1953年5月11日，经中共南京市政府分党委批准，组成南京水利实验处支部。同年12月，由上级批准成立党组。同年，下属水工仪器厂从南京水利实验处分出，由中央水利部直接领导，改名为南京水工仪器厂。

1954年经中共南京市政府分党委同意，恢复党支部的领导职能。在秘书室下增设技术档案室。

1956年，按照中央水利部的指示，南京水利实验处派出95人，筹建北京水利科学研究所。

1956年12月，南京水利实验处更名为“南京水利科学研究所”（《关于你处改为“水利部南京水利科学研究所”的通知》中华人民共和国水利部（56）水教研傅字第1178号）。

1956年12月，原水工、土工两试验室改为研究室，又将原水工试验室的潮浪和泥沙两个组人员抽出，成立了河港研究室。

1957年2月，根据国务院科学规划委员会关于全国水利科学研究机构的合并问题指示精神，南京水利科学研究所由水利部和交通部共同领导。原属交通部水运科学研究院筹备处港工及航道研究室并入该所。并于4月1日起，改名为“水利部、交通部南京水利科学研究所”（《中华人民共和国水利部决定你所改由水利部及交通部共同领导由》（57）水教研冯字第094号）。1957年5月，经水利部批准，成立了“钱塘江河口研究站，由南京水利科学研究所和浙江省水利厅共同领导”。

1958年，水利部与电力工业部合并为水利电力部，南科所改由水利电力部和交通部共同领导。1958年2月，国务院农七齐字23号文，同意成立“钱塘江河口研究委员会”，明确研究工作交由南京水利科学研究所负责。1958年，交通部组织“天津新港回淤研究领导小组”，负责该港回淤研究的技术领导工作。同年，该所成立技术室。

1962年3月，水电部决定钱塘江河口研究站自1962年起由浙江省水利厅单独领导（（62）水电技字第45号），南京水利科学研究所在技术上进行指导和协调。同年，该所成立学术秘书室。

1966年，即文化大革命前，实行党总支部领导下的所长负责制。内设机构有，政治处（包括人保科等）、办公室（包括供应科、财务科、行管科）、水工研究所、河港研究所、土工研究所、材料结构研究所、学术秘书室、技术情报室、仪器组和仪器工厂。此外，还设有所务委员会和学术委员会。同年，由该所负责筹建的水电部交通部西南水利水运科学研究所基本建成，同时抽调该所60人前往开展研究工作。

1966－1967年，原有组织机构特别是行政管理部门被打乱。

1968年，经江苏省革命委员会批准，成立了南京水利科学研究所革命委员会（《关于成立南京水利科学研究所革命委员会的批复》苏革政（68）241号），下设政工组、生产组、后勤组。三个组的建制一直延续到1978年。

1972年7月，经江苏省革委会批准，组成党的核心小组（《关于南京水科所党的核心小组组成的通知》（苏革科核（72）第8号））。

1973年8月，经江苏省革委会批准，建立中共南京水利科学研究所委员会。（《关于建立中共南京水利科学研究所委员会批复》苏革科核[1973]第44号）

1979年－1983年，实行党委领导下的所长负责制。

1979年2月，水利电力部分为水利部和电力工业部，南科所由水利部和交通部共同领导。同年6月，水利部明确南京水利科学研究所为地师级单位（《关于明确南京水科所为地师级单位的通知》（79）水劳字第17号）。

1980年恢复了所室两级学术委员会活动。成立了所的学位评定委员会和技术职称评定委员会。

1982年2月，水利部与电力工业部合并为水利电力部，南京水利科学研究所恢复水利电力部和交通部共同领导（《关于更改部直属单位名称的通知》（82）水电劳字第12号）。

1984年1月，经水利电力部批准，并征得国家科委同意，改名为“水利电力部、交通部南京水利科学研究院”（《转发关于“同意水利电力部、交通部南京水利科学研究所”改名为“水利电力部、交通部南京水利科学研究院的批复的通知”》（84）水电劳字第10号）、（《同意“水利电力部、交通部南京科学水利研究所改名为水利电力部、交通部南京科学水利研究院”的批复》（84）国科发041呈）。

