土木工程学院、牵引动力国家重点实验室、机械工程学院（载运工具信息工程系已并入）、电气工程学院、信息科学与技术学院（原计算机与通信工程学院）、经济管理学院、人文社会科学学院、交通运输学院、物流学院、环境科学与工程学院、外国语学院、物理科学与技术学院、材料科学与工程学院、建筑学院、艺术与传播学院、生命科学与工程学院、成人教育学院、网络教育学院、软件学院、力学与工程学院、思想政治教育教学研究所、体育工作部、加拿大高等教育基础部、工程科学研究院、心理研究与咨询中心、数学学院

土木工程、测绘工程、地理信息系统、勘查技术与工程、地质工程、遥感科学与技术、机械工程及自动化、测控技术与仪器、建筑环境与设备工程、热能与动力工程、车辆工程、工业工程、电气工程及其自动化、电子信息工程、计算机科学与技术、通信工程、自动化、软件工程、信息安全、网络工程、微电子技术、自动化、交通运输、物流工程、安全工程、交通工程、信息管理与信息系统、工程管理、金融学、电子商务、工商管理、营销、经贸、经济学、国际经济与贸易、法学、政治学与行政学、汉语言文学、公共管理、传播学、艺术设计、工业设计、绘画、音乐表演、数学与应用数学、信息与计算科学、统计学、电子科学与技术、英语、日语、德语、法语、建筑学、城市规划、生物信息学、生物工程、材料科学与工程、材料成型及控制工程、生物医学工程、工程力学、环境工程、消防工程、交通设备信息工程、旅游管理、森林资源保护与游憩、制药工程、中药学等。

省级特色专业　土木工程 机械设计制造及其自动化 　通信工程 计算机科学与技术 　建筑学 交通工程 　工程力学 地质工程 　省部级重点学科（54个）　13个一级学科省级重点学科（涵盖46个二级学科）。总共二级省重点学科54个 　13个的四川省一级重点学科包括：马克思主义理论、力学、材料科学与工程、电气工程、电子科学与技术、信息与通信工程、控制科学与工程、土木工程、测绘科学与技术、地质资源与地质工程、生物医学工程、管理科学与工程、工商管理； 　8个四川省二级重点学科包括：比较文学与世界文学、凝聚态物理、建筑设计及其理论、安全技术及工程、环境工程、行政管理、应用数学、计算机应用技术。 　省级实验教学示范中心（7个）　机械基础实验教学中心 力学实验中心 　电气工程基础实验中心 物理实验中心 　交通运输实验中心 土木工程实验教学中心 　材料实验中心

西南交通大学研究生院高度重视学科建设工作，学科整体水平和科研实力大幅提升。已有10个国家级重点学科，24个省部级重点学科。交通运输工程一级学科全国排名第一。由学校主持的“机车车辆整车滚动振动试验台”和“铁道机车车辆—轨道耦合动力学理论体系、关键技术及工程应用”研究成果分别获得1999年和2005年国家科技进步一等奖，有3项科研成果分别于1998年、2001年和2005年入选“中国高等学校十大科技进展”，在全国47所入选的高校中位列第8位。科学研究的积极开展为研究生施展才华、开展创新性研究、培养创新思维和创造能力提供了广阔的空间，从而提高了学位论文的质量和水平。2000年以来，已有6篇博士学位论文入选“全国优秀博士学位论文”，在全国并列第29位。