嘉靖四十四年四月初三，戚继光令傅应嘉率水师从金门出发，至梅岭海外。吴惟忠随戚继光从漳浦出发，挺进梅岭。傅应嘉与广东参将汤克宽带水师合击海盗吴平于大潭澳，击沉贼船20余艘。吴平惨败，逃入南澳岛。八月，吴惟忠又随戚继光至韶安进攻南澳岛。九月二十三日，在龙眼沙登陆成功，将士奋勇杀敌。二十五日，戚家军大获全胜。俞大猷、汤克宽乘三百余只战船到南澳，两军会师，捣毁敌巢。十月初四，水陆两军夹击南澳，吴平只剩八百多人出海而逃。

此时，西北边境虏患大炽，蒙古鞑靼部落屡次入侵，逼近京师，北边告急。隆庆元年九月，蒙古右翼土默特部俺答汗从西北侵入山西内地，蒙古左翼察哈尔部图们札萨克图汗与朵颜卫都督影克从抚宁县北界岭口入境，抚宁、昌黎、卢龙等地军民数万人惨遭杀害，朝野震惊。古北口游击将军张臣与石门寨参将董一元奉命追杀，十月大败之于石门寨傍水崖。十二月戚继光奉命调任京师神机营副将。二年五月，经总督谭纶举荐，戚继光以都督同知总理蓟州练兵事务，吴惟忠随往蓟镇。隆庆三年正月，戚继光出任蓟州总兵官，奏请朝廷修筑长城，吴惟忠参与修筑城堡、关寨。

据万历二十七年《永平府志》记载，隆庆四年，吴惟忠任抚宁县大毛山提调。

隆庆五年，吴惟忠因修城有功，提升标下右营游击将军，驻扎乐亭，再迁三屯营标下左营游击。万历五年升山海路参将。据万历二十七年《永平府志》记载：“吴惟忠，义乌人，万历五年（至七年）任（山海路参将）。”清康熙九年《山海关志》记载：“吴惟忠，义乌人，万历五年（至七年）任（山海路参将）。”万历六年奉命修筑山海关桃园东13号、唐帽西17号敌台。万历七年，修山海关老龙头七丈。清康熙九年《山海关志》记载：“边墙，万历七年增筑南海口入海石城七丈，都督戚公继光、行参将吴惟忠修。”

万历十一年，戚继光受到排挤，调往广东，吴惟忠、陈文良、吴大绩等随往。

万历中，日本趁朝鲜内乱之际派兵突袭朝鲜。万历二十年四月十二日，日本关白（摄政）丰臣秀吉命令日军9个军15万兵力，大小舰艇七百余艘，渡过对马海峡后，抢摊登陆，突袭釜山朝鲜守军，釜山、东莱、梁山等地相继陷落。五月二日，日军攻入朝鲜国都汉城，朝鲜“浃旬之间，三都失守，八方瓦解”，三都（王京汉城、开城、平壤）十八道全部陷落，朝鲜国王李昖逃到义州，急忙向明朝求救。七月，明朝派辽东游击史儒率2000骑兵援助朝鲜，进到平壤附近，史儒阵亡，全军覆没；副总兵祖承训（明末辽东总兵祖大寿之父）率领3000骑兵攻入平壤，大败而逃，祖承训等几人幸免于难。明神宗命宋应昌经略抗倭事宜，令陕西总兵李如松（辽东总兵李成梁之子）为东征提督，率游击吴惟忠、楼大有、胡大受等援朝。