1985年3月，原属科研处的计算应用中心，改名为计算中心，直属院长领导。

1987年12月，水利部电力部明确该院为水利电力部大坝安全监测中心，承担水利大坝安全监测工作（《关于加强水利大坝安全监测工作有关问题的通知》（87）水电劳字第116号）。同年10月，中国水利学会同意该院成立“中国水利学会科技咨询服务中心岩土工程服务部”（《关于同意成立“中国水利学会科技咨询服务中心岩土工程服务部”的函》（87）水学字第30号）。

1988年5月，该院经江苏省科学技术委员会批准，成立江苏南水土建工程联合公司（《关于成立“江苏南水土建工程联合公司”的批复》苏科（88）145号）。

1989年8月，经水利部基本建设工程质量监督总站批准，确定南京水利科学研究院为水利部基本建设工程质量检测中心（《关于确定南京水利科学研究院为水利部基本建设工程质量检测中心的通知》建质[1989]6号）。

1991年10月，接水利部办公厅通知，持单位介绍信至办公厅秘书处领取水利部、交通部、能源部南京水利科学研究院印章。院编文号（（91）办字第1221号）。

1992年5月，经江苏省科学技术委员会批准，同意“江苏南水土建工程联合公司”改组为“江苏南水土建工程公司”。同年7月，经水利部党组批准，撤销院党组，建立临时党委。同年8月，经南京高新技术产业开发区管委会办公室批准，设立瑞迪公司（《关于成立瑞迪公司的批复》宁高管办[1992]49号），同年9月，在南京市工商管理局注册登记为南京瑞迪高新技术公司。同年10月，经江苏省科学技术委员会批准该院成立“运达科工贸公司”。同年，该院将财务科改为财务处。

1993年6月，经中共江苏省委组织部批准正式成立院党委（《关于同意成立南京水利科学研究院党委的批复》苏组复（1993）46号）。1993年8月，经交通部批准，该院设立工程监理部（《关于南京水科院工程监理部监理资格的批复》交函工[1993]460号）。同年9月，江苏省委批复同意撤销中共南京水利科学研究院机关委员会（苏委工组[1993]35号）。

1994年9月，更名为水利部、交通部、电力工业部南京水利科学研究院。（《关于水利部、交通部南京水利科学研究院更名的批复》人劳组[1994]61号）。同年11月，经水利部批准，水利部大坝安全监测中心更名为水利部大坝安全管理中心（《关于水利部大坝安全监测中心更名及核定其人员编制的通知》水人劳[1994]485号）。同年3月，院设立科技经营开发处，与科研管理处合署办公。

1995年，经水利部批准，与河海大学、水利部南京水文水资源研究所合作成立水利部遥感技术应用中心南京分中心（《关于成立水利部遥感技术应用中心南京分中心的批复》人组[1995]75号）。

1996年5月，经水利部批准，水利部南京计量检定中心挂靠该院（《关于成立水利部南京计量检定中心的批复》水人教[1996]167号）。经国家技术监督局计量认证，取得中华人民共和国计量认证合格证书（[95]量认（国）字（G1367）号）。

1997年3月，经水利部人事劳动教育司批准，该院建立“南京水科学培训中心”（《关于建立“南京水科学培训中心”的批复》人组[1997]11号）。同年12月，经南京市工商行政管理局注册登记，该院成立南京瑞迪大洒店。

1998年3月，经江苏省政府办公厅批准，瑞迪大洒店为涉外宾馆。1998年4月，内设“技术情报研究室”更名为“科技信息中心”。同年4月，经水利部人劳司批准，并于同年7月，将原院工程监理部升格为具有独立法人资格的江苏科兴建设监理有限公司，获得江苏省工商局核发的营业执照。同年，经水利部人劳司批准，设立院科技产业中心（《关于设立南京水利科学研究院产业中心的批复》人教劳[1998]47号），同时撤销科技经营开发处。

1999年7月，交通部认定该院港口、航道泥沙工程实验室为交通部重点实验室。（《关于进行首批部重点实验室认定评审工作的通知》科教发字[1999]190号）。

2001年6月，水利部南京水文水资源研究所成建制并入南京水利科学研究院。《关于水利部南京水文水资源研究所并入南京水利科学研究院的通知》（水人教[2001]253号）。对外可继续使用水利部南京水文水资源研究所。

