在2009年4月22日南非举行的国民议会选举中，以祖马为首的非国大在选举中以65.9%的得票率赢得胜利，再次成为南非执政党。祖马从政经验丰富，在南非具有广泛的影响力。在5月6日国民议会举行的总统选举中，祖马当选为新一任南非总统，成为南非结束种族主义统治以来的第四位总统。5月9日，祖马在南非行政首都比勒陀利亚宣誓就职。

2014年5月21日南非第五届国民议会正式选举雅各布·祖马连任总统。2014年5月24日祖马在行政首都比勒陀利亚总统府宣誓就职，开始自己的五年任期。来自非洲20多个国家的总统、世界10多个国家的副总统和总理，以及各国特使等出席了就职典礼。

2018年2月14日，南非总统雅各布·祖马发表全国讲话时宣布辞职。“立即生效”。

2024年6月16日，南非前总统雅各布·祖马宣布，他领导的民族之矛党将加入新成立的反对派“进步核心小组”联盟，在南非新一届国民议会中制衡非洲人国民大会（非国大）为首的执政联盟。

祖马在南非政坛是一位极具争议的人物，腐败和强奸指控几乎伴随他的政治生涯。祖马和他的民族所赞成的一夫多妻制，也成了媒体猎奇的目标。祖马先后有过4位妻子，除了1998年与祖马离婚的恩科扎萨纳·德拉迷尼和2000年自杀身亡的凯特·曼特索外，祖马仍有两位年轻的妻子。

祖马奉行一夫多妻制，他先后与6名女子结婚，其第1房夫人恩科扎萨纳·德拉迷尼在1998年和他离婚，第2房夫人凯特·曼特索于2001年自杀。1973年，他与第3房妻子斯扎科勒·库玛罗结婚。2009年他与第4房妻子诺姆普梅勒罗·努图里结婚。

2010年1月4日，祖马迎娶第5房妻子托贝卡·玛西佳。托贝卡已经与祖马相好了多年，她的家人在几年前就收到了祖马总统的丰厚定亲财礼，而她也已经于2008年1月到祖马家中回了礼。按照祖鲁人传统习俗，一名新娘只有当收到男方的财礼之后，才会带着礼物上门回赠新郎的家人，表示自己答应了这门亲事。

2012年4月，南非总统雅各布·祖马在家乡夸祖鲁—纳塔尔省举行仪式，迎娶第六名妻子邦吉·恩盖马。恩盖马与祖马有一个儿子，当时已经3岁。她持有多个学位，2011年陪同祖马出席在韩国举行的二十国集团首脑会议。祖马先前在生日庆祝会上说，与恩盖马成婚后，他不会再结婚。

2015年2月22日，南非总统雅各布·祖马4位妻子中的一位，因为涉嫌卷入对祖马的“投毒阴谋”，已被禁止进入祖马位于老家恩坎德拉的府邸。

2019年7月12日，祖马之子杜杜扎内·祖马因车祸致人死亡案在约翰内斯堡兰德堡法院开庭。被控过失杀人罪的杜杜扎内最终被法院判处无罪。

祖马年轻时就开始追求结束种族隔离制度。像曼德拉一样，他也被关进了罗本岛监狱。在狱中，年轻的祖马遇到曼德拉、姆贝基等非国大领袖，从此他开始被视为非国大的接班人加以培养。2009年祖马上台后加大防治力度，帮助南非有效控制了已近失控的艾滋病蔓延的趋势，同时他还投入大量的精力，为和他当年一样贫困的黑人底层民众谋福利，为他们免费提供住房并通水、通电。

与前任总统姆贝基相比，祖马的经济政策更加平民化。不过出乎祖马预料的是，经济衰退让民众的游行示威层出不穷。为此，祖马开辟了一条直接与平民对话的道路——总统热线，并亲自回复了其中一些求助，帮助一名妇女索回了养老金，并为一名居民联系到了修理水管的工人。

当地时间2024年6月16日，南非前总统雅各布·祖马宣布，他领导的民族之矛党将加入新成立的反对派“进步核心小组”联盟，在南非新一届国民议会中制衡非洲人国民大会（非国大）为首的执政联盟。

祖马对中国一直持友好态度，上个世纪90年代曾以地方官员的身份访华。此后，他于2004年以副总统身份访华，2008年以非国大领袖身份访华。2010年8月，祖马对中国进行国事访问，此次是祖马首次以总统身份对中国进行国事访问。2011年4月，祖马赴华出席金砖国家领导人第三次会晤和博鳌亚洲论坛2011年年会开幕式。2012年7月，祖马赴华出席中非合作论坛第五届部长级会议开幕式并访华。2012年访华期间，祖马还被授予北京大学名誉教授证书。