万历二十一年正月初五日，近四万精锐明军围困平壤，提督将军李如松以副将杨元将中军，统率一万零六百三十九名；以副将李如柏将左军，统领一万零六百三十二名；以副将张世爵将右军，蓟镇参将吴惟忠领南兵3000名等一万零六百二十六名。平壤城东有大同、长庆二门，南有芦门、含毯二门，西有普通、七星二门，北有密台门，地形险要，易守难攻。城外有牡丹峰高耸，峰顶驻守日军2000人，与平壤日军形成犄角之势。日本小西行长的第一军共16000余人，配备了先进的火绳枪。提督李如松命令蓟镇游击吴惟忠与辽东副总兵查大受（原李成梁家丁）率军攻打牡丹峰，中军杨元、右军张世爵领兵进攻城西七星门；左军李如柏（李成梁子）、参将李芳春领兵进攻城西普通门；祖承训力攻城南芦门。一月八日晨，李如松命令各部队发炮攻城，日军依托城池拼死拒战，神机营副总兵骆尚志勇猛异常，攀梯攻上含毯门城楼，日军掷下巨石击中其腹部，依然奋战不止，身后浙江兵数人紧随上城。祖承训先以朝鲜军打头阵，进攻南城门，率部攻上城楼。张世爵用大炮撞碎城西七星门，李如柏攻破含毯门，杨元攻破普通门，各军乘胜争先，与日军展开巷战。游击将军吴惟忠在攻打牡丹峰时胸口中弹，仍然大呼督战，率部攻克峰顶。李如松坐骑被日军子弹击中，换马再战，战马堕于堑中，提缰跃出，继续前进，日军残部退入城内各处堡垒死守，明军以火攻焚其密窑土堡，半夜时分，小西行长率残兵逃出城去，李如松令李宁、祖承训、葛逢夏等半路截杀，斩获首级359级，生擒2人。总计斩获日军首级1250级，其中有倭将25名，生擒2名。日军被火烧死的不可计数，腥臭闻于十里，其余跳城溺水死者无算。钱一本编《万历邸钞》（万历二十一年癸巳卷）记载，平壤一战明军斩倭级一千五百有余，烧死六千有余，淹毙溺杀五千有余。平壤之战历时一天一夜，参战双方5万多人，仅牡丹峰一役，就歼日军1000人。

吴惟忠随戚继光身经百战，屡立战功，被封为“金吾将军”，官拜御寇总兵官，左军都督佥事。他性聪慧，志刚勇，好习史书，精于韬略。朝鲜壬辰倭乱时期，吴惟忠两次率军入朝，在平壤之战时立下赫赫战功，后又勒守乌岭要塞阻挡日军。此外，其高尚的人品和清廉的作风也为其赢得了朝鲜朝廷和百姓的称颂。

在平壤战役中，游击吴惟忠起到关键性作用。《中国通史》对吴惟忠厚加褒扬：“……次年（万历二十一年）一月，抵达平壤城外。平壤东南临江，西枕山陡立，迤北牡丹台高耸，地势险要，易守难攻，日军筑设炮台，李如松指挥攻城，城上日军炮火如雨。李如松坐骑被击毙，仍换马再战。部将吴惟忠被铅丸击中重伤不起。但，仍奋呼督战……。此战戚家军虽死伤惨重，但仍未能攻克，直到平壤城被攻克，日军才慌忙撤军。”

《明史·李如松传》记载：“（万历）二十一年正月四日，师次肃宁馆。六日，次平壤。如松分布诸军，抵平壤城，诸将逡巡未入，形大露，倭悉登陴拒守。是夜，袭如柏营，击却之。明旦，如松下令诸军无割首级，攻围缺东面。以倭素易朝鲜军，令副将祖承训诡为其装，潜伏西南。令游击吴惟忠攻迄北牡丹峰。而如松亲提大军直抵城下，攻其东南。倭炮矢如雨，军少却。如松斩先退者以徇。募死士，援钩梯直上。倭方轻南面朝鲜军，承训等乃卸装露明甲。倭大惊，急分兵捍拒，如松已督副将杨元等军自小西门先登，如柏等亦从大西门入。火器并发，烟焰蔽空。惟忠中炮伤胸，犹奋呼督战。如松马毙于炮，易马驰，堕堑，跃而上，麾兵益进。将士无不一当百，遂克之。获首功千二百有奇。倭退保风月楼。夜半，行长渡大同江，遁还龙山。宁及参将查大受率精卒三千潜伏东江间道，复斩级三百六十。乘胜逐北。十九日，如柏遂复开城。所失黄海、平安、京畿、江源四道并复。酋清正据咸镜，亦遁还王京。二十七日再进师。朝鲜人以贼弃王京告。如松信之，将轻骑趋碧蹄馆，猝遇倭，围数重。如柏、宁等奋前夹击，如梅射金甲倭坠马，杨元兵亦至，斫重围入，倭乃退，官军丧失甚多。会天久雨，骑入稻畦中不得逞，官军乃退驻开城。二月既望，谍报倭以二十万众入寇。如松令元军平壤，扼大同江，接饷道；如柏等军宝山诸处为声援；大受军临津；留宁、承训军开城；而身自东西调度。闻倭将平秀嘉据龙山仓，积粟数十万，密令大受率死士从间焚之。倭遂乏食。四月十八日，倭弃王京遁，如松与应昌入城，遣兵渡汉江尾倭后，将击其惰归。倭步步为营，分番迭休，官军不敢击。倭乃结营釜山，为久留计。时兵部尚书石星力主封贡，议撤兵，独留刘綎拒守。如松乃以十二月班师。”

