元朝皇帝为了笼络蒙古王公，一登帝位，就把金银和田土分赐给他们。元世祖时，政府赐给大臣田一次不过百顷，以后增至千顷、万顷。以前赐田多在北方，后来更转向江南大部分如苏州等膏腴之区了。 蒙古贵族把从农民那里收夺来的土地，再以苛刻的条件租给农民，用租佃的方法进行剥削。元武宗时，“近幸”为人请田一千二百三十顷， 每年收租五十万石，平均每亩要收四石，这样苛重的剥削，必然要陷农民于死地。淮南王的家人也在扬州广占田土，时常派人纵骑至各乡“索债征租，驱迫农民，剽掠麦禾”。元文宗时，大臣燕帖木儿请求皇帝把苏州一带的官田包租给他的兄弟和女婿，再由他们转租给农民。

汉族大地主兼并之风也与日俱增。福建崇安县有田税人户共四百五十家，纳粮六千石，其中五十大家即纳粮五千石，占全县纳税户九分之一的地主大户，竟占有六分之五的土地。在江南地区，田主除向佃户征租外，还随意向佃户征收丝料，勒派附加粮，甚至迫使佃户代服差徭。有的地主还用飞洒、诡寄等办法躲避差役，赋役不均的现象非常严重，其结果是“大家收谷岁至数百万斛，而小民皆无葢藏”。在北方地区，由于赋役不均，也是“富者愈富，贫者愈贫”。

在最高统治集团中，奢侈腐化成为风气。蒙古皇室和元朝政府把每年搜括来的民脂民膏，大部分用于无节制的岁赐和“做佛事”。武宗时，政府年入钞二百八十万锭，但他即位不到一年就用掉八百二十余万锭。仁宗即位后支出更达二千万锭，其中大部分用在赏赐蒙古贵族和宠幸的色目人官商。武宗时，用在敬神、修寺等宗教活动上的开支，一度高达政府全部收入的三分之二。据仁宗延祐四年（1317年）宣徽院统计，仅供佛饮食一项，该年共用面四十三万九千五百斤，油七万九千斤，蜜二万七千三百斤，每日宰羊至万头。英宗以后诸帝更是贪财好货，掠夺无厌。在这种情况下，财政经常支绌，以致“朝廷未尝有一日之储”。元朝统治者要弥补亏空，只有加重税收，滥发纸币，而人民所受的剥削也愈重。

众所周知元代时钞法大兴，中统、至正、至大等钞均是通货，又加上滥发钞票也就是不顾市场需求量而印钞票；除此以外，因为滥加赏赐，国家财政入不敷出，只好动用钞本（用来稳定币价的，也就是说百姓可拿着钞票去兑换等量足值的金银铜等本位货币，没有钞本就无法保证币值稳定），造成币值急速下降，以致通货膨胀严重。

元政府还推行严厉的民族压迫政策，民分为四等，民族矛盾尖锐。蒙古人无需劳动就可以享有汉人和其他民族的所有财产。汉人甚至连姓名都不能有，只能以出生日期为名，不能拥有铁器，连一把菜刀也必须几家合用。赋役沉重，再加上灾荒不断，广大民众在死亡线上挣扎。元政府妄图以此镇压以汉族为主体的反元斗争，伯颜甚至扬言要杀绝张、王、刘、李、赵5姓汉人。即使伯颜之侄脱脱当政，也对汉族充满猜忌，在起义之初特地将相关卷宗的题目“谋反事”改为“河南汉人谋反事”，并以“汉贼大起”相称，有识之士由此预判元朝必被推翻。

和残酷的贪污剥削平行，又接连出现严重的天灾。元统元年（1333年）京畿大雨，饥民达四十余万。二年江浙被灾，饥民多至五十九万，至元（后）三年（1337年），江浙又灾，饥民四十余万。至正四年（1344年）黄河连决三次，饥民遍野。在天灾人祸的迫害下，农民成群地离开土地，武装起义相继而起。

