升明二年（478年），沈攸之的叛乱被平定，朝廷转任萧赜为散骑常侍，都督江州、豫州的新蔡、晋熙二郡军事，征虏将军，江州刺史，仍旧持节。封闻喜县侯，食邑二千户。同年调任侍中、领军将军。并赐给鼓吹乐队一部。府中设置佐史。兼任石头戍军事。不久又加任持节、督京畿诸军事。

升明三年（479年），萧赜转任散骑常侍、尚书仆射、中军大将军、开府仪同三司，进封为闻喜公。仍旧担任持节、都督、领军等职不变。配给班剑二十人。同年三月，宋顺帝册封时任太傅的萧道成为齐公，加九锡，立萧赜为齐公世子。改加任侍中、南豫州刺史，赐给萧赜油络车、羽葆、鼓吹等物，增加班剑仪仗为四十人。将石头宫作为齐世子宫，允许设置左右卫率以下属官，官署、服制和东宫完全相同。后进爵齐王太子。

建元元年（479年）四月，萧道成受禅登基，建立南朝齐，是为齐高帝，立萧赜为皇太子。

建元四年（482年）三月初八日，齐高帝去世，萧赜即位，是为齐武帝。下诏命征镇、州郡长官、军屯营部，各行丧三天，不得擅离职守；驻守都市的戍卫部队，一律不得回京城。同年三月十一日，齐武帝萧赜根据齐高帝遗诏，任命司徒褚渊为录尚书事、书左仆射王俭为尚书令、车骑将军张敬儿为开府仪同三司。六月初一日，齐武帝立长子萧长懋为皇太子。

齐武帝十分关心百姓疾苦，即位后，就下诏说：“今年收成不是太好，百姓贫困无食的非常多，京师附近长江两岸，民不聊生。一定要派遣中书舍人前往赈恤。”永明二年（484年），他又下诏酌情遣返军中的囚徒，大赦囚犯。对于百姓中的鳏寡和贫穷之人，要加以赈济。他提倡并奖励农桑，灾年时，还减免租税。齐武帝提倡节俭，不喜欢游宴、奢靡之事。曾下令举办婚礼时不得奢侈，甚至到他的身后事都力求简朴。他以富国为先，提倡农业，并且下令多办学校，挑选有学问之人任教，以培育人们的德行。他很重视天灾对平民的危害。当时发生歉收与水患，继位后不久立即补助灾民。扬、南徐二州发生灾年时，他减免租税以减轻灾民负担，以为永制。为进一步缓和南北局势，齐武帝派范缜作为使者出使北魏，范缜的学识和能力受到北魏朝野的称赞。

南朝宋以来许多的庶族地主，为了成为世族来免除所承担的赋役，往往向官吏行贿，在世族户籍黄籍中加入伪造的父祖爵位。早在齐高帝时期就，设立校籍官和置令史清查户籍。齐武帝继续其父的政策，将那些被认为是伪造的户籍，一律退回本县改正，称为“却籍”。而本来应服役纳赋但利用造假户籍逃避的，都要继续承担赋役，称为“正籍”。不过，在检籍过程中，由于检籍官贪污作弊，结果前面的检籍还没有完成，后面的麻烦又接踵而至，应该却籍的人口没有进行却籍，不需要却籍的反而被却籍。

永明四年（486年）富阳唐寓之为此起兵叛乱，虽然这次叛乱被齐武帝迅速平息，但检籍的政策依然受到庶族的激烈反对。最终，在永明八年（490年），齐武帝被迫妥协，宣布“却籍”无效，对因为“却籍”而被发配戍边的人民准许返归故乡，恢复刘宋升明时期户籍所记载的原状。

由于齐武帝萧赜与北魏通好，使得边境较为安定，减少军事调动。使得在齐武帝在位的十一年期间，政治清明，国内社会安定，带动经济文化的发展，替齐国带来一个小康的安定局面。

永明十一年（493年）正月二十五日，太子萧长懋去世，谥号文惠太子。四月十四日，齐武帝立萧长懋的长子南郡王萧昭业为皇太孙。

同年七月，齐武帝患病。七月三十日，齐武帝病危，下诏让皇太孙萧昭业继承皇位，让百官尽心辅佐，丧礼从简，将自己选定的葬地定名为景安陵，不准建造塔和寺院。当天萧赜去世，享年五十四岁，庙号世祖，谥号武皇帝。九月十八日，安葬于景安陵。

