1953年9月20日，中华全国体育总会华东总分会体育训练班（华东体育训练班）在上海成立，设足球等6个队，开始对运动员进行全脱产的训练，至年底，正式成立了华东体育训练班足球队（上海市足球队前身）。这是上海第一支专业足球队，首批19名队员中来自上海的有15人，其余4人来自江苏。上海专业足球队第一任指导（教练）何家统，采用匈牙利“四前锋”的打法，强调勇猛、快速的风格，队员的体力和技术水平均有较大提高。

1954年2月，当时世界足球强国匈牙利的国家混合队应国家体委之邀请来华访问，华东区有迎战任务。华东体育当局洞察华东体训班足球队实力单薄，于1月底指令华东体训班队与上海工人队合并，挑选最佳强阵容，组成华东混合足球队应战，指导为何家统、张邦纶、孙锦顺。匈牙利队在沪三战，3-0胜华东混合队、8-1胜中央体院队（即国家队）、9-0胜八一队，使中国足球运动员大开眼界，学习了世界先进的技战术。

1954年10月26日，华东体训班建制撤销，华东体训班足球队改名为华东体育学院竞技指导科足球队，当月代表华东区队参加全国足球联赛并获亚军。

1955年9月17日，华东体院队作为上海青年混合队以2-2战平访沪的朝鲜青年队。同年11月6日，华东体院队首次以上海队名义作赛，在上海江湾体育场0-3负于来访的苏联劲旅列宁格勒泽尼特队。

1955年2月，由张邦纶担任指导的上海队（即上海工人队）参加全国大中城市足球分区锦标赛，以5胜1负的成绩获上海赛区亚军，取得了参加1956年首届全国足球锦标赛的资格（首届赛制规定参赛运动员的资格必须是全国足球联赛以外的非集训队员，即业余运动员）。

1955年全国足球联赛，华东体院队获第六名。

1956年3月，华东体院队改名为上海体育学院竞技指导科足球队。体院队在国际友谊赛中一般多以上海队的名义出战。

1956年6月，由孙锦顺担任指导的上海队（22名队员来自产业、教育和卫生系统）参加全国足球锦标赛，小组赛3胜1负，在3个组第一名的单循环决赛中3-1战胜天津队、4-1战胜北京队，积分最高，最终为上海获得了新中国成立后的首个全国冠军。

1956年第一届全国足球甲级队联赛，上海体院队获亚军。

1956年底，上海队应邀访问柬埔寨，在金边的三场比赛2胜1负。

1957年为了培养后备力量又成立了上海白队（1959年改称上海二队）。

1957年7月至8月，国家体委派遣上海体院足球队代表中国青年队赴莫斯科参加第六届世界青年联欢节及第三届国际青年友谊运动会，在分组预赛以11-1胜黎巴嫩、3-0胜芬兰获第二名，取得决赛权。赛后前往波兰访问。由于接连两次出国，部分队员认为“出过国了，可以挂足球鞋了”，队伍开始松散，训练水平下降，致使1957、1958年全国甲级联赛处于降级边缘。经过整顿，调整充实了力量，才保住了甲级队资格（1957年排名第八，1958年排名第七）。

1958年起，上海体院队正式改称上海市足球队，在参加当年全国甲级联赛等比赛时则称上海红队。1958年10月，朱家铮接替何家统出任上海队教练。同年11月，上海市体育运动委员会将上海红队、白队、工人红队和红旗队的优秀队员混合组成上海联队备战1959年首届全国运动会，队伍以原上海红队为主。

1959年1月，上海体委为更好的推动工厂足球运动的开展，将在当年没有正式比赛任务的上海红队下放到长宁区国营第一机械厂，球队可代表原甲级队，并同时可代表区、厂对外比赛。2月起，上海联队以上海一队或上海队的名义参加各项比赛。1959年第一届全运会，上海队小组未出线，只取得第七名。同年年底，包瀛福接替朱家铮出任上海队教练，孙锦顺担任技术顾问。

1960年全国足球甲级队联赛，上海一队获得第三名。

1961年全国足球甲级队联赛，在决定总名次的第二阶段中，上海队1-1平天津、1-1平八一、1-1平北京青年、5-0胜辽宁青年、2-0胜上海青年、6-1胜辽宁、4-1胜吉林、5-1胜四川，积13分为上海最早夺取中国足球最高级别联赛的冠军。

1962年全国足球甲级队联赛，在决定前11名的第二阶段北京赛区中，上海队0-0平北京体院一队、3-2胜八一、0-1负辽宁、2-1胜天津、3-0胜吉林、1-4负广东、6-2胜上海工人、2-0胜南京部队、3-1胜京铁、4-0胜陕西、1-1平湖北，积15分蝉联冠军。

1963年全国足球联赛，上海队在上海赛区的比赛中8战5胜1平1负取得第一名，同年应邀访问越南，五场比赛取得3胜1负1平。由于出访越南，没有参加联赛第二阶段的比赛。

1964年全国足球甲级队联赛，上海队仅负于国家队1球，获得亚军。

1965年第二届全运会，上海队以10胜3平3负的成绩获得亚军。

1966年应邀访问伊拉克、叙利亚、科威特三国，12场比赛取得10胜1负1平。1966年“文化大革命”开始后，上海足球是重灾区，足球竞赛和训练处于瘫痪状态。直至1970年，在周恩来总理的关怀下，专业队才开始有限的比赛、训练。由于当时原上海队的主力球员基本上仍保留在队里，经过训练恢复了体能，仍保持了上海队整体技战术打法的特点风格。1970年在广州举行的文革后第一次全国24城市足球队集训赛，取得第1组的第三名。1971年在上海举行的全国足球集训赛，取得分区第二名。