2014年11月10日，南非总统祖马因名下一处房产花费巨额装修费遭警方调查。警方指其私自挪用公款，祖马坚称对装修情况毫不知情。而南非政府方面表示，总统宅邸装修耗资巨大是出于安全考虑。

这栋位于乡间的宅邸一共花费了3000万美元(约合人民币1.8亿元)装修费，内设游泳池、私人诊所及露天剧场。10日当天，南非警方证实对总统房产花销一案已展开调查。南非新民主联盟议会领导人迈玛纳呼吁警察履行职责，并要求祖马接受并配合调查。据悉，2014年3月，南非最高级反腐官员玛当塞拉曾指责祖马在宅邸建设过程中收贿，并要求他承担部分损失。

南非失业率居高不下，社会治安较差，而腐败问题一直是南非人民挥之不去的心病。这次事件对于祖马来说无疑是晴天霹雳，他不仅面临政治方面的压力，还要缓解南非国民的不满情绪。

2018年2月13日，在当天下午召开的记者会上，执政的非国大党宣布解除祖马的总统职务，并希望后者在14日给予回复。

2018年4月6日，雅各布·祖马出庭，就多年前一桩军火腐败案接受法庭初步审理。

2018年3月6日，南非国家总检察长肖恩·亚伯拉罕斯召开新闻发布会，宣布将以包括欺诈和腐败等16项罪名起诉前总统雅各布·祖马。

亚伯拉罕斯说，这些罪名包括一项敲诈罪、两项腐败罪、一项洗钱罪和12项欺诈罪。这些罪名全部与祖马之前涉嫌参与的一起价值数十亿兰特（1美元约合12兰特）的军火交易有关。他表示，“这件事必须由审判法庭判定并得到公开讨论”。

祖马所在的非洲人国民大会党（非国大）总书记埃斯·马加舒尔说，检察机关的工作不应受到外界干涉，在祖马被判有罪之前，应该受到无罪对待。“非国大再次重申，对本国的刑事司法制度充满信心，我们尊重司法独立。我们同样要申明，法律面前人人平等。”

另据当地媒体报道说，祖马受审时，将会有超过200名证人出庭作证。

祖马多年前曾因此军火案受到一系列指控，但检察部门后以“政治阴谋”宣布撤销这些指控。南非反对党多年来一直致力于敦促法院重审此案。

2019年10月11日，南非彼得马里茨堡高级法院驳回了南非前总统祖马有关与法国军火商交易腐败案不受起诉的申请。2019年10月15日上午，南非前总统祖马现身南非彼得马里茨堡高级法院，对其在任期间的贪腐指控出庭受审，庭审并没有持续很长时间，法庭宣布该案推迟至2020年2月4日开庭继续审理。

2020年2月4日，南非一家法院向前总统雅各布·祖玛发出逮捕令，指控其数月来一直试图逃避出席关于他的腐败案的庭审。这项逮捕令是法院应南非国家检察院（NPA）的请求发出的。祖玛本应前往彼得马里茨堡（pietermaritzburg）高级法院出席庭审。

2020年11月19日，南非前总统祖马出席司法调查委员会，这是祖马一年多来首次出现在公众视野。此前祖马对司法调查委员会的负责人提出异议，希望更换委员会负责人。当天，司法委员会驳回了祖马有关调查委员会负责人的三项质疑，并向证人席的祖马询问了至少35项其任期内收受贿赂的证据，但祖马都没有给予正面回应，只表示这些指控是对其个人的偏见，随后离开现场。

2021年5月26日，祖马在夸祖鲁纳塔尔省彼得马里茨堡法院出庭受审。南非国家检察机关指控祖马及法国武器制造商泰雷兹（Thales）在1990年的武器交易案中涉嫌腐败，诈骗和洗钱。祖马提出特别辩护申请，因此审判将推迟到7月19日再次开庭。