齐武帝继位后，时有恩赦，处事果断。永明元年（483年）三月，齐武帝诏赦恩五十日，对四方犯人，罪无轻重，均予大赦。次年（484年）八月，诏都下两县，对野外的尸体要根据情况进行安葬，对无亲人的死者给予埋葬。大将陈天福所率部队军纪不严，掠劫百姓，萧赜即命将陈天福斩于街市。

齐高帝在位时期，命令门下省黄门郎虞玩之等人重新校订户籍。齐武帝即位后，又另行设立校籍官，设置令史，限定令史每天每人都要查出几件奸伪案件。这样连续几年都没有停止，老百姓为此愁苦不安，怨声载道。外监、会稽人吕文度就此启奏齐武帝，齐武帝下令凡是撤销户籍的，都要发配远方戍守边疆，百姓大都畏罪逃亡。

但是因为检籍政策实行不善，爆发了富阳百姓唐寓之的叛乱。暴乱虽很快平定，庶族地主反检籍的斗争并没有停止。永明八年（490年），齐武帝被迫停止检籍，并宣布“却籍”无效，对“却籍”而被发配戍边的人民准许返归故乡，恢复以前户籍所注的原状。许多庶族地主和商人因而取得士族所具免赋役的特权。

永明三年（485年）冬，富阳百姓唐寓之（《资治通鉴》作唐宇之）趁机蛊惑民众起来叛乱，攻陷了富阳。三吴一带被撤销户籍的人纷纷投奔富阳，人数多达三万。

永明四年（486年）正月，唐寓之攻陷钱唐，在钱唐称帝，封立太子，设置文武百官。接着，派他的大将高道度等人攻陷东阳，杀东阳太守萧崇之，又派大将孙泓进犯山阴。齐武帝派几千名禁军，几百匹战马，往东进攻唐寓之。禁军抵达钱唐，唐寓之手下都是一群乌合之众，对骑兵都十分惧怕，双方刚一交战，唐寓之全军崩溃，禁军抓获了唐寓之，将其斩首，进而平定叛乱各郡县。事后，参与暴乱的不少民丁，被罚修白下城（时为南琅邪郡治所，故址在今南京金川门外），或发配到淮河一带作戍卒十年。

《估客乐》

昔经樊邓役，阻潮梅根渚。

感忆追往事，意满辞不叙。

萧子响是齐武帝第四子，封巴东郡王。永明七年（489年），萧子响被任命为荆州刺史。萧子响好武，所用服饰常违制，长史刘寅等连名向齐武帝告发此事。萧子响闻之大怒，诘问刘寅、谘议参军江愈、司马席恭穆、殷昙粲、中兵参军周彦、典签王贤宗、吴修之、魏景渊。刘寅等不言，于是被萧子响处死。齐武帝闻之大怒，令萧子响束首自归。萧子响不听，率百余人击退了前来劝说的朝臣。齐武帝于是遣丹阳尹萧顺之率军讨伐萧子响。萧顺之大军到了之后，萧子响的部下四处逃散。永明八年八月壬辰（490年9月26日），萧子响被萧赜赐死，年仅二十二岁。萧子响死后，被除去属籍，削去爵位，赐为蛸氏。事后，齐武帝对杀死自己的儿子一事感到悔恨不已，游华林园时，见猿对跳子鸣啸，呜咽流涕。于是追封萧子响为鱼复侯。

齐武帝晚年信重佛法，为之“御膳不宰牲”。随着敬奉日笃，萧赜下敕禁断钟山、玄武湖渔猎，罢射雉，断卖鸟雀，后又下敕每月的六个斋日断杀，临终遗诏仍强调灵上勿用牲祭。永明中后期，在齐武帝不断增强“断杀”措施的过程中，其自身的宗教实践逐步成为相当一部分权贵、士人的共同认知，进而成为国家行事。在士人之间一股崇尚菜食之风已悄然形成，同样是“精信佛法”、“终日菜食”的周颙，对尚且吃肉的国子祭酒何胤，颇存惋惜之意。这种将是否吃肉作为区分高下、将“菜食”视作追求更高人生境界的主要标准与理念，正是当时士人重视菜食风气的反映。这种风气显然也是梁武帝在天监十七年(518年)下《断酒肉文》得以推行的背景和基础。

兰陵萧氏分为皇舅房、齐梁房二大房。齐梁房又分为南齐房和南梁房。萧赜出身兰陵萧氏南齐房。

《南齐书·卷三·本纪第三》

《南史·卷四·齐本纪上第四》

2019年电视剧《鹤唳华亭》：黄志忠饰演萧赜（剧中名为萧睿鉴）