《明史·杨镐传》记载：“万历二十年十二月，镐会总督邢玠、提督麻贵议进兵方略，分四万人为三协，副将高策将中军，李如梅将左，李芳春、解生将右，合攻蔚山。先以少兵尝贼，贼出战，大败，悉奔据岛山，结三栅城外以自固。游击陈寅连破贼二栅，第三栅垂拔矣，镐以如梅未至，不欲寅功出其上，遽鸣金收军。贼乃闭城不出，坚守以待援。官兵四面围之，地泥淖，且时际穷冬，风雪裂肤，士无固志。贼日夜发炮，用药煮弹，遇者辄死，官兵攻围十日不能下。”

《明史·刘綎传》记载：“会朝鲜用师，綎请率川兵五千赴援，诏以副总兵从征。至则倭已弃王京遁，綎趋尚州乌岭。岭亘七十里，峭壁通一线，倭拒险。别将查大受、祖承训等间道逾槐山，出乌岭后。倭大惊，遂移驻釜山浦。綎及承训等进屯大邱、忠州，以金罗水兵布釜山海口，朝鲜略定。未几，倭遣小西飞纳款，遂犯咸安、晋州，逼全罗。提督李如松急遣李平胡、查大受屯南原，祖承训、李宁屯咸阳，綎屯陕川，扼之。倭果分犯，请将并有斩获。倭乃从釜山移西生浦，送王子归朝鲜。帝命撤如松大军还，止留綎及游击吴惟忠合七千六百人，分扼要口。总督顾养谦力主尽撤，綎、惟忠亦先后还。”

《明史·朝鲜列传》记载：“万历二十年夏五月，（倭酋关白平）秀吉（丰臣秀吉）遂分渠帅行长、清正等率舟师逼釜山镇，潜渡临津。朝鲜兵不习战，望风皆溃。（国王李）昖弃王城，令次子珲摄国事，奔平壤。已，复走义州，愿内属。七月，兵部议令驻札险要，以待天兵；号召通国勤王，以图恢复。而是时倭已入王京，八道几尽没。廷议以朝鲜为国籓篱，在所必争。游击史儒等率师至平壤，战死。副总兵祖承训统兵渡鸭绿江援之，仅以身免。中朝震动，以宋应昌为经略。十二月，以李如松为东征提督。明年正月，如松督诸将进战，大捷于平壤。行长渡大同江，遁还龙山。所失黄海、平安、京畿、江原四道并复，清正亦遁还王京。如松既胜，轻骑趋碧蹄馆，败，退驻开城。而应昌急图成功，倭亦乏食有归志，因而封贡之议起。四月（倭）弃王城遁。时汉江以南千有余里朝鲜故土复定，兵部言宜令王还国居守，我各镇兵久疲海外，以次撤归为便。诏可。部议留江浙兵五千，分屯要害，仍谕昖搜练军实，毋恃外援。如松计全罗饶沃，南原府尤其咽喉，乃命诸将分守要害。已，倭果分犯，我师并有斩获。七月，倭从釜山移西生浦，送回王子、陪臣。时师久暴露，闻撤，势难久羁。应昌请留刘綎川兵，吴惟忠、骆尚志等南兵，合蓟、辽兵共万六千，听綎分布尚之大丘，月饷五万两，资之户兵二部。廷臣言虚内实外非长策，请以所留川兵命綎训练，兵饷令本国自办。于是诏撤惟忠等兵，止留綎兵防守。”