2021年6月29日，南非宪法法院裁定，前总统祖马因未出席早些时候的腐败调查而被判藐视法庭罪，并判处其15个月监禁。

2021年6月29日，南非前总统祖马被该国宪法法院以藐视法庭罪判刑15个月后，按照宪法法院的判决规定，祖马必须于2021年7月4日24时前前往警局自首，随后在警方护送下前往监狱服刑，否则警方将在72小时内逮捕祖马，而7月7日24时正是72小时逮捕令的最后期限。判决后，祖马律师以祖马已经80岁和疫情等原因申请暂缓执行，并称即使祖马藐视法庭，但是南非宪法法院不经过审理直接宣判，违背南非宪法。南非宪法法院已同意将于7月12日开始受理该申请。

据南非媒体当地时间2021年7月8日0时报道，祖马在7月7日24时到来前的最后数分钟，坐车前往警局自首，开始服刑。

2021年7月8日，当地时间7月7日，南非警察部宣布南非前总统祖马已于7日深夜在最后期限前向警方投案，将被交给惩教机构。此前，南非宪法法院于7月3日宣布将于7月12日召开公开听证会，听取祖马要求撤销对其相关判决的申请。

2021年7月10日，南非彼得马里茨堡高等法院9日作出裁决：以“无法在宪法法院作出最终判决前裁定针对前总统祖马的逮捕行动是否合理”为由，驳回祖马此前要求暂停警方逮捕他的申请。

当地时间2021年8月9日据南非媒体报道，该国宪法法院同意推迟原定于8月10日举行的关于南非前总统祖马军购腐败案庭审的请求。

8月10日，南非彼得马里茨堡高等法院宣布，祖马的腐败案审判将推迟至9月9日进行庭审。

2021年8月11日，据南非媒体报道，南非总统拉马福萨在对该国前总统祖马的司法调查中作证表示，祖马任职南非总统期间该国贪污猖獗。

2022年1月4日，通过历时三年多涉及300多名证人的一项官方调查，南非官员在公布的报告第一部分中称，前总统祖马执政期间政府存在系统性腐败。

祖马曾多次拒绝负责调查国家买办以及贪腐案件的委员会的传唤。2021年2月，南非宪法法院要求祖马出庭作证，但遭到拒绝。6月29日，宪法法院裁定祖马藐视法庭罪成立，被判入狱15个月，他也成为南非结束种族隔离制度以来，首位被判监禁的前总统。

祖马曾于2009年、2014年连续两次当选南非总统。2016年，最高法院曾认定他利用公共资金升级私人住宅，藐视宪法。与此同时，反腐监督机构指控他允许印度古普塔家族对当时的政府施加不正当影响。2018年2月，时任南非总统祖马宣布辞职，时任副总统拉马福萨成为总统。祖马因涉嫌收受贿赂、洗钱等多项罪名接受调查。

2021年9月5日，南非惩教署（监狱管理局）宣布，根据相关医疗报告决定批准前总统祖马保外就医。南非惩教署表示祖马身体状况符合该国保外就医规定，未来祖马将在社区矫正系统中完成剩余刑期。

2022年10月7日，南非惩教署（监狱管理局）宣布，南非前总统祖马刑期结束，祖马在一份声明中表示，他为重获自由感到欣慰，并感谢他的支持者。

2024年3月28日，南非选举委员会表示，雅各布·祖马已被禁止参加2024年5月29日的南非国民议会的选举。

当地时间2024年4月9日下午，南非选举法庭作出裁决，雅各布·祖马获得了作为新成立的政党“民族之矛”的候选人参加2024年全国大选的资格。

当地时间2024年5月20日，南非最高司法机构南非宪法法院裁定，前总统雅各布·祖马因之前的刑事定罪，不得在5月29日的南非大选中作为议会候选人参选。

2024年7月29日报道，南非执政的非洲人国民大会（非国大）秘书长表示，前总统雅各布·祖马已被其所在的非国大开除。

2021年12月12日，南非前总统雅各布·祖马在南非约翰内斯堡等地发布个人新书《雅各布·祖玛的演讲》，书中针对此前南非社会对他的指控予以明确回击。

祖马出身于草根，跟很多普通老百姓一样，不曾接受良好的教育；他会披上豹皮，拿上盾牌，和支持者跳一段传统舞蹈；他能够理解和关心广大贫穷黑人的呼声。一名支持者说：“祖马愿意倾听人民的声音，没有知识分子高高在上的架子。”

中国社会科学院非洲问题专家刘乃亚评论说：“祖马和蔼、亲善的形象，为他打下了广泛的群众基础，也赢取了更多的选票。更重要的是，祖马获得了曼德拉的支持。曼德拉虽然隐退已久，但在南非政坛仍然拥有巨大的政治影响力和号召力，他的支持，对祖马当选非常关键。”