，由平越道，屯于天柱县。在以后的半年里，文秀毫无挥军入楚之意，原因是担心孙可望发动政变。

永历九年（1655年春），文秀率领卢名臣、冯双礼等部马、步兵丁六万、象四十余只，踏上了东攻湖广的征途。四月，刘文秀部集结于湖南辰州（府治在沅陵），计划先攻占常德，切断洞庭湖西面湖北、湖南的通道，然后收复长沙、衡阳、岳州，得手后再北攻武昌。

按照文秀的部署，明军进攻常德采取水陆并进的方针。派卢明臣率领一支军队乘船由沅江前进，自己率军由陆路进发。当时，正值涨水季节，卢明臣的军队乘坐一百多艘船只顺江而下，四月十七日即攻克桃源县，活捉清朝知县李瑢。文秀亲自带领的主力却因为连日下雨，溪水猛涨，道路泥泞，行进非常困难，“马步兵滞留数十日”，根本无法同卢明臣所统水路军队配合作战。清朝五省经略洪承畴和宁南靖寇大将军陈泰得到刘文秀大军入湘的消息后，迅速作出对策，除了从衡州等地抽调军队回守省会长沙外，五月初十日，调遣荆州满洲八旗兵赶赴常德，加强防御力量。五月二十三日夜，卢明臣部进至常德城下，遭到优势清军伏击，由于得不到陆路明军的支援，激战到次日，卢明臣中箭落水牺牲，水路明军几乎全军覆没。清军乘胜加强了面对辰州的防务。刘文秀水、陆两路夹攻的计划既告失败，卢明臣的阵亡又严重影响了士气，他随即放弃了攻取常德的计划，带领军队退回贵州。孙可望对刘文秀的举措深表不满，又一次解除他的兵权，让他返回昆明闲住。

文秀出师失利的原因是多方面的。首先，他出任大招讨就很勉强，缺乏克敌致胜的信心，水师失利之后，他自己统率的主力并没有同清方对阵即自行撤返。陈泰部清军因道路被洪水淹没受阻于湖北监利县。不久病死。文秀在前锋失利、主力完整的情况下本来还可以寻找战机，他的不战而返，说明无意于此。其次，在战术上文秀没有考虑到当时的天时、地利。水、陆并举的方针固然正确，但是在夏汛到来之际应该率陆路兵马提前行动，然后才出动水师，由于他安排不当，致使水师孤军深入，陷于呼应不灵的绝境。

孙可望任命文秀为大招讨，本意是让他在1654年（永历八年）率军由湘出长江，同张名振等会师，夺取江南。当时屯齐部清军北撤，陈泰部清军尚未南下，正是一举击破清经略洪承畴拼凑的汉军、进取江南的大好时机。由于孙可望的图谋篡位，文秀只好按兵不动，导致东、西会师的计划全盘搁浅。在几经拖延之后，文秀才在1655年五月部署了进攻常德之役。这是明军最后一次主动出击的军事行动。

永历十年（1656年）三月，李定国护卫昭宗到达曲靖，文秀说服王尚礼等人迎接昭宗，而自以数骑往会定国，曰：‘我辈为贪官污吏所逼，因而造反，将朝廷社稷倾覆，实我等有负于国家，国家无负于我等。即今上是烈皇帝嫡派之弟，不若同心共保，倘得藉滇黔以恢复中原，那时封妻荫子，荣归故里，也得个青史留芳。如只跟秦王胡乱作为，虽称王称公，到底不得归正。但我辈今日以秦王为董卓，恐董卓之后又换一个曹操。’定国指天自誓，在归化寺拜见昭宗，大哭，共同迎驾入昆明。

晋封蜀王，赐：{藩宣亲臣}金章，昭宗为定国与文秀割衣订下二姓之盟。两人共同辅政。

十月，封祖先为亲王，命文秀经营四川。派部将高承恩统兵五千由云南进入四川雅州，以心腹将领征虏左将军祁三升任总理全川军务，会同援剿后将军狄三品、平虏营总兵杨威、怀远营总兵贺天云、监理重庆屯田总兵郑守豹等统率兵马进至嘉定府，文秀本人则率领大军取道建昌（今四川西昌市）、黎州（在今四川汉源县北）、雅州到达洪雅县（属嘉定府），在该县境内的千秋坪建立了帅府，撰写了《天生城碑记》，表示要以此为基础，恢复四川。

文秀在千秋坪设立了文武官员，大建宫室，极力想把这里构建成经营西南的大本营，为北攻保宁（阆中），东联夔东十三家，与清军争夺湖北。但因为孙可望欲图进犯云南，文秀不得已回师，前后在千秋坪只驻守了五个月，经营四川的战略未能实现。

永历十一年（1657年）九月，孙可望起兵叛明，并派白文选等人率兵攻打云南，文秀被任命为右招讨大将军，与定国大败孙可望于交水（曲靖之战）。文秀与白文选追击孙可望，昭宗下旨想招降回孙可望，文秀遂写血书交付孙可望，但是没有听从，逃往长沙投降了清朝。虽然未能擒获孙可望，但文秀安抚地方和军队的工作做得相当出色。

