2013年3月13日双方举行了第二次预备会议。会后日方表示“双方已有相当共识”，林永乐表示“有具体的进展”。

2013年4月10日下午在台北宾馆登场的第17次台日渔业会谈进行了40分钟，台方由亚东关系协会会长廖了以担任团长，“外交部”、“行政院海岸巡防署”、“行政院”农业委员会渔业署相关人员出席。日方由公益财团法人交流协会会长大桥光夫担任团长，外务省、水产厅、海上保安厅相关人员出席，双方各有12名代表参加会谈。

此次签订的“台日渔业协议”主要规定了以下几部分内容：

第一，协议适用海域。总面积73631平方公里，其北界为北纬27度，即中日渔业协定南界；西界为122°30′，超出了日本主张的中间线约10海里~20海里，重叠面积约为6190平方公里；东界和南界有3处突突破了台湾划定的“暂定执法线”，较“暂定执法线”多出了约4445平方公里。第二，特别合作海域。位于暂定执法线东南部，大致呈平行四边形，面积为4515平方公里。在此海域内，协议规定“双方努力避免产生渔业纠纷”，并设立“台日渔业委员会”进行协商。第三，双方各自管理的海域。该海域为适用海域中除特别合作海域以外的海域，面积为69116平方公里。在该海域内，双方各自管理本国渔业活动，并于协议签署后30日内制定双方的渔业管理措施。

双方协议约定设立“台日渔业委员会”，以协商双方在协议海域内的渔业资源保护、保障协议海域内渔船航行和作业安全、协商台日双方的渔业领域合作与交流。

从协议本身的文本来看，表面上是一个具有民间性质的、有关渔业资源保护与开发的临时性安排，不具备国际法上的条约性质和效力，但台日视其为具有“官方”性质的法律文件。

首先，它以民间的渔业协议的名义掩盖了外交谈判的实质。虽然双方历次渔业会谈均以“台湾亚东关系协会”与“日本交流协会”名义进行，但其人员由台湾“外交部”“渔业署”“海巡署”组成，日方也以外务省、农林水产省、海上保安厅组成，实质上仍具有“官方”的性质。台湾当局还将其升高到“国安层级”，显然是将“台日渔业会谈”视为“台日外交磋商”。

其次，该文件仍有“以主权换渔权”之嫌。协议第4条规定“本协议之所有事项或为实施而采取之措施，均不得认为影响双方具权限之主管机关有关海洋法诸问题之相关立场”。从字面理解，该协议不影响双方各自对钓鱼岛“主权”的主张。协议文本上并未规定协议是否适用于钓鱼岛领海内，但在2013年4月10日台湾外事部门的新闻稿中指出，该协议并不适用于“钓鱼台列屿周边12海里”。如果在该协议执行阶段，台湾渔船和执法船放弃进入钓鱼岛领海作业和执法，那么协议就不能排除“以主权换渔权”之嫌。

再次，按理说，此协议不限制第三方的权利。从国际法的角度来看，当事双方签署的协议对第三方无约束力。“台日渔业协议”只对台湾和日本的渔船有约束力，第三方船只，包括大陆的渔船在协议海域仍可按原来的方式作业，不应受到任何影响。对在该海域的其他性质的船只，如公务执法船、海洋调查船、油气勘探船等作业和活动也不产生任何影响。

首先，改变海上力量对比。一是日本可以专心应对大陆执法船。从2012年以来，日本在钓鱼岛面临大陆海监、渔政和台湾海巡署执法船的双重压力。对于日本海上保安厅而言，相对于政府公务船，其实渔船更难于应对。这次签订渔业协议，可以将原来用于应对台湾渔船的力量转向大陆海监和渔政执法船。二是制造两岸之间的矛盾。单从协议本身本看，协议只对台湾和日本的渔船有约束力，第三方渔船在协议海域仍可按原来的方式作业。但协议签订后，台湾海巡署署长王进旺就表示“将驱离到27°以南作业的大陆渔船”。

其次，台日双方借协议扩大了海上执法范围。该协议虽然突破了台湾划定的暂定执法线，海巡署执法范围得到了扩充，但是协议海域也超过了日本主张的中间线，向中间线以西延伸了10海里~20海里，面积约为6190平方公里，这意味着该协议也给了日本海上保安厅突破中间线执法的借口。