1972、1973年，上海队仅剩的30余名队员通过国家体委组建的集训比赛，恢复了体能、提高了技术与战术水平。1972年出访斯里兰卡、阿富汗、巴基斯坦，比赛十场取得全胜。1973年全国足球联赛，上海队获得亚军。

1974年全国足球联赛第一阶段南昌赛区获第一名，第二阶段因出访非洲，未参加决赛。出访赤道几内亚、达荷美、多哥、加纳非洲四国，比赛六场2胜2平2负。在1973、1974年外国球队来访的十一场比赛中，取得6胜3平2负的成绩。

1974年在“体育革命”、“三七开”的左倾错误影响下，从文革中保留下来的老队员再次离队，上海队的水平大幅度下降。1975年第三届全运会小组未能出线。

1976年文革结束后，上海队以年轻队员为主，训练作风、技术水平均无明显改变。1977、1978、1979年全国足球甲级队联赛，上海队的名次一直徘徊在第12、第10、第9名。1979年第四届全运会，先后战胜辽宁队和八一队，取得第五名。1977年到1980年，在来访和出访的22场国际比赛中，取得11胜5平6负的成绩。

1980年在全国甲级联赛中排名第十三降为乙级队（当年全国甲级联赛16队，降最后4队，即13-16名），被上海体委直接解散。上海队降级以后，引起了领导重视和群众的关注，在布隆迪执行援非任务的方纫秋回国出任主教练。经过调整队伍，加强实力，固定阵容，明确打法，并采取思想政治教育和物质鼓励相结合，邀请荷兰足球专家来沪训练，提高训练质量等办法，加强上海队各方面的建设。加之上海青年队获全国冠军，有一批年轻的后备力量，使上海队实力得到逐步增强，终于1981年重新晋升甲级队。1981年，王后军担任执行主教练，协助方纫秋工作。

1982年全国足球甲级队联赛，上海队获得第四名。

1983年受全运会影响，全国足球甲级队联赛分为南北两个赛区，上海队取得南赛区第三名。1983年第五届全运会足球决赛，上海队与广东队在常规时间内以0-0战平，通过点球上海队总比分5-4获胜，获得冠军。全运会夺冠后，方纫秋教练由于年龄原因，逐渐退出了一线工作。1984年，王后军升任上海队主教练。

1984年在全国甲级联赛中获第四名。同年中国足协杯三、四名决赛，上海队与天津队两回合分别以1-1和0-0战平，通过点球上海队总比分6-5获胜，获得季军。

1985年在全国甲级联赛中名列第六。同年中国足协杯三、四名决赛，上海金星队4-3战胜广州白云队，获得季军。同年首届“上海杯”国际友好城市足球邀请赛决赛，上海队经过加时赛以2-0战胜荷兰鹿特丹队，最终四战全胜获得冠军。

1986年，上海队在全国甲级联赛中名列第五。球队前锋柳海光以34个进球荣获该届甲级联赛的金靴奖。同年第十五届泰国“王后杯”国际足球邀请赛，上海队在决赛中4-1战胜丹麦哥本哈根队，最终以8胜1平进25球的成绩获得冠军。

1987年2月8日，上海凤凰队赴广东省兴宁县参加第二届全国优秀足球队邀请赛，在三轮比赛中3-0胜北京队、3-2胜八一队、2-1胜广州队，最终获得冠军。同年3月29日，在上海市体委和香港足球总会的努力下，停办近四十年之久的传统赛事“沪港杯”足球赛（1908年-1948年）得以重新举行，上海队在上海江湾体育场4-1战胜香港队，获得新中国成立后的首届沪港杯冠军。同年第二届“上海杯”国际友好城市足球邀请赛，上海队在决赛中2-0战胜日本大阪队，获得冠军。

1987年全国足球甲级队联赛，上海凤凰队积20分获得季军。

1987年第六届全运会，上海队未能进入复赛，只取得第10名。

1988年，上海桑塔纳队在全国甲级联赛中名列第六，晋升翌年赛制改革后的的甲级队A组。球队前锋唐全顺以14个进球荣获该届甲级联赛的金靴奖。球队守门员张惠康荣获同年的中国足球金球奖。上海队球员柳海光同年加盟南斯拉夫贝尔格莱德游击队，成为中国足球历史上首位出国踢球的前锋。翌年年初，上海桑塔纳队应邀赴苏联参加列宁格勒国际友好城市足球邀请赛，共赛四场，一平三负。

1989年的全国足球甲级队A组联赛，神州上海队积25分获得季军。同年的沪港杯赛，上海队在上海虹口体育场1-0击败香港队，获得冠军。

1990年的甲A联赛，神州上海队积26分获得第四名。上海队球员朱有宏以6个进球荣获该届甲A的金靴奖

1991年的甲A联赛，上海申花队积16分获得亚军。同年的沪港杯赛，上海队在上海江湾体育场1-0击败香港队，获得冠军。1991年12月5日，在南宁举行的全国足球优胜者杯锦标赛决赛中，上海申花队凭借李晓的进球以1-0战胜广州白云队，获得冠军。

1992年5月，上海爱克发队应邀访问菲律宾，在马尼拉三战全胜，获得由菲华体育总会主办的首届城市足球邀请赛冠军。同年5月24日的沪港杯赛，上海队在香港旺角大球场1-0击败香港队，获得冠军。

1992年的甲A联赛，上海爱克发队积14分列第五名。

1992年底到1993年初，中国足球协会在广东省六市一镇举办了有辽宁、广州、大连、八一、北京、上海、广东、佛山等八支球队参加的全国优秀足球队集训。集训期间，作为开展职业联赛前的探索，在珠江三角洲八个体育场举行了首届全国足球甲A锦标赛的主客场角逐。这次锦标赛分两个阶段进行，一共十轮，所有场次均需决出胜负，主场设在东莞市的上海爱克发队最终以4胜6负的成绩名列第七。

