隆庆五年九月三十日（1571年10月18日），马自强升为詹事府少詹事兼翰林院侍读学士。十月十九日（11月6日），明穆宗命马自强负责翰林院事务。

隆庆六年二月二十三日（1572年2月6日），皇太子朱翊钧出后宫，马自强担任讲官，陈述明白、深切，于是受到太子的器重。四月二十四日（6月4日），马自强升为詹事府詹事兼翰林院侍读学士，教导庶吉士。六月十日（7月19日），朱翊钧即位，是为明神宗。八月四日（9月10日），马自强被提升为礼部右侍郎，担当日讲官。九月三日（10月9日），升任礼部左侍郎，负责詹事府，像以前一样负责讲授。十月二十八日（12月3日），继母去世，于是马自强在十一月二十七日（12月31日）归乡守孝。

万历三年（1575年），服丧期满，明神宗诏令马自强官复原职，协助负责詹事府。五月十六日（6月23日），马自强升为吏部左侍郎，仍然负责经筵。七月十八日（8月23日），朝廷推举马自强任礼部尚书。明神宗派遣使者询问张居正尚书是否可以兼任讲官，张居正回答说事务繁多不得兼任，于是明神宗任用马自强为尚书，罢除日讲，担当经筵讲官。

万历四年六月二十四日（1576年7月19日），张居正推举马自强担任《大明会典》副总裁官，得到明神宗同意。八月七日（8月30日），明神宗派遣马自强祭奠孔子。

万历五年二月八日（1577年2月25日），明神宗派遣马自强到太学向孔子行礼。八月二十四日（9月6日），《明世宗实录》修撰成，马自强被加封太子少保。

万历六年二月五日（1578年3月12日），明神宗派遣马自强祭奠孔子。

万历六年（1578年）三月，张居正准备回乡安葬父亲。张居正思虑在乡里休息的内阁大臣，高拱与自己有很深的嫌隙，殷士儋有内援，有可能乘隙复出，只有徐阶年老容易结交，打算举荐他代替自己。已经派遣使者报告了徐阶，又思虑徐阶为前辈，自己还朝，应位居其下，于是奏请增设内阁大臣。明神宗当即指令张居正推举，于是根据人望推荐马自强以及所厚爱的申时行。诏令加封马自强为太子太保兼任文渊阁大学士，与申时行一起参与机要事务。马自强起初因为救助吴中行、赵用贤与张居正相抵触，自认不敢奢望，等到明神宗的命令下达，人们更加由此称赞张居正。当时吕调阳、张四维先入内阁。吕调阳身体衰弱，多次卧病不出门，小事由张四维代替他拟旨，大事则派快马到江陵报告张居正，听从他的裁决。马自强虽然正直，也不能有所作为，驻守职位罢了。十月十三日（11月11日）亥时，马自强去世，享年六十六岁，朝廷得到消息，明神宗诏令赠封他为少保，谥号文庄，派遣行人护送他的灵柩回乡。

《马文庄公文集选》收录诗文数量众多，体裁多样，内容丰富。经统计，同治本中，序文、行状、祭文、古诗、律诗等文体诗文共计261篇。

马自强的文章多为反映官场生活的应用类、应酬类文体。卷五“表”类所收6篇文章皆为夸饰文治教化、颂扬君恩的贺表、此外，卷三“记”类文章以纪实和彰显功绩为主。卷六共收8篇奏疏，其中5篇为谢恩疏。与台阁体“颂圣德、歌太平”的行文风格不谋而合。

《马文庄公文集选》所收诗歌根据内容大致分为记事、怀古、送别、贺寿4类，其中送别诗为最，146首律诗中以送别友人为题材的有60首。诗歌除如《春日携同馆诸君赴孙文和汤饼之酌于城南郑宅和张子维韵》记日常宴游活动的唱和之作外，多偏于个人生活态度书写和情感抒发。如《余留滞潼关十日中吾饮余偏四门城楼留次作别》中“辞家东去思悠悠，咫尺重关滞晚秋”“谈笑论文还武备，羡慕持宪迥风流”，展现了作者开阔的胸襟。

马自强诗歌炼字崇唐朝李杜之风，如《入栈有感太白蜀道难之作》中“艰危不可及，三叹谪仙诗”。多选用叠字、双声叠韵词等，增强了诗歌的韵律美，亦有唐诗风韵。如《同馆六人考绩承恩宴文和寓而文和独得赠妣封母为夫人又作和韵》：“辉辉藜阁三年最，奕奕萱闱入座高。”《立春日发保宁罗公书胡汝立郊饯席赋》：“白璧辉辉联地主，青丝袅袅簇春盘。”