元朝初年，政府曾屡次命令地主减租，以后这种禁令也废除了。延祐二年（1315 年），又下令在两淮、江南“核实田亩”，但地主买通官府， 隐匿田产，而官吏又欲借此以“多括为功”，结果把两淮地区由农民耕作的沙碱土地，也作熟地充数。“苛急烦扰”，民不堪命，就在此时，激起了江西等地农民反对括田增租的斗争。

早在泰定二年（1325年），河南息州赵丑厮、郭菩萨的起义，提出了“弥勒佛当有天下”的口号，揭开了元末农民起义的序幕。

至元三年（1337年），又有广东朱光卿、聂秀卿的起义，称“定光佛出世”。同年又有河南棒胡的起义，棒胡烧香聚众，起义者“举弥勒小旗”。

至元四年（1338年），彭和尚、周子旺在袁州起义，起义农民五千余人，“背心皆书佛字”。到了至正初， 小规模起义、暴动已遍及全国，仅京南一带的起义即达三百余起。

举行起义的农民多是汉人、南人，因此蒙古统治者对汉人、南人更加仇视。元丞相伯颜等人曾提出了要杀绝汉人张、王、刘、李、赵五姓的主张，同时又重申汉人不得执兵器，不得执寸铁，并且下令北人殴打南人不许还报等。这些禁令的实施，更激发了反抗的火焰。反抗蒙古统治者的各种各样的民谣到处传播。刘福通以“贫极江南，富夸塞北”为号召。当时有人说：“塔儿白，北人是主南是客。塔儿红，南人来做主人翁”。又说：“天雨线，民起怨，中原地，事必变”。

这些民谣都强烈地反映了当时日益激化的民族矛盾和阶级矛盾，元末大起义正是民族矛盾与阶级矛盾的总爆发，而更主要是阶级矛盾。

参见：红巾军起义、红巾军北伐

“莫道石人一只眼，挑动黄河天下反”或“石人一只眼，挑动黄河天下反”，这是至正十年（1350年）普遍流行于黄河灾区的一个民谣。这个口号和黄巾起义一样，用带有宗教性质的来反抗专制。这一年，元朝政府命工部尚书贾鲁发汴梁、大名等十三路农民共十五万人修治黄河，同时又派兵沿黄河镇压，就是这些黄河工地上服役的农民，点燃了红巾军起义的导火线。

韩山童出身于白莲教世家，从祖辈开始就秘密组织活动，意图恢复汉族王朝统治。至正十一年（1351年），韩山童等事前在黄河底埋下一石人，民工在施工时挖出石人，果然因为挑动黄河，天下造反，元末农民大起义正式爆发。五月，韩山童、刘福通等人在颍州颍上县的白鹿庄聚集了3000多教徒，打出“虎贲三千，直抵幽燕之地；龙飞九五，重开大宋之天”的旗帜，宣誓起义。韩山童等长期以来即以白莲教组织农民进行反元斗争，并自称为宋徽宗八世孙，“河、淮、襄、陕之民，翕然从之”。不料事机泄露，遭到元地方政权的镇压，韩山童被捕牺牲，其子韩林儿逃至武安，刘福通冲出包围后，重新组织起义力量，一举占领了颍州，又攻下朱皋，在朱皋开仓赈济贫民，“从者数十万”。以后又相继占领罗山、真阳、确山、汝宁、息州、光州等地。义军头裹红巾，世人称“红巾军”。红巾起义爆发以后，一时“贫者从乱如归”，不出数月，黄河长江两淮之间，到处揭起起义的旗帜。