再次，混淆国际视听。这次渔业协议的签订，不仅使日本不费一枪一弹就化解了来自台湾一方的维权力量，还将中日间因日本购岛引发的岛屿主权争议引向渔业资源开发。此举可能给国际社会带来一个错觉：日本致力于维护地区稳定，十余年的渔业争端都可以解决，以此反衬和诋毁中国大陆在钓鱼岛的维权执法。

同时，使中日解决东海及钓鱼岛问题更加复杂。虽然协议第4条明确了“不影响双方各自对钓鱼岛主权的主张”，暂时模糊了台日间的钓鱼岛主权之争，但这只是权宜之计。中日间钓鱼岛主权争议及与之相关的专属经济区和大陆架划界、海域资源共同开发等问题仍将长期存在。“台日渔业协议”的签订，为当前复杂的东海和钓鱼岛问题增加了一个新的不确定因素，使未来中日解决东海及钓鱼岛问题更加复杂。

最后，落入传统捕鱼权的圈套。台方在协议谈判过程中多次强调钓鱼岛周边海域是台湾传统渔场，台湾享有传统捕鱼权。根据国际法的有关规定和实践，传统捕鱼权是指一国国民长期在原来是公海的一部分捕鱼，而现该海域成为另一国的专属经济区或专属渔区，这种惯常的捕鱼活动赋予该国国民享有继续在此海域捕鱼的权利。

2013年4月11日，台湾当局领导人马英九称，在“主权”上没有任何让步，但在渔权上有相当程度的增加。

马英九在国民党中常会上，主动提及签订“台日”渔业协议一事时做以上表述。马英九提及，协议签订之后，台湾渔民的作业范围增加了约4500平方公里的海域，其中包括鲔鱼产量最多的区域，这是开始谈判渔业协议17年来第一次谈出结果。

据报道，渔业协议规定，未来台湾渔民可在北纬27度以南的钓鱼岛海域，以及钓鱼岛周边12到24海里范围的邻接区作业不会受干扰，但进入12海里海域，日方仍要“取缔”台湾渔民作业。日方另开放八重山群岛海域一处渔场，给台湾渔民作业。

如果台湾方面一再强调传统渔场和传统捕鱼的权利，而不强调其捕鱼权由钓鱼岛主权而产生，等于间接承认日本对钓鱼岛的主权和对钓鱼岛海域的管辖权，落入了日本的圈套。从2012年9月8日日本释放出恢复渔业会谈的信号开始至2013年4月10日台日间签订渔业协议，只有短短的半年。此次能够快速达成协议的最根本原因是2012年大陆在钓鱼岛海域强力维权，加之两岸在钓鱼岛问题上的微妙互动，打破了日本长期对钓鱼岛的控制局面。日本慑于包括大陆和港、澳、台以及全世界华人共同维护中华民族海洋权益的强大压力，才被迫启动对台渔业谈判和作出让步，这是2012年大陆、台湾以及全体海外华人对日斗争的成果，而非台湾一己之力。

当前中日间在钓鱼岛海域斗争呈胶着状态，大陆的维权行动从本质上讲是为维护中华民族的长远和整体利益，两岸应彼此呼应、良性互动、共御外敌。如果未来大陆与台湾间之间因钓鱼岛渔业问题引发海上摩擦，将正中日本人的下怀。

日本水产厅2013年5月29日在冲绳县先岛群岛南侧的专属经济区内，以非法作业为由，当场抓扣了涉嫌违反作业的台湾渔船“益升12号”（排水量49.85吨，载有7人），逮捕了船长柯清国（54岁）。

根据所谓的《日台渔业协议》，台湾渔船可在先岛群岛北侧的钓鱼岛附近海域作业。该船是协议生效后第四艘被扣台湾渔船。据日本水产厅介绍，“益升12号”涉嫌在非协议海域作业。

据日本内阁府冲绳综合事务局介绍，台湾渔船在“日本水域”回收延绳时，被正在巡逻的水产厅渔业执法船发现。

该船船长表示，在寻找断裂的延绳时不小心进入了“日方的水域”。不过，日方在该船中发现了鲯鳅。