滇黔军战败后，唐继尧发动四川靖国战争，川军第5师师长熊克武也接受了唐继尧的委任的四川靖国军司令一职， 共同打击北洋政府任命的四川督军刘存厚。赖心辉也于4月20日退守绵阳。5月3日，熊克武部将吕超向赖部发起进攻，赖丢掉绵阳，退往陕南和刘存厚会合，驻防汉中，7月5日，北洋政府任命刘为国防军21师师长，赖为42旅旅长。12月上旬，吕超部穷追不舍，将汉中四面包围，刘存厚弹尽粮绝，欲弃城出走，恰逢赖心辉从陕西督军陈树藩处借来大批枪械，粮饷，并率部及时赶回，才得以打退吕超，解了刘存厚之危。

1920年初，唐继尧见熊克武不能成为他控制四川的得力工具，遂令驻川滇黔军向熊部发起进攻，熊不支后退往川北。不久，熊以驱逐客军相号召，联合刘湘及刘存厚发动反攻，10月，将滇黔军全部驱逐出川，为奖励赖心辉旅抢先进占成都的功劳，熊克武划出什邡、金堂、广汉、德阳四县作为赖心辉的防区。什邡县有著名土匪头子张庭升，赖先派人去招抚，张不从，赖率部围剿，消灭了张的土匪武装。

1922年7月，四川爆发了以熊克武，但懋辛为一方，刘湘、杨森为另一方的一、二军之战，赖心辉占在熊克武一方，任副总指挥， 率部向第二军进攻，8月上旬第二军溃败。这时赖心辉野心不小，想染指四川省长一职，但他也知道自己资望太浅，就推第三军军长刘成勋为省长兼总司令，刘成勋上台后，为答谢他的支持，任命他为四川边防军总司令，驻防富饶的泸州一带。两人还结为儿女亲家。

在这次战后的分赃会议上，由于矛盾重重，又爆发了邓锡侯、陈国栋、田颂尧和熊克武、刘成勋、赖心辉之间的战争，1923年2月13日，刘成勋任命赖心辉为前敌总指挥，又电请川东边防督办但懋辛出兵相助，两军混战到20日，邓、陈两师已经打到川西平原，开始围攻成都，刘成勋困守城内，正在恐慌之际，21日赖心辉到了简阳，24日前哨部队抵达成都，开始夹击邓、陈两部，解了成都之围。他乘胜北上，将邓锡侯等部围困在川北，不料邓锡侯突出奇兵，绕开他奇袭成都，3月30日刘成勋通电辞职，他也退兵内江，资中、隆昌一线。

第一、二军之战后，第一军内部由于分赃不均，又爆发了邓锡侯、陈国栋、田颂尧等同熊克武、刘成勋、赖心辉之间的战争。1923年2月13日，刘成勋命赖心辉统率各军讨伐邓、陈，又电请川东边防督办但懋辛出师援助。两军混战到20日，邓、陈两师已前进到川西地界，开始围攻成都。刘成勋困守城内，正在恐慌之际，21日赖心辉率部攻占了简阳，24日前哨部队抵达成都，从侧背攻击邓、陈两师，遂解成都之围。赖心辉善战之名传扬一时，刘成勋对他更加倚重。

同年3月，吴佩孚见川军内讧，令北洋军援助杨森回川；又令黔军袁祖铭率五个旅进兵川东5月，熊克武率原第一军与赖心辉的四川边防军和刘成勋部合力反攻杨森、刘湘等部。赖心辉先攻人成都，熊、刘率部相继入城。6月4日，孙中山以军政府大元帅名义任命熊克武为四川讨贼军总司令，刘成勋为川军总司令，赖心辉为四川讨贼前敌总指挥，讨伐北洋军。赖心辉的四川边防军已辖6个旅和一个炮兵团及特务营、机炮营、骑兵营等部队，实力达万余人。赖心辉令其部分别由乐山、宜宾、泸州攻重庆的侧背；并亲自攻资中、内江一线。赖心辉攻占内江后，6月14日乘胜下令总攻，双方激战一日，赖部伤亡惨重，连预备队也用尽。他当即召开军事会议，指出，敌我双方同样伤亡惨重，敌军可能也在今晚撤退，应采用两全之计。遂抽选精锐一营，于当晚夜袭隆昌；再派一加强连向隆昌侧面搜索，以牵制敌人，然后缓缓撤退。