至正十一年（1351年）爆发的红巾军大起义，主要分为两支，一支起于颍州，领导人是韩山童，刘福通；一支起于蕲、黄，领导人是徐寿辉、彭莹玉（即彭和尚）。

八月，徐寿辉、彭莹玉攻下蕲州。彭莹玉是袁州“庄民家子”，自幼出家，以清泉为人治病，袁州百姓“事之如神”。他长期利用白莲教组织农民起义。至元四年（1338年）起义失败，逃匿淮西，淮民“争庇之”。至此彭莹玉又推布贩徐寿辉为首，在蕲、黄起义，建元治平，国号宋，很快便占领了武昌、安陆、沔阳、江州、饶州各地。这两支农民军头裹红巾，称为“红巾军”或“红军”，他们都信奉弥勒佛，烧香聚众，又称“香军”。此外，以红军为号的还有萧县芝麻李、南阳布王三、荆樊孟海马、濠州郭子兴，“两淮、丰、沛、许、汝、荆、汉”的农民都起来响应。红巾军的基本群众都是贫苦的农民。元末文人叶子奇说当时“人物贫富不均，多乐从乱”。朱元璋也说濠州地区：“民弃农业执刃器趋凶者万余人”。农民起兵抗元的根本原因是由于元末社会的贫富不均，阶级矛盾激化。但蒙古统治者的残酷的民族压迫也是重要原因。

至正十四年（1354年），元顺帝听信奸臣谗言，把丞相脱脱解职，脱脱统率的“大军百万，一时四散”，很多人都投入红巾军，刘福通的声势日盛。

至正十五年（1355年）刘福通拥立韩林儿在亳州称帝，改元龙凤，国号宋，史称“小明王”。中原各地的红巾军都接受了韩宋的领导。

至正十七年（1357年），刘福通分兵三路伐元。东路军由毛贵率领，扫荡了山东、河北等地的元军，直抵柳林、枣庄，离大都不过百余里。在大都（今北京）的蒙古贵族都纷纷建议北逃。但红巾军在河北中部遇到元朝援军的阻击，又撤回山东。中路军由关先生、破头潘等率领，攻绛州，入保定路，折经大同，直趋塞北。

至正十八年（1358 年）十二月，这支起义军攻占了上都（今多伦县附近），烧毁了“富跨塞北”的蒙元宫阙，旋即转战辽东各地，并两度攻入高丽。西路军由李喜喜、白不信等率领， 由荆州、樊城出武关，进攻长安（今西安）。李喜喜入四川，余部又攻占了甘肃、宁夏等地。 与三路进军同时，刘福通也攻占汴梁，并以汴梁为都，于是“造宫阙，易正朔，巴蜀、荆楚、江淮、齐鲁、辽海，西至甘肃，所在兵起，势相连结”。正如红巾军檄文所说：“慨念生民，久陷于胡，倡义举兵，恢复中原，东逾齐鲁，西出函秦，南过闽广，北抵幽燕，悉皆款附，如饥者之得膏粱，病者之遇药石”，红巾军的反元斗争至此已达到高潮。

以毛贵为首的红巾军在山东等地，甚得民心，有的人把得到的衣粮分与贫民，凡无罪而被掠者一律放还。“又于莱州立三百六十屯田，每屯相去三十里；造大车百辆以挽运粮储，官、民田只十取其二分”。又立“宾兴院”罗致人才。

元朝政府曾下令要把汉人一概捕杀，并把“诸蒙古、色目因迁谪在外者皆召还京师”。后来看到汉族地主也敌视红巾军，就宣告免除南人、北人的界限，凡起兵镇压红巾军的人都给以万户、千户、百户的爵赏。元朝政府还赐方国珍、张士诚龙衣、御酒，给以官号，收买他们为蒙古统治者效力。方国珍、张士诚接受了元朝的官号，转而与红巾军为敌。至正十二年（1352年），察罕帖木儿、李思齐等起兵进攻红巾军，“所在义士俱将兵来会”。同年，答失八都鲁也“招募襄阳官吏及土豪避兵者”，北上袭击毫州。答失八都鲁的军队于至正十六年（1356年）被刘福通歼灭，但察罕帖木儿得到元朝统治者的大力支持，军容日盛。至正十八年（1358年），察罕帖木儿以兵分镇关陕、荆州、河洛、江淮四地，又以重兵屯太行山， 成为红巾军最凶恶的敌人。