清谷应泰《明史纪事本末·援朝鲜》记载：“神宗万历二十年五月，倭酋平秀吉寇朝鲜，乃分遣其渠行长、清正等率舟师数百艘，逼釜山镇。潜渡临津，分陷丰、德诸郡。朝鲜王仓卒弃王京，奔平壤。已，复走义州，愿内属。倭遂渡大同江，绕出平壤界。是时，倭已入王京，八道几尽没，旦暮且渡鸭绿。廷议以朝鲜属国，为我藩篱，必争之地。七月，游击史儒等师至平壤，不谙地利，且霖雨，马奔逸不止，儒战死。副总兵祖承训统兵三千余，渡鸭绿江援之，仅以身免。报至，朝议震动，以宋应昌为经略，员外刘黄裳、主事袁黄赞画军前。八月，倭入丰、德等郡，我兵稍集。而行长等颇习兵，诈谓不敢与中国抗，以缓我师。十二月，以李如松为东征提督。二十五日，誓师东渡。如松将诸镇士马四万余，东由石门度凤凰山，马皆汗血。二十一年正月，平壤大捷。初四日，我师抵肃宁。六日，抵平壤，如松分布将士，整营入城。诸将逡巡未入，形已露，倭悉登陴拒守。如松度地形，东南并临江，西枕山陡立，惟迤北牡丹台高耸，最要。三倭列拒马地炮以待。遣南兵试其锋，佯退。是夜，倭袭李如柏营，击却之。如松因部勒诸将，谕无割级，攻围止缺东面。属游击吴惟忠攻牡丹峰阴取西南。以倭易丽兵，令祖承训等诡丽装，潜伏。八日黎明，鼓行抵城下，攻其东南。倭炮矢如雨，军稍却。如松手斩先退者以徇，募死士援梯钩而上，杀数人不退，倭悉力拒守。倭方轻南面为丽兵，承训等乃卸装露明甲。倭急分兵拒堵，如松已督杨元等从小西门先登，李如柏等亦从大西门入。火药并发，毒烟蔽空。方战时，吴惟忠中铅洞胸，犹奋呼督战。而如松坐骑毙于炮，易马驰，堕堑，鼻出火，麾兵愈进。我师无不一当百。前队贸首，后劲已踵，突舞于堞，倭退保风月楼。夜半，行长堤兵渡大同江，遁还龙山。是役凡得级千二百八十五，余死于火，及从城东跳溺无算。裨将李宁、查大受等率精兵三千，潜伏江东僻路，获级三百六十二，生擒三倭，乘胜追袭。十九日，李如柏进复开城，得倭级百六十五。朝鲜郡县，如黄海、平安、京畿、江源四道并复平，归平壤。惟咸镜道为清正拒守，闻开城破，亦奔王京。二十七日，去王京七十里，朝鲜人以倭弃王京遁告。如松信之，将轻骑趋碧蹄馆，去王京三十里，驰至大石桥，马蹷伤额，几毙。倭猝至，围之数里。将士殊死战，自己至午，弇中矢且尽。金甲酋前搏李将军甚急，裨将李有升以身蔽如松，刃数倭，竟中钩堕，为倭支解。李如柏、李宁乃益遮夹击，李如梅箭中金甲倭坠马。会杨元援兵至，砍重围入，遂溃。而我精锐亦多丧失，过桥者尽死。我师乃退驻开城。三月，经略宋应昌檄刘綖、陈璘水陆济师，上益发帑金二十万住军兴。李如松分留李宁等驻开城，杨元等军平壤，扼大同江接饷道。李如柏等军宝山诸处，为声援。查大受等军临津，而将锐卒东西策应。闻倭将平秀嘉据龙山仓粟数十万，从间道纵火尽焚之，倭乏食。及碧蹄之败，久顿师绝域，气益索。而倭刍粮并烬，行长亦惩平壤之败，有归志。倭果于四月十八日弃王京遁。如松及应昌整众入城。松以兵临汉江尾倭后，欲乘惰归击之。而倭步步为营，用分番迭休法以退。别将刘綎帅兵五千，趋尚州鸟岭。鸟岭广亘七十余里，悬崖镵削，中通一道如线，灌木丛杂，骑不得成列。倭尚拒险，而别将查大受、祖承训等由间道逾槐山，出鸟岭后。倭大惊，前移釜山浦筑居屯种，为久戍计。如松乃张疑兵，分遣刘綎、祖承训等屯大丘、忠州；檄调全罗水兵龟船，分布釜山海口。时倭已弃王京汉江以南千有余里，朝鲜故土奄然还定。六月，倭随犯咸安、晋州，逼全罗，声复江、汉以南，以王京汉江为界。李如松计全罗沃饶，南原府尤其咽喉，乃命李平胡、查大受镇南原，祖承训、李宁移南阳，刘綎移陕州。已，倭果分犯，我师并有斩获。七月，倭从釜山移西生浦，送回王子陪臣。时我师久暴露，闻撤，势难久羁。宋应昌乃请戍全罗、庆尚。议留刘綎川兵五千，吴惟忠、骆尚志南兵二千六百，合蓟、辽共万六千人，听刘綎分布庆尚之大丘。而兵部尚书石星一意主款，谓留兵转饷非策。应昌师老无成功，亦愿弛责。然策倭多诈，恐兵撤变生。已而命沈惟敬复入倭营，促谢表。急图竣役，乃并撤吴惟忠等兵，止留綎兵防守。十月，总督顾养谦力主撤兵，许之。”