2001年10月，科技部、财政部、中央编办批复水利部等四部门所属98个科研机构分类改革总体方案，南京水利科学研究院转为非营利性科研机构。《关于对水利部等四部门所属98个科研机构分类改革总体方案的批复》（国科发政字[2001]428号）。

2002年1月，水利部决定将水利部农村电气化研究所划归南京水利科学研究院管理。（《关于调整水利部农村电气化研究所、水利部长江勘测技术研究所管理体制的通知》水人教[2002]12号）。

2002年10月，水利部批复南京水利科学研究院体制改革总体方案。（《关于南京水利科学研究院体制改革实施方案的批复》水人教[2002]437号）。

2003年4月，水利部人教司复函，同意在科技部、财政部、中编办对该院非营利性科研机构改革验收前继续延用原名称“水利部交通部电力工业部南京水利科学研究院”。《关于南京水利科学研究院名称问题的复函》。

2004年6月，水利部认定依托南京水利科学研究院建设的水利部水科学与水工程科学重点实验室。（《关于发布水利部重点实验室评审认定结果的通知》水国科[2004]196号）。

2005年3月，国家科技部批准南京水利科学研究院与河海大学联合建设“水文水资源与水利工程科学国家重点实验室”。（《关于批准建设环境化学与生态病理学等22个国家重点实验室的通知》国科发基字[2005]79号）。

2006年4月，水利部批准以南京水利科学研究院为依托单位，组建水利部水文水资源工程技术研究中心和水利部水工新材料工程技术研究中心。（《关于组建水利部水文水资源工程技术研究中心的批复》水人教[2006]118号，《关于组建水利部水工新材料工程技术研究中心的批复》水人教[2006]122号）。

2006年10月，经水利部人事劳动教育司批准，该院设立“离退休人员管理处”。（《关于南京水利科学研究院成立离退休人员管理处的批复》人教劳[2006]45号）。

2009年，更名为“南京水利科学研究院”。

根据2024年1月南京水科院官网显示，全院现有科研人员1300余人，其中中国工程院院士2名、英国皇家工程院外籍院士1名，国家有突出贡献中青年专家、“国家特支计划”百千万工程领军人才等国家和部省级人才90余名，具有高级以上职称700多人，是国家创新人才培养示范基地，荣获“全国专业技术人才先进集体”称号。

中国工程院院士（1人）：张建云（专职）、胡亚安

英国皇家工程院外籍院士（1人）：张建云

国家有突出贡献中青年专家（3人）：张世法、胡少伟、张建云

国家“万人计划”领军人才（2人）：胡少伟、陈生水

国家百千万人才工程国家级人选（6人）：胡少伟、胡亚安、陈生水、李云、赵维炳、刘九夫

国家创新人才推进计划中青年科技创新领军人才（1人）：胡少伟

国家杰出青年基金获得者（1人）：胡少伟

享受国务院政府特殊津贴专家（11人）：张建云、左其华、蔡跃波、李云、胡亚安、刘九夫、章为民、陈生水、吴时强、张瑞凯、郦能惠

根据2024年1月南京水科院官网显示，现设水文水资源研究所、水工水力学研究所、河流海岸研究所、岩土工程研究所、材料结构研究所、大坝安全与管理研究所、水利部农村电气化研究所、水利部南京水利水文自动化研究所、农村水利研究所、生态环境研究所、海洋资源利用研究中心等研究机构和南京瑞迪建设科技有限公司等研发机构。建有水文水资源与水利工程科学国家重点实验室和国家级国际联合研究中心，以及水利、交通、能源行业9个部级重点实验室、技术研发中心、工程技术研究中心。承办并定期公开出版8种学术期刊（包含英文期刊）。建有院本部科研及科技创新基地、铁心桥水科学与水工程实验基地、滁州水文实验基地和国家防汛抗旱总指挥部办公室防洪演练基地、杭州农村电气化与再生能源研发基地、当涂科学试验及科技开发基地、无锡河湖治理研究基地。

职能部门（9个）：院长办公室、党委办公室、科研管理处、人事劳动教育处（研究生部）、财务与资产处、监察与审计处、离退休人员管理处、水利信息技术研究中心、综合服务中心