汉族地主阶级在农民起义的过程中，一部分人始终对蒙元效忠，坚决与农民为敌。他们要“竭忠以报国家”。另一部分人则不愿做蒙古人的奴才，结寨自保，观变待机。也有一小部分人参加了农民军，这是由于汉族地主与蒙古统治者之间还存在着尖锐民族矛盾，有的人则是迫于农民军的威力。

刘福通领导的红巾军逐渐处于不利的形势。北伐的三路大军在事前并无精密的布置，军令既不统一，彼此间也缺乏联系。关先生、破头潘和李喜喜的军队始终在各地流动作战，没有巩固的根据地，前方胜利，后方又遭到敌人的攻击。

至正十九年（1359年），察罕帖木儿攻占汴梁，韩林儿、刘福通撤兵走安丰。这时，驻守山东的毛贵被部属赵君用所杀，察罕帖木儿乘机进迫山东，山东各城亦被察罕帖木儿占领。山东一失，安丰的屏藩就被撤除了。至正二十三年（1363年），张士诚围安丰，城破，刘福通遇难牺牲。

韩宋虽然最后失败，但是在反元斗争中，前后十三年，大小数百战，给予蒙古贵族和官僚地主致命的打击，已从根本上削弱了蒙元王朝的统治，为最终明朝消灭蒙元，重建汉族王朝奠定了基础。

与红巾军起义同时，又有至正八年（1348年）浙东方国珍和至正十三年（1353年）泰州张士诚的起义。方国珍出身佃农，传说他因杀收租的地主而逃命海上。张士诚以操舟运盐为业，因卖盐于富家，“富家不给值”，遂率众起兵。他们所领导的反元斗争，都牵制了元朝的军力，壮大了红巾军的声势。

当红巾军以燎原之势向四方八面发展之时，蒙元政府派遣御史大夫也先不花前往镇压。也先不花率元军三十万进驻沙河，企图一举扑灭刘福通领导的红巾军，但慑于红巾军的声威，元军夜惊，尽弃军资器械逃走。元朝政府又派丞相脱脱率军攻徐州芝麻李，元军会集徐州，这就使红巾军的两支主力得到发展的机会。

至正十二年（1352 年），徐寿辉、彭莹玉领导的红巾军攻占了杭州。他们在杭州等地，纪律严明，不淫不杀，只把归附的人登名于户籍，得到人民的拥护，队伍很快便增加到百万人。 徐寿辉领导的红巾军经过多次血战，许多地区得而复失，彭莹玉也在战斗中牺牲。以后徐寿辉又派部将明玉珍攻取四川，四川和云南一部分地区也被红巾军控制。至正二十年（1360年），徐寿辉为其部将陈友谅所杀，陈友谅即位做了皇帝，国号大汉。明玉珍不服陈友谅的领导，不久也在四川重庆自立，国号大夏。

徐寿辉本人能力一般，但是所部诸将实力很强，其中傅友德更是传奇将领，后跟随朱元璋大将冯胜伐元，以五千部众横扫大漠，连胜七战，堪称传奇。另一员将领丁普初更是在鄱阳湖水战中捐躯死战，壮烈牺牲。还有一员大将双刀无敌赵德胜，在洪都保卫战中牺牲。

徐本人最大的业绩就是发现并提拔了陈友谅，在中国历史上写下了光辉的一笔。这些统帅与将领，或与朱元璋为敌，励其志，或与朱元璋为君臣，扩充其实力，均为大明帝国的建立立下功勋。