在平壤战斗中吴惟忠左胁中弹受伤，论功升海防加衔浙江副总兵。

然而遭受重创的日军并不甘心失败。万历二十五年二月，丰臣秀吉又调集14万大军，再度侵入朝鲜，朝鲜国王李昖致书明廷，请求派兵入援。六月，日军大部队先后抵达朝鲜，攻关夺隘，朝鲜水兵全军覆没。日军控制海上通道之后，从陆上发起进攻，全罗、忠清二道危在旦夕。七月十五日，日军九鬼嘉隆率领庞大的日本舰队，偷袭停泊在漆川岛（世济岛北端西）的朝鲜海军，朝鲜海军全军覆没，漆川岛、闲山岛等军港和要塞悉数被日军占领。明朝紧急调动军队开赴朝鲜，第一批明军共约3万余人，总兵麻贵率1万7千人驻守汉城；杨元率辽东骑兵3千人，驻守南原；陈愚忠率骑兵3千人，屯兵全州；吴惟忠率4千人进至忠州，与南原军互相呼应；茅国器率兵3千人屯星州，控制岛岭、秋风岭。“明朝援军的先头部队杨元、吴惟忠、陈愚忠军先后到达忠清、全罗道，杨元率军3000驻南原（属全罗道），陈愚忠率军2000驻全州（属全罗道），吴惟忠率军4000驻忠州（属忠清道）”（《明代倭寇史略》）。八月初，日军展开进攻，左路军连克泗川、南海、光州，最后进攻南原。明军副总兵杨元率领3千明军和3千余朝鲜军镇守南原，坚守数日后被日军攻破，守城将士绝大部分阵亡。驻全州的明将陈愚忠立即撤退，加藤清正的右路军拿下全州。之后日军又分别攻陷黄石山、金州、公州等地，汉城的屏障尽失，朝鲜局势危若累卵。九月六日，麻贵命副总兵解生等率军2千奔赴稷山北部，巩固汉城的前沿阵地。七日，于稷山北与日本名将黑田长政和伊达政宗率领的日军第三军团一部发生遭遇战。明军的后续部队杨登山率军赶到，黑田长政大败，退守稷山闭门不出。日军两路军全部南撤至沿海一带，小西行长退守顺天，加藤清正退往蔚山，黑田长政退往梁山，岛津义弘退守泅川，建筑营垒工事，待机反扑。十一月，明军分兵三路：左路由杨镐、李如梅率明军1万2千人，朝鲜军4千人；右路由麻贵、李芳春率明军1万1千人，朝鲜军3千人。左右路大军围攻据守蔚山的加藤清正。中路高策率明军1万1千人，一方面向南挺进，一方面采用打援战术，阻止小西行长部支援加藤清正。十二月二十三日，明、朝联军总攻开始，突袭蔚山城。城内日军大半被歼，逃回岛山，坚守待援。第二天联军开始围攻岛山外围，游击茅国器率领河南步兵，连破日军新筑的外围三寨。日军坚壁据守，不敢复出。时至中午，明军攻抵岛山寨下，裨将陈寅率领浙兵连破岛山寨二重栅门，将要攻击最后一重栅门时，明军主帅宋应昌下令停止攻击。随后，日军小西行长、黑田长政、岛津义弘率领援军五万陆续赶到，战场局势立刻发生重大转变，明军由攻势转为守势，统帅部决定撤军。蔚山战役中，明朝和朝鲜联军阵亡约2万人，日军约1万人的代价。