水利部部设机构（5个）：水利部大坝安全管理中心、水利部水闸安全管理中心、水利部应对气候变化研究中心、水利部基本建设工程质量检测中心、水利部水文仪器及岩土工程仪器质量监督检测中心

科研机构（9个）：水文水资源研究所、水工水力学研究所、河流海岸研究所、岩土工程研究所、材料结构研究所、大坝安全与管理研究所、生态环境研究中心、农村水利科学研究推广中心、海洋资源利用研究中心

国家和部级重点实验室/研发中心（7个）：水文水资源与水利工程科学国家重点实验室、港口航道泥沙工程交通行业重点实验室、水利部水科学与水工程重点实验室、通航建筑物建设技术交通行业重点实验室、水利部土石坝破坏机理与防控技术重点实验室、国家能源水电工程安全与环境技术研发中心、国家级国际联合研究中心

部级工程技术研究中心（4个）：水利部水文水资源工程技术研究中心、水利部水工新材料工程技术研究中心、水利部水文水资源监控工程技术研究中心、水利部农村水电工程技术研究中心

实验研究基地院（6个）：本部科研及科技创新基地、铁心桥水科学与水工程实验基地、滁州实验基地、杭州农村电气化与再生能源研发基地、当涂科学试验及科技开发基地、无锡河湖治理研究基地

下属公司（6个）：水科院勘测设计院、南京瑞迪高新技术有限公司、江苏科兴项目管理有限公司、南京瑞迪大酒店有限公司、安徽瑞迪工程科技有限公司、南京瑞迪水利信息科技有限公司

学术机构（3个）：科学技术委员会、学位评定委员会、专业技术职务评审委员会

挂靠机构（5个）：国际水文科学协会中国国家委员会、中国海洋工程学会、中国水利学会岩土力学专委会、中国水力发电工程学会高坝通航工程专委会、中国水力发电工程学会小水电专委会

人才基地（2个）：全国创新人才培养示范基地、全国青少年科技教育基地

2001年为水利部筹办了GIS国际学术会议和中国大坝安全管理培训班，以及第一届亚太地区海岸工程研讨会，进一步扩大了南科院的影响。

2003年，时任院长张瑞凯教授作为团长率中国专家代表团赴日本参加了第三届国际水论坛会议；院承办了国际大坝安全管理研讨会，参与主办了海洋工程学术研讨会暨海峡两岸海洋工程发展研讨会。

2005年，南京水利科学研究院承办了学术会议主要有“全国防汛决策支持系统开发技术研讨会”、“中国水力发电工程学会高坝通航专业委员会学术研讨会”、“江苏省水利学会水工结构专业委员会学术会议”、“第12届中国海岸工程学术研讨会”、“大坝安全与堤坝隐患探测国际学术会议”等会议；还选派科研人员参加了第十二届水资源大会，加拿大水生态系统保护与修复培训、干旱和低流量国际培训，中意合作水资源综合管理、水资源的保护、节约与配置等有关学术活动。

2006年，南京水利科学研究院先后组团参加了在墨西哥举办的第四届世界水论坛、在西班牙举办第22届世界大坝会议，以及韩国水资源协会年会、中荷水资源管理创新研讨会等，全年共选派71人次的中青年骨干出国参加国际会议、培训、考察。

2007年，南京水利科学研究院派专家参加了世界气象组织（WMO）第十五次世界气象大会、联合国秘书长水与卫生顾问委员会水与灾害高层专家工作组第一次会议、联合国教科文组织国际水文计划东南亚及太平洋地区指导委员会第十五次会议、国际大坝委员会75届年会“大坝安全与管理”研讨会、第十次河流泥沙国际学术讨论会、日本水文水资源协会年会、联合国教科文组织水教育学院教育方法培训班、西班牙第五届土木工程会议、第十七届斯德哥尔摩世界水周等会议和活动。积极组织有关人员参加水利部赴以色列、土耳其参观第四届国际水技术与环境控制展；赴加拿大、墨西哥考察有关地下水开发利用情况和存在问题；参加出访瑞典、芬兰考察水资源综合管理和地下水保护的政策、制度及法规建设情况。全年共选派80余人次的科技骨干出国参加国际会议、培训、考察。