当红巾军正在和元军主力进行艰苦斗争的时候，朱元璋开始独树一帜，逐渐发展了自己的势力。

朱元璋出身于一个贫农家庭，至正十二年（1352年）参加濠州郭子兴领导的红巾军。至正十四年（1354年），他奉命南略定远，招降驴牌寨壮丁三千人，又夜袭元军于横涧山，收精兵两万， 随即进占滁州。至正十五年（1355年），朱元璋进兵和阳，渡江攻下太平、溧水、溧阳等地。这时，韩林儿在亳州称帝，他接受了韩林儿的官职、封号，军队皆以红巾裹头，亦称香军。

朱元璋军纪严明，又知人善任，文士如冯国胜、李善长等都为他出谋划策，勇猛善战的常遇春、胡大海也都来投奔他。 至正十六年（1356年）朱元璋占领集庆路（今南京），改名应天，成为红巾军内部一支强大的武装力量。

从至正十六年至十九年间（1356—1359年），朱元璋以金陵为根据地， 不断向外扩充其势力。这时，在他北面是韩林儿、刘福通，西面是徐寿辉，东面是张士诚，惟有皖南、浙东一部分地区驻守的元兵势力较弱。至正十七年（1357年），朱元璋派徐达、常遇春、胡大海分别攻占宁国、徽州、池州等地，第二年又亲自率兵攻克婺州。至正十九年（1359年）继续攻占衢州、处州，皖南以及浙东的东南部地区，此后这些地区都为朱元璋所控制。

至正二十年（1360年），朱元璋罗致了浙东的文人刘基、宋濂、叶琛、章溢等人，特别是刘基、宋濂在朱元璋的开创事业中起了显著的作用。从此朱元璋进一步取得东南地主阶级的支持，巩固了他对这一地区的统治。朱元璋也注意恢复农业生产的工作，以康茂才为都水营田使，在各地兴筑堤防，兴修水利，预防旱涝，经营农田。又设管理民兵万户府，仿古代寓兵于农之意，选拔强壮农民，使其“农时则耕，闲则练习”，还屡次蠲免田赋。他还接受了朱升的“高筑墙、广积粮、缓称王”的建议。

这些措施收到一定的成效，在他统治的地区，农民生活比较安定，军粮也有充足的供应。在朱元璋占领浙东等地时，韩林儿、刘福通所领导的红巾军正遭遇到察罕帖木儿等元军及地主武装的袭击，徐寿辉又为部将陈友谅杀死。陈友谅力量虽强， 但“将士离心”、“政令不一”，明玉珍也只是割据四川，偏安一隅。占据苏州的张士诚和浙东庆元的方国珍，早已归附了元朝。他们在所辖地区之内只知霸占田产，奴役佃户，腐化享乐，不关心人民疾苦，因而得不到人民的支持。这种形势极有利于朱元璋的发展。

至正二十年（1360 年），陈友谅率军攻占太平，直入金陵，在江东桥为朱元璋所败。朱元璋复率军反攻，先后攻克饶州、安庆、洪都等地。至正二十三年（1363年），陈友谅与朱元璋会战于鄱阳湖，经过三十六天的血战，陈友谅中箭身亡，全军大败。第二年，其子陈理投降，至此，朱元璋解除了统一南方最大的威胁。

参见：朱元璋统一江南之战

至正二十四年（1364年），朱元璋自称吴王。至正二十五年（1365年），朱元璋把兵锋转向苏州张士诚。他

采取了“煎其肘翼”的军事部署，派将攻占久被张士诚控制的高邮、淮安等地，一面又东向湖州、嘉兴和杭州，歼灭张士诚军的主力，然后进围苏州。至正二十七年（1367年，吴元年）九月，苏州城破，张士诚被俘自缢而死，三吴平定。据守庆元、温州、台州一带的方国珍也遣使归降。同年，又分别派将攻取广东、福建，朱元璋已据有东南半壁。 进攻张士诚时，朱元璋在檄文中已公开骂白莲教是“妖术”，说红巾军“焚荡城郭，杀戮士夫，荼毒生灵，无端万状”。至正二十六年（1366 年）冬，他派人在瓜步杀了韩林儿。