万历二十六年正月初二，聚集在西生浦的日军万余人前来增援，与城内日军遥相呼应。都察院右佥都御史、朝鲜经略杨镐闻讯狼狈逃窜，日军夹击，明军兵败如山倒，一败涂地，死伤不计其数。《明史·杨镐传》记载：“明年正月二日，行长救兵骤至。镐大惧，狼狈先奔，诸军继之。贼前袭击，死者无算。副将吴惟忠、游击茅国器断后，贼乃还，辎重多丧失。镐既奔，挈贵奔趋庆州，惧贼乘袭，尽撤兵还王京，与总督玠诡以捷闻。诸营上军籍，士卒死亡殆二万。”

《中外古今战端考》记载：“万历二十六年戊戌冬十一月，倭遁去，官兵分道追击，败之，值日本丰臣秀吉死，倭俱而思归。倭渠帅清正，舟先发。总兵官麻贵遂入岛山西夷，都督陈□遣副将义乌倍磊陈蚕、季金等军至，倭无心战，官军烧其舟，贼大败，逸上岸者，尽为陆兵所歼，焚溺者万计。”

《明史·朝鲜列传》记载：“万历二十四年初以兵部尚书邢玠总督蓟、辽；改麻贵为备倭大将军，经理朝鲜；佥都御史杨镐驻天津，申警备；杨汝南、丁应泰赞画军前。五月，玠至辽。麻贵望鸭绿江东发，所统兵仅万七千人，请济师。玠以朝鲜兵惟娴水战，乃疏请募兵川、浙，并调蓟、辽、宣、大、山、陕兵及福建、吴淞水师，刘綎督川、汉兵听剿。贵密报候宣、大兵至，乘倭未备。玠乃檄杨元屯南原，吴惟忠屯忠州。六月六月，倭数千艘泊釜山，戮朝鲜郡守安弘国，渐逼梁山、熊川。七月，倭夺梁山、三浪，遂入庆州，侵闲山。统制元均兵溃，遂失闲山。而我水兵三千甫抵旅顺，闲山破，经略檄守王京西之汉江、大同江，扼倭西下，兼防运道。八月八月，清正围南原，乘夜猝攻，守将杨元遁。时全州有陈愚衷，去南原仅百里，南原告急，愚衷不敢救，闻已破，弃城走。麻贵遣游击牛伯英赴援，与愚衷合兵，屯公州。倭遂犯全庆，逼王京。自二城失，东西皆倭，我兵单弱，因退守王京，依险汉江。麻贵发兵守稷山，朝鲜亦调都体察使李元翼由乌岭出忠清道遮贼锋。玠既身赴王京，人心始定。九月，倭至汉江，退屯井邑。十一月，玠征兵大集，大会诸将，分三协。镐同贵率左右协，自忠州、乌岭向东安，趋庆州，专攻清正。使李大谏通行长，约勿往援。