该院争取到第32届国际海岸工程大会首次在中国大陆的举办权，该大会于2010年在上海召开。

水科学与水工程重点实验室水工程病险诊断与防治研究设备

2005年12月，水利部《关于南京水利科学研究院水科学与水工程重点实验室水工程病险诊断与防治研究设备项目建议书的批复》（水规划[2005]593号），基本同意项目建设的主要内容，即包括七个系统：复合结构病险机理试验设备（材结所）、水工材料加速老化试验设备（材结所）、水工结构安全试验设备（农电所）、温度裂缝病害防治试验设备（材结所）、土坝（堤）病害机理研究设备元（岩土所）、堆石坝病害机理研究设备（岩土所）和隐患探测及安全监测仪器检验测试设备（岩土所、大坝所）。核定水利工程病险诊断与防治研究试验设备估算总投资为2392万元。

水科学与水工程重点实验室风暴潮灾害影响及防治试验研究设备

2005年12月，水利部《关于南京水利科学研究院水科学与水工程重点实验室水工程病险诊断与防治研究设备项目建议书的批复》（水规划[2005]593号），项目包括波浪模拟、潮流模拟、泥沙运动模拟、数值模似及数据库等4个系统。

水动力学与环境水力学研究试验设备

2006年9月，水利部以《关于水利部水科学与水工程重点实验室水动力学与环境水力学研究试验设备可行性研究报告（代项目建议书）的批复》（水规计[2006]394号），批准水动力学与环境水力学研究试验设备项目投资预算。主要由四部份组成：水动力学通用试验研究设备（11台套）、特殊水力条件下专用试验研究装置（6台套）、环境水力学基本理论研究设备（15台套）、数值仿真系统及配套设备（17台套）。

水文与水源地保护技术实验研究设施

2006年9月，水利部以《关于水文水资源与水利工程科学国家重点实验室水文与水源地保护技术实验研究设施可行性研究报告（代项目建议书）的批复》（水规计[2006]396号），批准该项目投资概算包括建筑安装工程费用、仪器设备购置费、建筑工程其它费和预备费等。

中央级科学研究事业单位修购资金专项

2006年12月，水利部以《关于追加2006年科学事业费支出预算的通知》（水财经[2006]628号），批准南科院2006年中央级科学研究事业单位修缮购置项目，其中包括房屋修缮经费、基础设施经费、仪器设备购置、仪器设备升级改造费等。

2007年11月，水利部以《关于追加2007年中央级科学事业单位修缮购置专项资金预算的通知》（水财经[2007]499号），追加南科院修缮购置专项资金，用于房屋修缮和仪器设备升级改造。

此间，院建设了铁心桥基地的虚拟电话网；为农电所建立了信息网络；进行水文水资源所“数字水利实验室”建设；改造了工程安全与病害实验室，添置了混凝土快速冻融试验机、弹模测定仪、混凝土渗透仪、混凝土碳化试验仪、12558WB电化学测试分析系统等，强化了水利工程老化与病害治理学科的建设；研制了长江口成套试验研究设备；从国外引进三维PIV测速系统、大型土工试验CKC多功能三轴仪，购置了非饱和土三轴仪，成功研制了大型振动三轴仪，大型土工离心模型试验机得以升级改造；研制和购买从事泥沙运动基本规律研究的大型仪器设备；两个研究所均进口了SGI图形工作站，购置了表面型核子水分密度仪标定校验设备及便携式卫星定位系统，购置了静态绕度检测仪、水下超声波测厚仪、便携式动静态数据采集系统、全站仪等。

截至2014年8月，南京水利科学研究院藏有中、外文图书、资料和期刊23万卷册。丰富的档案图书资料为院的科技创新能力的提高、院的改革与发展提供了重要保障。院综合档案室，集中统一管理着全院的各种档案（除人事档案外）。现有档案库房使用面积700多平方米，藏有从民国时期至今的各种门类档案1012万余卷（件），其中科技档案1064812162卷，图纸7395272670张（含复印图），文书档案582314988卷（件），会计档案1345614591盒（册），电子档案530盘，其它档案433412364卷（件）。“十五”期间新增加档案21108卷（件），其中科技档案3278卷，图纸10046张，文书档案1681卷，会计档案5391盒（册），其它档案712卷（件）。