朱元璋既打败江南的各个割据势力，更积极准备北上伐元。此时，蒙古统治者更加腐化堕落，元顺帝信任喇嘛僧，朝夕逸乐，宫廷的政变不断发生，军力也一蹶不振，只有倚靠扩廓帖木儿和孛罗帖木儿等人的地主武装支持残局。扩廓帖木儿守河南，孛罗帖木儿守大同，李思齐、张良弼等守关中，他们彼此连年交兵，到处掠夺屠杀，给人民带来深重的苦难。

至正二十七年（1367年，吴元年），朱元璋决意北伐。在《谕中原檄》中提出了“驱逐胡虏，恢复中华，立纲陈纪，救济斯民” 的口号。檄文中责备扩廓帖木儿、李思齐等“假元号以济私，持有众以要君”，指出这些人相互吞并是人民的巨害。同时更指出蒙古、色目虽不是汉族，只要“愿为臣民者”，皆与汉人同等对待，表现出朱元璋较为开明的民族政策。

由徐达、常遇春等人率领的北伐军先后在山东、汴梁、潼关等地打败扩廓帖木儿、李思齐、张思道的军队。至正二十八年（1368年，洪武元年）七月，徐达会诸将于临清，连下德州、通州等城，元顺帝率后妃、太子和一部分蒙古大臣从大都北逃。八月，北伐军进占大都，结束了元朝在全国的统治。这一年，朱元璋已建立了明朝，改元洪武，是为明太祖。

之后朱元璋用了近20年的时间，消灭其他农民军，击溃元朝残余势力（北元），完成了中国的统一。轰轰烈烈的元末农民起义结束。

元末农民起义，一般被朱元璋义军所吸引。明朝的创立就成了推翻元人统治的代名词。因此那段战国时代的主流历史有很多重要的篇章被遗忘。朱元璋加入濠州义军，当女婿，成头目，独立一军，下采石，得浙东文人拥护高筑城广积粮，鄱阳湖大战，灭张士诚、方国珍，北伐大都。这些都是熟知的历史。但在北伐之前朱元璋军很少和元军主力作战。鉴于他建立了明朝，做了皇帝，故不把他列入榜内。

元朝腐朽统治的被推翻，首先应该归功于元末农民战争的伟大力量。各支农民起义军的英勇战斗，特别是小明王、刘福通领导的北方红巾军坚持十三年的斗争，“大小数百战”，从根本上摧毁了元朝的统治基础。

元末农民起义是被压迫被剥削阶级反抗统治者暴政的最高级斗争形式，是中国历史上继唐朝末年黄巢起义之后又一次全国性的大规模农民起义。它沉重打击了蒙古贵族的封建统治，同时使封建地主阶级认识到了农民阶级力量的可怕和伟大，使地主阶级在相当长的一段时间内不敢过分剥削农民。

元末农民起义还给后来朱元璋北伐奠定了基础。其他各代大都是南征，只有朱元璋的北伐成功而且还建立了长期政权。元朝民族分等级的政策已经造成极大的民怨，这样的政权灭亡是迟早的事，就算朱元璋不北伐，陈友谅也会北伐，何况北方元朝内部的争斗的胜者最终也会篡权。

蒙古贵族入主中原以后，带来了不少落后的制度和习俗，造成了社会生产上的破坏，农民战争都严重地打断了封建化进程，断送了封建化已经取得的成果，并使社会重新退回到原来的起点上去。而元代的社会生产力不是停滞不前，而是继前代而持续发展。经过这次起义，自北宋以来长期积累的土地兼并和土地集中问题得到较大幅度的调整和缓和，从而促进了社会生产力的发展，为生产力的新一轮发展铺平了道路。由于长年战乱，人口减少荒地增多而导致了明初的“移民垦荒”运动，明初阶级矛盾得到了一定程度的缓和。