复遣中协屯宜城，东援庆州，西扼全罗。以余兵会朝鲜合营，诈攻顺天等处，以牵制行长东援。十二月，会庆州。麻贵遣黄庆赐贿清正约和，而率大兵奄至其营。时倭屯蔚山，城依山险，中一江通釜寨，其陆路由彦阳通釜山。贵欲专攻蔚山，恐釜倭由彦阳来援，乃多张疑兵，又遣将遏其水路，遂进逼倭垒。游击摆寨以轻骑诱倭入伏，斩级四百余，获其勇将，乘胜拔两栅。倭焚死者无算，遂奔岛山，连筑三寨。翌日，游击茅国器统浙兵先登，连破之，斩获甚多，倭坚壁不出。岛山视蔚山高，石城坚甚，我师仰攻多损伤。镐分兵围十日夜，倭饥甚，伪约降缓攻。俄行长援兵大至，将绕出军后。镐不及下令，策马西奔，诸军皆溃。遂撤兵还王京，士卒物故者二万。上闻之，震怒。乃罢镐听勘。二十六年正月，邢玠以前役乏水兵无功，乃益募江南水兵，议海运，为持久计。二月，都督陈璘以广兵，刘綎以川兵，邓子龙以浙、直兵先后至。玠分兵三协，为水陆四路，路置大将。中路如梅，东路贵，西路綎，水路璘，各守汛地，相机行剿。时倭亦分三窟。东路则清正，据蔚山。西路则行长，据粟林、曳桥，建砦数重。中路则石曼子，据泗州。而行长水师番休济饷，往来如驶。九月九月，将士分道进兵，刘綎进逼行长营。翌日，攻城，斩首九十二。陈璘舟师协堵击，毁倭船百余。行长潜出千余骑扼之，綎不利，退，璘亦弃舟走。麻贵至蔚山，颇有斩获，倭伪退诱之。贵入空垒，伏兵起，遂败。董一元进取晋州，乘胜渡江，连毁二寨。倭退保泗州老营，鏖战下之，前逼新寨。寨三面临江，一面通陆，引海为濠，海艘泊寨下千计，筑金海、固城为左右翼。十月，董一元遣将四面攻城，用火器击碎寨门，兵竞前拔栅。忽营中火药崩，烟焰涨天。倭乘势冲击，固城倭亦至，兵遂大溃，奔还晋州。帝闻，命斩二游击以徇，一元等各戴罪立功。是月，福建都御史金学曾报七月九日平秀吉死，各倭俱有归志。十一月，清正发舟先走，麻贵遂入岛山、酉浦，刘綎攻夺曳桥。石曼子引舟师救行长，陈璘邀击败之。诸倭扬帆尽归。二十七年十月，请留水兵八千，以资戍守。其撤回官兵，驻札辽阳备警。二十八年四月请将义州等仓遗下米豆运回辽阳。”