1993年受第七届全运会足球比赛影响，甲A联赛暂停一年，上海队最终获得这届全运会的第六名。5月应邀访问菲律宾，以4胜1平的成绩获得菲律宾杯国际足球邀请赛冠军。同年8月以上海联队的名义参加了第三届上海国际足球锦标赛，获得亚军。11月7日至9日，上海爱克发队参加了在虹口体育场举行的三角国际足球邀请赛，最终三战全胜获得冠军。之后，以专业体制的上海足球队为基础，上海开始筹建中国第一个与体委完全脱钩、由企业自主管理的足球俱乐部。

1984年到1993年，队伍经过调整和补充，上海队主教练王后军制定了“在稳固防守基础上的快速反击”战略，场上指挥以灵活多变著称。这一时期，上海队在全国甲级联赛中一直保持在三至六名，1991年获甲A联赛亚军和优胜者杯（足协杯）冠军。队中先后涌现了郑彦、柳海光、张惠康、秦国荣、林志桦、鞠李瑾、陈伟、蔡建林、范志毅、李晓、成耀东等13名国家队队员。上海在这一阶段开始对专业足球体制进行探索改革，以体工队为主，采取企业赞助、“官办民助”的办队形式，上海电视机一厂、上海自行车三厂、上海大众汽车有限公司、广东神州燃气用具有限公司、上海三灵电器总厂（上海申花集团前身）、爱克发·吉华集团等六家企业相继冠名赞助上海市足球队，改善了训练竞赛条件，打破了体委独家办优秀队的格局。

1993年末，上海足球队与市体委脱钩，由上海申花（集团）公司接管。

1993年12月10日，上海申花足球俱乐部注册成立，由申花集团出资，黄浦区与申花集团联合创办。12月12日，申花足球俱乐部在虹桥宾馆举行了成立大会，市委副书记陈良宇、副市长龚学平、市体委主任金永昌、俱乐部董事长郁知非、总经理孙春明、总教练徐根宝（首任主教练）等参加了成立大会。俱乐部具有法人资格，是中国足协注册会员制单位，实行董事会领导下的总经理负责制。这是中国第一支由企业直接负责的，脱离体委的职业足球惧乐部。原上海市足球队成员部分转入申花足球队。徐根宝重组了以新秀为主的队伍，并率队参加职业化后的全国足球甲A联赛。在徐根宝的带领下，被称为“激情之旅”的上海申花队形成了“抢逼围”的风格，对当时的中国足坛带来了很大的冲击。

1994年的甲A联赛，上海申花以10胜6平6负的战绩，获得联赛季军。当年年底，申花在友谊赛中1-0击败访沪的德甲劲旅凯泽斯劳滕。

1995年的甲A联赛，上海申花创下了十连胜的记录，并最终以22战14胜4平4负积46分的成绩，夺得联赛冠军。球队队长范志毅在联赛中表现出色，打进15球，荣获该届甲A的金靴奖和中国足球先生奖。球队主帅徐根宝荣获该届甲A的最佳教练奖。当年的沪港杯足球赛，球队在上海虹口体育场2-0战胜香港联赛选手队，获得冠军。此外，在当年的中国足协杯和中国足球超霸杯赛场，上海申花队同样有所斩获。1995年足协杯决赛，上海申花在南京五台山体育场0-2负于济南泰山，获得亚军。1995年超霸杯决赛，联赛冠军上海申花坐镇虹口体育场1-0击败了足协杯冠军济南泰山，夺得冠军。当年年底，申花参加了首届全国室内五人制足球锦标赛，在20支球队中脱颖而出获得冠军，最终成就“四冠王”。此外，申花还涌现出申思、吴承瑛、谢晖、朱琪、祁宏等一批优秀年轻球员，这批球员不仅坐稳了申花的主力，还先后入选了中国国家男子足球队。

1996赛季，上海申花引进了队史上第一位大牌外援、前法国国脚克里斯蒂安·佩雷斯。赛季末，申花以10胜9平3负积39分的战绩，获得联赛亚军。同年的沪港杯赛，申花队在客场3-2击败香港队，获得冠军。同年申花首次征战亚洲俱乐部冠军杯，第一轮首回合坐镇主场7-1大胜香港快易通队，创下了申花在洲际比赛中的最大净胜球纪录。同年申花代表中国队参加了第三届世界室内足球锦标赛，在预赛中三战全胜夺得东亚区冠军，年底还参加了在西班牙举行的决赛阶段比赛。

1997赛季，上海申花聘请保加利亚人斯托伊科夫作为球队主帅，联赛9轮后因战绩不佳将其解聘。随即申花聘请前波兰国家队主教练安杰依·斯特雷劳作为球队主帅。尽管有客场1-9负于北京国安的惨痛经历，但在赛季末，申花仍以11胜7平4负积40分的战绩，获得联赛亚军。同年申花在中荷足球对抗赛中1-0击败访沪的荷甲豪门费耶诺德。同年的沪港杯赛，上海申花在主场3-1战胜香港南华，获得冠军。同年的中国足协杯决赛，上海申花作客北京工人体育场，以1-2负于北京国安，获得亚军。