明穆宗朱载坖：惟马自强讲，朕多省悟。（《陕西通志》引）

张居正：看得本官持身端慎，励志清修，先侍东宫，继充日讲，勤劳匪懈，启沃弘多。（《张太岳集》）

张四维：公有宏雅之猷而未竟其用，公有淳仁之度而未究其施……公得天之茂，神英气厚，完粹淳庞，终鲜疾疚。（《条麓堂集》）

王锡爵：先生生平于学问经术要为根蒂。……奏对之辞壮，碑表之辞典，记序之辞畅，投赠之词直，本之自正,气大积山晖泽，媚各阐玄，倪非颛颛学问所至也。（《关西马氏世行录》引）

陈应芳：自其（马自强）大王父繁峙公，……多惠政，迨其父宛平公佐京邑，有治声。至两公后先所以为德于乡，又皆积累世。世称仁人长者，则其钟祥伟人，而长发于文庄先生也。（《关西马氏世行录》引）

朝鲜诗人许筠：马自强刚正，许国清慎，王锡爵严毅，其王家屏、张位俱可。而赵志皋有贪名，沈一贯持禄媚上，不足取也。（《惺所覆瓿稿》）

张廷玉等：自强虽持正，亦不能有为，守位而已。（《明史》）

刘于义等：公少读书太华山，与二三交契，以道德文章相切磨，人以韩琦、范仲淹称之。不竟其用，人于是有苍生之憾。（《陕西通志》）

马自强著有《马文庄公文集选》15卷，《马自强撰附叙述》1卷，共16卷。

据大荔县人民政府官网显示，马自强是汉族人。然而，白寿彝主编《回族人物志明代卷》中对马自强有相关的记载，把他与孙继鲁、詹沂等明代的回族官员归为一类；李兴华、冯金源编《中国伊斯兰教参考资料选编》中水子立写的《中国历代回教名贤事略汇编》也有马自强的记载；马以愚先生《中国伊斯兰教寺墓考察记》对松江真教寺的碑记进行鉴定“前在胜国，赖同教少宗伯马公，捐金盖廨舍三间，整饰壮伟，时万历十年，岁次人物事”马以愚考证得出，此处的马公即曾任礼部右侍郎的马自强；赵灿《经学系传谱》马戎吾先生纪事，“戎吾先生，闻同州吾教人（由马内阁之转教）渐迷。咸将叛教，遂率徒属自备资斧三百金，诣王觉村，入其清真寺”，在马先登《告存漫叟年谱》中记载“建土，始由始由沙苑马坊里徙居东小坡底，时则康熙三十三年”可知，这里所说的马内阁即指的是马自强，因为明清同州入阁仅此一人，可分析出马自强与马戎吾同教；李德洙主编《中国少数民族文化史》回族卷中这样写到“明清是史学家辈出的时期，明代史学家马自强以翰林宫分检官，参与编辑《永乐大典》，并纂修《肃宗皇帝实录》。”他也认为马自强为回族史学家；朱昌平、吴建伟主编《中国回族文学史》深入的对马自强及他的文学成就进行了分析。马长寿《同治年间陕西回民起义历史调查记录》“阳村是沙苑之阳拥有一千多户的大镇，阳村的城是由同治六年到光绪五年筑成的，立有碑记其事。原来的土城在同治元年碑回回打垮。回回被逐以后，汉人修城，砖石不够了，到西北七、八里远的马家村掘回回的坟墓。那里原有许多的回回富户，一般人所说的马阁老就是此村人。”

一些历史学者认为，《马氏族谱》记载马自强家族在明初生活在沙苑马坊头，而沙苑在明清时期，一直是回族的主要聚居区，同治年间的陕西回民起义，也是在这个地方爆发的。马氏家族因农起家，后来成为士族，在明清的大文化背景下，完全丢掉回回的民族意识，不断的与汉族的大族联姻，获取一定的政治资本，与山陕商人相联系，巩固因农起家的经济地位，文化上，儒家文化占主流，儒家的各种思想充斥头脑，淡化了伊斯兰教在其文化中的影响力。基于这些原因，马氏家族就逐渐失去了对回族的认同，对汉族认同，驱使他们在后世的经典文献以及家谱中，着重的去渲染和美化他们的身份，使得他们向大汉族进化，扶风马氏便成为其借以提高身份的借代物。

张廷玉等《明史·卷二百十九·列传第一百七》

张四维《条麓堂集·卷二十六·光禄大夫太子太保礼部尚书兼文渊阁大学士赠少保谥文庄乾庵马公墓志铭》