《南日岛志 沿革》：“兴化洋外群岛星罗其最大者，有四，曰平潭、曰江阴、曰南日、曰湄洲。”江阴半岛原为兴化湾中的岛屿江阴岛，1970年及其后填海连为半岛。

南日岛，古名南匿山，因山隐藏隐匿在海里而得名。

宋、元时属崇福乡奉谷里。

明、清时属六区奉谷里。据《南日岛志》记载，明洪武初，海盗“以勾引番寇遗祸地方”，为防御倭寇，明廷最初在这里设南日山水寨，平海卫向这里派驻军900名，后因水寨“在涨海中孤立无援”，遂迁往一水之隔的石城，与青山巡检司合一。

明清两朝兵马在福建沿海拉锯之际，清廷实行截界，南日人民被迫内迁。清康熙十五年(1667)，兴化城守将与郑成功之子郑经联合，同守兴化城抗拒清兵。第二年，郑经兵败，退出兴化城。

清康熙十八年(1670)，郑经军队驻扎在南日围头和湄洲等地，继续抗清。清康熙二十一年(1673)，施琅攻台成功，郑成功之子孙郑克塽率南明政权投降，莆田沿海全部复界。

复界后，南日人民从涵江等地返迁，同时迁来的还有不少平潭、福清和闽南人。清同治三年(1864)，基督教经南日岛传入莆田。

民国五年（1916年）设县佐，继设岛务局直辖本省，1933年设区，1934年划为福清县九区，1935年改为省辖特种区，仍属福清县四区。1940年划回莆田县。

1949年属十三区，1952年属二十四区，上世纪50年代初，南日岛再次成为国共两军拉锯之地。南日岛烈士纪念碑屹立在尖山山腰，是为纪念当时二度抗击反攻该岛的国民党军队而阵亡的中国人民解放军战士而于1964年建立的。 1955年成立南日区，1957年称乡，1958年建立南日人民公社，1993年改为南日镇，2002年划归秀屿区。，北临 福清和平潭，西连莆田半岛，西通过兴化湾临涵江区。

气候属亚热带海洋性气候，全年最高气温35℃，最低气温2℃，年平均气温19.2℃，全年无霜，风能资源丰富，空气中富含负离子，海水理化因子稳定，周围无工业污染。

据 《南日岛志》：“南日耕田稀少，贫困多海盗，任何商船经南日岛必傈傈危惧，不敢久泊。”

《南日岛志 》:“”罗盘屿在本岛之极东北，前为海盗巢穴。赤山在罗盘之东，前亦为海盗匪逋逃籔。”

《南日岛志 户口》“ 遇事则人言繁杂桑蠁，械斗报复不已。嗣因赔钱多累兴化，抛弃完全归福清，各族械斗仍不少减近、“

《南日岛志 民俗下 》：“其最奇者，娶妇可以买卖，丈夫卖妻，可以甲乙交换。”

南日岛山海兼优，资源丰富。海岸线总长66.4公里，天然避风沃有25处，20米海水等深线可开发利用的浅海面积达5.9万亩，围垦面积1.23万亩，盛产鲍鱼、石斑鱼、龙虾、鳗鱼、黄瓜鱼、蟹、红毛藻等100多种水产品。岛上花岗石储藏量达2亿立方米，有林地1000多公顷。南日岛风能资源丰富，据统计，全年4级风以上时间达300天以上，可开发价值高。

南日鲍鱼

南日岛海域水流湍急，水质清新，水温适中，独特的自然环境加之有丰富的海带、紫菜、龙须菜等为饵料，极其适宜鲍鱼饲养，为中国鲍鱼主产区之一。

南日鲍鱼是南日海域特产，采用南日岛自己培育的苗种，因其生长水质清新、气候适宜，味道鲜美独特，色彩鲜明，壳孔有3～5个，并且壳孔周围有上突起，附有独特藤壶，以南日出产的新鲜海带、紫菜、龙须菜作为饵料，煮熟后鲍肉不会明显收缩。

南日鲍协会于2009年成功注册了“南日鲍” 地理标志证明商标。

辖的17个行政村（其中小日、鳌屿、罗盘、赤山为4个小岛村），总人口约5.5万人。原先有108个自然村，后因住地搬迁而消减。

南日岛17个行政村中，有4个位于有人居住的小岛上，这4个小岛村交通不便。南日镇设完全中学2所、初级中学1所，小学17所，卫生院2所，其中1所为驻岛部队卫生队。建有平海湾跨海供水工程，居民所用自来水由大陆输送。在建设社会主义新农村中，当地政府在本岛上安排地段，让小岛上的居民搬迁另建新村。