1998年，由于虹口体育场改建，球队该年将主场迁至八万人体育场。年初，申花俱乐部同巴西的圣保罗足球俱乐部结成友好关系，并花费四百万美元在巴西圣保罗建立了青少年足球培训基地。联赛开始前，申花参加了在上海举行的远东俱乐部杯，获得第四名。联赛11轮后，球队主教练安杰依因战绩不佳被解聘。为了帮助申花取得优异成绩，圣保罗俱乐部委派了三名高水平的巴西外援到申花效力。此后，圣保罗的前任主帅墨里西·拉马尔霍也来到申花执教，使得申花的打法开始向技术型足球风格过渡。同年8月13日，球队核心范志毅转会加盟英格兰足球甲级联赛的水晶宫队。赛季末，上海申花以11胜12平3负积45分的战绩，获得联赛亚军。同年的中国足协杯，上海申花在决赛中以两回合总比分4-2战胜辽宁天润，获得冠军。同年的沪港杯赛，申花队在客场1-0击败香港队，获得冠军。

1999年，上海申花队聘请巴西名帅塞巴斯蒂奥·拉扎罗尼出任主教练一职。年初的超霸杯比赛中，上赛季足协杯冠军上海申花在绵阳市体育场以3-0战胜了上赛季联赛冠军大连万达，获得冠军。此后，由于主教练拉扎罗尼与俱乐部、球员之间没有形成良好的沟通，俱乐部过多干预主教练工作，导致球队成绩大幅下降，最终仅以9胜11平6负积38分的战绩名列联赛第五位。同年球队参加第九届上海国际足球锦标赛，获得亚军。同年的沪港杯赛，申花队在主场3-2战胜香港队，获得冠军。赛季末，申思、朱琪、区楚良、刘军、毛毅军等主力队员纷纷提出转会。此外，当年按照上海市政府要求，上海申花集团分成国有控股的两大板块，即体育版的上海申花足球股份有限公司（上海申花足球俱乐部）和工业板块的上海申花电器企业发展有限公司，两者共用申花品牌，各自独立运营。

2000年1月，上海申花聘请南斯拉夫名帅柳普科·彼德洛维奇担任球队主教练，谢晖当月从申花转会加盟德国足球乙级联赛的亚琛队。2000年赛季开始前，俱乐部所有权发生了重大变更，原先的投资方上海申花集团退出，上海新世界集团有限公司、上海巴士实业股份有限公司、上海久事公司、上海申能集团有限公司、上海国际信托投资公司、上海华生化工有限公司、上海新高潮公司等七家上海大型国有企业共同参股组建了新的上海申花股份有限公司（下设申花足球俱乐部、申花发展有限公司、申花广告有限公司、申花足球总会等经营实体）。由于新股东认为“申花”的名称拥有巨大的无形资产，新组建的公司保留了“申花”的名称，但原申花集团一分未占，实际上已退出了新集团的决策层。新的上海申花股份有限公司董事长由董事会选举上海市黄浦区人大常委会副主任陈希安担任，巴士公司老总王力群任副董事长，郁知非被董事会任命为新申花的总经理。

2000赛季，上海申花以14胜8平4负积50分的战绩，获得联赛亚军。

2001年初，上海申花聘请前南斯拉夫国家队主教练伊利亚·佩特科维奇作为球队主帅，并以550万元人民币的转会费引进了前甲A最佳射手、中国足球先生曲圣卿。2001年3月1日，托普集团以250万美元购买了申花的副冠名权，球队当年更名为上海申花托普队。赛季末申花15胜3平8负积48分，与辽宁队同分，因互相胜负关系占优，获得联赛亚军。赛季结束后，球队将训练基地从江湾体育场迁入历时三年建成竣工的康桥基地。

2001年12月19日，由上海广电（集团）有限公司、上海文化广播影视集团、上海市黄浦区国有资产总公司等三家单位对原上海申花足球俱乐部有限公司进行重组成立的“上海申花SVA文广足球俱乐部有限公司”、“上海申花SVA文广足球俱乐部”，在上海国际新闻中心举行成立大会暨揭牌仪式。球队全称上海申花SVA文广足球俱乐部队，球队简称上海申花SVA。俱乐部成立后，申花重新聘请徐根宝出任主帅。此后，上海有线02足球俱乐部并入申花，留学巴西的上海申花青年队亦学成回国，球队补充了杜威、孙祥、王珂、殷锡福等年轻球员，但是球队原有的核心申思、祁宏、吴承瑛等却也先后转会到升入甲A联赛的同城对手上海中远，上海足坛形成了两强争霸的局面。

2002年年初的中国足球超霸杯，上赛季联赛亚军上海申花以两回合总比分3-1击败了上赛季联赛和足协杯双冠王大连实德，获得冠军。但在之后进行的甲A联赛中，由于赛季前的队伍调整，上海申花状态有所回落，年初加盟的乌拉圭球星鲁本·索萨也表现不佳。联赛11轮后，主帅徐根宝因战绩不佳，被以“荣升总教练”的方式黯然下课。申花随后任命助理教练吴金贵为新主帅。赛季末球队以9胜5平14负的战绩，名列联赛第12位。

2003年，申花俱乐部加大了投入，引进了约格·阿尔贝茨、德杨·佩特科维奇、张玉宁等球星。此外，杜威、于涛、孙吉、孙祥等年轻球员也逐渐成长起来，成为了球队的主心骨。在主教练吴金贵的带领下，上海申花以28战17胜4平7负积55分的成绩，力压上海国际、大连实德等劲旅，夺取了该届甲A联赛的冠军（后因足坛打黑风暴，于2013年2月被剥夺）。吴金贵与申花外援阿尔贝茨分获该届中超最佳教练奖和最佳球员奖，申花外援索尔·马丁内斯与沈阳金德的阿尤、深圳健力宝的李毅三人以14个进球一起获得该届中超最佳射手奖。