自1978年全国科技大会至2022年底，南京水科院获得国家和省部级科技进步奖829项，其中国家级奖励84项。出版专著565部，获国家发明和实用新型专利1369项。

截至2014年8月，南京水利科学研究院定期公开出版《水利水运工程学报》、《海洋工程》（中文版）、《中国海洋工程》（英文版，国外发行）、《岩土工程学报》、《水科学进展》、《小水电》、《SHPNews》等7种期刊。

《水利水运工程学报》（原名：水利水运科学研究）系水利部主管，南京水利科学研究院主办的学术季刊。该刊自1992、1996和2000年连续3次被选列为全国中文核心期刊（水利类）；还被中国期刊网和中国学术期刊（光盘版）全文收录；并被认定为中国科学引文数据库和中国学术期刊综合评价数据库来源期刊。根据中国科学技术信息研究所出版的《中国科技期刊引证报告》（2001年版）报道，全国有1400余种国内出版的中、英文科技期刊被选列为中国科技论文统计源期刊。其中，水利类的学术、技术期刊有13种。

按影响因子（表征影响大小和学术水平的综合评价指标）排序，该刊列为水利类第5位。此外，该刊连续多年被国家科技部“中国科技论文统计源期刊”（中国科技核心期刊）、“中国学术期刊综合评价数据库”、“中国核心期刊（遴选）数据库”等全文收录，并被国外多家重要检索系统如美国《剑桥科学文摘（自然科学）》（CSANaturalScience）、《乌利希期刊指南》（UlrichPD，Ulrich’sPeriodicalsDirectory）、《日本科学技术振兴机构中国文献数据库》（JST）、俄罗斯《文摘杂志》（РЖ）全文收录和OA美国《海洋文摘》收录。曾获全国水利系统及江苏省优秀科技期刊，江苏省一级期刊，以及《CAJ-CD规范》执行优秀奖。

《ChinaOceanEngineering》（《中国海洋工程》英文版）是中国科学技术协会主管，中国海洋工程学会主办，由南京水利科学研究院编辑的英文版综合性学术季刊，于1987年创刊。

《ChinaOceanEngineering》已被如下国际权威检索数据库（1-8）和国内检索数据库（9-14）收录：ISI—JCR（美国科技信息研究所—《期刊引证报告》）；SCI—E（美国《科学引文索引》数据库）；EI（美国《工程索引》数据库）；AJ（俄罗斯《文摘杂志》）；CBST（日本《科学技术文献速报》）；CSA（美国《剑桥科学文摘》）；AMR（美国《应用力学评论》）；PA（美国《石油文摘》）；CSTPSA（《中国科技论文统计与分析》数据库）；CJCR（《中国科技期刊引证报告》数据库）；CJFD（《中国期刊全文数据库》清华光盘版）；CJCR（EnglishEdition）（《中国英文版科技期刊引证报告》数据库）；《中国核心期刊（遴选）数据库》（万方数据）；《中文科技期刊数据库》（科技部西南科技信息中心）。

《ChinaOceanEngineering》目前已被列入国家科技部中国科技论文统计源期刊，曾获中国科协、国家基金委1999年度期刊专项基金资助，以及中国科协2002、2003、2004、2005、2006、2007年度专项出版基金和专项设备基金资助。

《岩土工程学报》是由中国科学技术协会主管，由中国水利学会、中国土木工程学会、中国力学学会、中国建筑学会、中国水力发电工程学会、中国振动工程学会六个全国性学会联合主办的学术性科技期刊。《岩土工程学报》创办于1979年，在江苏南京登记，由南京水利科学研究院承办。

《岩土工程学报》2004年以前为双月刊，2005年起改版为月刊。《岩土工程学报》是中国岩土工程领域中具有重要影响的学术期刊。2002、2003、2004、2005年连续获全国“百种中国杰出学术期刊”称号。

《水科学进展》由水利部主管，南京水利科学研究院、中国水利学会主办，以水为论述主题的双月学术期刊。该刊为全国中文核心期刊，被美国《Ei》和《CA》收录，2003、2004、2005年连续获全国“百种中国杰出学术期刊”称号。2004年获江苏省优秀期刊奖，并入选江苏省期刊方阵。