2004年4月15日，总投资2000万元的35千伏南日岛输变电工程投运。电缆全长10公里，从莆田市埭头石城码头跨海连接南日岛，是国内最长、电压等级最高的海底电缆。

2008年12月26日，中国海洋石油总公司（中国海油）总经理傅成玉与台湾中油股份有限公司（台湾中油）董事长潘文炎26日在北京共同签署了《合作意向书》，《乌丘屿凹陷（南日岛盆地）协议区联合研究协议》以及《肯尼亚9号区块部分权益转让协议》四项协议，标志着两岸石油界的合作更进一层。

《乌丘屿凹陷（南日岛盆地）协议区联合研究协议》所划定协议区面积约9804平方公里，计划以一年的时间对双方在合作区域内的石油地质数据进行油气资源量研究，在协议执行期间暂时不进行数据采集等现场海域勘测作业，协议期满双方将提出共同研究报告，并根据评估报告结论决定是否进行下一阶段的物探协议或石油合约，届时双方将在分别取得各自主管机关批准后执行。

中国海油总经理傅成玉说，中国海油与台湾中油自1994年初次合作以来，本着平等、互利、互惠的商业原则建立起良好合作基础，在海洋石油领域的合作已经取得了初步的成果，双方将继续在平等、互利、互惠的商业原则基础上充分发挥各自的优势并寻求合作。

2008年12月26日中华人民共和国中国海洋石油总公司与台湾中油签署《乌丘屿凹陷（南日岛盆地）协议区联合研究协议》协议，共同开发南日岛周边石油资源。暂未开发，南日岛周围的海域水质未受到影响。

南日岛风电场一期、二期工程，合计装机规模达16150千瓦。南日风电场三期项目位于南日镇围垦南侧海滨，项目估算总投资5.8647亿元，建设规模为4.845万千瓦，建设57台850KW级风电机组及配套的110KV升压变电站、南日岛内11公里的110KV输电线路和11公里的110KV海底电缆。

近年来，福建省莆田市南日岛依托丰富海洋资源，引导当地渔民发展海水养殖。南日岛海域已开发利用浅海滩涂7.05万亩，养殖鲍鱼、海带、龙须菜、紫菜等20多个品种。2018年，南日岛海水养殖产量达17.9万吨，渔业总产值32.54亿元，比上年增长6.2%。

2018年12月27日，经地方推荐、专家评审和农业农村部审核，莆田市南日岛海域国家级海洋牧场示范区入选第四批国家级海洋牧场示范区。

六大景观出自民国时期，南日岛务局长官萨福榛撰写的《南日岛志》，分别是：

一、浮斗观日：位于南日岛之东部的浮斗山，面临东海，每当晨时，太阳东升，犹如巨轮出现于海天相接之间。此时，海面上舟楫往返，光芒四射，一片壮丽景色。

二、尖山远眺：南日岛上的尖山，以峰尖突兀而得名。山顶有玉皇宫、关帝庙等古迹。山上巨岩遍地，奇形怪状。站在山巅，可俯瞰南日全岛。

三、九龙险峻：位于南日岛中部的九龙山，险峻逶迤，连绵数里。这里地势险要，自古乃兵家必争之地。至今还保留一些当年古寨设立的堡垒等工事。

四、海会古墓：古墓朝代无法考证，据传为宋代名宦航海遇险，全家溺海，岛民出于好心，收其遗体葬于古万屿群山。这里既是一处风景点，又是当地群众消灾祈福的宗教圣地。

五、西寨晚照：西寨即西寨港，每当夕阳，彩霞万丈，岛海山港一片金灿灿，绚丽多姿。

六、龙头山烈女祠：烈女原名林俊，因拯救溺海生命而自己身亡，人们为了纪念她，特在龙头山建立烈女祠，以奉祀烈女林俊神像。

南日岛烈士纪念碑屹立在尖山山腰，是为纪念当时二度抗击反攻该岛的国民党军队而英勇阵亡的中国人民解放军战士而于1964年建立的。纪念碑高约8米，由洁白的花岗石砌成，碑身有原中共福建省委书记叶飞等人的题字：“烈士英灵永镇海疆”、“碧海丹心威镇海疆”、“雄风千古永镇海疆”。碑座的碑文记述两个战役的全过程，生动地再现了当年战士们视死如归、浴血奋战的大无畏精神。三级碑台内埋葬着烈士们的忠骨。记录着当年这些英雄战士可歌可泣的业绩，南日岛因此被誉为“英雄岛”。

位于岛东端的东岱村的大峤山，海拔166米。春夏之间，渔民出海时时回望家园，如果看到大峤山上云雾吞吐，就预知暴雨即将来临，出海船只马上回港，因此有“海上气象台”之说。

2023年6月，入选“和美海岛”名单。