当夜初时，赖心辉部前沿部队陆续撤下。撤退下来的士兵互相争路吵骂。赖心辉施一小计，忙招呼下轿，叫弁兵在路边坟地上铺开好被褥，摆起鸦片盘子，躺下抽起烟来。退下的士兵们见总指挥的轿子还放在路边，总指挥安闲地躺着抽烟，便回头向后面乱挤的官兵大声吼道：“你们慌什么?往后转，总指挥还正在这里烧烟咧!”这一喊，果然军心大定，部队缓缓地撤退，秩序井然。待到拂晓，赖军侦击营传来急报：“杨森部与袁祖铭两部已向荣昌、永川方向遁去，经我先遣侦击连虚张声势地跟踪追击，已溃不成军，⋯⋯”赖心辉烟枪一撂，哈哈大笑，下令大军掉头向永川、璧山方向火速前进。到了10月间，熊克武对战事意存观望，结果给杨森部喘息机会。乘势反攻熊军，12月13日占领重庆，1924年2月9日攻下成都。10日赖心辉通电拥护北京政府。

1924年4月28日，北京政府任命赖心辉为四川陆军第一师师长兼四川边防军总指挥；9月10日，授予他正威将军。1925年2月7日，北京政府任命赖心辉为四川省长。1926年11月27日被国民政府委为国民革命军第二十二军军长。

1928年10月，驻防川北的李家钰师、罗泽洲师和杨森因与刘湘、刘文辉争夺防地，又联合赖心辉、郭汝栋攻打刘湘、刘文辉两军。赖心辉率部独挡永川、重庆一线。赖部先击溃进攻的刘湘军，战事节节胜利。刘湘改变计划，先打退罗泽洲师及杨森部，又用重金收买郭汝栋，然后，联合刘文辉部向赖心辉进攻。赖部孤军作战，寡不敌众，丢掉江津、内江等县防地，退到合江，赤水之间。1929年1月赖心辉因早年曾援助当时的贵州省长周西成，乃与周商定：赖部拟退人贵州遵义。赖军至遵义途中，5月，受黔军毛光翔堵截，赖部只得退人四川秀山县城。赖心辉招纳了酉阳、秀山、彭水各县的土匪、号称六师之众，盘踞在酉阳、秀山一带。

不久，刘湘令师长王陵基以剿办土匪为名，出兵至酉阳、秀山一线向赖心辉发动进攻。赖部失败，被迫率部再退至贵州边境。急向南京国民政府求救。蒋介石于1930年6月19日委赖心辉为第十一师师长。该部以新编第十一师名义进驻江西永丰县，国民政府委张英为师长，马昆山为副师长。后来，新十一师又被陈诚改编，赖心辉部到此彻底瓦解。

同年秋，赖心辉奉蒋介石电令取道宜昌赴汉口，洽商改编事宜。甫抵宜昌，被刘湘密令独立旅旅长郭勋祺将其扣留软禁。半月后，郭勋祺私自将赖放走。赖乘飞机逃到南京见蒋介石。后经国民政府参军长吕超保荐，赖任国民政府上将参军，每月拿干薪八百元。不久，赖移住上海法租界，抽鸦片烟打发日子，入不敷出，久而久之借贷无门，当卖俱尽。1933年冬落魄还乡，在成都度其贫困生活。

1942年4月18日赖心辉病逝。死后他皮夹中仅余法币一元，尚有纸条一张，上书自挽一联：百战徒劳，愧对乡国;一事无成，负罪人民。