2004年，球队遭遇了一系列的动荡。年初由于原球队主帅吴金贵出任国家队助理教练一职，申花状态回落，在参加东亚足球协会举办的A3联赛中未尝一胜，亚足联冠军联赛的征程同样草草收场，在芜湖举行的超霸杯也以3-4负于北京现代。同年3月，俱乐部聘请了英国籍教头霍华德·威尔金森出任球队技术总监并履行主教练一职，并与其签订了3个月+7个月的工作合同。在威尔金森的带领下，李大维、王珂等小将在一系列比赛中表现出色，但在履行完3个月的工作合同后，威尔金森于首届中国足球协会超级联赛开幕之前被申花俱乐部解聘。此后，球队助理教练贾秀全出任代理主教练。同年6月，申花在国际足球对抗赛中2-0战胜来访上海的AC米兰。同年10月，带队战绩平平的贾秀全被球队解聘。尽管俱乐部尝试亡羊补牢，找来俄罗斯人瓦列里·涅波姆尼亚奇出任主教练，原主帅吴金贵也回到申花出任俱乐部副总经理，但是为时已晚，赛季末球队仅以4胜10平8负的战绩，位列联赛倒数第三。

2005年，球队留任了俄罗斯籍主帅涅波。同年谢晖重返申花，在中超联赛中表现出色，打进14粒进球。同年的沪港杯赛，上海申花在客场1-0击败香港杰志，获得冠军。赛季末球队以26战15胜8平3负的成绩，获得联赛亚军。

2006年，吴金贵重新回到主教练的岗位上，伊万·尤万诺维奇、卡斯滕·扬克尔等强援也相继加盟申花。同年的沪港杯赛，上海申花队在主场1-0战胜香港澎马流浪队，获得冠军。同年的亚冠小组赛，因同一组的两支球队（泰国省电力局和印尼坡西普拉）赛前弃权，上海申花在主客场两胜越南隆安后，历史上首次闯入亚冠八强。但球队在中超联赛中却最终功亏一篑，以28战14胜10平4负积52分的成绩，获得联赛亚军，依然与冠军失之交臂。

2007年1月，球队主力孙祥以租借的方式加盟荷甲豪门埃因霍温。同年2月，上海滩足球资源重组，第九城市董事长朱骏收购了申花28.5%的股份，获得了俱乐部的经营权，并将上海申花SVA文广足球俱乐部与其名下的上海联城足球俱乐部合并，组建了新的“上海申花队”。原上海联城主帅、乌拉圭人奥斯瓦尔多·吉梅内斯取代吴金贵，出任球队主教练一职。同年6月，上海申花参加了在济南举行的东亚A3联赛，并且力压韩日球队和山东鲁能，成为首支夺得A3联赛冠军的中国足球俱乐部。同年8月，申花应邀赴荷兰鹿特丹参加港口杯赛，0-2负利物浦（朱骏代表申花首发出场），0-3负波尔图。在之后的中超联赛中，成绩不佳的吉梅内斯中途下课，吴金贵重新出任代理主教练一职，带领球队取得了联赛第四的成绩。2007年年末，朱骏宣布吴金贵为2008赛季上海申花的主教练。

2008年1月，上海申花队在香港大球场进行的沪港杯足球赛中，以2-1击败香港南华队，自职业化以来第八次捧得这项百年传统赛事的冠军。同年2月，俱乐部正式更名为“上海申花联盛足球俱乐部”。同年3月，申花参加了在崇明根宝足球基地举行的上海足球锦标赛，获得冠军。同年5月，尽管申花在上海“菲亚特杯”三方国际巡回赛中获得亚军（0-1帕尔马，2-1尤文图斯），但球队在中超联赛中依旧未能有所突破。同年9月，吴金贵被球队解聘，贾秀全出任球队执行教练。之后球队战绩一度有所起色，但在联赛尾声阶段分别以4-4与2-2的比分接连被辽宁宏运和浙江绿城逼平，最终以17胜10平3负积61分的战绩落后榜首两分，获得联赛亚军，再次与冠军擦肩而过。

2009年，球队留任了主帅贾秀全。末战2-1击败长沙金德之后，由于积分和山东鲁能、天津泰达相同，在计算小分之后不敌山东鲁能，仅列该赛季中超第5位。同年12月，俱乐部以100万欧元的年薪聘请克罗地亚名帅米洛斯拉夫·布拉泽维奇担任主教练。

2010赛季，上海申花以14胜6平10负积48分的成绩，获得联赛季军。2010年5月26日，上海申花主场1-0战胜深圳红钻，成为了继大连实德后中国职业联赛第二支获得200场胜利的俱乐部。此外，申花外援杜维尔·里亚斯科斯凭借在28场联赛中打入20球的出色表现，包揽了该赛季的中超最佳射手及最佳球员两项大奖。

2011赛季，上海申花状态下滑。年初的亚冠联赛中，球队以2平4负的成绩垫底出局，并创造了中国球队征战亚冠小组赛的最差战绩。之后的中超联赛，申花以30战11胜4平15负的成绩，名列第11位。

2012赛季，球队请来了前切尔西球星尼古拉·阿内尔卡和迪迪埃·德罗巴，并在赛季中段任命阿根廷名帅塞尔吉奥·巴蒂斯塔为球队主教练，吸引了全国球迷的关注。但限于球队的经济压力和较低的本土球员实力，该赛季球队仅以8胜14平8负的战绩，名列联赛第9位。由于受到欠薪事件的影响，球队在该赛季一度传出“罢训”，而赛季结束后包括阿内尔卡和德罗巴在内的多名主力球员也离开了球队。

2013赛季，由于足坛打黑风暴的处罚，上海申花在联赛开幕前被扣除了6个联赛积分。但在球队主帅巴蒂斯塔中途离去、主力球员大面积流失、且外界普遍不看好的情况下，球队打出了“申花精神”，上演了多次逆转好戏，其出色表现被媒体冠以“惹不起”的称号。赛季末，上海申花以11胜11平8负积38分的成绩，名列联赛第8位（若在不扣除6个积分的情况下，排名可上升至第四）。2013年年末，一度有传言称球队将搬迁至云南，并入主云南红塔足球基地，但由于上海市体育局和俱乐部其它五大股东的反对，这一计划最终未能成行。