元末农民战争期间，由于受到兵祸的影响出现了文教毁弃的文化危机。另一方面，战乱也导致了士大夫的人格分裂与心理异化，使其成为精神上的离群索居者和进退失据者，他们徘徊于出仕与遁隐之间，依违于忠义与叛逆之间， 并对儒家伦理道德产生了质疑，从而呈现出复杂多变的价值抉择和心路历程。士大夫围绕国家之兴亡、民生之否泰和自我之命运等时代命题，对农民战争进行了深刻反思和自觉总结。一方面，他们恪守正统观念、忧患意识和忠义精神，对农民起义抱持着刻骨铭心的仇恨心理，并渴望天下承平，社会安定。另一方面，基于对礼法秩序、兴衰治乱、天道人心的深刻体认，他们明确而尖锐地评述了元末时势，并向统治者发出警戒，展示了其复杂的心理状态、价值取向和政治诉求，具有十分重要的思想意义。

蒙古贵族入主中原后，不仅在政治上法律上对汉民族歧视，而且喇嘛的纵态，土地的掠夺，高利贷的剥削，真极尽压迫之能事。元末农民战争不但打破了蒙古统治阶级对农民的压迫，更是打破了对汉族人民的种种枷锁。是彻底的一场民族解放运动。

在这次大起义中，大批奴婢得到了解放。奴婢在斗争中获得解放的事实，具有普遍意义。《大明律》规定：“庶民之家，存养奴婢者，杖一百，即放为良。”这说明了奴婢在起义中获得解放已为法律所肯定。

旷日持久的战斗也使得区域间人口出现了较大规模的调整。可以说这是继历史上魏晋南北朝、唐末及两宋之际南北大迁移之后的又一次人口大流动。

从十三世纪七十年代，元灭南宋之日起，各族人民就不断举行起义，反抗封建皇朝和地主阶级的压迫和剥削。此后，各种形式的反抗斗争此伏彼起，连绵不断，最后发展成全国规模的农民战争，终于把不可一世的大元送进了坟墓。

元末农民战争绵延达十八年之久，起义烽火遍及全国，参加起义的各族人民达数百万，其活动地区不仅包括了内地各省区，同时也波及到了塞外的西北、东北和西南等各边陲地带，其范围之广，在中国历史上也是少见的。

封建统治阶级为了镇压这次农民革命运动，使尽了反革命两手：一方面出动反动军队屠杀革命农民；另一方面则用腐蚀拉扰的手段来瓦解农民起义队伍。面对阶级敌人的反革命两手，一些在敌人屠刀面前没有屈服的农民领袖却经不起敌人用糖衣裹着的炮弹的攻击，追求高官厚禄，享乐腐化，蜕化变质了，有的甚至堕落为可耻的叛徒。

元末农民战争还有许多不足的一面，例如，首先，起义军内部不团结。红巾军旗号虽多，但是大都不服调遣，就像徐寿辉、张士诚，名义上是起义军，但是只顾自己抢地盘，根本不配合北方军的行动北伐，各自为战的结果是只有北方红巾军迎战元军，甚至还相互攻打；其次，起义军发展太快，没有自己的地盘。尤其是北方起义军虽然占了江淮一带，但是根据地不稳固，而且南方的起义军不支援他们，等于是以江淮之力对抗北方元军，实力上受了影响；北方军有白莲教背景，被儒家视为异端。所以之后朱元璋把白莲教称为异教这有很大原因。

元末农民战争中民族压迫与阶级矛盾交织在一起，有人指出以民族压迫表现得最突出。从元末社会主要矛盾是民族矛盾这一前提出发，推定元末农民战争的主要矛盾是民族矛盾，说它是一场反抗民族压迫的斗争。这一论点是很值得商榷。

由于没有一个新的领导阶级的出现，农民起义的成果很快又被一批由农民起义领袖蜕变而成的新的汉族封建地主所窃取了。因此这次起义并未导致社会性质的变化，中国依然在封建社会的漫漫长夜中缓慢前进。