《明史纪事本末·援朝鲜》记载：“万历二十五年二月，再议东征。以兵部尚书邢玠总督蓟辽。改麻贵为备倭大将军，经理朝鲜。佥都御史杨镐驻天津，申警备。杨汝南、丁应泰赞画军前。五月，邢玠至辽，遂决意用兵。麻贵望鸭绿东发，所统兵仅万七千人，请济师。玠以朝鲜兵惟闲水战，乃疏请募兵川、浙，并调蓟、辽、宣、大、山，陕兵及福建、吴淞水兵，刘綎督川、汉兵六千七百听剿。贵密报候宣、大兵到，乘倭未备，竟掩釜山，则行长擒，清正走。玠以为奇计，乃檄杨元屯南原，吴惟忠屯忠州。六月，倭数千艘先后渡海，分泊釜山、加德、安骨、安窟，放丸如雨，歼朝鲜郡守安弘国。已复往来竹岛，渐逼梁山、熊川。七月，倭夺梁山、三浪，遂入庆州，侵闲山。夜袭恭山岛，遂失闲山要害。而我水兵三千，甫抵旅顺。闲山破，经略檄守王京西之汉江、大同江，扼倭西下，兼防运道。八月，清正围南原，乘夜猝攻。守将杨元闻倭至，惊起帐中，乘城跣足而遁。辽人卫杨元西奔，时全州有陈愚衷，忠州有吴惟忠各扼要。而全州去南原仅百里，相犄角。南原告急，愚衷懦不发兵。闻已破，州民争弃城走。麻贵急遣游击牛伯英赴援，与愚衷合兵屯公州。倭遂犯全罗，逼王京。王京为朝鲜八道之中，东隘为鸟岭、忠州，西隘为南原、全州，道相通。自二城失，东西皆倭，我兵单弱，因退守王京，依险汉江。麻贵发兵守稷山，朝鲜亦调都体察使李元翼由鸟岭出忠清道，遮贼锋。玠既身赴王京，人心始定。九月，倭至汉江。十一月，总督邢玠征兵大集。上发帑金犒军，并赐玠尚方剑。玠大会诸将，分三协，左李如梅，右李芳春，中高策，并以副总兵分将。经理杨镐同麻贵率左右协，自忠州鸟岭向东安趋庆州，专攻清正。使李大谏通行长，约勿往援。复遣中协屯宜城，东援庆州，西扼全罗。以余兵会朝鲜，合营由天安、全州、南原而下，大张旗帜，诈攻顺天等处，以牵制行长东援。十二月，会庆州。麻贵遣黄应旸贿清正约和，而率大兵奄至其营。时倭屯尉山，尉山之南岛山俱不甚高，而城皆依山险，中一江通釜寨，其陆路由彦阳通釜山。贵欲专攻尉山，恐釜倭由彦阳来援，令中协高重、吴惟忠等扼梁山，左协董正谊等赴南原，张疑兵，又遣右协卢继忠兵二千，屯西江口防水路援。二十三日，乃进攻尉山，游击摆寨以轻骑诱倭入伏，获级四百余。倭尽奔岛山，于前连筑三寨。翼日，游击茅国器统浙兵先登，连破之，获级六百六十一。倭坚壁不出。然倭亦饥甚，瞰我师稍怠，伪约降缓攻，而冀行长来援。二十六年春正月，总督邢玠以前役乏水兵无功，乃益募江南水兵，精讲海运，为持久计。二月，都督陈璘以广兵，刘綎以川兵，邓子龙以浙、直兵先后至。邢玠分兵三协为水陆四路，路置大将。中路李如梅，东路麻贵，西路刘綎，水路陈璘，各守信地，相机行剿。九月，东征将士分道进兵。十月，董一元遣步兵游击茅国器、彭信古、叶邦荣前攻城，骑兵游击郝三聘、马呈文、师道立、柴登科继之。游击蓝方威攻其东北水门，自辰至未，彭信古用火横击寨门，碎城垛数处，步兵竞前拔栅。忽营中横破，火药发，烟涨天。倭乘势冲杀，固城援倭亦至，郝三聘，马呈文率骑兵先走，遂大溃，奔还晋州。勘科徐观澜奏四路丧败，旨下部，斩马呈文、郝三聘以徇，一元等各戴罪立功。十一月十七夜，清正发舟先走，麻贵遂入岛山、酉浦，刘綎攻夺曳桥，获级百六十。石曼子引舟师救行长，陈璘统苍唬船邀击之，得级二百二十四。副将邓子龙、朝鲜统制使李舜臣冲锋，没于阵。二十七年四月，征倭告捷。”

万历二十七年三月，吴惟忠升任左军都督府都督佥事。次年因年老病残辞职，竟被免职回家。后蒙应天府巡抚辩护，才改任应天军门标将。坚持不受，遂隐居夏演裹金岩谷间。卒年不详。