2014年1月30日，上海绿地集团以2亿人民币的价格，从原投资人朱骏的手中收购了上海申花联盛足球俱乐部，随后将俱乐部更名为“上海绿地足球俱乐部”，球队名称更改为上海绿地申花队，简称上海绿地队。尽管俱乐部对球队进行大力注资，但由于“更名事件”引发原申花球迷普遍不满，球队在比赛中遭到了大量球迷的现场集体倒戈。赛季中段，为缓解压力，绿地俱乐部承诺将在次年把“申花”二字加回俱乐部名称中，并返聘原主帅巴蒂斯塔，引进了保罗·恩里克、卢卡斯·比亚特里等强援，球队战绩一度有所起色，并提前保级成功，但在经历了联赛主场0-3首负北京国安、足协杯两回合0-5完败江苏舜天等失利后，球队最终仅积35分名列联赛第九位。同年12月，球队聘请法国人弗兰西斯·吉洛出任主教练一职。

2015年1月4日，绿地集团完成了对俱乐部的收购，并将俱乐部名称更名为“上海绿地申花足球俱乐部”。赛季开始前，俱乐部获得日本三菱重工集团的赞助，引进蒂姆·卡希尔、帕帕多普洛斯、王赟、吕征、邓卓翔等内外援，力求在球队战绩上取得突破。赛季初，球队表现出了强大的攻击实力，三连胜的开局使得球队时隔近5年首次登上联赛榜首位置。但球队在第4轮客场负于北京国安，终止了连胜的脚步。由于受到伤病和板凳深度不足的困扰，球队状态渐入低迷，5月初的中超联赛更是接连以0-3和0-5惨败于广州恒大和上海上港，其中在客场对阵上港的比赛中，申花还被罚下三名球员。赛季中段，申花引进了登巴·巴和穆罕默德·西索科两名强援，球队在攻防两端实力得到进一步提升，一度在下半赛季初期迎来三连胜，登巴·巴更是在10月的两场比赛中接连完成“帽子戏法”。。赛季末，球队积42分，获得联赛第六名。同年的中国足协杯，申花取得佳绩，在相继淘汰梅州客家、青岛中能、上海上港和北京控股足球俱乐部后，事隔十七年再次闯入决赛。在11月的足协杯决赛中，上海绿地申花首回合客场0-0战平江苏舜天，第二回合主场在加时赛被对手一球绝杀，连续两个赛季被江苏队淘汰，获得亚军，登巴·巴荣膺该届赛事MVP和最佳射手奖。足协杯失利当晚，球队主帅吉洛在新闻发布会上宣布辞去申花主教练的职务。此后，俱乐部批准了吉洛的辞呈，并表示将进一步加大投入，明确2016赛季的目标为“保三争冠”。同年年底，申花聘请西班牙人格雷戈里奥·曼萨诺担任球队主教练。

2016赛季，球队获得了中超联赛第四名，创造了联赛主场不败的佳绩，同时闯入足协杯四强，时隔五年重新获得亚冠联赛的参赛资格，完成了申花官方的赛季目标。2016年11月9日，申花官方发表公告，宣布与主帅曼萨诺解除合约。11月29日，乌拉圭人古斯塔沃·波耶特正式出任球队主教练。12月29日，上海绿地申花足球俱乐部与博卡青年足球俱乐部达成转会协议，阿根廷球星特维斯正式加盟申花。

2017赛季，上海绿地申花队主帅波耶特于9月11日辞职，由技术总监吴金贵接任主教练。赛季末，球队积35分，获得联赛第十一名。在11月的中国足协杯决赛中，申花以两回合总比分3-3战平上海上港，但凭借着客场进球的优势，最终成功夺得足协杯冠军并打进2018赛季亚足联冠军联赛正赛，曹赟定、马丁斯分别获得该届赛事MVP、最佳射手奖。2017年11月27日，申花俱乐部正式宣布，和队长、哥伦比亚国脚莫雷诺正式续约两年，他也是申花队史上效力时间最长的外援和联赛进球最多的球员。

2018年3月，上海崇明根宝足球俱乐部1999-2000梯队确认被上海绿地申花足球俱乐部整体收编。4月3日，上海申花主场被鹿岛鹿角2-2逼平，提前一轮从亚冠小组出局，以4平1负的战绩无缘淘汰赛。2018赛季，球队以10胜8平12负的战绩，名列联赛第7位。12月25日，西班牙籍教练基克·弗洛雷斯正式出任上海绿地申花队主教练。

2019年2月，前长春亚泰射手伊哈洛加盟申花。7月3日，上海绿地申花足球俱乐部正式宣布接受主教练弗洛雷斯的辞职申请。弗洛雷斯执教申花15轮比赛3胜3平9负，积12分，积分榜排名倒数第3。7月5日，俱乐部宣布韩国主帅崔康熙出任上海绿地申花队主教练；同月，申花引进意大利球星艾尔·沙拉维和韩国高中锋金信煜，并租借中国国奥队球员李扬。赛季末，球队积30分，获得联赛第十三名。12月6日，上海绿地申花主场3-0大胜山东鲁能，以总比分3-1夺得足协杯冠军，并获得下赛季亚冠正赛资格。