《小水电》是水利部主管、中国水利学会水力发电专业委员会、中国水力发电学会小水电专业委员会、中国电机工程学会小水电专业委员会、水利部农村电气化研究所（亚太地区小水电研究培训中心）主办的全国唯一小水电专业技术性期刊。1984年3月创刊，国内外正式公开发行。

《小水电》已陆续被众多国内检索机构收录，是中国核心期刊（遴选）数据库和中国学术期刊（光盘版）收录期刊、中国期刊全文数据库全文收录期刊、中国学术期刊综合评价数据库统计源期刊，入编中文科技期刊数据库、超星数字图书馆；在“万方数据—数字化期刊群”全文上网。

《小水电通讯》由亚太地区小水电研究培训中心（HRC）主办的英文季刊《小水电通讯》（SHPNews），创刊于1984年5月，期刊最初由联合国工业发展组织（UNIDO）会同联合国开发计划署、亚太经社会的区域能源发展项目（UNDP/UN-ESCAP-REDP）给予支持并资助（上世纪90年代以后，出版资金由中国自行负责投入），该期刊的宗旨是在亚太地区各国以及全球交换小水电信息和经验。

南京水利科学研究院是国家首批相关学科博士、硕士学位授予权单位。设有水利工程一级学科博士点及12个学科硕士点，设有水利工程博士后流动站。根据2024年1月南京水科院官网显示，南京水利科学研究院已培养博士、硕士研究生以及博士后600余人。自2008年起该院与河海大学联合培养硕士研究生。

一级学科博士点：水利工程

二级学科博士点：岩土工程、水文学及水资源、水力学及河流动力学、水工结构工程、水利水电工程、港口、海岸及近海工程

二级学科硕士点：材料学、岩土工程、结构工程、市政工程、防灾减灾工程及防护工程、桥梁与隧道工程、水文学及水资源、水力学及河流动力学、水工结构工程、水利水电工程、港口、海岸及近海工程、环境工程

2007年9月，该院港口、海岸及近海工程专业王玉海博士学位论文“波或流作用下高强度非粘性推移质输运规律研究”被评为“江苏省2007年度优秀研究生学位论文”。

2008年12月，院博士生沈捷、硕士生陈艺伟获2008年度“张光斗科技教育基金——优秀学生奖学金”。

2011年4月23日，该院陆俊、汤绍青两位同学获张光斗优秀学生奖学金。

2011年12月16日，该院曹伟、叶祥飞同学获第三届潘家铮水电奖学金。

标志主体造型，运用南京水利科学研究院文缩写“NHRI”的首字母构成波浪形，以蓝色为主色调，既代表水利科学，又使人联想到伟大的理想，表达出南京水科秉承“勤奋、严谨、求实、创新”的科研精神，在新时代扬帆远航，踏浪前行。

标志中的“NHRI”使用“Arial”字体，“since1935”使用“TimesNewRoman”字体，“南京水利科学研究院”使用“粗圆简”字体。

科研精神：“勤奋、严谨、求实、创新”

创新文化：“科学、民主、宽容、关爱”

质量方针：“科学、规范、诚信、卓越”

2000年11月，南京水科院通过ISO9001质量认证。截至2014年8月，南京水利科学研究院拥有水文地质、水电、水利工程、港口河海工程咨询甲级资质；江苏省信誉咨询企业（机构）AAA级（最高级）资质证书；水文、水资源调查评价甲级资质；规划环境评价资质；工程测量、岩土工程、建筑工程咨询乙级资质；具有水运行业（港口工程）甲级、工程勘察（岩土工程）甲级、水运行业（通航建筑、修造船厂水工）乙级、水利行业（水库枢纽、河道整治）乙级、建筑全行业乙级、工程勘察（水文地质勘察、工程测量）乙级等勘察设计资质；具有水利工程、水运工程、公路工程三类甲级监理资质；具有地基与基础工程专业承包资质；防腐保温工程专业承包二级资质。

2022年5月，南京水利科学研究院长三角水安全保障青年创新团队被授予第17届“江苏青年五四奖章集体”。

院长：戴济群

党委书记：戴济群

副院长：吴时强、唐云清、刘六宴、潘军宁

纪委书记、党委常委：祝明

总工程师：胡亚安

四级职员、提名工会主席：杨东利