十月间，文秀见贵州形势已经稳定，而同清军相持的明军仍据守着四川大部和湖广武冈一线，就上疏奏请昭宗移驻贵阳，这样不仅可以体现进取精神，也便于就近指挥，振作士气。昭宗也同意了这一建议，命礼部择吉日起行。十一月，李定国在进讨盘踞永昌的王自奇时，得知永历帝同意刘文秀迁都贵阳的建议后，大为不满，“驻兵永昌，上疏告病，请卸兵事”。昭宗拗不过李定国，“玺书慰劳，召回，迟延三月始赴阙”。

永历十二年（1658）正月元旦，“李定国请尽撤川楚守边各镇将回云南。遂罢幸黔之议”。这是李、刘之间裂痕的第一次明显暴露。从当时形势来说，文秀的建议基本上是正确的，李定国反对移跸贵阳如果是考虑到昭宗秉性怯弱，距敌越远越好，加上移跸之时必然增加沿途各地百姓的负担，主张留驻昆明自有可取之处。但是，他的上疏告病和要挟昭宗撤回川楚守边诸将显然是针对文秀的。因为他的亲信部队主要集中在云南，而文秀安抚了贵州、四川、湖广的军队，定国不免有所顾忌，耽心移跸贵阳之后，文秀的地位将凌驾于自己之上。

三月，李定国又建议昭宗召回刘文秀，不能不说是很大的失策。清廷正利用南明内讧、孙可望来降的时机调兵遣将准备大举进攻，李定国却心存芥蒂，把刘文秀和处于一线的将领调回大后方昆明，严重地削弱了前方指挥部署。这说明李定国在平定孙可望叛乱以后，对抗清大局缺乏全面考虑，注意力过多地放在巩固自己在永历朝廷中的地位上面。

大臣金简上疏进谏道：“内患虽除，外忧方棘，伺我者方雁行顿刃，待两虎之一毙一伤以奋其勇；而我酣歌于漏舟，熟睡于积薪之上，能旦夕否乎？二王老于兵事者也，胡亦泄泄如是。”

这里说的二王是指晋王李定国和蜀王刘文秀。刘文秀对局势的危险有清醒的估计，他在追逐孙可望的过程中，注意收集孙可望部下兵将，多达三万余人，加以改编训练，打算用于守卫同清军接境地区。他的豁达大度收到的效果非常明显，孙可望虽然叛变了，跟着投降清朝的不过几百人，而且没有一个重要将领。这说明原先尊奉“国主”的大批将士在关键时刻是识大体的，不应心存畛域，加以歧视和打击。可是，李定国却缺乏广阔的胸怀，采取了一些歧视原属孙可望部下将士的错误做法，比如“以收获孙可望之兵名曰秦兵，滇省旧兵名日晋兵”，“由是孙可望之兵心懒矣”。李定国和永历帝把他和主要将领召回昆明，使文秀的善后工作未能有效进行已是重大失误，对文秀的乱加指责更使他心灰意懒。

被召回意味着被解除兵权，朝廷在晋、蜀二王之间已明显地倚重李定国，一些目光短浅的举措又让文秀深为不满。他内心非常苦闷，甚至私下对人说：“退狼进虎，晋王必败国。”把李定国比作孙可望第二，失之偏激，但他对定国大权独揽和处事不当表示反感大体上是正确的。这以后他日趋消极，“凡大朝日始上朝一走，常朝日俱不去”，“将一切兵马事务悉交护卫陈建料理，亦不出府”。不久发病卧床不起，昭宗和李定国都曾去探望，再三宽慰，派医调治。但心病无药医，

永历十二年（1658年）四月二十五日文秀病逝。临终前，上遗表云：“虏兵日逼，国势日危，请入蜀以就十三家之兵。臣有窖金一十六万，可以充饷。臣之妻子族属皆当执鞭弭以从王事。然后出营陕、洛，庶几转败为功。此臣区区之心，死而犹视者也。昭宗震悼辍朝，谥曰：忠，”葬于安宁曹溪寺右山。

刘文秀在西军突围出川时，在击败曾英部时立大功。永历四年到六年进取四川，一度获得很大胜利，但终在保宁被吴三桂所败。

文秀仪度温雅，柔和谨慎。擅长安抚士兵，训诫诸将不得虐待百姓，深得将士之心。

邵廷采：以材猛称。

徐鼒 ：文秀起家草泽，乃心王室；恂恂退让，有名将风。情势既迫，猜嫌顿起，岂天必欲讫明命欤？何两贤不相得也！

义父：张献忠

子：刘震任职都督，后随李嗣兴降清，封归义侯。

查继佐·《罪惟录选辑》

徐鼒·《小腆纪年》

邵廷采·《西南纪事卷十》