2020年1月24日，申花俱乐部官宣秦升回归，赵明剑加盟。2月3日，申花俱乐部官方宣布前国足队长冯潇霆、国门曾诚以及朱宝杰正式加盟球队。11月18日，在卡塔尔多哈举行的亚冠联赛F组一场比赛中，凭借彭欣力和于汉超的进球，上海申花2-1战胜珀斯光荣，时隔11年再次在亚冠取得胜利，同时也在与澳大利亚球队的亚冠较量中首尝胜果。12月3日，在多哈举行的亚冠联赛小组赛第六轮，上海申花1-4不敌蔚山现代，无缘亚冠淘汰赛。2020赛季，中超联赛实行了赛会制，上海绿地申花最终排名第7位。

2021年2月8日，按照中国足协关于俱乐部名称非企业化的相关工作要求，上海绿地申花足球俱乐部正式更名为上海申花足球俱乐部。8月7日，主教练崔康熙辞职，毛毅军代理主教练职务。11月7日，申花于足协杯半决赛次回合1-1战平海港，以2-6的总比分被对手淘汰，止步四强。

2022年3月，经上海申花足球俱乐部与吴金贵指导沟通并达成一致，吴金贵指导正式回归并出任上海申花队主教练一职，率队征战2022赛季各项比赛。4月，山东泰山球员李松益、长春亚泰门将石笑天加盟上海申花，但受注册禁令影响而未完成注册。6月20日，中超联赛第5轮，上海申花2-0战胜武汉长江，4胜1平保持不败，当赛季前5轮拿到13分（4胜1平），刷新球队在中超同期获得积分最多的纪录。6月26日，中超联赛第6轮，上海申花2-1击败广州队，取得队史中超第200场胜利，成为继山东泰山、北京国安和广州队之后，第4支达到这一里程碑的球队。7月3日，中超第8轮榜首大战，上海申花队2-4负于武汉三镇，遭遇赛季首败。7月12日，中超第10轮，上海申花2-2战平武汉长江，以6胜3平1负的战绩锁定首阶段中超第4名。11月16日，足协杯第2轮，上海申花5-0取胜江西北大门，进入下一轮。12月19日， 中国足协杯官方发布了有关河南嵩山龙门的退赛公告。公告称，因自身原因，河南嵩山龙门足球俱乐部无法参加原定于12月19日进行的2022中国足协杯第三轮对阵上海申花的比赛，并向赛事组委会申请退赛。根据足协杯赛事规程，现判定河南嵩山龙门队本场比赛弃权，并以0：3告负。12月24日，在福建漳州举行2022中国足协U21联赛第二阶段末轮比赛中，上海申花获亚军。

2023年1月11日，上海申花在足协杯半决赛中0-2负于山东泰山，无缘决赛。2月，上海申花将在新赛季更换自己主场至上海八万人体育场。3月30日，易卜拉欣·阿马杜、赛法斯·马莱莱、晏新力正式加盟球队。4月，上海申花与杨旭提前终止合同，若昂·特谢拉、鲍亚雄、崔麟、张威加盟球队。4月11日，上海申花俱乐部完成股权改革，久事持有俱乐部100%股份，俱乐部工商变更登记已完成，标志着有30年历史的申花足球俱乐部正式迈入久事时代。6月23日，2023年中国足协杯第3轮，上海申花客场2-1逆转云南玉昆晋级。6月28日，上海申花足球俱乐部宣布，戴伟浚正式加盟上海申花。7月，球队与柏佳骏提前终止合同。8月，葡萄牙籍教练莱昂内尔·庞特斯出任俱乐部青训技术总监；足协杯1/4决赛，上海申花2-0战胜重庆铜梁龙晋级四强。11月4日，中超联赛落幕，上海申花最终名列第五。11月7日足协杯半决赛，上海申花1-0战胜青岛海牛，与山东会师足协杯决赛。11月25日，足协杯决赛，上海申花1-0山东泰山，夺得足协杯冠军。12月2日，第二届中国青少年足球联赛男子高中年龄段U17组决赛，上海申花U17队，0:1负于浙江职业足球俱乐部U17绿队，获得亚军。12月27日，上海申花足球俱乐部与俄罗斯籍教练莱昂尼德·斯卢茨基（Leonid Slutsky）完成签约，自2024年1月1日起，斯卢茨基正式出任上海申花足球队主教练。

2024年1月6日，上海申花宣布与巴索戈、晏新力、彭欣力、刘若钒不再续约。1月28日，高天意、安德烈·路易斯、威尔逊·马纳法正式加盟上海申花足球俱乐部。1月29日，谢鹏飞加盟上海申花。2月25日，2024中国足协超级杯，上海海港对阵上海申花。上半场，阿马杜中柱，路易斯错失单刀。下半场，马莱莱幸运将球撞进大门，颜骏凌拒单刀，武磊失单刀，马莱莱失空门，马修斯-尤萨两黄变一红被罚下。全场结束，上海申花1-0上海海港，队史第4次捧起超级杯冠军奖杯。这使得上海申花追平广州队，成为中国超级杯夺冠次数最多的球队。4月5日，中超第4轮，上海申花客场2-1战胜长春亚泰，迎来联赛开局四连胜，追平30年最佳开局。4月9日，中超第5轮，上海申花4-1大胜武汉三镇，创造各项赛事六连胜的队史最佳开局。5月8日，申花本赛季升级了医疗团队，聘请了英超级别的罗宾出任运动医疗主管。5月11日，中超第11轮，上海申花客场0-0战平天津津门虎，继续保持开局不败，本赛季中超至今只丢4球，比丢球第二少的球队还少丢5球。5月15日，中超第12轮，上海申花主场对阵青岛海牛，下半场蒋圣龙破门为申花首开记录，打入队史正式比赛第1500球。5月21日，中超第13轮，上海申花客场2-1击败河南队，继续保持不败，并以10胜3平刷新队史联赛赛季前13轮最佳战绩。6月16日，中超第15轮，申花主场1-1战平蓉城，15场不败创造了队史单赛季最长不败场次纪录。6月17日，陈晋一加盟上海申花。6月19日，金洋洋、朱越租借离队。6月21日，足协杯第4轮，上海申花以1-0战胜佛山南狮晋级。7月，费南多租借加盟申花；同月，上海申花球员戴伟浚租借加盟深圳新鹏城，租借期至2024年底；中超第24轮，上海申花客场5-0大胜沧州雄狮，该赛季中超开局20场不败，打破队史联赛最长连续不败纪录；足协杯1/8决赛，上海申花通过点球大战以5-3战胜深圳新鹏城，晋级足协杯八强。8月4日，中超第21轮，上海申花客场1-2不敌北京国安，遭遇该赛季中超联赛的首场败仗。8月22日，足协杯1/4决赛，上海申花主场2-1淘汰北京国安，晋级四强。9月13日，中超第25轮，上海申花客场4-3击败浙江队；这也是上海申花在黄龙体育场取得的首场胜利；赢球后，申花积分达到了64分，刷新了职业联赛以来单赛季最高积分。9月17日，亚冠精英联赛首轮，上海申花主场4-1大胜浦项铁人，时隔15年再度在亚冠联赛里获得主场首胜。9月21日，中超第26轮，上海申花主场2-1逆转天津津门虎，各项赛事6连胜；积分榜方面，申花积67分位居第2，距榜首海港2分。9月25日，足协杯半决赛，上海申花2-3不敌上海海港。10月18日，中超第28轮，上海申花主场2-1击败河南队，以31次射门刷新自有统计以来球队中超单场纪录，并跃升至积分榜榜首，重新掌握争冠主动权。10月27日，中超第29轮，上海申花主场2-2战平深圳新鹏城，结束6连胜、终结主场10连胜，落后上海海港1分。

2014年7月，上海绿地申花公布了新版的队徽图样。新版队徽分为上下两部分。上半部分保留了传统申花队徽的盾形，并将申花历史上的队徽元素做了整合，象征着上海市花白玉兰的盾形回归2001年版，左上角保留了2009年版代表着不狂不放不申花的豹头图案；取消了灰色条纹，改为传统的红白蓝三色条纹。上半部的英文字母SFC既表示“SHENHUA FOOTBALL CLUB（申花足球俱乐部）”，同时又代表着“SHANGHAI FOOTBALL CLUB（上海足球俱乐部）”；右下角英文SINCE 1993则代表着俱乐部成立于1993年。下半部分为象征着荣耀的绶带，绶带上的复古足球象征着申花队的前身——成立于1951年的上海市足球代表队的悠久历史；绶带上的英文“GREENLAND（绿地）”以及绿地集团司标寓意着申花足球队在绿地集团的支撑下必将重塑辉煌。2021年11月23日，上海申花足球俱乐部今发布公告，宣布“上海申花” 新版队徽2022赛季正式启用。

上海申花队2023赛季的主场球衣，依旧延续了球队传统的蓝色，并以球队吉祥物豹子为灵感，将豹纹式的图案作为球衣暗纹；客场球衣，也延续了上海申花白色客场的传统，采取了不对称的设计，其中球衣左侧的图案，参考了上海申花队徽上的色块分布。

2008年3月，上海申花官方公布了球队的新队歌《蓝色荣耀》以及MTV。该歌曲由时任申花俱乐部投资人朱骏填词，音乐人彭程谱曲。该队歌是上海申花球队历史上发布的第二首队歌，而此前于2002年，上海申花曾推出了队歌《快乐每一天》。

2024年3月19日，上海申花足球俱乐部官方宣布，吉祥物的新名字定为“布鲁”。英文是BLUE（蓝色），与申花的主色调相符合，同时它还有一个专属的号码93号，寓意是申花在1993年成立。

上海虹口足球场（Hongkou Football Stadium）为上海申花队的原主场，该球场位于上海市虹口区，可乘坐上海轨道交通3号线、上海轨道交通8号线抵达。虹口足球场的前身是建于1950年的虹口体育场，并于1999年改建成为中国大陆第一座专业足球场。球场总占地5.6万平方米，建筑面积7.2万平方米，共有22个看台35000个观众席，以及大小两种尺寸的47个包厢。此外，该球场曾举办过第一届东亚运动会和2007年中国女足世界杯的比赛。

上海体育场（也称“上海八万人体育场”）被确定为上海申花队2023赛季的主场，该球场位于上海西南部要脉，是上海标志性建筑之一，建筑面积达17万平方米。1997年是中国第八届全国运动会的主会场，曾举办过2008年北京奥运会足球赛、亚冠、中超、足协杯等世界和国内足球比赛，也曾举办上海马拉松赛、国际田联钻石联赛上海站等国内、国际体育大赛。历时三年改建后，2023年重新亮相的上海体育场观众坐席总数增加至7.2万座，在原屋盖钢结构上通过轻质柔性体系，实现跨度16.5米的悬挑延伸，增设环屏天幕。此外还优化观众、运动员、媒体、VIP等流线及功能用房布局。

●1994年联赛为2-1-0记分系统，1995年开始为3-1-0记分系统。

●2003年，上海申花获得甲A联赛冠军，但于2013年2月被剥夺。

●2007-2010年中国足协杯因故停办。

●2013赛季上海申花因假球处罚，以-6分开局。

●2020年中超联赛采取赛会制，故按照全部参赛数据统计，没有积分。

（参考资料：）

2022年11月23日，中国足协再发公告，因未能落实解决欠薪问题，上海申花足球俱乐部被扣除6分联赛积分。

2023年12月17日，2024荣耀巡回赛·利雅得胜利中国行官方微博发布消息，称利雅得胜利将在1月24日对阵申花，地点在深圳市大运中心体育场。